examen finale

Question 1

quel enzyme est responsable de la bioluminescene

Answer 1

luciférase

Question 2

quelle substrat produit la lumière (réaction)

Answer 2

oxidation de FMNH2 en FMN

Question 3

quel type de méthodes de manipulation on utilise avec les bactérie

Answer 3

aseptiques

Question 4

quel réactifs dans une réaction peuvent fluctuer un peu sans affecter

Answer 4

ADN et enzyme

Question 5

quel réactif ne peut absolument pas changer la concentration sans affecter l’efficacité de la réaction

Answer 5

tampon (pH et sels…)

Question 6

pourquoi travailler avec des bactéries est avantageux

Answer 6

temps de dédoublement faible –> grande population vite, plusieurs générations vite, peut avoir bcp d’ADN et de protéines à extraire en peu de temps

Question 7

dans quel genres les bactéries fluorescentes se retrouvent

Answer 7

photobactérium
shewanella
vibrio

Question 8

3 caractéristiques physique/morphologique de bactéries fluorescentes

Answer 8

gram -
motile rods
métabolisme fermenteur

Question 9

qu’est-ce qu’est des endonucléases de restriction

Answer 9

enzymes qui reconnaissent une séquence spécifique d’ADN et clivent à un endroit spécifique dans cette séquence, qui produit des fragments de restriction

Question 10

quel type de séquence les enzymes de restriction reconnaissent

Answer 10

palindromiques

Question 11

quel 2 types de coupure on peut avoir avec enzyme de restriction

Answer 11

blunt et sticky

Question 12

complémentarité des blunt et sticky ends

Answer 12

blunt avec n’importe quel blunt

sticky seulement avec même enzyme car complémentarité des bases

Question 13

fonction du lysozyme

Answer 13

dégrade les peptidoglycanes

Question 14

fonction de EDTA

Answer 14

inactive les DNases

disrups la membrane externe

Question 15

fonction de détergent et exemple

Answer 15

SDS

lyse cellulaire

Question 16

fonction de phénol ou chloroform

Answer 16

séparer l’ADN des autres macromolécules

Question 17

fonction pronase ou protéinase K

Answer 17

enlever encore plus les protéines

Question 18

comment on précipite les acides nucléiques

Answer 18

éthanol

Question 19

6 précautions pour faire sur que les DNases sont inactivés

Answer 19

tampon avec pH un peu basique (<8)
EDTA (chélate Mg2+)
SDS (réduit activité par dénaturation)
garde au froid
protéinase K
étape de chaleur qui dénature DNase mais pas ADN

Question 20

méthode pour lyser les cellule quand on veut un petit (<10kb) plasmide

Answer 20

bouillir
méthode basique
on peut être plus dure sur les cellules

Question 21

méthode pour lyser les cellules quand on veut un plus grand plasmide (>10kb)

Answer 21

lyse par détergent (SDS ou triton)

Question 22

deux grandes différences dans l’isolation d’ADN chromosomique vs plasmidique

Answer 22

la taille (chromo>>plasmide)
plasmide casse pas avec manipulation (circulaire)

Question 23

PEG fonction

Answer 23

précipite l’ADN plasmidique

Question 24

quel méthode on utilise pour doser l’ADN/ARN

Answer 24

spectrophotométrie à UV (260nm)

Question 25

quel longueur d'onde les protéines absorbent

Answer 25

280nm

Question 26

ratio de pureté A260/A280

Answer 26

1,8

Question 27

ratio de pureté A260/230

Answer 27

2-2,2

Question 28

comment construire une librairie d'un génome

Answer 28

digérer le plein génome d'ADN avec un enzyme de restriction | --> si on veut cloner un gène, s'assurer que l'enzyme ne coupe pas au milieu du gene!!!

Question 29

problemes potentiel et solution de cloner un gène d'une librairie

Answer 29

enzymes de restriction sont hab 6pb (coupe chaque 4kb) donc tres possible que séquence sois dans gène faire sur que %GC compatible, dilué enzyme pour moins de coupure, diminuer le temps de digestion

Question 30

quel composante est nécessaire pour avoir la transcription du vecteur dans l'hote?

Answer 30

origine de réplication compatible avec l'hote qu'on insere le vecteur

Question 31

5 types de vecteurs commun

Answer 31

``` plasmide bactériophage cosmide phagmides chromosome artificiel ```

Question 32

comment on trie pour les vecteur dans hote

Answer 32

gène de résistance (souvent à ampiciline)

Question 33

comment on visualise la transformation

Answer 33

habituellement le gène de lac Z et b-galactosidase, donc tourne bleu lorsque non transfecter (sites des enzymes de restriction sont dans le gène de l'enzyme)

Question 34

DNA ligase catalyse quel réaction

Answer 34

la réaction de synthèse du lien ester entre le 3'-OH et 5'-P des 2 molécules d'ADN

Question 35

combinaisons de produits possible après ligation

Answer 35

``` vecteur refermer circulariser le gène vecteur + gène vecteur + vecteur gène + gene etc.... ```

Question 36

comment on controle les produits

Answer 36

différents ratios d'ADN plasmide vs ADN d'intéret

Question 37

ratio vecteur : insert habituellement plus efficace

Answer 37

1:3 (3x plus d'ADN insert que vecteur)

Question 38

comment on induit la compétence dans nos bactérie

Answer 38

avec des cations comme la chlorure de calcium

Question 39

si colonie bleu

Answer 39

pas d'insert dans vecteur mais bactérie transformer

Question 40

si colonie blanche

Answer 40

transformer avec un vecteur qui contient un gène

Question 41

le nombre de clone qu'on a besoin pour avoir notre gène d'intéret dépend de (3)

Answer 41

taille du génome taille moyenne des insert fréquence d'occurence du gène d'intéret dans le génome original (hab 1)

Question 42

si on a des plus grand fragments du génomes on a besoin de _____ de colonies afin d'avoir probablement le vecteur qui le contient

Answer 42

moins

Question 43

comment on détecte l'insert voulu si gène est exprimer dans hote (3)

Answer 43

complémentation d'un défaut génétique Ac qui reconnait le produit activité enzymatique (si gène est enzyme)

Question 44

pourquoi pas exprimer gène n'est pas exprimer chez l'hote (6)

Answer 44

``` pas de promoteur mauvais cadre de lecture mauvaise orientation du gène promoteur non reconnu peptide mal replié toxique à l'hote ```

Question 45

quel est la meilleur option pour détecter un gène et s'assurer que c'est le bon insert

Answer 45

hybridization des acides nucléiques (détection de la séquence)

Question 46

quel méthode on utilise pour la purification des plasmides

Answer 46

mini-prep (utilise petits volumes)

Question 47

2 méthodes pour isoler l'ADN plasmide de chromo

Answer 47

lyse basique | bouillage rapide

Question 48

matériel qu'on a besoin pour une PCR

Answer 48

amorces ADN polymérase dNTP Mg2+

Question 49

étapes + températures de PCR

Answer 49

dénaturation 94 ligation des amorces environ 60 amplification 72

Question 50

fonction controle colonie TE

Answer 50

ctl pour ampiciline

Question 51

fonction ctl pGEM non digerer

Answer 51

ctl pour compétence

Question 52

ctl pGEM digérer

Answer 52

ctl pour digestion du vecteur (pas de colonies)

Question 53

pourquoi on utilise pas IPTG

Answer 53

plamide contien pas LacI qui inhibe la transcription et IPTG inhibe LacI...