Examen #1 (6 novembre) Flashcards

1
Q

Quels sont les avantages de l’utilisation de tissu animal vs de cellules en culture comme source de matériel pour la biocell?

A

Avantage tissu animal :
- permet d’obtenir une grande quantité de matériel pour les études biochimiques

Avantage cellules en culture :
- cellules faciles à manipuler et visualiser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Quels sont les inconvénients de l’utilisation de tissu animal vs de cellules en culture comme source de matériel pour la biocell?

A

Inconvénient tissu animal :
- difficile à manipuler pendant les traitements (faut vite utiliser en culture, manque de techniques)

Inconvénient cellules en culture :
- pas toujours facile à faire pousser
- matériel limité

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Qu’est-ce que les cellules primaires?

A
  • prélevées directement du tissu
    Inconvénient = nombre de division cellulaire limitées (arrête de pousser après un certain temps), difficile de travailler avec elles
    Avantage = le plus près des cellules à l’intérieur de l’organisme (près du patient et accessible)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Qu’est-ce que les cellules immortalisées ?

A

Avantage = capacité de se diviser indéfiniment
- spontané ou suite à l’introduction d’un gène dérégulant le cycle cellulaire
- proviennent des cellules primaires
- propriétés varient entre les cellules humaines et de souris
Inconvénient = forment pas de tumeurs (ne possèdent pas les mutations, diff. des cell cancéreuses)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Qu’est-ce que les cellules transformées ?

A

Avantage = se reproduisent indéfiniment
- mutations oncogéniques (cell cancéreuse deviennent unicell.)
Inconvénient / Avantage = forment des tumeurs
- cellules HeLa

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Quelles sont les cellules souche?

A
  • certaines sont plus ouverte que d’autres
  • peuvent encore se diviser, pas de rôle acquis
    Avantage = utile car fort potentiel (peut ex devenir neurone si besoin)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

A) Quelles cellules peuvent devenir des tumeurs ?

B) Quelles cellules sont le plus accessible?

C) Quelles cellules peuvent se diviser à l’infini vs celles qui se reproduisent à l’infini?

A

A) Cellules transformées

B) Cellules primaires

C) diviser = immortalisées vs reproduisent = transformées

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Qu’est-ce qu’une :
a) protéine
b) enzyme
c) site actif
d) ligand
e) substrat
f) produit

A

a) Grosse molécule complexe d’acides aminés, essentielles car font le travail dans la cellule : on un rôle structurel, dans la réponse immunitaire, transport de l’O2, digestion etc. Formé d’une fonction amine et fonction acide + chaîne latérale. Les aa. ont des propriétés différentes et ne forment pas les mêmes protéines.

b) Les enzymes sont des protéines dont le rôle est de catalyser les réactions chimiques, donc faciliter, accélérer et rendre possible des réactions biochimique. Possède une configuration 3D particulière, une forme spéciale que prennent les aa. lors de la création de l’enzyme. Diminuer l’énergie d’activation pour faciliter la réaction biochimique dans une cellule.

c) Site délimiter par la forme particulière des aa. des enzymes. Ensemble d’aa. comprenant un site de liaison pour le substrat et un site catalytique. Certains aa. permettent la fixation de l’enzyme au substrat qui sera transformé ensuite par l’enzyme, et d’autres servent directement de catalyseur qui agit sur le substrat (ex : couper le substrat..)

d) Les ligands se lie aux protéines de façon réversible et joue un rôle fonctionnel (ex: catalysant, stabilisant). Se fixe dans le site actif de l’enzyme et forme des interactions avec la surface du site (parfois non polaire).

e) Se lie à la protéine (enzyme) qui va agir sur le substrat et le modifié. Un substrat est une molécule ou un regroupement de molécules ayant une forme complémentaire au site actif de l’enzyme.

f) Ce qu’on obtient suite au complexe enzyme-substrat s’établissant avant la catalyse chimique (ex : hydrolyse de l’amilase en glucose).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Quelles sont les méthodes utilisées pour étudier les enzymes et organites cellulaires? Consiste à quoi?

A
  1. Préparation d’échantillon (extraits cellulaires et isolation d’organites )
    • utilisation de détergents (isole le
      soluble)
    • centrifugation différentielle et
      gradients de sucrose
  2. Mesure d’activité biochimique
    • essais enzymatiques
      fluorométriques et
      colorimétriques
  3. Chromatographie (mesurer quantité ou présence de molécules)
    • filtration sur gel
    • échangeur d’ion
    • affinité
    • SDS-PAGE , IEF et Western blot =
      But :
      –> sert à séparer les protéines selon leur charge moléculaire
      –> savoir combien de protéines que je veux étudier
      –> pour quantifié les changements dans une protéine particulière
      –> permet de voir exemple des complexes précis en faisant des variations dans l’expérience etc
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Quelles sont les limites physiques de la microscopie photonique et de la microscopie électronique?

A

Microscopie photonique :
–> propriétés de la lumière =résolution (résolution max de 0,2 micro m, dépendent de la longueur d’onde, nécessite un microscope à super résolution)
–> si échantillon est transparent cause problème
–> besoin de méthode pour visualiser les cellules (contraste de phase et DIC, colorants, fluorescence, anticorps, GFP)

Microscopie électronique :
–> utilise des électrons pas de lumière (avoir une résolution très supérieur au photonique)
–> processus de fixation et coloration des cellules peut modifié les structures des tissus délicates
–> les cellules doit être fixées et non vivantes
–> besoin d’un tissu très mince pour laisser les électrons le traverser
–> il n’y a pas d’indication des structures donc il faut savoir ce qu’on cherche à analyser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Quelle est la différence entre un microscope électronique à transmission et à balayage?

A

Microscope à transmission :
- nécessite une fixation et coloration de l’échantillon (cell pas vivantes)
- les sections de tissus doivent être très minces pour laisser les électrons pénétrés dans le tissu et obtenir une haut résolution
- processus complexe de préparation des échantillon
- chambre microscope sous vide
- échantillon déshydraté
–> Immuno-gold = fixe un anticorps comme dans l’immunofluorescence mais remplacé par des particules d’or

Microscope à balayage :
- permet de voir la surface des échantillon en 3D
- pour analyser la surface des cellules, ne traverse pas l’échantillon (pas pour voir les structures intracell.)
- échantillon couvert de métaux lourds (augmente le contraste)
- électrons dispersés sont collectés
–> Tomographie (TEM) = variation de l’angle de l’échantillon, possibilité de reconstruire l’intérieur d’un tissu
–> FIB-SEM = prend une image d’une couche de l’échantillon puis l’enlève, haut résolution + 3D

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

En quoi consiste les méthodes de visualisations des cellules par microscope photonique?

A
  1. Contraste de phase et DIC :
    - pas de fixation : permet de voir la viabilité de cellules rapidement
    - avec la microscopie optique, le contraste de la lumière permet de différencier les phase d’une structure ou cellule transparente
    - modifie le trajet de la lumière de sorte qu’une partie du faisceau est modulée par l’échantillon et pas l’autre. En faisant interférer ces deux faisceaux, on crée un contraste
  2. Colorants :
    - besoin de cellules fixées (agents de fixation)
    - colore les échantillons (tissus) avec différents type de colorants qui servent à marquer certaines structures des cellules (ex noyau)
  3. Fluorescence, anticorps et GFP
    - besoin de cellules fixées (agents de fixation)
    - sert à détecter des molécules spécifiques et marquer des organelles
    - utilise la propriété de certaines molécules d’absorber et émettre des photons à des longueurs d’ondes spécifiques
    - absorption d’un photon et ensuite émission d’un photon à une plus grande longueur d’onde
    - plusieurs molécules fluorescentes sont utilisées, ont tous un spectre d’absorption et émission spécifique et peuvent être combinée
    - chaque colorant est spécifique au structure de la cellule
  4. Immunofluorescence
    - commencé par fixer les cellules et ajout d’un détergent (anticorps) par la suite
    - but = voir les protéines spécifiques par fluorescence
    - l’antigène étudier se lie à un 1re anticorps qui détecte la protéine primaire pour ensuite s’y ajouter un 2ème anticorps couplé à une molécule fluorescente qui permet de visualiser le complexe
    - similaire au microscope photonique standard = 2 filtres
    - filtres sélectionnent les longueurs d’ondes d’absorption et d’émission appropriées
  5. Super résolution
    - technique permettant d’aller à une longueur d’onde élevée tout en observant des cellules vivantes
    - dépend des procédures optiques spéciales ou d’analyse par ordinateur (module l’image)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Quelle est l’utilité et les limitations de l’utilisation d’anticorps couplés à une molécule fluorescente et protéines fluorescentes (GFP)?

