Examen 1 Flashcards
1
Q
Définir le terme écologie
A
comprendre les différents degrés d’organisation du monde vivant ainsi que les interactions existant entre les divers organismes vivants entre eux et avec leur environnement
2
Q
l’écologue englobe trois types de sciences fondamentales, lesquelles?
On peut alors affirmer que l’écologie est une science _____?
A
biologie, chimie, physique
intrégrative
3
Q
l’écologie est un notion très simple, vrai ou faux
A
faux
4
Q
Synonyme de écophysiologie
A
autoécologie
5
Q
Définir autoécologie aussi appelé écophysiologie
Donner des exemples
A
une espèce vivant avec son environnement
capacités de survie et de résistance, habitudes alimentaire, conditions de subsistance
Effet des facteurs écologiques sur l’espèce
6
Q
Donner un synonyme de dynamique des populations
A
démoécologie
7
Q
Définir démoécologie aussi appelé dynamique des populations
A
étude de l’évolution et de la structure des populations dans l’espace et dans le temps
Les facteurs qui déterminent cette évolution sont aussi étudiés
8
Q
Définir synécologie
A
étude des rapports entre les diverses espèces d’une même ensemble
C’est l’étude des écosystèmes
9
Q
Définir biocénose
A
synonyme de communauté
Totalité des êtres vivants présents dans un écosystème donné
10
Q
Mettre en ordre croissant de grandeur ces mots: biocénose, population, paysage, individu, écosystème, cellule, écosphère, éconosphère, biosphère
A
cellule individu population biocénose écosystème paysage biosphère éconosphère écosphère
11
Q
Définir biodiversité
A
richesse des espèces vivantes qui peuplent la biosphère dans son ensemble ou dans un écosystème en particulier
12
Q
Définir biosphère
A
région de la planète dans laquelle la vie est possible en permanence et qui renferme l’ensemble des êtres vivants (lithosphère, hydrosphère, atmosphère)
13
Q
Définir biotope
A
Composante d’un écosystème constitué par ses dimensions physico-chimiques et spatiales
Concerne une communauté/biocénose
14
Q
Définir chaine alimentaire
A
chaine trophique
relation trophiques qui unissent les organismes de niveaux trophique différent à l’intérieur d’une même communauté
15
Q
définir cycles biogéochimiques
A
processus qui caractérise la transformation de la matière et la circulation des éléments dans les écosystèmes et entre les divers compartiments de la biosphère
16
Q
Définir écosystème
Donner des exemples
A
unité écologique de base à laquelle peuvent se réduire les systèmes écologiques complexes.
Unité structurale et fonctionnelle en laquelle on peut subdiviser la biosphère tout entière
Biotope + communauté (plusieurs populations)
estomac, lac, forêt
17
Q
Définir facteurs abiotiques
donner des exemples
A
facteurs de nature physico-chimique (indépendants des êtres vivants)
paramètres non biologiques
température
hygrométrie
18
Q
Définir facteurs biotiques
donner des exemples
A
Ensemble des facteurs écologiques liés aux êtres vivants
prédation, compétition, parasitisme, mutualisme
19
Q
Définir habitat
A
entité écologique =/ biotope
Correspond au lieu où vit l’espèce et à son environnement immédiat à la fois biotique et abiotique
Concerne une espèce ou sa population
20
Q
Définir niche écologique
A
ensemble des paramètres qui caractérise les exigences écologiques (climatique, alimentaire, reproductive)
propres à une espèce vivante
Représente la fonction d’une espèce dans un écosystème, sa profession
une espèce = une niche
21
Q
Définir pollution
Décrire ce qui peut être affecté
A
modification défavorable du milieu naturel causée directement ou indirectement par l’action humaine en causant des altérations de divers types
répartition des flux d’énergie, niveaux de radiation, constitution physico-chimique de l’environnement, abondance des espèces vivantes
22
Q
Définir population
A
ensemble des individus appartenant à une même fraction de biotope et qui échangent librement entre eux leurs gènes dans les processus reproductifs
23
Q
l’énergie est perdu sous forme de :
Ce qui signifie une augmentation de _____
A
chaleur
l’entropie
24
Q
Écrire l’équation définissant la production de la matière organique
A
CO2 + 2H2A + énergie –> (CH2O) + H2O + A2
25
Source la plus évidente d'énergie
soleil pour les autotrophes
26
Autre type de source d'énergie
chimiosynthèse:
| oxydation - réduction de composés
27
Qu'est ce qui crée un flux d'énergie et de matière
la chaine alimentaire aussi appelée chaine trophique
28
Objectifs de l'écologie microbienne (3)
mettre en lumière la biodiversité des mo présents dans toute la biosphère
déterminer comment les différents mo interagissent entre eux et avec les autres organismes vivants dans différents écosystèmes (biotiques et abiotiques)
Mesurer l'activité des mo dans leur microenvironnement
29
La microbiologie de l'environnement est comme l'écologie microbienne, vrai ou faux
FAUX
30
Définir microbiologie de l'environnement
ne s'intéresser pas directement aux mo comme tels ni à leur place dans leur microenvironnement
Plus au processus microbiens globaux pour l'utilisation de ceux-ci pour le développement humain
31
La Terre primitive avait quel type de roches à sa surface
sédimentaires
32
Que signifie la présence de roches sédimentaires
la présence d'eau liquide (car on a besoin de sédiments pour faire de l'eau liquide)
eau liquide = vie possible
33
L'atmosphère contenait des gaz ______
| Exemples?
non oxydants
H2O, CH4, CO2, NH3, H2, CO, H2, HCN, H2S, FeS
Pas d'oxygène, oxygène absorbés par les autres éléments pour réagir
34
Que contenant les océans en gaz, ions et métaux
H2S, Fe2+, métaux lourds
35
l'apparition de la vie correspond à mette de l'ordre dans le désordre, vrai ou faux
explication
vrai
| création de molécules complexes (diminution de l'entropie pour former des éléments plus complexes
36
Au début de la Terre, quelles étaient les source d'énergie (la plus dominante?)
