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biochimie > examen 3 > Flashcards

examen 3 Flashcards

1
Q

Dans quel type de réplication retrouvons-nous plusieurs bulles de réplication (multiples origines et terminaisons)

A

réplication de l’ADN génomique chez les eucaryotes

**temps de réplication : 1h

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Q

le cycle de Krebs est un cycle…

A

cycle amphibolique

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3
Q

où sont localisé les enzymes du cycle de Krebs

A

procaryotes: ds cytosol
eucaryotes: ds les mitochondries

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4
Q

Quelle est la seule enzyme à être contenu dans la matrice interne mitochondriale

A

succinate déshydrogénase

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5
Q

quel est le lien entre le cycle de Krebs et l’O2

A

cycle de krebs= carrefour du métabolisme aérobie

il nécessite de l’O2 pour fonctionner même s’il n’y a pas d’O2 dans les réactions

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6
Q

pour une molécule de glucose combien de molécule d’ATP sont formé

A

condition anaérobies: 2 ATP

condition aérobies: 38 ATP

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7
Q

différence entre les mitochondries des muscles rouges et blancs

A

muscle blanc: contraction rapide, peu de mitochondries, glycolyse anaérobique prédominante

muscle rouge: contraction lente, beaucoup de mitochondries, respiration aérobique prédominante

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8
Q

qu’est ce qu’un génome

A

dépositaire de l’info génétique soit fait d’ADN ou d’ARN

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9
Q

V ou F: un gène ne donne qu’a une seule protéine

A

faux, il peut donner à plusieurs prots avec les étapes de formation des protéines.

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10
Q

qu’elle est la structure générale d’un acide nucléique (polymère de nucléotides)

A
  • 1 sucres à 5 carbones (ribose ou désoxyribose)
  • 1 base azotée
  • 1 groupe phosphorylé
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11
Q

qu’est ce qu’une purine

A

c’est une base azoté, les plus grosses molécules avec 4 azote

  • adénine (A)
  • guanine (G)
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12
Q

Qu’est ce qu’une pyrimidine

A

une base azoté à 2 azotes

  • uracile (U)
  • thymine (T)
  • Cystosine (C)
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13
Q

qui a découvert la double hélice

A

Rosalie Franklin et Watkins (1953)

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14
Q

qui a découvert la conformation de l’ADN-B et quels sont leurs conclusions

A

Watson et Crick (1953)

  • C s’apparie avec G (3 liaisons H)
  • A s’apparie avec T (2 liaisons H)
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15
Q

sens de la polymérisation de la double hélice d’ADN + qu’est ce qu’on retrouve à ch extrémité

A

sens polymérisation: 5’- 3’
extrémité 5’= phosphate
extrémité 3’= OH

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16
Q

que signifie la dénaturation de l’ADN

A

distorsion complète d’une double hélice + séparation des deux brins

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17
Q

quels sont les agents dénaturants in vivo

A

réplication ou transcription

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18
Q

quels sont les agents dénaturants in vitro

A

augmentation de la température si grosse concentration en G et C= ++ de temps fusion, car ++ de liens à séparer

agents chaotropiques: urée, chlorure de guanidinium

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19
Q

quels sont les forces qui stabilisent l’ADNdb

A
  • FORCE HYDROPHOBE: maintiennent bases au centre
  • FORCES DE VAN DER WAALS: entre les bases et empilent les bases
  • LIAISON HYDROGÈNE : entre les bases complémentaires
  • INTÉRACTION ÉLECTROSTATIQUE :entre les groupes phosphates et Mg ou prots cationiques
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20
Q

V ou F: L’ADN bicaténaire est plus stable que l’ADN monocaténaire

A

VRAI

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21
Q

Expliquer les différentes conformations de l’ADNdb

A

ADN-A: ADN classique
ADN-B: ADN + tordue + serrée + torsadée
ADN-Z: ADN détorsadée + gauche

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22
Q

quels sont les les particularités d’un ARN

A

sucre = ribose
t est remplacé par U
brin monocaténaires peuvent s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplexe

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23
Q

qu’est ce qu’un ARNr

A

intégré aux ribosomes (80% de l’ARN cellulaire)

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24
Q

qu’est ce qu’un ARNt

A

transporte aa jusqu’au ribose (15% ARN cellulaire)

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25
Q

qu’est ce qu’une ARNm

A

résultat de la transcription de l’ADN codant pour une séquence d’aa, il détermine l’ordre des aa (2% de l’ARN cellulaire)