A

Utilité GFP :
- permet d’étudier les cellules vivantes, dynamique (voir les protéines dans une cell. vivante)
- molécules qui peuvent entrer dans les cellules vivantes et fluorescentes sous certaines conditions
- cellules exprimant des protéines chimériques fluorescentes
- peut être fusionnée à d’autres protéines
- différentes variantes sont créées par mutagénèse (pour voir plusieurs choses dans une cellule)
- existe d’autres protéines fluorescentes

Limitations GFP :
- l’encombrement des protéines fluorescentes qui peut interférer avec la fonction des molécules auxquelles elles sont attachées
- faut pouvoir fusionner les 2 protéines sans déformer la première
- la GFP (protéine fluorescente verte) nécessite de la lumière pour être excitée, ce qui peut également déclencher une autofluorescence dans d’autres composants des cellules

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Quelle est l’utilité de la déconvolution et de la microscopie confocale?

A

Déconvolution :
* retire mathématiquement la lumière non désirée (avec un ordinateur)
- voir des images claires à partir d’un spécimen épais à l’aide d’un traitement d’image d’un microscope optique

Microscope confocal :
* élimine lumière qui n’est pas mise au point, physiquement avec plaque métal
- obtenir une image nette et structure en 3D
- laser avec une longueur d’onde précise, pas besoin de filtre au départ
- la lentille fait converger la lumière selon un point de convergence qui varie
- utilise une plaque et un trou
- permet de reconstruire en 3D des structure à l’aide d’une mise au point

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Quels sont les différents organismes modèles (génétique) utilisés en recherche?

A
  1. Levure (champignon unicellulaire)
  2. C. elegans (petit ver transparent non parasite)
  3. Arabidopsis (plante herbacée)
  4. Drosophile (contient plus de 1 600 espèces donc important pour observer leur génétique)
    –> phénotype (apparence, changement d’un gène) varie selon le génotype (séquence d’un gène) dépendamment d’une mutation d’un gène qui va affecter des caractéristiques du phénotype
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Quelles sont les différences entre une cellule procaryote et une cellule eucaryote ?

A

Procaryote :
- bactéries et archaebactéries
- très petit (1-2 micro)
- un seul compartiment intracellulaire (pas de noyau ou organites)

Eucaryote :
- unicellulaires ou pluricellulaires (une ou + cellules)
- noyau et organites en compartiment
- plus grosse (10-100 micro)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Quelle est l’organisation générale d’une cellule eucaryote?

A

Contient :
- noyau (ADN)
- membrane plasmique (délimite)
- cytoplasme avec les organites
- mitochondrie (ATP)
- ribosome
- cytosquelette (support et déplacement)
- peroxysome (contiennent enzyme)
- appareil de Golgi
- rédiculum endoplasmique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Quelle est la composition chimique de la cellule?

A

Macromolécules
1. Glucides (sucre) : monosaccharides, disaccharides, plurisaccharides, glycogène (glucose)
2. Lipides : phospholipides (fait 1 glycérol, 2 AG et groupement PO4), triglycérides (1 glycérol et 3 AG), phosphoglycéride (3 PO4, glycérol)
3. Protéines : fait d’acides aminés (fct amine, fct acide, châine latérale)
4. Acide nucléique : formée de 2 brins enroulés en double hélice et composés de nucléotides qui s’enchaînent (ARN, ADN, nucléotides AT(U)GC)
–> Rôles : structurel (lipides, protéine), signalisation (protéine, lipides), information (ADN), activité enzymatique (protéine), source d’énergie (glucides)

Petites molécules
1. Eau = solvant réaction biochimique
2. Ions = équilibre dynamique, pression osmotique, cofacteur des enzymes(Mg2+), potentiel membranaire(Na+, K+), signalisation (Ca2+)
3. Vitamines-cofacteurs = pour réactions biochimique, coenzyme A, NAD, FAD
4. ATP-GTP = source d’énergie cellulaire
5. Acides aminés, AG, glucose, nucléotides, cholestérol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Quels sont les rôles des protéines?

A
  1. régulent la majorité des activités cellulaires (enzyme, signalisation cellulaire)
  2. rôle structural (cytosquelette, fixation de la cellule au tissu)
    *activité des protéines est réguler par la cellule
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Expliquer les facteurs requis pour permettre à la cellule de conserver son organisation :

A

Cellules ont besoin d’énergie pour maintenir leur organisation et pouvoir faire :
- synthèse des macromolécules
- réparation des structures cellulaires
- échanges avec le milieu extracellulaire
- régulation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Quelles sont les sources d’énergie cellulaire?

A
  1. ATP : source principale d’É
    - produit à partir des molécules (glucose, AG, aa)
    - fait par glycolyse, phosphorylation oxydative
    - subit un transfert de PO4
  2. GTP : pour certaines protéines
    - GTPases de signalisation
    - fusion des membranes
    - synthèse de protéines
    - pas de transfert de PO4
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

De quelles façons l’hydrolyse de l’ATP affecte les activités cellulaire?

A

L’hydrolyse de l’ATP libère de l’É contenue dans la liaison et permet :
- des changements de conformation de protéine
- liaison ou détachement d’une autre protéine
- modifié l’activité d’une protéine

L’ATP se fait hydrolyser de 2 façons :
1. enzyme hydrolyse l’ATP pour effectuer un travail (ex: protéines transport)
2. phosphate est transféré, ajouté à une autre protéine pour en modifier les propriétés (activité ou interaction)
—> phosphorylation sur sérine, thréonine, tyrosine
–> Kinase et phosphatase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Qu’est-ce que la phosphorylation et à quoi ça sert?

A

C’est quoi : addition d’un groupe PO4 à une protéine ou molécule pour modifié directement un acide aminé, base essentielle de la signalisation cellulaire, phosphoryse avec une Kinase (PO4 vient de l’ATP)

Rôles : modifier les propriétés d’une protéine de façon transitoire en :
- activant ou inhibant
- faisant la création de site de liaison à d’autres protéines

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Quelle est le fonctionnement des GTPases de signalisation?

A

Autre que le PO4 d’autres molécules s’associent de façon non-covalente avec des protéines pour en modifier l’activité (changement de conformation) :
- calcium = régule Kinase, phosphatases, protéases etc
- GTP = GTPases régule en ayant une activité mécanique

a) GTP + protéine = active la GTPases
b) hydrolyse du GTP
c) devient du GDP + protéine = inactive
d) on enlève le GDP
e) autres protéines stimule l’échange de GDP à GTP
f) remet le GTP = activé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Quels sont les différents niveaux d’organisation des protéines?

A

La synthèse des protéines se fait de l’extrémité N-terminale vers l’extrémité C-terminale

Structure primaire
- dictée par séquence de l’ARNm

Structure secondaire
- protéines repliées en hélice alpha ou feuillet bêta
- s’assemblent pour faire la tertiaire

Structure tertiaire
- structure de la protéine active
- complexe protéique (structure quaternaire quand 2 protéines s’assemble ensemble)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Quels type de structures secondaires sont adoptés par un polypeptide?

A

Feuillet bêta (pont H aligné parallèlement)

Hélica alpha (pont H non aligné)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Quel est le rôle des chaperonnes dans le repliement de la protéines?

A

Le repliement des protéines :
- dépend de la structure primaire
- parfois spontané
- peut avoir besoin des chaperonnes qui aide la protéine à se replier en évitant la formation d’agrégats du aux domaines hydrophobes présent à la surface pendant le repliement
- certaines protéines ne sont pas structurées (pas repliée)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Quels sont les différents types de liaisons covalentes et non-covalentes qui stabilisent la structure des protéines (permet le repliement)?

A

Liaisons covalentes :
-pont disulfure entre 2 cystéines (maintien ensemble)

Liaisons non-covalentes :
- pont hydrogène (H)
- liaison électrostatique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Comment la nature des acides aminés présents à la surface d’une protéine régule la fonction de celle-ci?

A

Acides aminés présents à la surface et dans le site actif dictent les interactions :
- dépend du pH
- dépend des conditions ioniques (charge)
- membranes cellulaire

Acides aminés régulent :
- liaison au site actif (ligand doit avoir ses atomes au bon endroit pour être reconnu, il se lie au site actif)
- assemblage en structures quaternaire (s’il a changement dans les interactions on brise le complexe quaternaire)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Quelle est la notion de domaine dans une protéine et pourquoi c’est important?