UV (plus dominante)
chaleur
éclairs
radioactivité
37
Pourquoi les UV étaient en grande quantité?
Puisqu'il n'avait pas de O2 donc pas de couche d'ozone donc pas de protection contre les UV
38
Description de l'expérience de Miller pour expliquer la terre primitive
```
ballon avec de l'eau
É = éclairs électriques
Condensation des molécules organiques
vont dans la chambre
synthèse d'AA (22)
```
Des chercheurs vont faire d'autres variantes pour obtenir de l'acide nucléique et des polymères
39
Décrire un environnement qui fait partie d'un des scénarios pour expliquer l'apparition des molécules organiques pour la formation de la vie
Environnement Fer/soufre
Description:
surfaces minérales offrant un environnement avec diffusion limitée (pas de perte des molécules organiques)
Surfaces hydrophobes permettant la concentration des composés organiques
FeS et NiS peuvent provoquer la formation de ponts C-C (catalyseur à la base des molécules organiques)
FeS + H2S = FeS2 + H2 + énergie (H2 = donneur d'électron)
40
Donner un autre site pour l'apparition de la vie et décrire
argile
| capacité d'autocalyser sa formation
41
Ce qu'on tire des différents scénarios décrivant l'apparition des molécules organiques
soupe organique
| la vie peut provenir d'un assemblage de molécules qui viennent de plusieurs endroits
42
Le vie proviendrait de l'ADN? vrai faux?
faux, de l'ARN
43
Pk l'ARN sera à l'origine de la vie
thermorésistant
peur s'autorépliquer
activité catalytique (ribozyme)
44
l'ARN pourrait provenir de quel environnement?
Fer soufre
45
Pourquoi on stipule que l'ARN est thermorésistant, mais qu'ajd il ne dure pas plus que quelques minutes
Aujourd'hui, il y a des bactéries qui ont ARNase pour dégrader
46
Description des premières cellules
Dans environnement Fer/soufre hydrophobe des fonds marins
(pk? surfaces catalytiques, force hydrodynamiques, milieu alcalin)
Assemblage en micelle des acides gras (vésicules membranaires)
Auraient absorber les premiers ARN
éventuellement --> protéines
puis ADN --> ARNm
47
En quoi l'encapsulation est avantageux?
protection
| rétention et concentration de composés et de macromolécules
48
que signifie photosynthèse anoxigénique
production de matière organique sans rejet d'O2
49
première vie cellulaire?
stomatolites composés de bactéries phototrophes filamenteuses anoxigéniques
Nouvelle théorie sur l'origine de l'ARN, AA, lipides : proviendrait du HCN
50
Autre théorie qui pourrait expliquer la première forme de vie
Explication
Panspermie
La vie venu d'ailleurs (Mars, ALH84001)
On a trouvé des bactéries sur une roche
extrêmophiles
Mais ça explique pas comment ça été créer ailleurs
51
Décrire une nouvelle forme de vie
avec arsenate
similaire à phosphate
découverte de bactéries avec accumulation de ++ arséniate
52
Description de la production primitive d'énergie:
accepteur d'électrons, donneur d'électrons, but,
reliés à quelle types de bactéries
```
accepteur : soufre (S^0)
donneur: H
production d'ATP
(FeS + H2S --> FeS2 +H2)
(2 H2O + S^0 --> H2S + 2OH-)
chimio-organotrophe, chimiolitotrophe, phototrophes
```
Réaction de FeS avec H2S
à la surface des océans par la réaction des ions ferriques (Fe2+) avec H+ grâce au UV
H2S: source d'énergie
53
Comment était créé le carbone?
de façon abiotique dans le monde Fe, S
CO2
découverte de roches avec isotopes légers du carbone = signe de processus vivants
54
Comment est apparu l'abondance de l'oxygène dans l'atm?
oxygène produit par cyanobactéries
55
Dans le monde oxygéné, il y a un changement du donneur d'électron de H+ à _____
Ceci permet la :
H2O
| production de O2 à partir de la photosynthèse
56
l'O2 réagit avec des molécules réduites comme le FeS formant ainsi un ruban de Fer dans les roches, est-ce toujours le cas?
Non, car au fur et à mesure que l'O2 s'accumule, il réagit avec le Fe. Il n'y a donc plus de sédiments puisqu'il n'y a plus de fer
57
Notre dernier ancêtre commun était donc surement ______
acellulaire
58
Notre planète est âgée de : ______
4,6 milliards d'années
59
Les premières formes de vie étaient vraisemblablement psychrophiles, vrai ou faux
faux, la terre était très chaude
| Les bactéries étaient donc thermophiles ou hyperthermophiles
60
Qui est l'ancêtre des mt?
bactéries aérobies
61
Qui est l'ancêtres des chloroplastes?
bactéries phototrophe oxygénique
62
caractéristiques d'un chronomètre moléculaires
même fonction dans toutes les cellules
distribué universellement
possède des régions conservées et d'autres modifiées
la séquence reflète l'ensemble des changements évolutifs de l'organisme
Évolution lente (pour aller le plus loin possible en arrière)
63
Exemples de chronomètres moléculaires
ARNr
protéines ATPase
RecA
64
Pk ARNr est le meilleur chronomètre moléculaire?
```
régions conservées et non
grand mais pas trop
universellement distribué
même fonction partout
pas une évolution rapide
```
65
Expliquer le séquençage
amplification par PCR
| produit séquencé
66
Le cycle biogéochimique fait le lien entre biocénose et biotope, vrai ou faux
vrai
67
Le cycle biogéochimique ne comprend que des processus biotiques, vrai ou faux
faux, comprend des processus abiotiques et biotiques
68
Quel type de réactions composé les cycles biogéochimique
oxydation-réduction
69
Est-ce que l'eau a un cycle biogéochimique?
