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Labo biologie moléculaire > examen finale > Flashcards

examen finale Flashcards

1
Q

quel enzyme est responsable de la bioluminescene

A

luciférase

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2
Q

quelle substrat produit la lumière (réaction)

A

oxidation de FMNH2 en FMN

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3
Q

quel type de méthodes de manipulation on utilise avec les bactérie

A

aseptiques

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4
Q

quel réactifs dans une réaction peuvent fluctuer un peu sans affecter

A

ADN et enzyme

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5
Q

quel réactif ne peut absolument pas changer la concentration sans affecter l’efficacité de la réaction

A

tampon (pH et sels…)

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6
Q

pourquoi travailler avec des bactéries est avantageux

A

temps de dédoublement faible –> grande population vite, plusieurs générations vite, peut avoir bcp d’ADN et de protéines à extraire en peu de temps

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7
Q

dans quel genres les bactéries fluorescentes se retrouvent

A

photobactérium
shewanella
vibrio

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8
Q

3 caractéristiques physique/morphologique de bactéries fluorescentes

A

gram -
motile rods
métabolisme fermenteur

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9
Q

qu’est-ce qu’est des endonucléases de restriction

A

enzymes qui reconnaissent une séquence spécifique d’ADN et clivent à un endroit spécifique dans cette séquence, qui produit des fragments de restriction

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10
Q

quel type de séquence les enzymes de restriction reconnaissent

A

palindromiques

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11
Q

quel 2 types de coupure on peut avoir avec enzyme de restriction

A

blunt et sticky

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12
Q

complémentarité des blunt et sticky ends

A

blunt avec n’importe quel blunt

sticky seulement avec même enzyme car complémentarité des bases

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13
Q

fonction du lysozyme

A

dégrade les peptidoglycanes

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14
Q

fonction de EDTA

A

inactive les DNases

disrups la membrane externe

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15
Q

fonction de détergent et exemple

A

SDS

lyse cellulaire

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16
Q

fonction de phénol ou chloroform

A

séparer l’ADN des autres macromolécules

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17
Q

fonction pronase ou protéinase K

A

enlever encore plus les protéines

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18
Q

comment on précipite les acides nucléiques

A

éthanol

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19
Q

6 précautions pour faire sur que les DNases sont inactivés

A 
tampon avec pH un peu basique (<8)
EDTA (chélate Mg2+)
SDS (réduit activité par dénaturation)
garde au froid
protéinase K
étape de chaleur qui dénature DNase mais pas ADN
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20
Q

méthode pour lyser les cellule quand on veut un petit (<10kb) plasmide

A

bouillir
méthode basique
on peut être plus dure sur les cellules

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21
Q

méthode pour lyser les cellules quand on veut un plus grand plasmide (>10kb)

A

lyse par détergent (SDS ou triton)

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22
Q

deux grandes différences dans l’isolation d’ADN chromosomique vs plasmidique

A 
la taille (chromo>>plasmide)
plasmide casse pas avec manipulation (circulaire)
23
Q

PEG fonction

A

précipite l’ADN plasmidique

24
Q

quel méthode on utilise pour doser l’ADN/ARN

A

spectrophotométrie à UV (260nm)

25
Q

quel longueur d’onde les protéines absorbent

A

280nm

26
Q

ratio de pureté A260/A280

A

1,8

27
Q

ratio de pureté A260/230

A

2-2,2

28
Q

comment construire une librairie d’un génome

A

digérer le plein génome d’ADN avec un enzyme de restriction

–> si on veut cloner un gène, s’assurer que l’enzyme ne coupe pas au milieu du gene!!!

29
Q

problemes potentiel et solution de cloner un gène d’une librairie

A

enzymes de restriction sont hab 6pb (coupe chaque 4kb) donc tres possible que séquence sois dans gène
faire sur que %GC compatible, dilué enzyme pour moins de coupure, diminuer le temps de digestion

30
Q

quel composante est nécessaire pour avoir la transcription du vecteur dans l’hote?

A

origine de réplication compatible avec l’hote qu’on insere le vecteur

31
Q

5 types de vecteurs commun

A 
plasmide
bactériophage
cosmide
phagmides
chromosome artificiel
32
Q

comment on trie pour les vecteur dans hote

A

gène de résistance (souvent à ampiciline)

33
Q

comment on visualise la transformation

A

habituellement le gène de lac Z et b-galactosidase, donc tourne bleu lorsque non transfecter (sites des enzymes de restriction sont dans le gène de l’enzyme)

34
Q

DNA ligase catalyse quel réaction

A

la réaction de synthèse du lien ester entre le 3’-OH et 5’-P des 2 molécules d’ADN

35
Q

combinaisons de produits possible après ligation

A 
vecteur refermer
circulariser le gène
vecteur + gène
vecteur + vecteur
gène + gene
etc....
36
Q

comment on controle les produits

A

différents ratios d’ADN plasmide vs ADN d’intéret

37
Q

ratio vecteur : insert habituellement plus efficace

A

1:3 (3x plus d’ADN insert que vecteur)

38
Q

comment on induit la compétence dans nos bactérie

A

avec des cations comme la chlorure de calcium

39
Q

si colonie bleu

A

pas d’insert dans vecteur mais bactérie transformer

40
Q

si colonie blanche

A

transformer avec un vecteur qui contient un gène

41
Q

le nombre de clone qu’on a besoin pour avoir notre gène d’intéret dépend de (3)

A

taille du génome
taille moyenne des insert
fréquence d’occurence du gène d’intéret dans le génome original (hab 1)

42
Q

si on a des plus grand fragments du génomes on a besoin de _____ de colonies afin d’avoir probablement le vecteur qui le contient

A

moins

43
Q

comment on détecte l’insert voulu si gène est exprimer dans hote (3)

A

complémentation d’un défaut génétique
Ac qui reconnait le produit
activité enzymatique (si gène est enzyme)

44
Q

pourquoi pas exprimer gène n’est pas exprimer chez l’hote (6)

A 
pas de promoteur
mauvais cadre de lecture
mauvaise orientation du gène
promoteur non reconnu
peptide mal replié
toxique à l'hote
45
Q

quel est la meilleur option pour détecter un gène et s’assurer que c’est le bon insert

A

hybridization des acides nucléiques (détection de la séquence)

46
Q

quel méthode on utilise pour la purification des plasmides

A

mini-prep (utilise petits volumes)

47
Q

2 méthodes pour isoler l’ADN plasmide de chromo

A

lyse basique

bouillage rapide

48
Q

matériel qu’on a besoin pour une PCR

A

amorces
ADN polymérase
dNTP
Mg2+

49
Q

étapes + températures de PCR

A

dénaturation 94
ligation des amorces environ 60
amplification 72

50
Q

fonction controle colonie TE

A

ctl pour ampiciline

51
Q

fonction ctl pGEM non digerer

A

ctl pour compétence

52
Q

ctl pGEM digérer

A

ctl pour digestion du vecteur (pas de colonies)

53
Q

pourquoi on utilise pas IPTG

A

plamide contien pas LacI qui inhibe la transcription et IPTG inhibe LacI…

Labo biologie moléculaire (1 decks)

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