A

Entre même domaine, les caractéristiques sont conservées, unité de base pour un même domaine :
- même fonction
- familles de protéines
- entre les espèces
- acides aminés conservés
- motifs et domaines
- parfois la même fonction même si séquence différente

Important : le domaine est une séquence d’aa. conservée donc permet d’offrir à plusieurs protéines la même fonction et de maintenir des caractéristiques entre les espèces

Ex : Kinase = domaine
–> à partir d’une structure qu’on a travaillé les autres possède la même fonction
–> en ajoutant d’autre domaines on modifie la fonction Kinase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Quelles sont les composantes des membranes biologiques et leurs rôles?

A

Composantes :
- source d’énergie
- être isolées du milieu externe

Rôles :
- sert de barrière entre les différents compartiments cellulaires / milieu extracellulaire
- crée des gradients d’ions (mitochondries = synthèse ATP / neurones et muscles = transmission de signaux électriques)
- la membrane plasmique sert de système d’échange pour la transmission des signaux extracellulaire à la cellule

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Quelles sont les caractéristiques générales des lipides membranaires?

A

La bicouche lipidique est une mosaïque fluide composée de lipides et protéines

Lipides = rôle structurel (imperméabilité, fluidité) et fonctionnel (signalisation), Amphipatique = tête polaire chargée et queues non polaire
–> asymétrie des feuillets lipidiques due au transfert limité de lipides entre les feuillets, rôle fonctionnel dans la signalisation et apoptose, régulé enzymatiquement suite à la synthèse dans le RE

Protéines = différentes fonctions des membranes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Quels sont les types de lipides membranaires (structure générale seulement)?

A
  1. Phospholipides (+ abondant)
    a) phosphoglycérides
    - glycérol + tête polaire + PO4 + 2 AG
    - liaison ester C=O
    b) shingolipides
    - sphingosine + PO4 + 1 AG
    - pas de lien ester, liaison covalente + amine qui peut se lier au C=O
  2. Glycolipides
    - spingosine= AG + plusieurs groupements glucidique + tête hydrophile polaire
    - pas de PO4
    - pas de glycérol
    - ganglioside contiennent de l’acide sialique
    - abondant dans cerveau
  3. Cholestérol
    - tête polaire + noyau stéroïde + OH + AG
    - permet un soutien structurel et régule la fluidité
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

À quoi ressemble les mouvements des lipides et protéines dans la bicouche lipidique?

A

Lipides :
- sont mobiles dans la membrane
- diffusent latéralement à l’intérieur d’un même feuillet
- translocation d’un feuillet à l’autre demande de l’ATP

Protéines :
- diffusent latéralement dans la membrane
- pas de flip-flop
- certains complexe protéiques sont moins mobiles ou restreints à des domaines particulier (ex : synapse entre 2 neurones peu mobile)
- étudié par microscopie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Quel effet à la composition de la membrane sur sa fluidité et ses fonctions?

A

Fluidité varie selon :
a) composition de la membrane
b) chaînes longues ou courtes = plus fluides si courtes
c) saturées ou insaturées = plus fluides si insaturés (ex : huile fluide)
d) nombre de liaisons doubles des phospholipides (AG insaturés)
e) épaisseur membrane
f) concentration de cholestérol (haute concentration il diminue la fluidité et permet l’organisation en sous-domaines)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Qu’est-ce que les radeaux lipidiques?

A

Ce sont des zones avec une composition distincte, ces endroits sont plus épais
- enrichi en sphingolipides et cholestérol
- organise et regroupe des protéines fonctionnant ensemble
- permet d’accommoder de long domaines transmembranaires

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Quels sont les rôles de signalisation des lipides membranaires?

A

Phosphorylation par la protéine Kinase, permet le recrutement et l’activation de molécules de signalisation
1. on ajoute un PO4
2. crée un site d’activation
3. on recrute des protéines dans la membrane
4. envoie des signaux

Phospholipases génèrent des molécules de signalisation distinctes (enzyme peuvent couper la tête P)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Quels sont les différents types d’association entre les protéines membranaires et la membrane?

A
  1. Protéines transmembranaires
    - une ou plusieurs régions traversant la membrane
    - 1 ou + hélice alpha avec aa. hydrophobe permet d’incrusté dans la membrane
    - pont H pour stabiliser la structure
    - domaines transmembranaires s’associent (même protéine ou complexe) peuvent être prédit par logiciel, vérifier expérimentalement
    - si feuillet bêta = abondant dans membrane externe des chloroplastes + mitochondries + bactéries (structure rigide)
  2. Protéines ancrées à la membrane des lipides 2 types :
    a) Acide gras ou groupe prényl
    • modification cytoplasmique
      (attacher feuillets interne
      membrane)
    • généralement réversible
      b) Ancrage par un GPI
    • modifié dans le RE (extérieur)
    • face non cytosolique (attaché
      partie C- terminale sur un
      phospholipide dans la face non
      cytosolique)
  3. Protéines périphérique
    - protéine soluble qui interagisse avec membrane
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Quels sont les différents rôles du réticulum endoplasmique (RE)?

Que comprends le RE ?

A

RE = réseau de tubules interconnectés s’étendant dans l’ensemble du cytoplasme

Rôles :
a. Régulation du Ca2+
b. Synthèse des lipides cellulaires
c. Synthèse, glycosylation et contrôle de la qualité des protéines

Comprends le :
1) RE rugueux =
- associé à des ribosomes
- début de la voie sécrétoire
- synthèse, glycosylation et contrôle de la qualité des protéines
2) RE lisse =
- métabolisme des lipides
- synthèse du cholestérol et phospholipides
- synthèse hormones stéroïdes
- absorption et transport des lipides
- détoxification

40
Q

Quels sont les 2 types de transport utilisés dans la voie sécrétoire?

A
  1. Adressage de protéines basé sur séquence signal
    –> entrée des protéines du cytosol vers voie endomembranaire (intégration)
  2. Transport vésiculaire
    –> transport de protéines entre les organites
    –> transport des lipides entre les organites
    –> d’autres éléments entre par endocytose
41
Q

Quelle est la nature générale et le rôle des séquences d’adressage?

A

Signaux de tri :
- séquence régulant la localisation des protéines
- importance des charges et aa. hydrophobe (forment les signaux et synthétise protéines hors du cytosol)
- continu ou discontinu (3D)
- généralement N-terminal (mitochondrie et Re) et aussi à l’intérieur de la protéine ou extrémité C-terminale
- protéines synthétisés dans le cytosol = cytosolique (sur ribosome cytosolique)

Signal d’adressage =
- courte séquence d’aa. NP situé à l’extrémité N-terminale de la protéine
- servant à désigner les protéines devant être adressées et indiquer leur destination
- adressage fait au cytosol
- domaine qui permet l’association à la membrane pour permettre aux protéines de ne pas être pris dans le cytosol

42
Q

Quels sont les différents types de glycosylation et leurs rôles?

A
  1. Lié à O (sur OH de sérine et thréonine) :
    - plus rare
    - se produit dans le Golgi
    - 1-4 résidus
  2. Lié à N (sur NH3 de asparagine) :
    - plus fréquent
    - structure complexe
    - débute à partir d’un oligosaccharide préformé
    - sur séquence Asn-X-Ser

Oligosaccharide = structure avec plusieurs types de glucides

43
Q

En quoi consiste la glycosylation lié à N en détail?

A

Synthèse de l’oligosaccharide :
- sur lipide à longue chaîne
- en partie du côté cytosolique
- en partie du côté de la lumière du RE
- synthétisé et stocker à la membrane plasmique

1) Oligosaccharide transféré à une Asn du polypeptide naissant :
- réaction catalysée par l’oligosaccharyl transférase (fait le transfert et l’attache à Asn)
- marque les protéines pour le repliage

2) 2 glucoses externes enlevés = signal de transfert
- entrer dans le système
- indique que l’oligosaccharide est lié à l’Asn et prêt pour le repliement

3) Chapperones (Calnexin, calréticuline):
- reconnaissent oligosaccharides avec un seul glucose (marque les protéines mal repliées)
- Aident au repliement correct des protéines

4) Déglycosylé l’oligosaccharide : -1G (par la glucosidase = enlève le signal donc n’est plus reconnue par les chaperonnes comme étant mal repliée)
–> intervient si protéines sont toujours mal repliée (patch d’aa. NP) malgré les chaperonnes
–> alors il faut refaire la boucle et ajout +1G par Glycosyl transférase

–> Glycosyl transférase ajoute 1 glucose (après avoir reconnue la mal repliée (avec patch d’aa. NP) on ajoute 1G)
–> Glucosidase enlève 1 glucose (enlève le signal donc n’est plus reconnue par les chaperonnes comme étant mal repliée)

44
Q

Que nécessite la synthèse des lipides?