NON, ne fait que condenser, se liquéfier
70
Plus grand cycle
du carbone
71
plus grand réservoir de carbone
sédiments et roches de la croûte terrestre
72
à l'échelle biologie, le cycle du carbone est _____, à l'échelle géologique, il est ______
ouvert
| fermé
73
le carbone organique est principalement dans ____
mo et plantes
| matériel organique mort (humus)
74
décrire le cycle du carbone au niveau de la chaine trophique
producteur primaire mangé par consommateur primaire mangé par consommateur secondaire
75
les transferts les plus dynamiques sont au niveau du carbone_________
au niveau du carbone atm (CH4 en CO2)
76
Nommer trois phénomènes qui se passe avec le carbone dans l'ATM et la lithosphère
quel phénomène est le plus abondant
photosynthèse (plantes mo)
CO2 + H2O --> (CH2O) + O2
respiration
CH2O + O2 --> CO2 + H2O + chaleur
chimiosynthèse
Fixation du CO2 par chimiolithotrophes
photosynthèse le plus abondant
77
Dans le cycle du carbone, que se passe-t-il au sol?
décomposition par les mo
minéralisation du carbone (organique en inorganique, pas une roche)
méthanogène en milieu anoxique : CO2 + 4H2 --> CH4 + 2H20
Chimio-organotrophe = CO2 (fermentation, respiration ana ou aérobie)
Méthanotrophe : CH2 en CO2, en milieu oxique, décomposition du pergélisol
78
Que se passe-t-il dans le l'eau avec le cycle du carbone?
dissolution du gaz carbonique dans les océans
trois formes dissoutes: carbonate, bicarbonate, CO2
dans la zone photonique, il y a du phytoplancton qui fixent le CO2
Formation de carbonate de calcium avec le carbonate de l'eau : coquille protectrice, diminution de CO2 dans atm
79
à quoi sert le carbonate de calcium (3)
exosquelette
coraux
sédiments
80
Nommer des puits de carbone
forêts, océans, pétrole
81
Nommer des sources de carbone
feux de forêts, combustions, dégel du pergélisol
82
Tous nos puits de carbone deviendront une source, vrai ou faux
vrai
83
Quels sont les trois processus de transformation de l'azote
fixation
nitrification
dénitrification
84
Quelle est la principale forme de d'azote sur Terre
| quels sont les organismes vivants qui sont les seuls à pouvoir faire de la fixation
N2 pour les fixateurs (procaryotes)
| N2 + 8H --> 2NH3 + H2
85
Comment s'appelle la réaction qui permet d'obtenir de l'ammoniac (NH3)
ammonification
86
La plus importante contribution en CO2 vers l'ATM est : ____
la décomposition microbienne
87
Décriver le cycle de l'azote
N2 --> NH3 (NH4) --> NO2 --> NO3 --> Plantes --> plantes mortes --> NH3 --> NO2 --> NO3 --> N2
fixation --> nitrification --> ammonification --> assimilation --> décomposition --> dénitrification
88
Sous quelle forme est assimilée l'azote par les mo et les plantes pour former des AA?
ammoniac (NH3), mais à pH neutre c'est de l'ammonium (NH4) (se lie à particules chargées négativement --> difficilement accessible)
89
L'ammoniac est une forme dominante dans les sédiments ____
anoxiques
90
L'ammoniac est volatil, vrai ou faux
vrai, perte dans atm
91
Comment est produit l'ammoniac dans le cycle de l'azote
par ammonification
| lors de la décomposition des produits organiques azotés
92
Quel est le rôle du nitrate dans la respiration anaérobie?
accepteur final d'électrons alternatif
93
Sous quelle forme est facilement assimilée l'azote par les plantes, pas nécessairement pour former AA
nitrates
94
Les nitrates sont solubles et donc facilement lessivable, vrai ou faux
vrai
95
Qu'est ce que la dénitrification
NO3 --> N2
96
Quelle étape du cycle d'azote est utile pour enlever les nitrate des eaux usées lors de leur traitement?
dénitrification
97
Comment se nomme l'étape qui permet de passer du NH3 --> NO3
| qui fait cette étape?
nitrification
| bactéries nitrifiantes
98
La nitrification augmente en présence de ______, pk?
matière organique puisqu'il y a plus de substrats pour la réaction
99
Que permet la nitrapyrine
évite la nitrification pour éviter la dénitrification
donc pas de perte d'azote dans le sol, mais si trop de NO3 soluble --> lessivage dans l'eau (pollution) Alors on coupe ces deux étapes
On a NH3 sans le sol
100
Comment faire pour ne pas que le NH3 soit liés à des particules négatives (Car NH4+)?
ammoniac anhydride
101
Le cycle de soufre est possible seulement grâce à des actions biologiques?
faux, grâce à des réactions chimiques aussi
102
Le soufre à plusieurs niveaux d'oxydation qui sont:
-2, 0, +6
103
L'essentiel du soufre se retrouve dans :
roches et sédiments sous forme de minéraux sulfatés ou sulfurés (gypse, pyrite)
104
Quels est le réservoir le plus important de soufre pour la biosphère (sous forme de sulfates)
océans
105
Que font les sulfo-oxydantes
H2S ou HS- --> SO4
milieu oxygéné
S^0 --> SO4 + H+ (diminution du pH)
106
Que font les sulfato-réductrices,
quel est le rôle du sulfate ici ?
