examen intra Flashcards
quelle est la définition de l’épigénétique?
Discipline de la biologie qui étudie la nature des mécanismes modifiant de manière éversible, transmissible et adaptatives, l’expression des gènes sans en changer la séquence nucléotidique.
Les histones ont besoin d’être présentes en quantités énormes dans la cellule. Comment celle-ci s’assure-t-elle que la traduction de ce gène est approprié?
il y a environ une centaine de copies du gène de chaque type d’histone dans le génome
décrire la théorie ‘‘du bol de spagetthi’’ de l’ADN en interphase. Est-ce une représentation exacte de la réalité?
le bol de spag implique que la chromatine en interphase est mobile et que chaque chromosome se trouve à un endroit aléatoire
ce n’est pas une bonne représentation car des études ont montrées que certaines régions chromosomiques se retrouvent toujours au même endroit dans le noyau lors de l’interphase
qu’est ce qui explique le phénotype variégé rouge et blanc chez les yeux de drosophile?
Le gène qui exprime le pigment peut se retrouver dans l’euchromatine et être correctement exprimé, ou dans l’hétérochromatine et être réprimé.
Si le gène est partiellement dans l’euchromatine et l’hétérochromatine, la répression de celui-ci va être instable, et donc différentes cellules qui forment les yeux de la drosophile peuvent le réprimer ou l’exprimer, ce qui confère le phénotype variégé.
qu’est ce qui explique le phénotype variégé de la couleur rouge des colonies de levures en lien avec le gène ADE2?
la translocation du gène dans une région qui se trouve partiellement dans l’hétérochromatine mène à une répression instable. Certaines cellules filles vont donc être capable d’exprimer le gène.
combien d’histone différentes forment le nucléosome?
Combien d’histone totales?
4 différent type d’histone.
Le nucléosome est un octamère donc 8 protéines.
qu’est ce que la variégation?
l’expression variable d’un gène dû à la position de celui-ci dans le génome.
qu’est ce qu’un métazoaire
organisme qui se développe et possède un système diggestif.
qu’est ce qu’un amplificateur/silenceur dans le génome?
des éléments génomiques qui se trouvent à distance du gène qu’ils modulent et en activent/répriment l’expression
qu’est ce qu’un activateur dans le génome?
un élément génomique qui se situe à proximité du gène qu’il module et active l’expression de celui-ci
quel est l’effet de la méthylation de l’ADN gène sur l’expression de celui-ci?
réduction de l’expression
quelle base azotés est elle la cible de la méthylation?
les cytosines
quelles enzymes sont responsables de méthyler l’ADN? nommer les 3 plus importantes
les DNMT (DNA methyl transferase)
DNMT1
DNMT3A
DNMT3B
quelles enzymes déméthylent l’ADN?
les TET (ten-eleven translocation) 1 à 3
qu’est ce que la lysine a de particulier comme acide aminé dans une histone?
elle est le plus souvent la cible de méthyaltion
qu’est ce que l’histone H3 a de particulier par rapport aux autres histones?
c’est l’histone qui a le plus de possibilité de modifications post-traductionnelle
elle a donc un role plus important à jouer dans l’expression épigénétique des gènes.
Dans l’exemple de la gelée royale, quelle est l’explication de Luc sur le lien entre la gelée royale et l’épigénétique?
la gelée royale contient des molécules ou protéines qui inhibent l’activité des histones déacetyl-transferase.
Elle favorise donc la conservation des acétylations d’histones
donner 3 mécanismes par lesquels la méthylation de l’ADN peut avoir un effet sur la transcription
1: les marques de méthylations font de l’encombrement stérique et empêche la liaison de facteurs de transcriptions
2: la méthylation permet de recruter des protéines qui vont empêcher la transcription
3: peut permettre le recrutement de facteur de transcription spécifiques.
quelle est la modification (groupement chimique) la plus commune chez les histones?
l’acétylation
pourquoi l’acétylation des histones favorise généralement l’expression génique?
les histones sont chargées positivement, ce qui fait une intéraction forte avec l’ADN chargé négativement.
