Exam final BIM515 Flashcards
combien de chromosomes possède la levure?
16
de quoi est composé la paroi de la levure?
Mannose, glucose et de chitine
La levure est elle haploide ou diploide?
généralement haploide mais peut être diploide via reproduction sexuée
comment se passe la reproduction sexuée chez les levures?
une cellule a et une alpha fusionnent pour faire une cellule diploide. Les cellules diploides peuvent faire une division meiotique pour produire 4 cellules haploides,
peut on différencier les levures haploides des levures diploides?
oui, les diploides sont plus grosses au microscope
qu’est ce que la génomique fonctionnelle
L’étude des réseaux complexes d’intéractions des produits des gènes et protéines
comment fonctionne la mutagénèse par transposon?
Des transposons s’insèrent à des emplacements aléatoires dans le génome qu’on modifie et interrompt un gène, qu’on peut ensuite séquencer en séquencant les portions qui entourent le transposon.
quelle souche de S.cerevisae a été utilisée lors du TP et quel est son mating type?
MCY800 MATa
quel plasmide a été utilisé pour faire la banque d’ADN génomique mutée de S.cerevisae
pHSS6
pourquoi doit on linéariser la banque d’ADN génomique avant de procéder à la transformation
la recombinaison homologue est favorisé sur l’ADN linéaire
Comment peut on sélectionner les levures transformées sur un milieu qui ne contient pas d’antibiotique?
La souche de levure utilisée est auxotrophe pour la biosynthèse de la leucine. elle ne peut pas croitre sur milieu sans leucine
Le transposon dans la banque d’ADN génomique contient le gène LEU2 qui peut restorer cette voi.
Lors de la préparation d’ADN pour le séquencage, qu’est ce qui aurait pu causer l’amplification de deux bandes au lieu d’une seule
de l’amplification non-spécifique
Le plasmide utilisé pour créer la banque d’ADN génomique a été digéré avec SalI tandis que l’ADNg de levure a été digéré avec Sau3AI, comment est ce que l’insertion de l’ADNg dans le vecteur a pu être fait?
Les extrémités de l’insert ont été partiellement rempli pour permettre de créer un bout cohésif compatible avec l’enzyme SalI
Comment le taux de transformation est il exprimé
par le nombre de cellules transformées par rapport au nombre de cellules initiales
Et par le nombre de transformants par nanogramme d’ADN.
où bind les amorces PCR1 et PCR2?
dans le gène lacZ du transposon
pourquoi a t’il fallu digérer l’ADNg extrait des mutants gly- et liger celui-ci avec la T4 DNA ligase
Puisque les amorces de séquencage ne se trouvent pas de part et d’autre du gène muté. la digestion servait à réduire la taille du fragment puis de permettre la circularisation de l’ADN par la ligase T4
pourquoi la ligation a-t-elle été fait dans un volume très dilué?
La dilution favorise les intéraction intramoléculaire plutot que intermoléculaire
pourquoi est il préférable de faire le séquencage de long fragments
Le basecall est généralement moins bon dans les extrémités de la séquence. on essaye donc de maximiser le nombre de bases qui vont être en milieu de séquence.
pourquoi doit-on sélectionner l’option de purification par le service de séquencage ulaval?
Les produits PCR contiennent encore des nucléotides non-fluorescent ainsi qu’une polyérase et un tampon qui n’Est pas nécessairement adéquat pour leur méthode de séquencage.
pourquoi est il préférable de vérifier la présence d’ADN après extraction d’ADN sur gel en faisant migrer cet extraction plutot que par dosage au Nanodrop?
si l’ADN est très peu concentré et qu’il contient des contaminants, le nanodrop pourrait donner une concentration d’ADN surestimé si des contaminants absorbent à 260nm.
combien de ng d’ADN se retrouve-t-ils dans un échantillon ayant une densité optique de 2.0 à 260nm?
100ng
quel ratio d’absorbance 260/280nm attend on obtenir pour de l’ADN
Que voudrait dire des ratios trop haut ou trop faibles pour ce paramètre?
1.8
Plus haut: contamination à l’ARN
Plus faible, contamination aux solvants (phénol) ou par des protéines
quel ratio d’absorbance 260/230 attend on obtenir pour de l’ADN
que voudrait dire des ratios trop haut ou trop faibles pour ce paramètre?
2,0 à 2.2
Faibles: contamination par des phénols/protéines
haut: problème avec la lecture/le blanc. ne devrait pas arriver.
à quoi sert l’ajout de magnésium dans une réaction PCR
Une concentration plus élevé de Mg2+ permet de faciliter le binding des amorces à une température plus élevés.