Qu'est ce qui peut faire cette même réaction
SO4 --> H2S
accepteur d'électron dans la respiration anaérobie
milieu anoxique
meilleur si fortes quantités de matière organique (donneur d'électrons)
volcan et sources chaudes
107
HS- est toxique, vrai ou faux
vrai
108
Avec quoi réagit les ions sulfure (HS-)
fer pour donner FeS, FeS2 (insoluble et noir)
109
Le S^0 est instable, vrai ou faux
faux
110
Dans un même habitat contenant S^0, il y a sulfo-oxydantes et sulfato-réductrices, vrai ou faux
vrai, coexistence des deux
111
Il y a pas juste des composés soufrés inorganiques, vrai ou faux
vrai, il existe des composés organiques
112
Le composé soufré organique le plus abondant )
diméthylsulfure (DMS)
113
Les composés organiques soufrés sont volatils à forte ordeur, vrai ou faux
vrai
114
Le DMS est surtout produit où?
milieu marin
115
LE DMS peut être transformé en plusieurs autres composés par action : (2)
photochimique ou biologique
116
Il y a des composantes atmosphériques dans le cycle du phosphore, vrai ou faux
faux
117
Dans quelles molécules les organismes ont-ils besoin de phosphore
lipides, acides nucléiques, polysaccharides
118
Le phosphore est en grande quantité dans la croute terrestre, vrai ou faux
faux, en faible quantité
119
Quel est l'élément limitant à la croissance
phosphore
120
Comment le phosphore est introduit dans le cycle
désagrégation des roches
| cycle de l'eau (érosion, ruissellement, lessivage)
121
Quelles sont les deux formes de phosphore dans le sol
inorganique : minéral, minerai, assimilable par les plantes, forme libre
organique
122
On perd présentement du phosphore pour rien, vrai ou faux
| justifier
vrai,
on l'utilise pour des savons qui se solubilise et se retrouve dans les océans et sédimente (perte inutile, au lieu de l'utiliser pour les plantes)
123
Sous quelle forme est le phosphore inorganique
PO43-
124
Le phosphore inorganique s'associe avec :
cations de fer, aluminium et calcium
125
le phosphore inorganique se convertit rapidement en phosphore organique, vrai ou faux
vrai
126
intervalle de pH dans lequel les mo sont capable d'assimiler le phosphore inorganique
entre 6 et 7
127
le phosphore organique est présent dans (4)
biomasse (vivante)
déchets animaux
fèces
matière en décomposition
128
Les plantes sont capables d'utiliser le phosphore organique, vrai ou faux
faux
| doit passer par un processus de décomposition sous forme libre
129
Quels sont les trois processus dans lesquels les mo sont impliqués dans le cycle du phosphore
solubilisation : minéral --> organique
minéralisation : organique --> inorganique (dispo pour les plantes)
immobilisation : inorganique --> minéral (pas accessible pour les plantes et les mo)
130
le phosphore inorganique est insoluble selon pH, vrai ou faux
vrai
131
Effets négatifs de l'homme sur les cycles biogéochimique
industrialisation : smog
augmentation du CO2: augmentation de la température, fonte des glace, acidification des océans (plus de coraux, plus de calcaire pour les coquilles)
épuisement des sources de phosphates
132
Comment est fabriquée la matière organique nouvelle dans la nature
photosynthèse
133
Nommez un autre gaz carboné ayant 25x plus d'effet sur le réchauffement planétaire
méthane
134
qu'est ce que la fixation d'azote et pourquoi est- e important
N2 --> NH3
| pour entrer l'azote dans le sol
135
Comment se nomme le processus correspondant à cette réaction : NO3 --> N2
dénitrification
136
En quoi le nitrapyrine est-elle bénéfique à l'agriculture
empêche la nitrification, permet de garder l'azote dans les champ
137
Pourquoi l'oxydation des sulfures produit-elle une chute de pH?
production de H= --> diminution du pH
138
Quel composé organique soufré est le plus abondant dans la nature
DMS
139
synonyme d'artefact
biais
140
Il est facile de définir avec certitude la vraie nature d'une communauté microbienne, vrai ou faux?
faux, c'est difficile
141
Qu'est ce que le principe de Heisenberg?
à l'échelle microscopique, l'action de mesurer un objet affecte et peut même le modifier
Plus les mo sont analysés en détail, plus il y a des risques d'introduire des biais
142
à ne pas perdre de vue
l'analyse se fait sur un échantillon pas sur l'environnement
143
à ne pas perdre de vue
l'échantillonnage, les manipulations subséquentes et les mesure doivent tous être considérés lors de l'interprétation des résultats (introduction de biais)
144
Discuter de l'échantillonnage
représentatif
refléter la densité et la diversité des mo
utiliser technique d'échantillonnage appropriées
éviter les contaminations
145
Que faut il inclure le plus possible lors de l'analyse
contrôle négatif et positif
| analyse en duplicata ou +
146
Que faut il considérer dans une analyse quantitative?
LID : limite instrumentale de détection
LDM: limite de détection de la méthode
LQM: limite de quantification de la méthode
LL: limite de linéarité
147
Selon CEAEQ, le graphique avec LL' LID, LDM, LQM, on veut travailler dans quel intervalle?
entre LQM et LL
148
Si on obtient des résultats au dessus de LL, que fait-on pour en obtenir dans la zone appréciable?
dilution
149
Quelles sont les deux informations que l'ont peut obtenir sur les réactions métaboliques
types
| taux
150
Que faut -il optimiser pour avoir la meilleure chance d'enrichir l'organisme souhaité
ressources et conditions
151
Comment se nomme l'instrument qui permet de mesurer la quantité d'un produit produit ou d'un réactif consommé
microélectrode
152
Quels sont les biais des cultures d'enrichissement?
enrichissement d'un organisme qui n'est pas nécessairement abondant ou significatif
153
Quelle méthode est utilisée pour mesurer le taux de renouvellement, le devenir d'une molécule, à une très forte sensibilité? Le tout en marquant des molécules.