A

Source des AG :
a) Triglycérides importés (dans gouttelettes lipidiques ou utiliser tout de suite)
b) Synthétisé à partir d’acétyl-CoA (citrate)
- Cycle de Krebs : le pyruvate (3C) perd 1C donc acétyl-CoA (2C) + oxaloacetate (4C) = forme le citrate (6C)

45
Q

Quel est le rôle du RE dans la synthèse des AG ?

A

Acide gras synthase (FAS) :
- enzyme multifonctionnelle
- catalyse 6 réactions biochimique
- domaine Acyl carrier protein (ACP)
- synthétise des AG à partir d’acétyl-CoA et malonyl-CoA (on obtient le plamitate 16C)

Synthèse des AG avec le FAS à partir de l’acétyl-CoA et malonyl-CoA :
1. palmytoyl-CoA fait par le FAS est modifié par des enzymes du RE (forme CoA pour être réactif et pouvoir être stocké)
2. RE = élongation de la chaîne de carbone (18-24C)
3. RE = ajouté des liaisons doubles par des désaturases
–> AG sert à accroché au glycérol pour faire le diglycéride des phospholipides

Synthèse des phospholipides sans synthétisé de des nouveaux AG (importé directement de alimentation) :
1. AG ayant des carbones insaturés près de l’extrémité opposée au COOH
2. acides obtenues par l’alimentation (non synthétisé) = acide alpha-linolénique (w3) et acide linoléique (w6)

46
Q

Quel est le rôle du RE dans la synthèse des phospholipides?

A

Les AG préexistants doivent être :
1. transportés à travers le cytosol (exporter)
2. conjugués à un CoA

Phospholipides synthétisés sur la face cytosolique du RE (coté cytosol) :
–> tout l’assemblage des phospholipides se fait à la surface du RE (2AG + glycérol + PO4 + tête polaire)
a. AG ancrés dans le feuillet cytosolique du RE (transport dans gouttelette lipidique)
b. seront ensuite apporté à la surface pour être activés, modifiés par des enzymes pour créé des lipides

Synthèse des sphingolipides : comme phospholipides
- face cytosolique du RE

Synthèse des glycolipides :
- début de la synthèse similaire dans le RE (cytosolique)
- transféré face non cytosolique : lumière du RE (car glycosylé : flippé dans lumière du RE)
- fin de leur synthèse dans lumière du Golgi

47
Q

Quel est le rôle du RE dans la synthèse du cholestérol?

A
  1. Se fait à partir de l’acétyl-CoA (premières étapes dans le cytosol)
  2. stations = enzymes du RE (substrat cytosolic) ciblée par statines (terpènes) : vont agir au début de la synthèse pour bloquer les premières étapes de synthèse du cholestérol pour le diminuer (ne peut plus en produire), vont aussi diminuer la synthèse du Farnesyl (diminution des protéines)
    –> majorité est synthétisé par organisme : veut diminuer le cholestérol grâce aux statines (dépend synthèse par foie)

Cholestérol :
- sert à la fluidité et aux hormones dans le RE (hormones stéroides)
- pas de lien avec AG

48
Q

Quel est le rôle des mitochondries dans la synthèse des lipides?

A

L’acétyl-CoA est synthétisé à partir du pyruvate dans les mitochondries dans le cycle de Krebs.
- pour sortir de la mitochondrie il doit être transformé en citrate pour être transporté
- citrate pourra devenir du cholestérol et AG ensuite
On prend donc l’acétyl-CoA dans la mitochondrie et un complexe protéique va produire des lipides

49
Q

Quelles sont les différentes sources de carbone utilisées pour la synthèse de phospholipides par le RE?

A
  1. Palmitate (palmytoyl-CoA)
  2. Acétyl-CoA (citrate)
  3. Malonyl-CoA
50
Q

Quelles sont les voies métaboliques menant à la synthèse des lipides? (voir le cycle slide #8 cours #3)

A

Besoin d’enzymes régulées pour créer des AG :
- on débute avec l’acétyl-CoA de la mitochondrie qui remplace la pyruvate
- cela mène à du citrate (6C) qui sort de la mitochondrie (car aucun transporteur disponible pour acétyl-CoA)
- au cytosol citrate (6C) se divise en 2 :
1. oxaloacétate revient (4C)
2. l’acétyl-CoA (2C) cytosolique (peut acétyler des protéines ou forme des lipides (AG))
Étape régulée = formation du malonyl-CoA (3C) = ajout d’un CO2
- des enzymes régulées sont nécessaire pour avoir des AG (besoin d’ATP) = enzyme ACC
- on va donc allonger une chaîne d’AG du malonyl-CoA 2C par 2C = chaine paire
- malonyl-CoA devient du palmytoyl-CoA fait par FAS
- RE va modifié palmytoyl-Coa avec enzymes ou le stock

51
Q

Quelle est le rôle des flippases et scramblases dans la synthèse des lipides?

A

Rôles :
- régulent enzymatiquement les feuillets lipidiques suite à leur synthèse dans le RE
- permettent de transférer les phospholipides d’un feuillet à un autre au niveau de la membrane plasmatique et de la membrane du RE afin d’éviter l’accumulation
- asymétrie offre un rôle fonctionnel de signalisation et apoptose

52
Q

Quels sont les rôles du Calcium dans le RE?

A

Rôles dans le RE :
1. stocker le Ca
2. activation des chaperonnes

Ca séquestré (stocker) dans le RE (lisse pour les muscles) et le milieu extracellulaire

Comment est il séquestré? : par des protéines liant le Ca, Ca nécessaire pour leur activité de chaperonne
- Calréticuline (50% du RE) = faible affinité pour le Ca (le libère vite dans le cytosol) mais grande capacité pour le Ca (peut s’associer à beaucoup de Ca)
- Calnexine

53
Q

Quels sont les mécanismes de régulation du Calcium cytosolique?

A

Différents signaux activent l’entrée de Ca dans le cytosol :
–> signaux chimiques (IP3 peut autres, signalisation lipides coupée = phosphatase)
–> signaux électriques (dépolarisation, muscle et neurones)

2 types de canaux dans le RE?
- récepteurs de l’IP3 = signaux chimique de IP3
- récepteurs de la Ryanodine (tissus excitables)

Régulation du Ca :
1. retourné dans le RE contre son gradient (pompe SERCA)
2. envoyé aux mitochondries (MCU), stimule ATP
3. pompé hors de la cellule (éliminé le Ca du cytosol)
4. régulé en pic, si il augmente on s’en débarrasse, on module la fréquence des pics de Ca et non la concentration

54
Q

Quels sont les rôles du Calcium dans le cytosol?

A

Faible concentration de Ca dans le cytosol, majorité dans le RE

Rôles au RE : active voie de signalisation, active différentes enzymes cytosoliques (PKC, calcineurine..)

Rôles = Régulation du Ca (molécule de signalisation) :
1. retourné dans le RE contre son gradient (pompe SERCA)
2. envoyé aux mitochondries (MCU), Ca stimule ATP
3. pompé hors de la cellule (éliminé le Ca du cytosol)
4. régulé en pic, si il augmente on s’en débarrasse, on module la fréquence des pics de Ca et non la concentration

55
Q

Quel est le mécanisme général d’import des protéines dans le RE? (rôles séquence signal, SRP et translocon)

A

RE rugueux est impliqué dans la synthèse des protéines :
- associé aux ribosomes sur la face cytoplasmique
- insertion cotraductionnelle de protéines dans la membrane du RE (en même temps on synthétise et fait transfert)
- besoin d’une séquence signal hydrophobe (SRP cycle reconnait la séquence d’aa. signal = début protéine)

Protéine de reconnaissance du signal (SRP) :
- cycle entre le cytosol et le RE
- s’associe aux ribosomes cytoplasmiques et à son récepteur
- reconnaît différentes séquences signal grâce à une poche contenant plusieurs méthionines

*SRP :
- trouve les protéines destinées au RE (reconnait séquence signal)
- bloque la synthèse de la protéine par le ribosome, en attendant de l’envoyer au bon endroit (traduction ARNm)
- amener le ribosome qui synthétise ces protéines
- SRP reconnait son récepteur et s’y associe
- assoit le ribosome sur complexe sec61 (translocon) = l’ajout d’aa. pousse la chaîne à l’extérieur du ribosome et le translocon vers RE = permettre la translocation des protéines dans RE et poursuivre la synthèse au bon endroit
- É utilisé par ribosome = nécessaire pour transférer protéines au RE (et synthétisé les protéines qui demande de É)

Complexe Sec61 (composante du translocon) :
- sert au transfert des polypeptides à travers la membrane
- forme un pore aqueux normalement fermé = pas de ribosome
- ajout du ribosome sur le pore = cause l’ouverture du pore suivant
- séquence signal attaché au ribosome (protéine se fait synthétisé en même temps) = rentre dans le pore ouvert et commence la synthèse
- SRP amène ribosome au Sec61
- on va remettre les protéines destinées au RE dans RE
- coupe la séquence signal après la synthèse, il reste seulement la protéine (traduction finit)

56
Q

Quels sont les 5 processus d’import des différents types de protéines membranaires?