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26
Q

qu’est ce qu’un petit ARN

A

activité catalytique, maturation des grands ARN, associés aux protéines

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27
Q

qu’elles sont les différentes étapes de condensation de l’ADN nucléaire chez les eucaryotes

A

1ère compression: collier de perle
2ème compression: le solénoïde
3ème compression: boucle de chromatine associé aux protéines non-historiques

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28
Q

décrire la première étape de compression(collier de perle) de l’ADN nucléaire

A

les histones se combinent à l’ADN pour constituer les nucléosomes

nucléosome= coeur de nucléosome + H1 (vient sceller le coeur) + ADN de liaison (54pb)

coeur de nucléosome= complexe d’ADN + histones

*** 1 nucléosome = 200 pb d’ADN bicaténaire

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29
Q

décrire la deuxième étape(le solénoïde) de la compression de l’ADN nucléaire

A

diamètre de 30 mm

1 tour de solénoïde = 6 nucléosomes= la chromatine

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30
Q

décrire la 3ème étape (boucles de chromatine) de la compression de l’ADN nucléaire

A

c’est des solénoïdes en boucle + protéines non-histoniques

2000 boucles/chromosomes

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31
Q

qu’est ce que la réplication semi-conservative

A

ch brin séparé sert de matrice pour la synthèse d’un nouveau brin complémentaire

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32
Q

Riplisome, splicosome, ribosome et protéasome représente quel type de réplication

A

réplication par machinerie protéique

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33
Q

Dans quel type de réplication retrouvons-nous deux fourches réplication (réplication bidirectionnelle)

A

réplication de l’ADN chromosomique chez E.coli

**temps de réplication: 20-30min

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34
Q

quels sont les 4 problèmes entrainés par les fourches de réplication

A

pb 1: synthèse du brin retardé

pb2: déroulement de l’ADN entraine des torsions en aval
pb3: éviter la formation des épingles à cheveux
pb4: avancé unidirectionnelle de la fourche de réplication

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35
Q

quels sont les solutions de la synthèse des brins retardé

A

1) fragments d’Okazaki
2) élimination de l’amorce de l’ARN (par ADN polymérase 1)
3) élimination des brèches (césures) par (ADN ligase)

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36
Q

Quelles sont les étapes des fragments d’Okazaki

A

1) synthèse d’une amorce d’ARN par la primase du primosome

2) synthèse ADNsb (le fragments d’O) par l’ADN polymérase 3

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37
Q

Quelles sont les étapes de l’élimination de l’amorce de l’ARN

A

c’est possible grâce à l’ADN polymérase 1

  • activité exonucléase 5’ 3’ (élimination de l’amorce d’ARN)
  • activité exonucléase 3’ 5’ (lecture d’épreuve)
  • activité polymérase 5’ 3’ (synthèse d’ADN)
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38
Q

expliquer l’élimination des brèches (césures)

A

possible grâce ADN ligase
essentiel dans la jonction des fragments d’okasaki

conditions de fonctionnement de l’ADN ligase:

  • un 3’ OH-ADN
  • un 5’ P-ADN
  • de l’énergie (ATP chez eucaryotes et bactériophages; NAD+ chez bactéries)
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39
Q

Quelle est la solution au déroulement de l’ADN entraine des torsions en aval

A

détorsion

par les tropoïsomérase: gyrase (élément du primosome) qui coupe en aval
par l’hélicase: sépare les brins d’ADN

nécessite de l’énergie (ATP)
la vitesse de distorsion est couplée à la vitesse de polymérisation

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40
Q

quelle est la solution face à la formation des épingles à cheveux

A

SSB ou protéine se fixe sur brin monocaténaire empêchant l’ADN de se réapparier

propriétés des SSB:

  • fixation coopérative
  • tétramère
  • recouvrent 32 nucléotides
41
Q

Quelles sont les 4 étapes de l’élongation d’une chaine d’ADN polymérase

A

1) appariement correct du désoxyribonucléotide
2) attaque nucléophile du phosphore alpha du désoxyribonucléotide par hydroxyde 3’ libre
3) formation lien phosphodiester + élimination du groupe pyrophosphate
4) enzyme saute au nucléotide suivant

42
Q

caractéristiques de l’ADN polymérase 2

A
  • nécessite une matrice + une amorce
  • c’est une enzyme processive
  • activité polymérase 5’ - 3’
  • activité exonucléase 3’ - 5’ (lecture d’épreuve = vérifier si tout est bon)

erreur cumulative des E.coli = 10^-8 tandis que eucaryote 10^-11 (bcp moins)

