Exam théorique 1 Flashcards
1
Q
Décrire les caractéristique de Fusarium oxysporum
A
- Mycélium filamenteux, laineux, blanchâtre
- Macroconidie plus ou moins courbe et pointu aux deux extrémités (en forme de banane)
- Deutéromycète
- Produit des chlamydospore (spore de résistance
- saprophyte tellurique
- pathogène pour la tomate et d’autre plante
2
Q
Quels sont les symptôme de Fusarium osysporum?
A
- Décoloration de la tige (débute par un jaunissement longitudinal, évolue en bande jaune et nécrose beige à marron clair.
- Les vaisseaux de la tige brunissent
- jaunissement du rachi, foliole et feuille entière
3
Q
Décrire les caractéristiquec de Clavibacter michiganiensis
A
- Bactérie jaune, circulaire, convexe, coulante mesurant environ 1 à 3mm
- colonie jaune, coulante, convexe et circulaire
- Température optimal entre 24 et 27 degrés celcius
- Besoin d’une humidité élevé (surtout pour affecter une plante hôte )
- Responsable du chancre bactérien
4
Q
Quels sont les symptômes de Clavibacter Michiganiensis?
A
- brûlures grisâtres (devenant beige par la suite) au niveau des folioles. entre les nervure souvent au centre et peut être accompagé de flétrissement
- Brunissement du système vasculaire (principalement dans la région des noeuds)
5
Q
Quel est le rôle du milieux de culture LPGA?
A
Milieu de culture non-sélectif qui donne les nutriment nécessaires au bactérie pour croître
6
Q
Quel est le rôle du milieux de culture SNA?
A
Milieu avec antibiotique servant à favoriser la sporulation
7
Q
Comment réaliser un milieu de culture SNA?
A
- On pèse les poudres nécessaires au milieu :
- Kh2PO4
- KNO3
- MgSO4 x 7H2O
- KCl
- Dextrose
- Sucrose
- Agar - Dissoudre dans de l’eau distillé + rincé les nacelles
- Chauffer
- Stériliser 15 minutes à l’autoclave
- laisser refroidir et ajoute antibiotique:
- Tetracycline hydrochloride
- Streptomycine sulfate - Couler 30ml dans chaque gélose
8
Q
Comment réaliser un milieu de culture LPGA?
A
- On pèse les poudres nécessaires au milieu:
- Peptone
- Extrait de levure
- Agar
- Dextrose - Dissoudre dans un volume d’eau distillée
- Ajuster le pH entre 7,2-7,3 avec du NaOH
- transvider dans un erlenmeyer et compléter le volume visée en rajoutant de l’eau distillé
- chauffer,
- Stériliser 15 min
- Couler 25ml de milieu dans chaque pétris
9
Q
comment isoler un microorganisme d’une plante infecté pour fusarium?
A
- Couper 2 bouts contaminé entre 2 pétioles.
- laver à l’eau courante 1min en tenant par une pince.
- immerger 10 sec dans l’alcool 70%
- immerger 1min dans de l’eau de javel 1%
- immerger 10 min dans l’eau stérile (retourner au 5min)
- assécher sur un papier filtre stérile
- sectionner longitudinalement 2 morceaux pour dégager le système vasculaire.
- mettre une moitié des 2 morceaux dans les 2 milieux de cultures.
10
Q
comment isoler un microorganisme d’une plante infecté pour clavibacter?
A
- Prélever 3 bouts de 4cm
- laver à l’eau courante pendant 1min.
- Enlever l’épiderme ( on gratte avec un scalpel qu’on flambe à l’alcool entre chaque coup.
- couper en plus petit bout (2-3mm)
- Broyer dans un mortier les morceaux avec 5 ml de saline stérile
- laisser reposer une heure en conservant le mortier stérile
- ensemencer par épuisement
- incuber
- repiquer la bonne colonie
11
Q
comment extraire de l’ADN de souris?
A
- identifier les instruments en fonction des échantillons fournis
- couper un bout de queue de 3mm pour chacune des souris
- ajouter du tampon de digestion et de la protéinase K dans un microtube, mélanger au vortex et transférer un certain volume dans les microtubes de chacune des souris et mélanger de nouveau au vortex
- incuber (l’étape 3 et 4 servent à la digestion pour produire bcp d’ADN)
- centrifuger 3min. vitesse max.
- prelever du surnageant et transférer dans un nouveau microtube
- Ajouter de la RNase A, mélanger au vortex et incuber
- ajouter tampon Lysis Binding et mélanger au vortex (brise les membranes des cellules)
- ajouter de l’éthanol 95% et mélanger au vortex (on précipite l’adn et inhibe la TAQ)
- transferer un volume dans une colone et un tube collecteur pour chaque échantillon
- centrifuger 10 000rpm 1min.
- transferer les colones dans un nouveau tube collecteur.
- ajouter un volume de tampon de lavage 1
- centrifuger 10 000rpm 1min.
- transferer les colones dans un nouveau tube collecteur.
- ajouter un volume de tampon de lavage 2
- centrifuger vitesse max 3min
- tranferer la colone dans un microtube
- Ajouter du tampon d’élusion pour solubiliser l’adn
- incuber température piece
- centrifuger vitesse max 1min
- aliquoter
12
Q
comment amplifier de l’ADN de souris?
A
- Identifier 2 bande de microtube PCR
- completer la feuille de représentation des puits
- Préparer le master mix ( ajouter dans l’ordre les réactif et mélanger avec des va-et-vient entre chaque)
- Mélanger au vortex.
- déposer les bande de microtube dans un support et glacer et déposer un volume de master mix dans chaque
- ajouter un volume d’H2O grade PCR
- Déposer un volume des témoin positif d’extraction et d’amplification dans les bande les microtubes prévue (faire des va-et-vient)
- Microcentrifuger
- thermocycler (l’objectif est de scinder l’ADN et mettre une amorce pour répliquer une section de l’ADN et produire par le fait même plusieurs séquence identique)
13
Q
comment faire une électrophorèse?
A
- préparer l’unité de coulage (peigne de 20 puits)
- Préparer le gel d’agarose
- Remplir l’unité avec 650 ml de tampon d’électrophorèse 1x et y déposer le gel (mettre les barrières noir pour tenir le gel en place et mettre les puit du coté de l’électrode noir)
- mélanger le bleu de bromophénol et ajouter un volume dans chaque tube de nos bande (colorant qui sert d’indicateur pour la migration)
- déposer un volume de l’échelle moléculaire dans le premier puit ainsi les échantillon dans l’ordre prédéterminé.
- ajuster le power supply à 150 volt à 400mA pendant 25min
14
Q
Expliquer l’importance d’un témoin négatif amplification
A
permet de mettre en évidence une contamination des réactif par de l’ADN recherché
15
Q
Expliquer l’importance d’un témoin positif d’extraction
A
échantillon connu qui subira toute les étapes pour valider l’extraction