A

Translocation de protéines = protéines qui part du cytosol et va au RE, ribosome s’assoit sur translocon et pousse protéine à l’intérieur du RE

  1. Translocation de protéines solubles
  2. Translocation de protéine à un domaine transmembranaire
  3. Translocation de protéine à deux domaines transmembranaires
  4. Translocation de protéines à domaines transmembranaires multiples
  5. Protéines ancrées à la membrane par des lipides:
    Ancrage par un GPI

** en plus des types 1-2-3 il y a ces protéines ancrée dans la face cytosolique par la queue = Tail-Anchored proteins = Protéines insérées dans diverses membranes (mitochondrie, RE, preoxysome) par leur extrémité C-terminale hydrophobe

57
Q

Comment fonctionne la translocation de protéines solubles dans la membrane?

A
  1. Translocation de protéines solubles :
    - séquence signal agit comme un signal de début de transfert
    - séquence signal est clivée par une peptidase à un site spécifique (coupe la partie N-terminale)
    - la protéine est relâchée dans la lumière du RE
    - les polypeptides doivent être correctement repliés dans le RE
    Trois étapes:
    1- Glycosylation
    2- Formation de ponts disulfure (PDI)
    3- Repliement de la chaîne peptidique
    *(protéines qui n’atteignent pas leur conformation native sont retournées dans le cytosol pour dégradation)
58
Q

Comment fonctionne la translocation de protéines à un domaine transmembranaire?

A
  1. Translocation de protéines à un domaine transmembranaire :
    - similaire aux protéines solubles (séquence signal N-terminale)
    - séquence d’arrêt de transfert (ajout séquence hydrophobe qui deviendra un domaine transmembranaire)
    - relâchée dans la membrane sous forme d’hélice alpha
    - Type 1 = N-terminale dans RE (+) : possède séquence signal et d’arrêt de transfert (domaine pris dans membrane)
    - Type 2 et Type 3 = séquence signal interne : non coupée et non N-terminale
    - La séquence (hélice alpha) n’est pas clivée mais reste coincé dans membrane
    - L’orientation finale est déterminée par la polarité de la séquence signal
    - Extrémité (-) entre toujours dans le translocon en premier (N-terminale + dans cytosol)
    Pour le type 2 = C-terminale dans RE (+)
    Pour le type 3 = N-terminale dans RE (-) :
    - comme le 2 mais polarité inversée
    - séquence près de l’extrémité N-terminale
59
Q

Comment fonctionnent la translocation de protéines à 2 domaines transmembranaires?

A
  1. Translocation de protéines à 2 domaines transmembranaires:
    -Séquence signal interne (type 2 ou type 3)
    - Type 2 (N-terminal dans le cytosol): canaux ioniques, GLUts
    - Type 3 (N-Terminal dans la lumière du RE) : GPCR
    - Ensuite : Séquence d’arrêt de transfert
    - deux séquences sont insérées dans la membrane sous forme d’hélices alpha
60
Q

Comment fonctionne la translocation de protéines à des domaines transmembranaires multiples?

A
  1. Translocation de protéines à des domaines transmembranaires multiples:
    - combinaison de plusieurs signaux de transfert et d’arrêt de transfert = faire la topologie des types 1-2-3
    - insérés dans la membrane avec le même translocon
    - ex : récepteurs couplés à protéine G
61
Q

Comment fonctionne la translocation de protéines ancrées à la membrane par des lipides?

A
  1. Protéines ancrées à la membrane par des lipides:
    Ancrage par un GPI (glycophosphatidylinositol) :
    - Modifié dans le RE
    - Face non cytosolique (luminale, réaction se fait dans le RE)
62
Q

Quelles sont les modifications post-traductionnelles se produisant dans le RE et leurs rôles?

A

Une modification post-traductionelle (PTM) = la modification chimique covalente d’une protéine, réalisée souvent par une enzyme après sa synthèse (après traduction)

Ces modifications des protéines ont pour rôle:
- la régulation de leur activité
- leur reconnaissance par d’autres molécules ou par les systèmes de dégradation
- leur ancrage sur une membrane
- leur implication dans les voies de signalisation
- leur câblage vers un compartiment cellulaire

–> La PTM est essentielle, surtout dans les voies de signalisation cellulaire.

Cette PTM peut s’effectuer de différentes manières :
- glycosylation sur N
- formation ponts disulfure (collé 2 Cystéine de façon covalente (dans même protéine ou 2 différentes)
- formation d’un ancrage par GPI (modifie les aa. dans la séquence quand elle est formé)
- phosphorylation
- acétylation

63
Q

Quel est le rôle des chaperonnes du RE?

A

Calnexine et Calréticuline = mêmes roles (2 chaperonnes qui se lient au Ca pour le maintenir au RE)
1. reconnaissent oligosaccharides avec 1 G (marque les protéines mal repliées)
2. aident au repliement correct des protéines

Lorsqu’il y a plusieurs protéines mal repliées, la capacité en chaperonnes du RE sera augmenté. S’il y a un excès de chaperonnes, elles vont aller se lier aux protéines (IRE1, PERK, ATF6) et devenir inactive.
Lorsqu’il y a une accumulation de protéine mal replié, les chaperonnes sont libérées et activé

64
Q

Comment fonctionne la glycosylation dans le RE et son rôle dans le repliement des protéines?

A
  1. Lié à O (sur OH de sérine et thréonine)
    - Plus rare
    - Se produit dans Golgi
    - Généralement 1-4 résidus
  2. Lié à N (sur NH3 d’asparagine)
    - Le plus fréquent
    - Structure complexe
    - Débute à partir d’un oligosaccharide
    préformé
    - Sur séquence Asn-X-Ser

La glycosylation liée à N:
1. Oligosaccharide transféré à une Asn du polypeptidique naissant
- Réaction catalysée par l’oligosaccharyl transférase
- Marque les protéines pour le repliage
2. 2 Glucoses seront enlevés (est peut-être un signal de transfert)
Calnexine et calréticuline:
- Chaperonnes reconnaissent oligosaccharides avec un seul glucose (marque les protéines mal repliées)
- Aident au repliement correct des protéines
3. déglycosylé : perd 1G et sera soit repliée correctement ou reprend le cycle pour ajout d’un G

–>Glycosylation transférase ajoute un glucose
–>Glucosidase enlève un glucose

65
Q

En quoi consiste le mécanisme ERAD?

A
  • Les protéines qui ne peuvent pas être repliées correctement sont réexportées dans le cytoplasme pour être dégradées (ERAD)

a) Les protéines qui restent mal repliées ont un oligosaccharide modifié (mannosidase I = coupe le mannose)
b) il sera reconnu par EDEM (mannosidase) et OS-9 (lectine = interragi avec groupements glucidiques)
c) Nature du canal ERAD - Sec61 vs Hrd1 = transporteur vers le cytosol
d) Nécessite p97 (AAA-ATPase)
e) Protéines déglycosylées dans le cytosol
f) Protéines ubiquitinées et dégradées par le protéasome

Résumé : EDEM va couper la protéine trop longtemps présente dans le RE (par mannosidase elle enlève des groupements glucidiques), OS-9 (lectine) va reconnaître la nouvelle structure rapportant des récepteurs qui vont ramener la protéine déglycosylées dans le cytosol pour être dégradée

66
Q

Qu’est-ce que le mécanisme général de réponse aux protéines non repliées du RE?

A

–> Expulsé dans le cytosol pour être dégradée
–> Permet d’augmenter la capacité en chaperonnes du RE et inhibe la synthèse générale de protéines

Résumé quand il y a trop de protéines mal repliées en même temps :
- 3 protéines de signalisation font la même fonction (détecter mal repliées)
- 3 sont associée à une chaperonne maintenue inactive
- si trop de protéines sont mal repliées les chaperonnes laisse aller les 3 protéines pour qu’elles deviennent activent et puissent diminuer la synthèse des protéines et augmenter le nombre de chaperonnes du RE

67
Q

Quelle est la nature de l’ubiquitine et ses rôles?

A

Ubiquitine = petite protéine de 76 acides aminés qui dirige les protéines vers une voie de dégradation, s’ajoute sur la lysine d’une protéine

Les réactions d’ubiquitination =
- une modification covalente post-traductionnelle des protéines
- changent les propriétés des protéines cibles et leur destin

Elle utilise 3 séries d’enzymes:
-E1 (active E2)
-E2 (sert de liaison vers la E3)
-E3 (spécifique pour un petit nombre de substrats) = détermine la protéine qui est ubiquitiné

68
Q

Comment fonctionne le processus d’ubiquitination?