radio-isotope
154
Qu'est ce qui est vraiment important dans une méthode utilisant des radio-isotopes?
des témoins
car plusieurs réactions peuvent être dues à un processus strictement chimique (et non biologique)
Témoin mort: avec du formol pour tuer les mo. S'il y a des réactions, ce sont des réactions non biologiques
155
Comment s'appelle la méthode qui combine la technique FISH et l'utilisation de radio-isotopes. Qui permet en fait d'identifier et de repérer les mo qui effectuent une réactions biochimiques en particulier
FISH-MAR
156
Quest-ce qu'un bon enrichissement
un enrichissement qui considère les conditions de la niche écologique de l'organisme à cultiver
157
Comment appelle-t-on l'objet microscopique qui permet de séparer physiquement le mo du reste?
micromanipulateur
158
Décrire les microcapsules
capsules microscopiques
| grande ressemblance avec l'environnement de départ
159
Nouvelle méthode révolutionnaire qui consiste à avoir une plaque avec des petits trous dans lesquels une bactérie s'y coincera. une membrane sera mis entre les plaques et le tout sera déposé dans le sol.
Elle a même perms l'identification de 25 antibiotiques
Ichip
160
Décrire l'antibiotique nommé Teixobactin
contre Gram + et mycobactéries
Se lie à des précurseurs de la paroi cellulaire
pas de bactéries résistantes à l'antibiotique
test chez les humains en cours
161
Nommer les quatre techniques de coloration utilisées
DAPI
coloration de viabilité
anticorps fluorescent
protéine fluorescente verte
162
Quels sont les trois méthodes d'isolement
étalement sur boites
inclusion dans un tube de gélose molle
dilution en milieu liquide
163
Synonyme de la méthode d'inclusion dans un tube de gélose molle
agitation-dilution
164
explication de la méthode de dilution en milieu liquide
Autre nom de la méthode
série de dilution jusqu'à un dernier tube sans croissance
Nombre le plus probable
165
Peu importe la méthode d'isolement, on doit :
obtenir une culture pure
| Étaler sur une gélose riche sur laquelle la plupart des bactéries croissent
166
Description du DAPI et ses limites
couleur bleue
lié à l'ADN
dénombrement de toutes les cellules (réagit peu avec la matière inerte)
Tout ce qui a de l'ADN fluoresce (virus, eucaryotes, procaryotes, mt, chloroplastes)
Limite: pas de distinction entre mort ou vivant
pas spécifiques, tout est colorié
167
Description de la coloration viable
repose sur l'intégralité de la membrane cytoplasmique
2 colorants
vert: colore tout, vivant ou mort
rouge: cellules dont la membrane est endommagée (mort)
DONC cellules vertes vivantes et cellules rouges mortes
168
Décrire la méthode anticorps fluorescent
plus spécifique
préparation d'anticorps spécifique contre l'organisme
pas besoin de culture ¸2 types : primaire (anticorps fluorochrome) et secondaire (anticorps 1 + anticorps 2 avec fluorochrome)
169
Qu'est ce qui interfère avec les anticorps fluorescent
autofluorescence
170
Quest ce qu'on a besoin dans la technique avec anticorps fluorescent
contrôle négatif: utilisation d'un second anticorps seulement
observation d'autofluorescence et s'il colle partout
171
Décrire la technique avec GFP
gène d'une protéine fluorescente inséré dans le génome
lorsqu'exprimé --> fluorescence
permet d'étudier la compétition entre les communautés dans un habitat (exemple: racines d'une plante) + effets de perturbations environnementales
gène rapporteur: si exprimé, le gène couplé aussi (indice de transcription)
172
Limite de la microscopie
procaryotes parfois trop petits
proche limites de résolution
difficile de différencier cellules vivantes des mortes/ cellules vs matière
cellules facilement mis de côté
permette pas de mesurer la diversité des mo d'un environnement
pas une très bonne méthode pour dénombrer (les cellules se ressemblent toutes)
173
Décrire la technique FISH
fixation (perméabilité)
sonde nucléotidique avec cible spécifique
incubation avec sonde
lavage pour enlever excédent
compte par cytométrie en flux et observation par microscopie en épifluorescence
174
Avec quel type de microscopie FISH peut être jumelé pour explorer les épaisseur d'un biofilm par exemple?
microscopie confocale à balayage laser
175
Quelles sont les deux techniques dérivées de FISH? Les décrire
colorations du chromosome : cible un gène ou une séquence spécifique, un ensemble de gène ou le génome en entier (exemple: trouver bactérie qui codent la protéine nitrogénase)
la transcription inverse in situ: transcription inverse de l'ARNm en ADNC. ADNc amplifié par PCR réagit avec une sonde fluorescente
176
Explication de la méthode CARD-FISH , but?
méthode pour amplifier le signal
reconnaissance des peroxidases
la réaction enzymatique va amplifier le signal
peroxidase liée à la sonde FISH, lorsqu'en présence du substrat (tyramide), la fluorescence est augmenté
177
Dans la méthode du DGGE, on obtient deux gel électrophorèse, pourquoi
Le premier correspond à l'ARN 16S (une bande sera présente sur le gel par échantillon)
Le second correspond à DGGE: électrophorèse sur gel en gradient dénaturant, selon la séquence nucléotidique ( plusieurs bandes seront présentes)
178
Quelles sont les deux algorithmes utilisés pour construire des arbres phylogénétiques à partir du séquençage, décrire
distance évolutive : détection des différences par comparaison, construction d'un arbre avec des distances évolutives (Ed) en corrélation avec la longueur des branches de l'arbre
parcimonie: fondée sur la supposition qu'un minium de changements nécessaires pour que deux lignes divergent à partir d'un ancêtre commun se sont produits au cours de la divergence évolutive
179
Comment se nomme les séquences propres à chaque domaine ou genre de mo?
