Examen 2 Flashcards
Introduction virus eucaryotes
À quoi sert le système de classification Baltimore? (2 choses)
Le génome viral et l’ARNm ont une relation obligatoire et passent par une voie particulière pour produire leur ARNm. La classification Baltimore décrit ces voies de formation + met en évidence la relation obligatoire.
Introduction virus eucaryotes
Combien y a-t-il de groupes de Baltimore et de voies possibles de production d’ARNm dans cette classification?
7 groupes et 10 voies possibles de production d’ARNm.
Introduction virus eucaryotes
Quels sont les 3 groupes de Baltimore qui peuvent directement traduire leur ARNm?
- Groupe 1: dsDNA
- Groupe 3 : dsRNA
- Groupe 5 : ssRNA-
Introduction virus eucaryotes
Quels sont les 4 groupes de la classification de Baltimore qui doivent passer par des étapes intermédiaires pour produire l’ARNm?
- Le groupe 2 (ssDNA) doit produire un dsDNA
- Le groupe 4 (ssRNA+) doit produire un ssRNA-
- Le groupe 6 (ssRNA+) produit un brin complémentaire d’ADN (DNA/RNA), puis produit un dsDNA
- Le groupe 7 (dsDNA) produit un ssRNA-
Introduction virus eucaryotes
Quelle est la différence fondamentale entre un virus à ADN et un virus à ARN?
- Chez virus à ADN : ARNm est produite par ARN polymérase II
- Les cellules eucaryotes n’a pas de machinerie pour produire ARNm à partir d’ARN
- Les virus ARN doivent coder pour leur propre RdRp
Introduction virus eucaryotes
Quelles sont les deux stratégies qui ont évolué pour permettre la reproduction de l’ARN à partir d’un gabarit d’ARN?
- Coder pour ARN pol ARN dép
- Transcrire à l’inverse ARN en ADNdb pour qu’elle soit transcrite par la polymérase de l’hôte
Introduction virus eucaryotes
Comment un virus ARN sb+ réplique t-il son génome?
- Le génome peut être traduit directement par les ribosomes de l’hôte
- Brin + est copié en brin - de pleine longueur
- Souvent, une polyprotéine est produite puis clivée en protéines individuelles par des protéases
Introduction virus eucaryotes
Comment un virus ARN sb- se réplique-t-il?
- Les virions ont une RdRp
- RdRp copie le brin - en brin +
- ARNm est traduit en protéines virales
- Copie de l’ARNm pour produire génome à polarité négative
Introduction virus eucaryotes
Comment un virus ARN db se réplique-t-il?
- Ne peuvent pas être traduit en forme duplex
- Brin - est copié en ARNm par RdRp virale pour produire protéines virales
- ARNm synthétisé est encapsidé puis copié = ARNdb génomique
Orthomyxoviridae
Que veut dire chacune des informations dans ce nom d’orthomixoviridae?
Influenzavirus A/chicken/Hong Kong/220/97 (H5N1)
- Influenzavirus A = Genre
- Chicken = espèce (hôte)
- Hong Kong = origine de l’isolat
- 220 = numéro de l’isolat
- 97 = année de l’isolat
- H5 = sous-type 5 de l’hemagglutinine
- N1 = sous-type 1 de la neuraminidase
Introduction virus eucaryotes
Les rétrovirus sont ARN sb + mais contiennent un intermédiaire ADN : comment est effectuée cette réplication?
- Génome est converti en ADNdb intermédiaire par ADN polymérase ARN dépendante (transcriptase inverse)
- ADN = gabarit pour synthèse d’ARNm et d’ARN génomique viral
Orthomyxoviridae
Expliquez les caractéristique de la structure des virions de l’influenzavirus.
Structure complexe avec membrane
Protéines HA, NA et M2 dans l’enveloppe
Protéine M1 = couche à la base de l’enveloppe (liée à protéine d’export nucléaire)
Orthomyxoviridae
Expliquez les caractéristiques de la structure du génome de l’influenzavirus
- ARNsb- segmenté
- Chez A et B : 8 segments
- Chez C : 7 segments
Orthomyxoviridae
Comment influenzavirus A augmente-t-il la capacité codante de son génome?