A
  • protéine mal repliée dans le RE va être rétrotransloqué dans le cytosol, puis ubiquitiné sur la lysine 48 (chaîne d’ubiquitine) pour dire au protéasome d’être dégradé
69
Q

Quelle est la fonction du protéasome?

A

Complexe servant à la dégradation des protéines
- dans le cytosol (on a détecter que le mannose était parti)
- cylindre creux où les substrats sont dégradés
- substrats marqués par ubiquitination = signal toujours sur lysine

70
Q

Quels sont les rôles du transport vésiculaire?

A

Rôles :
- Permettre un transport de protéines entre les organites
- Permettre un transport des lipides entre les organites

Transport antérograde à partir du Golgi : manteau de clathrine
- 3 sous-unités larges, 3 petites sous-unités
- Forme en triskèle (cage autour de la vésicule)
- Assemblé pour former une structure polyédrale
- Protéines adaptatrices spécifiques pour le cargo (font lien entre vésicule et cargo)
- Récepteur pour le cargo

71
Q

Quelles composantes sont requises pour la formation d’une vésicule de transport et sa fusion avec sa membrane cible ? Et quelles sont leurs rôles?

A

Besoin de :
a) spécificité de la membrane et du cargo (vésicule doit être fonctionnelle et au bon endroit)

b) un mécanisme de reconnaissance du cargo
- basé sur séquences d’adressage et récepteurs des séquences
- besoin d’une séquence signal pour retenir une protéine à un endroit précis donc non sécrétée
- cargo transmembranaire = séquence dans portion cytosolique de la protéine (ex : KKXX dans RE)
- cargo soluble = récepteur membranaire reconnaît la séquence (ex : KDEL dans RE reconnu par KDEL du cis-Golgi / mannose-6-P dans trans-Golgi qui mène les protéines ayant motif de glycosylation vers lysosomes)

c) un mécanisme de reconnaissance de la membrane de départ et celle d’arrivée (envoyé le bon cargo au bon endroit)

d) un manteau spécifique à chaque type de vésicule = un ensemble protéique qui permet la déformation de la membrane pour éventuellement former la vésicule

e) protéines adaptatrices et de régulation distinctes selon le type de vésicule
- permettent de reconnaître le cargo
- pour formation des vésicules à clathrine : besoin de GTPases = Dynamine

Composantes en soit = cargo + protéines adaptatrices + GTPase + manteau

72
Q

Quel type de manteau est associé à chaque type de vésicule de transport?

A
  1. COPII
    - transport antérograde du RE vers Cis-Golgi (vers l’avant)
  2. COPI
    - transport rétrograde du Golgi vers RE et entre membranes du Golgi (vers l’arrière)
  3. Clathrine
    - transport antérograde du réseau trans-Golgi vers lysosomes, transport de membrane plasmique vers endosomes/lysosomes
73
Q

Quelles sont les étapes de formation d’une vésicule de transport (inclusion de cargo spécifique)?

A
  1. Association du cargo (reconnaît le contenue)
  2. Assemblage du manteau et déformation de la membrane (protéines couvrent la vésicule pour aider à la créer)
  3. Scission de la membrane (coupe pour créer la vésicule)
  4. Perte du manteau (vésicule libérée, encore couverte de protéines donc on veut lui retirer le manteau pour qu’elle puisse fusionner avec sa membrane cible)

Formation de vésicule à clathrine:
- Récepteurs reconnaissent les protéines à incorporer dans la vésicule (signal de tri)
–> Adaptateurs reconnaissent récepteurs et clathrine :
a) AP1 : Golgi vers endosomes
b) AP2 : membrane plasmique vers endosomes
c) AP3
d) GGA

Dynamine = GTPases avec domaine de liaison au PI
- mécano-enzyme nécessaire pour scission de la vésicule (coupe) = termine la formation de la vésicule à clathrine
- hydrolyse de GTP = effectue son travail de constriction (s’enroule et s’assemble en oligomères)
- interagit avec protéines affectant la courbure de la membrane

74
Q

Quelles sont les étapes menant à la fusion d’une vésicule de transport avec sa membrane cible?

A

Besoin de :
- présence de protéines Rab (GTPases de signalisation, indique la membrane de départ)
- SNARES complémentaires dans les 2 membranes (permet la spécificité)

Rôle SNARE :
1. nécessaire pour fusion entre 2 membranes
2. spécifiques pour une membrane
3. v-SNARES = vésicules / t-SNARES = membrane cible
4. forment un complexe (trans-SNARE) qui stimule la fusion des 2 membranes

Dernière étape = dissociation du complexe trans-SNARE
- complexe v-SNARE/t-SNARE très stable
- besoin d’É pour briser le complexe et recycler les SNARES
- É vient de l’hydrolyse de l’ATP par NSF

75
Q

Comment fonctionne les GTPases/Sar1 et quels sont ses rôles?

A

GTPases :
- forme un couche de régulation à l’aide de GAP et GEF
- régule aussi la courbure de la membrane
1. hydrolyse le GTP = s’auto-inactive = lié au GDP
–> GAP augmente l’inactivation et l’hydrolyse du GTP
2. s’associe au GTP = actif
–> GEF augmente l’activation, aide à ajouter le GTP

Forme GTP = assemblage du manteau (surface du RE, GTPases active forme le manteau)
Forme GDP = désassemblage du manteau

Sar1-GDP = GTPases inactive
Sar1-GTP = GTPases active, régule la formation du manteau
Sar1-GEF = active GTPase (Sar1) et change sa conformation

Essentiel pour assembler le manteau de COPII :
Sec24 : reconnaît le cargo : s’associe au récepteur
Sec23 : reconnaît la forme active et stimule son activation(Sar1-GTP), attend que Sec24 ai reconnu le cargo
–> permet de s’assurer qu’on a la formation de la vésicule à l’endroit où il y a le cargo à transporter

Essentiel pour désassembler le manteau :
Sec23 : protéine qui active Sar1 et déstabilise le manteau (désassemble) en augmentant l’hydrolyse de GTP = on le lie à GDP, sert de GAP pour Sar1

76
Q

Comment fonctionne les protéines Rab et quels sont ses rôles?

A

Protéines Rab :
- famille de GTPases
- régulent la spécificité du transport vésiculaire (Rab diff. pour chaque membrane et vésicule particulière)
- ancrage isoprénoïde qui permet l’ancrage à une membrane
- liaison au GTP = cause activation de Rab

Régulation :
- Rab-GDP = dissociation de l’inhibiteur (GDI) associé à Rab-GDP dans le cytosol = inactif
- Rab-GTP = actif = association à la membrane (GEF)
- Rab-GTP associé à des effecteurs de Rab

Rôles effecteurs de Rab :
–> coordonnent tout après la formation des vésicules
1. Sélection du cargo et formation de vésicule
2. Transport vésicule
3. Association de la vésicule avec membrane cible
4. Fusion de vésicule avec membrane cible

77
Q

Quelles sont les différences fonctionnelles entre les GTPases de type Arf/Sar1 et les protéines Rab?

A

Même domaine : assemble manteau
–> Arf = permet d’assembler le manteau et formé vésicule pour COPI et chlatrine
–> Sar1 = permet d’assembler le manteau et formé vésicule pour COPII

Autre domaine : fusion et spécificité
Protéines Rab = régulent la spécificité du transport vésiculaire et fait la fusion des vésicules

78
Q

Quels sont les rôles du transport rétrograde et du transport antérograde?

A

Antérograde (vers l’avant) :
Transport entre RE vers cis-Golgi
- Les protéines destinées au Golgi, lysosomes et membrane plasmique doivent passer du RE au Golgi
- Les protéines résidant dans le RE doivent rester dans le RE
–> Vésicules COPII:
- Seules les protéines repliées correctement passent dans l’appareil de Golgi
- Spécificité pour le cargo
- Cargo transmembranaire = portion cytosolique
- Cargo soluble = récepteurs transmembranaires
–> Sortie du RE :
- Vésicules COPII perdent leur manteau
- Déplacement le long des microtubules
- Fusion des vésicules avec cis-Golgi ou formation de réseau cis-Golgi
–> Transport antérograde à partir du Golgi = manteau de clathrine

Rétrograde (vers l’arrière) :
Transport des protéines résidantes dans le RE
- Parfois elles sont inclues dans les vésicules COPII donc elles doivent revenir dans le RE
- Nécessité de recycler membranes, récepteurs et v-SNARES
- Retournées dans le RE par vésicules COPI à partir du faisceau vésiculaire tubulaire et de l’appareil de Golgi
–> Signal de rétention dans le RE (extrémité c-terminale) : retient les protéines au RE
a) Protéines transmembranaires = KKXX (Lys-Lys) et COPI reconnaît les protéines ayant la séquence KKXX et permet de les retournées au RE
b) Protéines solubles:
- KDEL et COPI ne reconnaît pas directement KDEL parce qu’il y a une membrane qui l’en empêche
- Récepteur transmembranaire
- Plus grande affinité pour KDEL dans le Golgi (s’associe) que dans RE (se dissocie)
- Si KDEL ne marche plus alors les protéines solubles ne seront pas toutes retournées au RE
c) Protéines nécessaires au transport aussi recyclées (exemples: SNAREs) (Mutants COPI chez la levure - les deux systèmes de transports intimement liés)

79
Q

Quels sont les rôles de l’appareil de Golgi?