séquences signatures
180
Pourquoi, dans les trois domaines, il y a des séquences conservées
```
ancêtre commun
transferts horizontaux (latéraux) avant que les domaines divergent
```
181
Quelle la différence majeure de la paroi cellulaire entres les bactéries et les archées
bactéries: peptidoglycane
| archées: pseudopeptidoglycane, polysaccharides, protéine ou glycoprotéines
182
Quelle est la différence dans la composition des lipides entre les différents domaines
bactéries et eucaryotes: acide gras avec lien ester, bicouche
archées: lien éther, monocouche
183
Différence en ce qui concerne l'ARN polymérase
bactéries; 4 SU
| archées et eucaryotes: +++ SU
184
Différence en ce qui concerne la synthèse de protéine
eucarytes et archées: semblables
| bactéries : synthèse inhibée par type d'antibio qui n'affecte pas les deux autres
185
Explication de la méthode DGGE
PCR 16S
une bande sur électrophorèse normale
DGGE sur électrophorèse sur gel gradient dénaturant
prince GC qui retient les deux brins ensemble
plus il y a de AT, plus la dénaturation se fera rapidement (la séparation des deux brins ralentit la migration)
186
Dans un gel DGGE, est-ce que deux bandes à la même place signifie que c'est la même bactérie
pas nécessairement
| deux bactéries pourraient avoir la même séquence , mais pas dan le même ordre
187
Dans un gel DGGE, est -ce que deux bandes séparées sont nécessairement des bactéries identiques
Non, ils pourraient être la même bactérie
| En effet, l'ARN 16S peut être présent en deux copies dans la même bactérie, mais avoir quelques différences
188
Alors, que peut-on conclure avec un gel DGGE
indice de bio complexité d'un habitat, en ce qui concerne un gène en particulier
189
La génomique, métagénomique, etc. nécessaire une première étape de PCR avant de séquencer, vrai ou faux
faux, pas de PCR
190
Description de l'analyse par biopuce
microgoutte d'ADN connu
marquage avec fluorochrome
lecture de la puce
efficace, quantitatif, mais seulement ce qui est connu
191
Méthodologies pour le séquençage nouvelle génération?
```
se questionner
préparation du matériel pour le séquençage
séquençage
analyses bio-informatiques
assemblage
```
```
extraction
ADNc si ARN
fragmentation
séquençage
comparaison avec base de données
```
192
Est-ce que l'intensité de la bande sur DGGE correspondant à la quantité relative des bactéries
non, pourrait être dû à l'efficacité du PCR, réplication moins rapide
moins de 1% en quantité de bactérie, invisible sur le gel
193
Explication de la microfluidique
utilisation d'un appareillage dans une dimension de l'ordre du micromètre
Comportement linéaire des cellules dans les canaux si petits
on bloque les cellules
On les expose à des substances pour regarder leur comportement
194
Les techniques d'analyse direct sont les suivantes (3)
dans l'environnement
isolement/enrichissement
coloration
195
les méthodes d'analyse indirectes sont les suivantes : (2)
PCR/DGGE
génomique/métagénomique
transcriptomique
196
Qu'est-ce que la notion de consortium
Association de deux mo, souvent positive, les mo ne sont pas nécessairement associés, mais peuvent avoir une interaction entre les deux sans le savoir
197
Ectosymbiote et endosymbiote définit la nature de l'interaction, vrai ou faux
faux, seulement le type de contact
198
il y a plus d'interaction positives dans une faible densité, vrai ou faux
vrai, si forte, on se ''pile'' dessus (devient négatif), plus de compétition pour les ressources
199
synonyme d'interactions positives
coopération
200
Les interactions positives sont mise en évidence par
effet protecteur du groupe
impossibilité de cultiver certains microorganismes si inoculum trop petit, échanges génétiques, toujours plus efficace quand on est nombreux
201
synonyme d'interaction négative
compétition
202
Quand est-ce qu'on observe des interactions negatives
limite des ressources
| production de déchets métaboliques
203
Les mo pourraient diminuer la croissance d'un autre espèce sans le vouloir, sans rendre compte, vrai ou faux
vrai,
| personne nuit à tout le monde, mais tout le monde accapare l'espace des autres
204
Décrire en terme de coévolution et de spécificité les interactions négatives ou positives
positives : plus c'est complexe (symbiose) plus c'est long avant que ça soit à terme et la spécificité est plus importante dans ce cas.
Moins de corrélation avec les interactions négatives, mais le parasitisme est spécifique et long
205
Comment se nomme le phénomène purement théorique qui stipule qu'il n'y a aucune interaction entre les mo?
neutralisme
206
à quel moment pourrait-on retrouver du neutralisme
enviro en dormance (spore, cystes)
| enviro à faible croissance et à faible densité de population
207
Synonyme de mutualisme
symbiose
208
Expliquer le mutualisme
OBLIGATOIRE
très spécifique
non viable si séparé
résultat d'une longue coévolution
209
Exemples de mutualismes
lichens : algues/cyanobactéries + champignons (résistance à la dessiccation, source d'alimentation, indicateur de pollution)
*** ++ champignons ne peuvent pousser sans l'algue, mais le contraire est possible
beaucoup de symbiose protozoaires, bactéries
termite et sa bactérie en lui qui digère la cellulose du bois
Près des cheminées hydrothermales: bactéries à l'intérieur des gros ''bâton'', utilisant CO2 (fixer) et H2S pour produire de l'énergie. Ver (tubicole)- bactérie
Coraux: contiennent des zooxanthelles (dinoflagellés) reçoivent une protection contre UV, CO2, phosphate, composés azotés en échange de leurs produits de photosynthèse
Rumen: présence de bactéries qui permettent la dégradant de la cellulose, amidon, etc.