Utilisation de :
* L’épissage : ex. les gènes des protéines M1 et NS1 peuvent être épissées pour coder pour M2 et NEP
* Cadres de lectures alternatif : ex. PB1 contient un ORF alternatif pour coder PB1-F2
Orthomyxoviridae
Pour quoi codent chaque segments du génome de l’Influenzavirus?
- Les trois plus grand segments sont PB2, PB1 et PA qui codent pour la polymérase.
- 4e et 6e segments (HA et NA) codent pour les spicules de surface
- 7e = protéine M1
- 8e = protéine NS1
Orthomyxoviridae
Cycle de réplication d’influenzavirus : expliquez comment l’attachement et l’entrée dans la cellule est effectuée.
- Liaison à acides neuraminiques (acides sialiques) de surface de la cellule
- Les hémagglutinines se lient à des acides sialiques spécifiques : cela change entre les espèces hôtes + le lieu des cellules
- Il y a endocytose médiée par la clathrine
- Bas pH d’endosome : active fusion de membrane virale avec endosome qui est induite par changements structuraux de molécules HA -> HA0 clivée en HA1 et HA2
- Domaine HA2 ancré dans membrane virale, peptides de fusion dans membrane d’endosome
- Changements structurels : pore ouvert qui laisse passer RNP viraux dans cytoplasme
Orthomyxoviridae
Expliquez le rôle de la protéine M2 dans la décapsidation?
M2 forme un canal ionique dans la membrane virale
Afflux d’ions H+ de l’endosome au virus -> perturbe M1 et RNP -> libère RNP
Orthomyxoviridae
Pourquoi HA est-elle une protéine de grand intérêt chez influenzavirus? (3 raisons)
- Se lie au récepteur cellulaire
- Fusionne la membrane virales + membrane des vésicules
- Déterminant majeur reconnu par système immunitaire adaptatif
Orthomyxoviridae
Expliquez le rôle de la RNP dans le cycle de réplication de l’influenzavirus
- RNP : ARN-, nucléoprotéines et 3 protéines de RdRp (PB2, PB1, PA)
- RNP est transporté dans noyau
- Son rôle est de maintenir l’ARN pendant la réplication
Orthomyxoviridae
À quoi servent chacune des SU de la RdRp d’influenza virus? (PB1, PB2, PA)
- PB1 : Addition des nucléotides
- PB2 : lie coiffe 5’ d’ARNm précurseur de la cellule pour initier la transcription (cap-snatching)
- PA : endonucléase pour amorces
Orthomyxoviridae
Comment s’apelle le principe selon lequel influenzavirus utilise les coiffe 5’ d’ARNm précurseurs de la cellule hôte?
Cap-snatching
Orthomyxoviridae
Expliquez comment la transcription est effectuée chez Influenzavirus
- PB1 se lie à 5’ d’ARN viral
- PB2 : cap-snatching
- 3’-ARN viral se lie à PB1 : duplex
- PA clive pré-ARNm de la cellule (cap snatching)
- Liaison cap + ARN viral
- PB1 ajoute nucléotides
- Ajout de queue poly-A
Orthomyxoviridae
Influenza peut produire 2 protéines différentes avec un même gène, comment?
- Mécanisme d’épissage alternatif
- 90% moins de transcrits épissés
Orthomyxoviridae
Expliquez comment est régulée l’expression des gènes d’Influenzavirus (4 mécanismes)
Traduction de gènes viraux + suppression de synthèse des protéines de l’hôte.
- Dégradation pré-ARNm de l’hôte après le cap-snatching
- Inhibition de maturation d’ARNm hôtes
- Dégradation de l’ARN pol 2 cellulaire
- Traduction préférentielle des transcrits viraux
Orthomyxoviridae
Quels sont les deux types d’ARN+ produits par influenzavirus?
- Transcrit viral : possède coiffe 5’ + queue poly-A
- Brin d’ARN complémentaire : gabarit pour ARN viral
Orthomyxoviridae
Quelles sont les 4 différences entre synthèse d’ARNc et ARN transcrit
- ARNc = copies pleine longueur ARNv
- Pas de coiffe/queue poly-A
- Polymérase dans une configuration différente
- ARNc se lient aux protéines dès leur synthèse
Orthomyxoviridae
Quelles protéines et mécanisme permettent exportation de RNP du noyau?