A
  1. lieu de transit et de réservoir pour les protéines et les lipides du RE
  2. modification post-traductionnelles des protéines issues du RE (glycosylation, phosphorylation
    et sulfatation) pour rendre fonctionnelles ces protéines
  3. maturation et stockage des produits synthétisé (protéines, lipides) par le RE
  4. transport des produits (protéines, lipides) vers leur destination
80
Q

Quelle est la structure de l’appareil de Golgi?

A

La structure de l’appareil de Golgi:
- Formé d’un empilement de vésicules aplaties (avec leur cargo)
- Face cis: arrivée des vésicules avec leur cargo
- Face trans: départ des vésicules vers membrane plasmique, trie protéines vers destination finale
- Réseaux cis-golgien et trans-golgien = réseaux de canalicules
- structure dynamique maintenue par transport sur microtubules

81
Q

Comment fonctionne le processus de maturation des citernes?

A

Mature en passant par cis-Golgien vers trans-Golgien
- citerne se déplacent et non les protéines à l’intérieur

Les enzymes vont être en rétrogradent : la nature (enzymes résidentes) de chaque citerne est maintenue par transport rétrograde (COPI)
–> Les enzymes résidentes qui servent à la maturation retournent en arrière pour modifier les protéines de la citerne suivante.

82
Q

Comment fonctionne la maturation des protéines dans le Golgi?

A

L’appareil de Golgi = un site de glycosylation et de tri des protéines de la voie sécrétoire.
–>Les différentes étapes de glycosylation qui se produisent dans l’appareil de Golgi sont compartimentée (structures ont diff. enzymes pour effectués les diff. modifications)

Glycolysation dans l’appareil de Golgi:
- N-glycosylation initiée dans le RE
- Modification dans l’appareil de Golgi : change propriété des protéines
- Deuxième type de glycosylation spécifique pour l’appareil de Golgi = O-glycosylation (sur groupement OH d’une sérine ou thréonine)

Rôle de la glycosylation:
1. Repliement des protéines (dans RE)
2. Tri des protéines
3. Altère les propriétés des protéines (ex: sensibilité protéases)
4. Interactions entre les cellules et la matrice extracellulaire

Autre étape de la maturation :
- protéolyse (modifié dans Golgi) ex: insuline
- Retrait de la séquence signal
- Maturation et activation
- Dans vésicules post-Golgi, lysosome ou extracellulaire

83
Q

Quels sont les différents types d’exocytose et leurs rôles?

A

Exocytose = transport entre réseau trans-Golgien et membrane plasmique

  1. Voie constitutive: protéines transportées à la membrane par défaut
    - vésicule fusionne avec membrane plasmique
    - non régulée
  2. Voie contrôlée: généralement présent dans des cellules spécialisées
    - signal de tri
    - attend un signal pour fusionner avec la membrane plasmique
    - régulée
84
Q

Comment fonctionne la régulation de la voie de sécrétion régulée?

A

Cargo concentré dans les vésicules :
1. Agrégation des protéines
2. Retrait d’une partie de la membrane des vésicules (vésicules à clathrine)
3. Maturation (clivage protéolytique)

Régulée pcq : Signal nécessaire pour faire la fusion avec la membrane plasmique (calcium)
- Sécrétion activée par un signal extracellulaire = active la fusion
- Une voie régulée par une Rab et une voie dépendante du Ca2+

plusieurs signaux différents permettent la fusion :
- ex: récepteur de l’insuline [transporte glucose dans vésicule] : si signal = stimule le glucose vs pas signal = glucose intracellulaire
- ex: Potentiel d’action = neurones, entrée de calcium
- ex: entrée du Ca2+ = changement de conformation dans synaptotagmine = stimule fusion

85
Q

Quelle est la structure et fonction des différents types d’endosomes et lysosomes?

A
  1. Endosome précoce
    - matériel en provenance de la membrane plasmique (pH neutre)
    - premier endosome (endocytose les choses extracellulaire et rentre dans cellule)
    - matériel venant de lui sera remis à la surface (endosome de recyclage) ou continuer vers lysosomes pour être dégradé (sera acidifié + ajout de protéines)
  2. Endosome tardif
    - pH 6 (ATPase H+ vacuolaire)
    - présence d’hydrolases acides venant du Golgi
    - après que le matériel arrive dans le tardif :
    –> soit le tardif va maturer vers les lysosomes (reçoit nouvelles protéines)
    –> endosome fusionne avec lysosome et devient un endolysosome
  3. Endosome de recyclage
    - protéines retournant à la membrane plasmique
    - permettre de prendre le matériel des endosomes précoces et les retourne à la membrane plasmique
  4. Lysosomes
    –> vésicules acides permettant la dégradation des molécules intracellulaires [par autophagie : matériel venant du cytosol] et extracellulaires [par endocytose : matériel venant de extérieur]
    –> contient des hydrolases avec pH acide (permet d’éviter d’avoir des enzymes au mauvais endroit) : dégrade chaque type de macromolécules = PPLGNS
    - protéase
    - phosphatase
    - lipase
    - glycosidase
    - nucléase
    - sulfatase
    –> contient protéines hautement glycosylées dans sa membrane = glycosylation prévient dégradation = maintient un bas pH interne
    –> pour fonctionner dans environnement acide utilise :
    - pompe à protons (ATPase vacuolaire)
    - divers transporteurs
    - site de régulation de voies de signalisation
    –> rupture de membrane = mort cellulaire
86
Q

Quelle est la relation entre les différents types d’endosomes et lysosomes?

A

Ils font partie du système endomembranaire continue = un système complexe de vésicules dont la structure et fonction sont reliées (qui va du - acide au + acide)
–> endosome précoce
–> endosome tardif
–> endosome de recyclage
–> lysosomes

Système continue : de la membrane plasmique vers lysosome final le matériel à dégradé et membranes suivent jusqu’à la fin, les protéines associées servant à la maturation vont changées (mais pas le matériel)
- maturation des vésicules se fait par ajout et retrait de composantes fonctionnelles et fusion avec lysosomes primaires

Processus entre eux : à partir de l’endosome précoce on prend du matériel de l’extérieur de la cellule qu’on va endocyté (rentré dans cellule) et l’envoyé aux lysosomes pour être dégradé et utilisé les molécules
- endocytose
- autophagie
- transport vésiculaire
- exocytose

Les protéines et Rab sont spécifique à chaque stade.

87
Q

Comment se forme les nouveaux lysosomes et endosomes (import des protéines fonctionnelles)?

A
  1. Lysosomes
    A) synthèse régulée au niveau transcriptionnel
    - régulé par facteur de transcription (TFEB) activé en réponse à un besoin de dégradation accru comme :
    –> manque d’éléments nutritifs
    –> inhibition de fonction des lysosomes

B) protéines fonctionnelles des lysosomes (hydrolases, protéines membranaires) : synthétisées dans RE et envoyées aux lysosomes à partir du trans-Golgi
–> protéines membranaires destinées aux lysosomes :
1) ont une séquence spécifique du côté cytosolique
2) séquence reconnue par des protéines adaptatrices (AP1, GGA)
3) création de vésicule de transport qui va livrer le cargo = protéines fonctionnelles vers lysosomes sans être dégradées
–> vésicules AP1-Clathrine et GGA-Clathrine fusionnent avec endosome tardif

C) protéines adaptatrices et récepteurs du cargo = clathrine
- récepteurs (AP1, AP2, AP3, GGA) reconnaissent les protéines à incorporer dans la vésicule
- adaptateurs reconnaissent récepteurs et clathrine

  1. Endosomes tardif : lié à la formation des nouveaux lysosomes
  2. Endosome précoce : formé à partir de invagination de membrane plasmique et se rend dans endosome précoce, membrane lipidique et protéines viennent de la membrane plasmique
    - protéines membranaire arrive de membrane plasmique et Rab s’associe,
    - contient matériel extracellulaire
88
Q

Comment est-ce que le matériel fonctionnel se rend aux lysosomes? Création de nouveaux lysosomes?