Beaucoup de symbiose chez les insectes: la relation est si intense que chacun ont ''abandonné'' des gènes considérant que l'autre les avait
210
Qu'est ce qui ressemble à la symbiose/mutualisme, mais qui n'est pas obligatoire?
protocoopération
211
Description du protocoopération
on est meilleur ensemble, synergisme
cross feeding
croissance améliorée
chacun produit ce que l'autre a besoin, individuellement croit difficilement
212
est ce que la protocoopération est spécifique?
non
213
Donner des exemples de syntrophisme, protocoopération
entre E.colis et E.faecalis : chacun fait une réaction métabolique qui permet d'arriver à la fin
Chromatium et Desulfovibrio s'aident mutuellement dans leur cycle de carbone et de soufre
Ver + bactéries filamenteuses : elles tolèrent de forte concentration de métaux et sont une protection thermique. Semblent être utilisées comme source de nourriture
bactérie produisant H2 à partir de H+ pour faire ATP et autre bactérie qui utilise le H2 pour former méthane (diminution de H2 donc en constante production). Dans les deux cas, ils sont avantagés
214
Définition de syntrophisme
association où la croissance d'un organisme dépend ou est améliorée par des facteurs de croissance, des nutriments ou des substrats fournis par un autre organisme se développant à proximité
215
Description du commensalisme
un profite de l'autre sans lui nuire
production d'un facteur de croissance pour une autre population
modifie un environnement avantageusement pour une autre population
permet un changement d'état de la matière
permet l'élimination d'un produit toxique
devient l'habitat d'un autre espèces
216
La commensalisme est spécifique, vrai ou faux
faux
217
Le commensalisme est obligatoire, vrai ou faux
faux
218
Donner des exemples de commensalisme
bactéries dans la nitrification: de NH3 --> NO2 --> NO3 le premiers font le produit pour l'autre
synthèse d'acide par un favorise des bactéries tolérantes à l'acide
colonisation du corps humain
219
Qu'est ce que le cométabolisme
transformation d'un composé organique par un mo qui est incapable de l'utiliser comme substrat pour produire de l'énergie ou pour l'utiliser comme éléments de constitution
220
Description de la compétition
pour ressource limitante, de l'espace
221
Quels sont les deux types de compétition
principe d'exclusion compétitive et co-existence
222
Description du principe d'exclusion compétitive
deux populations métaboliquement similaires voulant même espace
une gagne, l'autre exclue
la population la plus performante gagne : comme une vitesse de croissance plus élevée
l'environnement influence la compétition
223
Description du principe de co-existence
possible lorsque plusieurs facteurs impliqués dans la compétition sont limitants
les deux sont là en faible proportion
224
Explication de la prédation
le prédateur mange et digère sa proie (mort)
difficile de distinguer de parasitisme
courte durée
225
Théoriquement de quoi a l'air la courbe de prédation
sinusoïdale
226
La prédation peuvent ne pas être au hasard, vrai ou faux
vrai, la chasse (signaux involontaires ressentis par les prédateurs)
227
Quest ce que le parasitisme
le parasite se nourrit des ressources de l'hôte
dommage à l,hôte
long contact
228
le parasitisme est spécifique, vrai ou faux
vrai
229
Nommer des types de parasites
virus, bactéries, protozoaires, nématodes
230
Exemple de parasitisme
legionella pneumophila : vit dans amibe, peut causer pneumonies mortelles, détourne les fonctions normales de la cellule à son avantage (synthèse protéines, énergie, etc.)
typhus: rickettsie sur puce sur rat, si mordu par puce malade
lichen: mutualisme ou parasitisme (le champignon prend nutriment à l'algue)
231
vrai ou faux, le parasitisme et la prédation sont meilleure à forte densité
vrai
232
Comment nomme-t-on la relation suivante: un mo produit une substance toxique (avantage compétitif)
AMENSALISME
233
Exemples de substances toxiques impliquées dans l'amensalisme
antibiotique, alcool, acides gras, O2, acides organiques, ammoniaque, bactériocines
234
L'amensalisme peut prévenir la colonisation d'un habitat par un second mo
vrai
exemples:
acide gras fait par peau pour empêche levures de pousser
production d'acide dans le vagin pour prévenir C. albicans
production ou consommation de O2
235
L'amensalisme peut prévenir les ressources d'un habitat, vrai ou faux
vrai
| production d'acides organiques pour prévenir une dégradation trop importante de la cellulose à la surface du sol
236
Les antibiotiques sont constamment produits, vrai ou faux
faux, localisé à des moments précis (probablement à la colonisation initiale d'un enviro)
237
Comment fonctionne les bactériocines
```
produits par un gène sur un plasmide
bas poids moléculaire
s'insère dans les mbr des autres mo (lyses et mort)
sur mo apparentés au producteur
spectre très restreint
```
238
Communautés microbiennes comptent entre ____ et ___ individus chez l'humain
10^10 et 10^17
239
Les communautés microbiennes sont stables entre chaque individu durant toute sa vie, vrai ou faux
faux
fluctuation dans la journée sur même individu
fluctuation entre individu
fluctuation selon âge, sexe, etc.