M1 provoque dissociation de RNP avec matrice nucléaire, et empêche RNP de retourner dans noyau
NEP recrute machinerie d’exportation pour exporter RNP+M1+NEP
Orthomyxoviridae
Comment l’assemblage se fait-il chez influenzavirus?
- Bourgeonnement
- Assemblage dans le RE
- Transport vers golgi
- Modification dans le golgi
Orthomyxoviridae
Expliquez les deux modèles d’encapsidation des segments chez influenzavirus A
- Incorporation aléatoire : tous les segments ont le même signal = au hasard
- Incorporation sélective : signal unique pour chaque segment - preuves croissantes soutiennent ce modèle
Orthomyxoviridae
Comment est effectué le bourgeonnement chez influenzavirus A?
- Courbure vers extérieur de membrane plasmique
- Bourgeon extrudé
- Membrane se fusionne à la base du bourgeon : libération
Orthomyxoviridae
Expliquez la libération du bourgeon d’influenzavirus
Protéine HA ancre virus à cellule : protéine NA va cliver le récepteur d’acide sialique et les autres acides sialiques sur les membranes virales (éviter l’agrégation).
Influenzavirus A
Quels sont les deux processus généraux d’évolution des virus grippaux?
- Accumulation de mutations
- Réarrangement des segments viraux
Influenzavirus A
Quel est, et pourquoi, l’animal qui serait possiblement le réservoir de l’influenzavirus A?
Les oiseaux aquatiques parce que:
* Taux de mutations faibles dans virus aviaires : bien adaptés
* Tous les sérotypes HA/NA connus sont chez oiseaux aquatiques sauvages mais pas les autres hôtes
Influenzavirus A
Quels sont 3 points qu’a révelé le séquençage de milliers de génomes d’influenzavirus A?
- Isolats humains/aviaires/porcins sont distingués à partir d’acides aminés clés
- Acides nucléiques signatures dans souches les plus pathogènes
- Virus humain + aviaires : différents modèles de mutation/codons
Influenzavirus A
Combien de combinaisons différentes de gènes peut entraîner le réassortiment chez influenza A
2^8 (256)
Influenzavirus A
À quoi abboutit l’addition d’une séquence de plus d’un génome viral?
- augmentation de pathogénicité
- Plus grande gamme d’hôtes
- Augmentation de fitness
Influenzavirus A
À quelle intervalle ont lieu les pandémies d’influenza?
10 à 40 ans
Influenzavirus A
Nommez les cinq dernières pandémies d’influenzavirus
- Grippe espagnole (H1N1)
- Grippe asiatique (H2N2)
- Grippe de Hong Kong (H3N2)
- Grippe russe (H1N1)
- Pandémie H1N1 en 2009
Influenzavirus A
Quels sont les 2 sérotype d’influenza dominant à présent?
H1N1 et H3N2, depuis 1977
Influenzavirus A
Quels sont les deux mécanismes d’influenzavirus pour réinfecter les humains?
Dérive antigénique : mutations ponctuelles chez influenza A et B (changement antigéniques mineurs dans HA ou NA)
Cassure antigénique: importants changements antigéniques : HA et NA complètement différente introduite chez humains (imprévisibles)
Influenzavirus A
Vrai ou faux? Influenza peut causer des infections persistantes/latentes
Faux
Coronaviridae
Quelles sont les caractéristiques des coronaviridae?
- Virus ARN enveloppés infectant mammifères + oiseaux
- Nom provient de leur spicules
- Plus grands génomes de tout type de virus à ARN
Coronaviridae
Quelles sont les caractéristiques distinctives des Orthocoronavirinae?
- Particule enveloppée avec spicules à surface
- Gènes de polymérase se réunissent dans groupes monophylétiques
Coronaviridae
De quoi est composé l’enveloppe du virion de coronaviridae?
- Une bicouche lipidique
- Des protéines membranaires (M) : garder la forme
- Des protéines d’enveloppe : infectivité
- Protéines spicules : attachement
- Protéine hemagglutinine-esthérase (HE) : attachement
Coronaviridae
Quelles sont les caractéristiques du génome de coronaviridae?