43
Q

énumérer les différents mécanismes de réparation de l’ADN

A
  • mécanisme général de réparation par excision-réparation
  • réparation des digères de thymidine
  • réparation d’une désaliénation d’une cytosine en uracile
44
Q

expliquer le mécanisme général de réparation par excision-réparation

A
  • endonucléase
  • hélicase + exonucléase
  • ADN poli 1
  • ADN ligase
45
Q

Qu’est ce que le mécanisme général de réparation des digères de thymidine

A

simplement par une enzyme photoactivatrice

46
Q

expliquer le mécanisme général de réparation d’une désaliénation d’une cytosine en uracile

A
  • uracile N-glycosylase
  • endonucléase
  • ADN poly 1
  • ADN ligase
47
Q

expliquer les conséquences d’une mutation chez un organisme unicellulaire

A

mutation transmise à la descendance

destruction d’un gène vital peut entrainer la mort de l’organisme

48
Q

expliquer les conséquences d’une mutation chez un organisme pluricellulaire

A

mutation pas transmise à la descendance sauf si touche un génome d’une cellule germinale

destruction d’un gène peut entrainer :

  • tumeur
  • perte de fonction menant mort cellulaire
49
Q

qu’est ce qu’un gène

A

séquence d’ADN transcrite + région 5’ et 3’ de régulation

50
Q

qu’est ce qu’un gène d’entretient

A

codent pour ARNr, ARNt et prots via ARNm

51
Q

ex de gènes s’exprimant dans des circonstances particulières

A

gène de division cellulaire, gènes de l’embryogènes

52
Q

ex de gène de cellules spécifiques

A

gène de l’insuline, Ig

53
Q

nb de gène chez procaryotes

A

2000 gènes

54
Q

nb de gène chez eucaryotes

A

30 000 gènes

**mais présence d’intronts et d’exons contrairement au procaryotes

55
Q

Qu’est ce que l’évolution des gènes

A

augmentation longueur + apparition d’exons/introns +espaces inter-gènes plus grands

56
Q

Dans la transcription de l’ADN, qui joue le rôle de promoteur (facteur Cis)

A

L’ADN

57
Q

le brin matrice se lit de

A

3’ à 5’

58
Q

qu’est ce que le transcripteur contient

A

L’ARN polymérase (responsable de la synthèse de l’ARN)
des facteurs de transcription
des prots qui détordent partiellement l’ADN

59
Q

Chez E.coli Alpha apparait essentiellement sur quoi?

A

pour l’assemblage de l’enzyme et pour son activation par les prots de régulation

60
Q

chez E.coli Beta’ sert à

A

fixer l’enzyme à l’ADN

61
Q

chez E.coli Beta sert à

A

lier les NTP et interagir avec sigma

62
Q

chez E.coli à quoi sert sigma

A

initie la transcription et quittera l’holoenzyme une fois celle-ci fixé à l’ADN dans le cytosol

63
Q

Quels sont les différents types d’ARN polymérase chez eucaryote

A

ARN polymérase 1 (transcription des grands ARNr)
ARN poly 2 (transcription des ARNm)
ARN poly 3 (transcription des ARNt et des petits ARN)
dans noyau

64
Q

V OU F : ADN poly possède une amorce

A

Vrai: une amorce d’ARN , mais ARN poly NON

65
Q

quels sont les nucléotides des ARN poly

A

UTP, GTP, ATP, CTP

66
Q

quels sont les nucléotides des ADN poly

A

dATP, dCTP, dGTP, dTTP

67
Q

V OU F: l’ARN poly a une plus grande vitesse que l’ADN poly

A

FAUX, ARN poly à une vitesse de 20 à 50 nos/sec tandis que ADN poly a une vitesse de 1000 nos/sec

68
Q

entre ARN et ADN poly qui possède un taux d’erreurs le plus bas et pourquoi

A

ADP poly avec un taux de 10^-11 car fait une lecture d’épreuve

69
Q

Quelles sont les différentes étapes du processus transcription de l’ADN

A

1) initiation de la transcription
2) élongation de la transcription
3) terminaison de la transcription

70
Q

l’initiation de la transcription nécessite quoi

A
  • des facteurs de transcriptions

- séquences matrices ou promoteurs

71
Q

V OU F: chez eucaryotes il y a un promoteur pour une séquence codantes

A

vrai donc bcp plus de promoteurs tandis que chez E.coli il y a plusieurs séquences pour un promoteur

72
Q

Qu’est ce qu’une séquence consensus

A

nucléotides rencontrés très fréquemment à un endroit précis du promoteur

(ex: purine à +1, tata box à -10, cat box à -35)