L’acétylation des histones neutralise ces intéraction et permet un meilleur accessibilité à l’ADN
qu’est ce que les writers et erasers?
des protéines qui ajoutent et retirent des marques épigénétiques comme la méthylation/acétylation
qu’est ce que les readers?
des protéines capables de reconnaitre des marques épigénétiques comme la méthylation et s’installer sur la section modifiée.
peut recruter d’autre protéine ou agir directement sur l’expression du gène
qu’est ce que l’histone H2A.Z
un variant d’histone qui remplace l’histone H2A dans l’ADN. Ce remplacement favorise l’expression des gènes et est souvent fait dans les régions régulatrices
l’histone H2A.Z est particulièrement utilisé dans un cas de réponse endocrinienne. à quoi répont-elle?
les hormones sexuelles
H3K4me est quel type de modification d’histone? quel est son effet?
l’ajout de groupements méthyl sur la lysine 4 de l’histone 3.
Elle mène à l’activation de la transcription en empêchant le recrutement de DNA methyl transferase
quelle est la particularité de la méthylation sur des acides aminés lysines?
les lysines peuvent être méthylées, biméthylées ou triméthylées.
quel est l’effet de H3K56ac
se retrouve surtout dans les promoteurs et mène à l’activation de l’expression
quel est l’effet de H2Bub et ou se trouve cette modification?
un peu partout dans le génome. Cette modification est importante pour la méthylation de H3K4 et donc, favorise l’expression génique.
avoir une réponse à la question suivante:
Les writers/erasers et readers représentent-elles des cibles thérapeutiques potentielles?
oui et non. on peut aller inhiber certaines de ces protéines pour avoir un effet particulier. mais cet effet va être appliqué à toutes les modifications épigénétiques qui sont pris en charge par la protéine qu’on traite. il y aurait donc des sides effects très imprévisibles à long terme.
être capable d’expliquer un ChIP-seq
on ponte d’abors l’ADN pour conserver les liaison chimiques (avec formaldéhyde). l’ADN est ensuite brisé en fragments et précipité avec des anticorps qui reconnaissent des histones modifiée post-traductionnellement. on procède ensuite à des lavage et réversement du pontage pour obtenir de l’ADN qu’on peut séquencer
Si on fais un ChIP seq avec un anticorps anti-H3K4,3me. Que peut-on dire sur le niveau d’expression des gènes qu’on séquencera à la fin du chip-seq? quelle région génique risque-t-on de séquencer pr ChIP seq?
ces gènes sont liés à des histones H3K4 tri-méthylés. ces gènes devraient donc être fortement exprimés. on retrouvera surtout des régions promotrices
quelles sont les deux techniques pour vérifier la méthylation de l’ADN?
séquencage au bisulfite
Me-DIP
expliquer comment le séquencage au bisulfite permet de vérifier la méthylation de l,ADN
on sépare un échantillon d’ADN en 2.
un est traité au bisulfite, ce qui converti les cytosines non-méthylées en uracile.
les deux échantillons sont ensuite séquencés
LES CYTOSINES QUI N’ONT PAS CHANGÉ D’UN SÉQUENCAGE À L’AUTRE SONT MÉTHYLÉES.
comment la méthode du me-DIP permet-elle de vérifier la méthylation de l’ADN
essentiellement un ChIP-seq qui utilise un anticorps reconnaissant les cytosines méthylées
que veut-on dire quand on dit que les protéines eucaryotes sont modulaires?
les protéines eucaryotes vont être composés de plusieurs domaines qui ont chaqun leur propre fonction. Ex: un domaine à doigt de zinc pour reconnaitre l’ADN, un domaine kinase, un domaine phosphatase, etc.
en quoi l’épigénétique fait-elle le pont entre l’environnement et le phénotype des individus?
l’environnement peut affecter les modifications épigénétiques des individus, ce qui modifie leur expression génique et mène à des phénotypes variés.