fluctuation entre les différentes régions
240
l'étude des communautés =
synécologie
241
Qu'est-ce que la synécologie
on s'intéresse à l'ensemble des populations présentes dans un écosystème
242
Qu'est ce qu'un guilde
ensemble de populations (de mo) métaboliquement apparentés
243
en ordre croissant: individu, guilde, écosystème, population, communautés
```
individu
population
guilde
communauté
écosystème
```
244
la structure d.une communauté dépend de (2)
ressources
| conditions environnementales
245
Discuter de la température
très froid ou très chaud (entre deux possible)
pas d'eucaryotes dépassé 65°C
vie possible tant que l'eau est liquide
246
Pourquoi il y a de la vie en bas de 0°C dans l'eau
cryoprotecteur
| présence de sel
247
Pourquoi la vie est possible en haut de 100°C
haute pression augmente la température d'ébullition
248
pH entre normalement :
5 et 9
249
les champignons sont moins résistants que les bactéries à l'acide, vrai ou faux
faux
250
dans les milieu alcalin, quel est le défi particulier
force proton-motrice en milieu basique (Na+)
251
dans les lacs hypercalins sodiques, le sols sont riches en
carbonate
252
quel est le symbole de l'activité de l'eau
aw
253
qu,est ce que l'osmose
mouvement de l'eau de l'endroit le plus dilué au plus concentré
254
quand aw élevé, cela signifie que la concentration est plus forte à l'extérieur ou à l'intérieur
plus dilué hors de la cellule
| donc eau entre, on tente de la sortir par des pompes à eau
255
si aw est faible, cela signifie que la concentration est plus forte à l'intérieur ou à l'extérieur
plus forte à l'extérieur, sortie de l'eau, mais le système va tendre à l'entrée en pompant des ions à l'intérieur (augmentation de la concentration)
256
Discuter des ressources des mo
limitée
dispo de façon temporaire
distribution hétérogène
compétition
257
Une niche est occupée par une population ou plusieurs, vrai ou faux
vrai
258
le nombre de niches détermine la diversité, vrai ou faux
vrai
259
Il n'y a pas de compétition entre les populations pour une niche puisqu'il y en a beaucoup, vrai ou faux
faux
260
Infos à savoir sur les niches
doit être occupée pour maintenir la stabilité de la communauté
avantage au premier arrivé (mais si un plus fort arrive, prendra la place)
populations les mieux adaptées déplacent les autres = successions de populations
261
qui sont les organismes pionniers
premiers colonisateurs
| grande capacité de dispersion (moisissures)
262
qu'est ce que le climax dans la succession de population
stade ultime et à l'équilibre d'une succession évolutive de communautés dans un milieu donné
rarement atteint dans les microenvironnements
263
Quels sont les types de succession:
primaire et secondaire
autogénique ou allogénique
autotrophique (autotrophe) et hétérotrophique
264
décrire la succession primaire
succession de communautés dans un enviro initialement vierge
(tube digestif nouveau né, roches volcaniques, nouvelle plomberie)
265
décrire succession secondaire
succession de communautés dans un enviro déjà occupé, mais qui a subi un événement catastrophique (recolonisation tube digestif après traitement aux antibios)
266
décrire succession autogénique
provoquées par l'action des organismes sur l'habitat
| exemple: e.coli consomme O2 permettant à stricte de s'y installer, biofilm
267
Décrire succession allogénique
provoquées par des modification de l'habitat par des facteurs environnementaux
exemple: saison
268
décrire succession autotrophique
production de matière plus grande que le taux de respiration
accumulation de matière
exemple: lichen, premières étapes dans la colonisation d'un enviro vierge exposé au soleil
269
qu'est ce que succession hétérotrophique
production de matière moins grande que le taux de respiration
utilisation de la maitère accumulée
exemple: tas de compost
durée limitée sauf si apport matière en continue (intestin)
270
quest ce que la règle r-K
lié à la variation de population dans le temps
271
quest-ce que le plateau dans un graphique de croissance
valeur maximale que l'enviro est capable de résister donc K
272
que signifie r
capacité de croissance de la population
273
Description des organismes de type R
grande capacité de reproduction et de croissance
reproduction efficace à faible densité de population
souvent colonisateurs initiaux
pas bcp de caractères d'adaptation
dominants si ressources illimitées
souvent membres transitoires d'une communauté
stratégie de survie : déplacement, production de spores
PRODUCTIVITÉ
274
Description des organismes de type K
taux de reproduction faible
dominent dans un environnement bondé
utilisation optimale des ressources
physiologiquement adapté aux ressources de l'enviro
efficace dans un environnement limité en ressources
membres plus stables et plus permanents d'une communauté
sédentaire
taille de population assez stable
longue durée de vie
EFFICACITÉ
275
Les mo sont r ou K
dépend dans quel échelle:
macro : r
micro: K ou r selon (type K : streptomycètes, mo vivant dans enviro très dilué, dégradant humus, cellulose)
276
Qu'est ce que la biodiversité
ensemble des espèces dans un écosystème donné
277
La biodiversité augmente avec ____
la succession des populations
278
la biodiversité diminue en situation de _____
stress (pollution, stress chimique)
279
La biodiversité varie en facontion de la taille de ______
l'environnement /l'échantillonnage
280
La biodiversité dépend de (2)
nombre total d'espèce
| de leur abondance par l'analyse d'un ensemble d'échantillons
281
Quelle est la formule pour calculer la diversité (indice de Shannon-Weiner)
H'= - (somme) ni/N log (ni/N)
où ni = nbre d'individu d'une espèce
N= Nombre total d'individu dans l'enviro
282
à quel moment avons-nous la diversité maximale (H'max)
quand toutes les espèces sont représentées de façon équivalente (ni=1 pour chaque espèce)
283
à retenir
on peut donc avoir un écosystème avec moins d'espèces plus diversifié qu'un enviro avec plus d'espèces. Toute est une question d'abondance
284
questce qui l'équitabilité
J
| mesure de la diversité, mais en pourcentage
285
à retenir sur les limitations
beaucoup plus facile de cultiver des r (enrichissement) que les K, alors on connaît moins ces derniers
incapacité à échantillonner des espèces rares
On ne voit pas les mo que l'on veut échantillonner
les méthodes d'échantillonnage sont donc à revoir
286
à retenir sur les solutions aux limitations
métagénomique combinée à analyse mathématique
estimation du nbre d'espèces incluant les non-cultivables
ne donne pas l'abondance des espèces
