Exam final BIM515

Question 1

combien de chromosomes possède la levure?

Answer 1

16

Question 2

de quoi est composé la paroi de la levure?

Answer 2

Mannose, glucose et de chitine

Question 3

La levure est elle haploide ou diploide?

Answer 3

généralement haploide mais peut être diploide via reproduction sexuée

Question 4

comment se passe la reproduction sexuée chez les levures?

Answer 4

une cellule a et une alpha fusionnent pour faire une cellule diploide. Les cellules diploides peuvent faire une division meiotique pour produire 4 cellules haploides,

Question 5

peut on différencier les levures haploides des levures diploides?

Answer 5

oui, les diploides sont plus grosses au microscope

Question 6

qu’est ce que la génomique fonctionnelle

Answer 6

L’étude des réseaux complexes d’intéractions des produits des gènes et protéines

Question 7

comment fonctionne la mutagénèse par transposon?

Answer 7

Des transposons s’insèrent à des emplacements aléatoires dans le génome qu’on modifie et interrompt un gène, qu’on peut ensuite séquencer en séquencant les portions qui entourent le transposon.

Question 8

quelle souche de S.cerevisae a été utilisée lors du TP et quel est son mating type?

Answer 8

MCY800 MATa

Question 9

quel plasmide a été utilisé pour faire la banque d’ADN génomique mutée de S.cerevisae

Answer 9

pHSS6

Question 10

pourquoi doit on linéariser la banque d’ADN génomique avant de procéder à la transformation

Answer 10

la recombinaison homologue est favorisé sur l’ADN linéaire

Question 11

Comment peut on sélectionner les levures transformées sur un milieu qui ne contient pas d’antibiotique?

Answer 11

La souche de levure utilisée est auxotrophe pour la biosynthèse de la leucine. elle ne peut pas croitre sur milieu sans leucine
Le transposon dans la banque d’ADN génomique contient le gène LEU2 qui peut restorer cette voi.

Question 12

Lors de la préparation d’ADN pour le séquencage, qu’est ce qui aurait pu causer l’amplification de deux bandes au lieu d’une seule

Answer 12

de l’amplification non-spécifique

Question 13

Le plasmide utilisé pour créer la banque d’ADN génomique a été digéré avec SalI tandis que l’ADNg de levure a été digéré avec Sau3AI, comment est ce que l’insertion de l’ADNg dans le vecteur a pu être fait?

Answer 13

Les extrémités de l’insert ont été partiellement rempli pour permettre de créer un bout cohésif compatible avec l’enzyme SalI

Question 14

Comment le taux de transformation est il exprimé

Answer 14

par le nombre de cellules transformées par rapport au nombre de cellules initiales
Et par le nombre de transformants par nanogramme d’ADN.

Question 15

où bind les amorces PCR1 et PCR2?

Answer 15

dans le gène lacZ du transposon

Question 16

pourquoi a t’il fallu digérer l’ADNg extrait des mutants gly- et liger celui-ci avec la T4 DNA ligase

Answer 16

Puisque les amorces de séquencage ne se trouvent pas de part et d’autre du gène muté. la digestion servait à réduire la taille du fragment puis de permettre la circularisation de l’ADN par la ligase T4

Question 17

pourquoi la ligation a-t-elle été fait dans un volume très dilué?

Answer 17

La dilution favorise les intéraction intramoléculaire plutot que intermoléculaire

Question 18

pourquoi est il préférable de faire le séquencage de long fragments

Answer 18

Le basecall est généralement moins bon dans les extrémités de la séquence. on essaye donc de maximiser le nombre de bases qui vont être en milieu de séquence.

Question 19

pourquoi doit-on sélectionner l’option de purification par le service de séquencage ulaval?

Answer 19

Les produits PCR contiennent encore des nucléotides non-fluorescent ainsi qu’une polyérase et un tampon qui n’Est pas nécessairement adéquat pour leur méthode de séquencage.

Question 20

pourquoi est il préférable de vérifier la présence d’ADN après extraction d’ADN sur gel en faisant migrer cet extraction plutot que par dosage au Nanodrop?

Answer 20

si l’ADN est très peu concentré et qu’il contient des contaminants, le nanodrop pourrait donner une concentration d’ADN surestimé si des contaminants absorbent à 260nm.

Question 21

combien de ng d’ADN se retrouve-t-ils dans un échantillon ayant une densité optique de 2.0 à 260nm?

Answer 21

100ng

Question 22

quel ratio d’absorbance 260/280nm attend on obtenir pour de l’ADN
Que voudrait dire des ratios trop haut ou trop faibles pour ce paramètre?

Answer 22

1.8
Plus haut: contamination à l’ARN
Plus faible, contamination aux solvants (phénol) ou par des protéines

Question 23

quel ratio d’absorbance 260/230 attend on obtenir pour de l’ADN
que voudrait dire des ratios trop haut ou trop faibles pour ce paramètre?

Answer 23

2,0 à 2.2
Faibles: contamination par des phénols/protéines
haut: problème avec la lecture/le blanc. ne devrait pas arriver.

Question 24

à quoi sert l’ajout de magnésium dans une réaction PCR

Answer 24

Une concentration plus élevé de Mg2+ permet de faciliter le binding des amorces à une température plus élevés.