Examen 1 Flashcards
Quelle est la fonction principale de l’ADN?
Contenir l’information génétique permanente.
Est-ce l’ADN ou l’ARN qui se dégrade le plus rapidement?
C’est l’ARN, il est plus transitoire.
Quels sont les principaux éléments de l’ADN? (2)
Il est composé de deux chaînes nucléotidiques antiparallèles et de deux squelettes sucre/phosphate reliés par des ponts phosphodiesther et des ponts hydrogènes.
Quels sont les principaux éléments d’un désoxyribonucléotide?
Le désoxyribose (H à la place d’un OH en C2), un groupement phosphate et une base (hydrophobe).
Quelles sont les 4 bases azotées et lesquelles sont des purines/pyrimidines?
La cytosine et la thymine (uracile) sont des pyrimidines(1 cycle). L’adénine et la guanine sont des purines(2 cycles).
Quelle est la différence entre un nucléotide et un nucléoside?
Le nucléotide contient le ribose, la base et le groupement phosphate. Le nucléoside ne comprend que la base et le ribose (pas le gr phosphate).
Ex nucléotide: 2’-désoxycystidine 5’-phosphate
Ex nucléoside: cystidine
Qu’est-ce qu’un pont phosphodiesther et où se trouve-t-il dans l’ADN?
Un pont phosphodiesther est formé de deux liaisons esther entre le C3 (OH très réactif) du premier désoxyribonucléotide et le C5 (phosphate) du deuxième.
Qu’est-ce qu’une attaque nucléophile et que permet-elle?
Une attaque nucléophile se produit lorsqu’un atome électronégatif (comme l’O2) attaque un atome moins électronégatif (comme l’H). Cela permet la polymérisation, c’est-à-dire l’ajout de nouveaux monomères.
Qu’est-ce qu’une liaison hydrogène, comment l’appelle-t-on autrement et de quelle force est-elle en comparaison avec une liaison covalente?
Une liaison hydrogène se fait par exemple par l’atome d’oxygène du OH qui attire le gr amine d’un autre nucléotide. On peut également appeler cette liaison une liaison watson-crick (WC). C’est une liaison faible en comparaison avec une liaison covalente. (peu d’E° nécessaire pour la briser)
Est-il possible qu’il y ait une liaison entre une purine et une pyrimidine?
Non, car sinon cela causerait des renflements dans la double hélice de l’ADN.
Quel lien est le plus fort et pourquoi?
a) La liaison entre une guanine et une cytosine.
b) La liaison entre une adénine et une thymine.
a. La guanine et la cytosine vont former trois liens entre elles, ce qui va rendre leur liaison plus forte. (A/T=2 liens)
Quelles sont les trois règles de Chargaff?
1- Il existe 4 types de bases (ATGC)
2- Le lien entre G et C est plus robuste que celui entre A et T.
3- La complémentarité des bases permet la complémentarité des deux chaînes nucléotidiques.
Pourquoi la double hélice de l’ADN est-elle antiparallèle?
C’est parce que les liaisons WC doivent être bien placées pour qu’elles se fassent. Le pont glycosidique a un angle fixe entre la base et le sucre. Cela entraîne que les désoxyriboses doivent donc être inversés pour que les liens se forment.
Que sont les liaisons pi-pi? Qu’est-ce qu’elles entraînent dans la structure de l’ADN?
Une liaison pi-pi se forme entre les groupes amine et carbonyle de deux bases superposées (une purine et une pyrimidine sur un même brin). Cela entraîne l’empilement des bases (rapprochement qui les rend de plus en plus hydrophobes).
Quelles sont les différences entre le sillon majeur et le sillon mineur? (composition et précision de l’information)
Le sillon majeur offre une plus grande précision au niveau de l’information génétique. Par exemple, avec un lien G:C, il montre AADH (2 accepteurs de liaisons H, 1 donneur de liaison H et 1 hydrogène non polaire). Le sillon mineur lui, ne montre que trois infos ex: avec un lien A:T, il montre AHA comme lorsqu’il y a T:A. Ce n’est donc pas assez précis pour reconnaître la bonne séquence de nucléotides.
Nommez les gr qui figurent lors de chaque appariement de bases sur le sillon majeur, puis sur le sillon mineur.
Sillon majeur: A:T = ADAM, T:A = MADA, G:C = AADH et C:G = HDAA.
Sillon mineur: A:T ou T:A = AHA et G:C ou C:G = ADA.