26 à 32 kb et ARN génomique est traduit pour produire deux polyprotéines : 1a et 1b (ARN polymérase)
Il y a 6 ARNm imbriquésq
Coronaviridae
Expliquez le processus d’adsorption de coronaviridae
- Liaison des virions aux récepteurs cellulaires
- Interaction prot S + récepteur : déterminant de la gamme d’hôtes
- Liaison à plusieurs protéines de surface
Coronaviridae
Expliquez le processus de décapsidation des coronaviridae
Liaison au récepteur, clivage de protéine spicule et exposition à pH bas
- Certains coronavirus : fusionnent avec MP, d’autres : endocytose
- Changement de conformation de prot S : mélange des bicouches lipidiques du virus et cellule hôte
Coronaviridae
Première étape de réplication de coronaviridae
- Traduction du gène de réplicase d’ARN génomique
- Changement de cadre de lecture causé par ribosome : par séquence glissante en amont de jonction gènes 1a et 1b + pseudonoeud d’ARN
- “Bégaiement”
Coronaviridae
Expliquez le rôle du bégaiement lors de la réplication de coronaviridae?
Assurer que la bonne proportion de composants de réplicase soit produite.
Coronaviridae
Quel est le rôle des polyprotéines 1a et 1ab (4) chez coronaviridae?
- Elles sont clibées en protéines distinctes
- Forment le complexe de réplicase
- Interfèrent avec synthèse des protéines de l’hôte
- Provoquent formation de vésicules dans cytoplasme ou sont répliqués l’ARN viral
Coronaviridae
Quels sont les 5 principaux composants du complexe de réplication d’ARN chez coronaviridae?
- ARN pol ARN dep
- Hélicase
- Primase
- Protéines de synthèses de coiffe 5’
- Exonucléase avec capacité de relecture
Filoviridae
Quels sont les réservoirs naturels de Filoviridae?
Ils ne sont pas encore identifiés mais le virus a été isolé de chauve-souris, de porcs et de singes.
Quel sorte de génome et de caractéristique du virion possèdent Filoviridae?
ARNsb- non segmenté avec une enveloppe
A quel groupe de Baltimore font partie les filoviridae?
Groupe V
Quelles sont les particularités de la structure des Filoviridae?
Les virions sont des particules filamentauses, avec un diamètre de 80 nm et une longueur de 860 à 1200 nm.
Quelles sont les (2) composantes de l’intérieur du virion de filoviridae?
- Ribonucléoprotéine RNP hélicoïdale : ARNsb- + nucléoprotéine + VP30
- Espace d’environ 20 nm entre RNP et couche externe
Nucléoprotéine varie en fonction de l’espèce.
Quelles sont les composantes de la surface extérieure du virion de Filoviridae?
- Protéine de matrice M
- Enveloppe provenant de la membrane plasmique cellulaire
- Glycoprotéines (GP) ancrées à la membrane jusqu’à 10 nm de la surface
Combien de gènes comporte le génome de filoviridae?
7 gènes
Quelle caractéristique inusitée comporte le génome de filoviridae?
La présence de chevauchements géniques, avec site de terminaison d’un gène par dessus site d’initiation du gène suivant : bégaiement.
Quels sont les deux types de protéines virales structurales de filoviridae?
- Associées à capside (impliquées dans assemblage)
- Formant la ribonucléocapside (impliquées dans transcription/réplication)
Filoviridae
Rôles et caractéristiques génétiques de la glycoprotéine de filoviridae?
- Rôle : pénétration du virus, pathogénèse, antigénicité
- Caractéristiques : encodage utilise 2 cadres de lecture + nécessite édition transcriptionelle
Quelle édition transcriptionelle doit subir la GP chez filoviridae?
- À la base, GP0
- Clivage de GP0 forme GP1,2 pendant voie de sécretion
- GP1,2 = forme mature
Combien de GP1,2 forment un spicule chez Filoviridae?
3
Rôles de la protéine M de filoviridae?
- Rôle dans processus de bourgeonnement
- Enveloppement de RNC par membrane plasmique
- Rôle dans la régulation + transcription
RNC = ribonucléocapside
À quoi servent les protéines N, VP30, VP35 et L (sans entrer dans les détails)?