73
Q

qu’est ce qui cause une structure en arrête de poisson

A

un promoteur puissant qui signifie un haut taux de transcription

74
Q

Consernant la fréquence de la transcription, que se produit-il si la cellule se divise

A

augmentation du taux de transcription des gènes

75
Q

Fonctionnement de l’initiation:

1) recherche des séquences promotrices par l’ (A)
2) fixation de l’ARN polymérase sur la (B) (formation d’un complexe promoteur fermé)
3) ouverture de la double hélice d’ADN par l’ (C) (formation d’un complexe promoteur ouvert)
4) arrivée du (D) par diffusion
5) catalyse de la liaison phosphodiestère (libère pyrophosphate qui va être dégradé)

A

A) ARN polymérase
B) séquence promotrice
c)ARN polymérase
d) ribonucléotide 3P

76
Q

quelle étape de l’initiation est limitante et demande bcp d’É

A

l’ouverture de la double hélice, car elle entraine l’ouverture de 18 paires de bases = bulle de transcription

77
Q

quelle étape de l’initiation entraine la formation de liaison H

A

l’arrivée du ribonucléotide 3P par diffusion

78
Q

qui inhibe la translocation de l’ARN polymérase de l’ADN matrice

A

Rifampicine

79
Q

qui se lie à la sous-unité beta et empêche l’entrée du premier nucléotide au site d’initiation

A

Rifamycine

80
Q

quelles soit les trois étapes de l’élongation

A

a) ARN polymérase reste verrouillée à l’ADN
b) sigma quitte l’ARN poly
c) arrivé de Nus A

81
Q

quels sont les sites de terminaisons

A
  • riche en G et C = site de pause suivie d’une séquence riche en A
  • sites palindromique (formation de structure en épingles à cheveux)
  • enroulement ARN transcrit autour de protéine Rho (+ consommation ATP)
82
Q

quels sont les processus de modulation du tax de transcription de l’ADN

A
  • répression d’un promoteur fort par un répresseur
  • activation d’un promoteur faible par activateur
  • mécanisme d’activation de la transcription
  • mécanisme de répression de la transcription
83
Q

Quel est le rôle des promoteurs puissants

A

permettre la synthèse des prots demandés en grande quantité, car besoin continuel

84
Q

Quels sont les propriétés des activateurs

A
  • s’attache aux séquences consensus particulières

- intéragissent direct avec ARN poly

85
Q

V OU F : autant les répresseurs que les activateurs sont souvent des prots allostériques qui peuvent être activé par des petites mol

A

VRAI

86
Q

quels sont les types de remaniements

A
  • soustraction des nucléotides
  • addition de nucléotides non-codé par le gène
  • modif de certaines bases
87
Q

buts des remaniments

A

rendre ARN plus stable (les protéger contre les nucléases)

rendre ARN plus apte à remplir leur rôle biologique

88
Q

Qu’Est ce que la maturation de l’ARNm chez les eucaryotes

A
  • capping en 5’= formation coiffe par guanylytransférase

- polyadénylation en 3’

89
Q

Que signifie la polyadénylation en 3’

A
  • séquence en 3’ AAUAAA
  • coupure par endonucléase 10-30nts en aval
  • ajout queue poly A par poly A polymérase
90
Q

à quoi sert CAP protéine

A

attire fortement ARN poly pour faire +++ d’ARN

91
Q

Qu’est ce que l’ADN endommagé par les rayon UV entraine

A

La formation de dimères de thymine

Soit Xéroderma pigmentosium

92
Q

V ou F: la Xéroderma pigmentosium est une maladie autosomal récessive

A

VRAI

93
Q

Que cause la Xéroderma pigmentosium

A 
Elle cause des érythèmes:
Taches de pigmentation puis la sècheresse
L’atrophie de la peau
La photophobie
Des tumeurs cutanés malignes 
La mort
94
Q

Quels sont les types de modification chimique

A

Méthylation, désamination, dépurination, dépyrimidination

95
Q

La fréquence de transcription est en fonction de quoi

A

Du degré d’utilisation du produit du gène. Donc si la cellule se divise: augmentation du taux de transcription des gènes ribosomaux

96
Q

qu’est ce qu’une réaction anapélotique

A

il s’agit de réactions permettant la formation d’intermédiaire d’une réaction

97
Q

nommer trois endroits où il y a présence de réactions anapélotiques ds le cycle de Krebs

A
  • glutamate (transamination): alpha-ketoglutarate
  • aspartate (transamination): oxaloacétate
  • oxaloacétate: pyruvate
98
Q

au niveau de l’ATP synthase : qui peut effectuer la synthèse de l’ADP+Pi et aussi effectuer une liaison

A

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