Quelles sont les trois formes sous lesquelles on peut retrouver l’hélice d’ADN? Et selon quelles conditions peut-on les trouver?
L’hélice A: lorsque privé d’eau.
L’hélice B: conditions physiologiques.
L’hélice Z: dans un milieu hypertonique (très chargé en ions)
Dans quelles conditions l’ADN peut-il être dénaturé?
Une température supérieure à 90°C, un pH supérieur à 7 ou une baisse de la concentration en ions Ca+. La dénaturation peut être réversible si le retour aux valeurs normales est graduelle, car les deux brins sont parfaitement complémentaires.
Que représentent les lettres dans la formule suivante?
E=T+S
E= nb d’entrelacements selon la taille de la molécule.
T= nb de torsions (dans structure réelle).
S= nb de super-tours.
Quelle est la différence entre des équivalents topologiques et des isomères topologiques? (d’ADN)
Les équivalents topologiques ont le même nombre d’enroulements contrairement aux isomères topologiques (même nb de paires de bases).
À quoi servent les superenroulements?
Ils servent à stocker de l’énergie qui sera utilisée lorsque l’ADN sera désenroulé.
Lors de la réplication de l’ADN, l’hélicase qui sépare les deux brins crée des supertours. Quelle enzyme est utilisée pour défaire ces supertours?
On utilise une topoisomérase.
Détaillez comment procède une topoisomérase de type 1 pour défaire les supertours.
1- Coupe un brin (résidu tyrosine de la sous-unité III attaque le pont phosphodiesther en 5’)
2- Passage du brin non coupé
3- Collage du brin coupé
La réaction est réversible, car il n’y a pas eu d’hydrolyse d’ATP. L’énergie contenu dans le lien covalent entre la tyrosine et le 5’ est utilisée pour refaire la liaison phosphodiesther (refaire le brin).
Dans quel cas utilise-t-on une topoisomérase de type 2 et qu’est-ce qui la distingue de la type 1? (processus)
Lorsqu’il y a besoin de diminuer le nombre d’enroulements plus rapidement. Il va y avoir hydrolyse d’ATP et 2 brins seront coupés. L’ATP sera utilisée pour changer la conformation de l’enzyme à la fin, non pas pour couper le double brin.
L’ARN peut-il adopter les mêmes conformations que l’ADN?
Oui, il peut être mono ou bicaténaire, linéaire ou circulaire.
Lorsque l’ADN est sous forme de chromosome, de combien de fois est-il compacté?
Il est compacté 10 000 fois.
Quelles sont les différences entre l’ADN compacté et l’ADN décontracté?
L’ADN décontracté est très sensible et instable en milieu cellulaire, mais il permet la régulation des gènes. L’ADN compacté est plus difficilement altéré, mais les protéines de transcription n’ont plus accès à leurs sites de liaison (sillon majeur).
Comment appelle-t-on les protéines qui maintiennent chaque paire de chromatides soeurs et qui vont donc «casser» lors de la séparation (mitose)? (intermoléculaire)
Ce sont les cohésines.
Comment appelle-t-on les protéines qui condensent les chromosomes? (compactent une molécule d’ADN = intramoléculaire)
Ce sont des condensines.
Comment se nomme le premier degré de compaction de l’ADN? Et de combien de fois l’ADN est-il compacté à ce stade?
Il s’agit du nucléosome. Il permet la protection du génome et il a un rôle dans la régulation de l’expression des gènes.
Fibre 30nm (40X)
Association entre l’ADN et les histones.
ADN non accessible pour la réplication, la réparation, la recombinaison et la transcription.
Sous quelle forme l’ADN se trouve-t-il lorsqu’il peut être «lu» par les protéines de la réplication?
Il est sous la forme de fibre 10nm (2,5X). C’est l’euchromatine. Appelée aussi «collier de perles»
Quelles sont les différences entre l’hétérochromatine constitutive et l’hétérochromatine facultative?
La constitutive ne permet pas l’expression des gènes, les mêmes régions sont compactées, il y a présence de régions centromériques (point d’attachement) et de régions télomériques (extrémités). La facultative offre des régions variables(eu ou hétéro) selon le type cellulaire. Par exemple, un X chez la femme est hétéro alors que l’autre est eu (expression des gènes possible).
Que permet l’altération locale du nucléosome par des enzymes?
Cela peremt l’accès au génome pour l’expression des gènes.