N s’auto-assemblent pour former des structures de forme tubulaires.
Toutes ces protéines se lient à l’ARN pour former la RNC
RNC = ribonucléocapside
Filoviridae
3 fonctions de la protéine VP30?
- Activateur de transcription (dépend du niveau de phosphorylation)
- Pont entre RNC et polymérase
- Suppresseur de réponse immunitaire anti-virale
Filoviridae
Fonctions de protéine L (3) et protéine VP35 (1)?
L = polymérase RdRp
1. Lie ARN gabarit
2. Site catalytique de liaisons phosphodiesters
3. Lie ribonucléotides
VP35 = cofacteur qui affecte le mode de synthèse de l’ARN
Filoviridae
Comment Filoviridae entre-t-il dans la cellule?
- Liaison de GP à protéine de surface (non-identifié)
- Endocytose + macropinosome
Filoviridae
Que se passe-t-il suite à l’entrée de filoviridae?
- Virus acheminé vers compartiment endosomal avec protéases pour cliver GP
- Clivage + bas pH -> fusion
- RNP relâché dans le cytoplasme
* Filoviridae
Après que la RNP soit relâchée dans le cytoplasme, comment continue le cycle de réplication de filoviridae?
- Génome est répliqué et transcrit
- ARNm viraux sont traduits
- ARNm de GP insérés dans RE
- GP glycosylées, trimérisées, transportées via golgi
- RNP assemblé + associé avec protéines à membrane
- Virions matures bourgeonnent
Filoviridae
Expliquez la pathogénèse de filoviridae (par quoi entre le virus, comment le virus se transmet…)
- Virus entre à travers les muqueuses, coupures, abrasions…
- Contact direct entre patients ou cadavres infectés
- Filovirus sont détéctés dans sperme, sécretions génitales
- Piqures et aérosols
Quelle a été l’épidémie d’ébola la plus importante?
En 2014, en afrique de l’ouest : ébolavirus du zaïre
Ebola
Quels sont les facteurs politiques et sociaux qui ont contribué à l’échec d’un contrôle de l’épidémie en 2014?
- Pauvreté
- Mauvais système de santé
- Méfiance envers gouvernements
- Délai dans réponse à l’épidémie
Ebola
Nommez 4 épidémies importantes d’ébola
2014-2016 (Sierra leone, Liberia, Guinée)
2018 (RDC)
2021 (RDC et Guinée)
2022-2023 (Ouganda)
Réovirus
Comment les réovirus sont-ils classés?
En deux groupes,
* Les Sedoreovirinae - lisses et sphériques
* Les spinareovirinae -grandes spicules + tourelles aux sommets
Réovirus
Quelles sont les caractéristiques de la structure des orthoreovirus? (3)
- Sphériques, non-enveloppés, 85nm diamètre
- 2 coquilles protéiques concentriques entourant et protégeant génome d’ARN db
- Particule core qui entoure le génome, se trouve sous forme condensée
Réovirus
Quels sont les (3) morphotypes d’orthoréovirus différents présents dans les cellules infectées?
- Virions à structure complète (avec/sans génome)
- Particules sous viron infectieuses (ISVP) - apparaît après le démontage du virion
- Particules de noyau
Réovirus
Quels sont les principales caractéristiques de la structure du génome des orthoréovirus (4)
- 10 segments d’ARN db
- Chaque segment présent en quantités équimolaires
- 3 catégories de tailles de segments (L, M et S) basé sur le patron de migration sur gel d’agarose
Combien y a-t-il de segments L, M et S chez réovirus?
3 L, 3 M et 4 S.
Pour combien de produits protéiques produisent les 10 segments d’ARNdb chez orthoréovirus?
12 produits protéiques différents.
Expliquez brièvement le cycle de réplication des réovirus
- Liaison à récepteur cellule du viron et d’une variante du virion (ISVP)
- Endocytose
- Clivage dans vésicule pour transformer en ISVP
- ISVP entre dans membrane de la vacuole (devient une core particule)
- Dans cytoplasme -> synthèse des ARNm viraux, traductions, association d’ARN avec protéines virales
- Synthèse d’ARN brin -