A

Signal de tri pour protéines lysosomales solubles = mannose-6-phosphate
- indique que les hydrolases acides sont destinées au lysosomes
Modification sur hydrolases acides : ajout d’un M6P
a) GIcNAc phosphotransférase reconnaît un groupe d’aa. à la surface des hydrolases et ajoute un UDP-GIcNAc sur oligosaccharide (+2G)
b) GIcNAc enlevé dans le réseau trans-Golgien par une deuxième enzyme
c) Reconnu par le récepteur du mannose-6-phosphate

Récepteur du M6P :
- Reconnaît M6P dans le réseau trans-Golgi et permet le transport des hydrolases solubles vers les endosomes tardifs par une vésicule à manteau de clathrine
- Dissociation du récepteur des protéines contenant un M6P dans les endosomes :
–>M6PR se lie au M6P à pH 6,5-6,7 et se dissocie à pH plus acide
–> Phosphate enlevé du cargo dans les endosomes tardifs (pour pas que M6P puisse retourner à son récepteur, on coince la protéine au lysosome)
- Les hydrolases sont ensuite clivées pour être activées (pro-enzymes) : coupées par protéase pour être activée et faire son travail au lysosome
- une partie du récepteur se retrouve à la surface de la cellule où il peut récupérer les enzymes lysosomales qui s’y seraient échappé (et autres ligands)
- Le M6PRécepteur doit être recyclé vers le Golgi = Transport rétrograde à l’aide de vésicules spécifiques (rétromère = vésicule qui part de endosome tardif pour ramener des choses vers Golgi comme M6P, différente structure)

Résumé :
a) hydrolases arrive au Golgi
b) sont reconnue par récepteur d’hydrolase
c) sont emballée dans clathrine
d) perd leur manteau clathrine

89
Q

Quels sont les 2 mécanismes généraux permettant la livraison de matériel à dégrader aux lysosomes?

A
  1. Matériel extracellulaire endocyté incluant = Endocytose
    - récepteur endocyté suite à leur activation
    - endocytose par l’intermédiaire d’un récepteur (ex LDL)
  2. Matériel intracellulaire livré au lysosomes par autophagie = Autophagie
    - microautophagie
    - macroautophagie
    - autophagie médiée par chaperonnes
90
Q

Quels sont les types d’endocytose?

A
  1. Phagocytose
    - endocytose de chose plus grosse (grosse vésicule : bactéries, cellules)
    - cellules spécialisée (macrophage)
  2. Pinocytose
    - endocytose de molécule plus petite
    - non-spécifique, endocytose aléatoire de milieu extracellulaire (les cellules font toutes toujours)
    - non contrôlée
  3. Endocytose dépendant d’un récepteur
    - endocytose de molécules spécifiques
    - besoin de présence d’un récepteur pour ces molécules
    - contrôlée
91
Q

Comment fonctionne le mécanisme d’endocytose par l’intermédiaire d’un récepteur?

A

Rôles :
- endocytose de macromolécules spécifiques
- régulation de récepteurs de signalisation cellulaire

Comment :
1) présence d’une séquence spécifique dans portion cytosolique du récepteur
2) séquence du récepteur reconnue par des protéines adaptatrice (AP2)
3) formation du manteau de clathrine

Exemple :
- récepteur du LDL
- récepteur transférine
- récepteurs couplés aux protéines G

92
Q

Comment fonctionne le mécanisme de tri du cargo endocyté et de son récepteur?

A

Les molécules endocytées se séparent de leur récepteur à pH acide : dans endosome précoce
* chaque type de récepteur ont des particularités (séquence, protéines adaptatrices) mais mène tous à formation de vésicules clathrine et internalisation, sera ensuite dégradé ou remis à la surface selon la nature du récepteur

Récepteur =
a) récepteur recyclé à membrane plasmique (récepteur LDL : vésicule transport des lipides)
- à l’aide d’endosome de recyclage qui fusionnent avec membrane plasmique (renvoie le LDL pour réutiliser)
–> cargo recyclé = transférine
- fer essentiel mais peut devenir toxique : on doit le contrôler en le liant à transférine dans le sang
- transport du fer contrôler : si besoin de fer =
1) exprime son récepteur à la surface de la cellule
2) s’associe à transférine
3) complexe fer-transférine reconnue par récepteur à surface et permet endocytose de transférine associé au fer
4) fer est dissocié de transférine
5) récepteur et transférine sont recyclés à la surface de cellule

b) certains récepteur sont dégradés dans lysosomes
- cargo dégradé dans lysosomes (LDL)
–> récepteur de EGF = cellule reçoit un signal qu’on veut limiter, pas remis en surface
- EGF actif : dicte aux cellules leur fonction, va être ubiquitiné et dégradé (signalisation)

Dégradation des molécules membranaires : endocytose du récepteur
- protéines membranaires résidentes des lysosomes sont protégées des hydrolases par la glycosylation = non dégradées
–> protéines membranaires dégradées : doivent être internalisées (mettre dans endosome)
1) vésicules intra-endosomales : régulé par mono-ubiquitination, contrôlé par complexe ESCRT
2) vésicule intra-endosomales et contenu = dégradés dans lysosomes
3) composantes des molécules dégradées (aa.) = exportés du lysosome pour être réutilisées (protéines de transport)

93
Q

Quels sont les rôles de l’autophagie?

A

C’est un mécanisme catabolique permettant la dégradation et recyclage des composantes intracellulaire :
a. dégradation de molécules et organites endommagées
b. dégradation de protéines à longue durée de vie
c. dégradation de molécules et organites inutiles
d. recyclage de nutriments
e. métabolisme des lipides
f. rôle dans réponse immunitaire = reconnaissance et dégradation de pathogènes intracellulaires

94
Q

Quels sont les types d’autophagie?

A
  1. Microautophagie
    - moins connue
    - comme une endocytose à partir de la membrane du lysosome
  2. Autophagie médiée par chaperonnes (CMA)
    - dégrade spécifiquement certaines protéines à longue durée de vie
    - présence d’une séquence de dégradation spécifique (KFERQ)
    - séquence reconnue par chaperonne (HSC70) qui livre protéine à être dégradée à un pore protéique à la surface du lysosome
  3. Macroautophagie
    - plus étudiée (levure)
    - activée par manque d’éléments nutritifs (aa.)
    - dégrade aussi les composantes cellulaires endommagées ou inutiles (sélectif ou non)
95
Q

Quel est le rôle et la régulation des 2 types de macroautophagie?

A

Régulation : matériel qui doit être dégradé est emballé dans un autophagosome
- vésicule à double membrane
- fusionne ensuite avec un lysosome
- dépend de 3 complexes
Source des membranes = RE, mitochondrie, membrane plasmique

  1. Autophagie induite par un manque de nutriments (SI)
    - activé quand manque de nutriments (aa.)
    - incorporation de matériel cytoplasmique de façon non-sélective
    - permet de maintenir la viabilité lorsque les nutriments sont présents en quantités limitées
    - nécessaire pour la survie à la naissance (régulation des nutriments)
    - implique dans cancer
    - voie de signalisation active la formation d’un autophagosome
    - non sélective
    Protéines mTOR : balance entre synthèse et dégradation
    Rôles actif = stimule la croissance cellulaire et la synthèse des protéines
    Besoin de : acides aminés, énergie (ATP) et signaux de croissance (insuline, IGF)
    Rôles inactif = stimule l’autophagie qui permet de recycler les acides aminés nécessaires
  2. Autophagie sélective
    - sélection de cargo spécifique (récepteur spécifique)
    - dégradation de composantes cellulaires endommagées ou inutiles
    - cargo ubiquitiné et reconnu par protéines adaptatrices : dégrade matériel particulier
    - molécules adaptatrices recrutent ensuite la machinerie autophagique
    - impliqué dans maladies neurodégénératives (accumulation de matériel non digéré cause problème dans fonctionnement des neurones)
96
Q

Qu’est-ce que l’exocytose lysosomale et ses rôles?

A

Quoi : exocytose du contenue d’un lysosome ou d’un vésicule apparentée

Rôles :
1. Sécrétion
- réponse immunitaire
- dégradation des os (régulation Ca dans sang)
- fertilisation
2. Remodelage des membranes
- réparation de la membrane plasmique (fusion lysosome)
- phagocytose (macrophage)
- croissance neuritique (neurones)

[pas important] 3. Maladies neurodégénératives : pourrait propager agrégats de protéines et endommagé les neurones