Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

bioinformatics > Exam > Flashcards

Exam Flashcards

1
Q

kuo nustatomi tiksliausi baltymų struktūros nustatymai? (2)

A
  1. rentgeno spindulių kristalografija

2. branduolių magnetiniu rezonansu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

ką atitinka normali molekulės būsena?

A

minimalią potencinę energiją

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

ką aprašo 2 skirtingos potencinės energ. funkcijos dalys?

A
  1. cheminių jungčių komponentus

2. komponentus be jungčių

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

iš ko sudaryti cheminių jungčių komponentai? (3)

A
  1. 3 pačios jungties dalys
  2. jungties kampas
  3. plokštumos pasisukimo kampas
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

start kodonai (2)

A

ATG

AUG

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

stop kodonai (6)

A 
TAA
TAG
TGA
UAA
UAG
UGA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

ką sukelia pasikeitimai vienoje sistemos dalyje?

A

visos sistemos pokyčius

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

kas yra fraktalai?

A

objektai ar dydžiai, kuriems būdingas savipanašumas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

ar galima fraktalą diferencijuoti?

A

ne, jo išvestinė neegzistuoja

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

ką gali RNR? (3)

A
  1. kaupti info
  2. katalizuoti chem. reakcijas
  3. kopijuoti save
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

kas pakeitė RNR info kaupimo atžvilgiu?

A

DNR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

kas pakeitė RNR chem. reakcijų katalizavimo atžvilgiu?

A

baltymai

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

ką gali atskleisti lyginami sesės ir brolio genomai?

A

naujas mutacijas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

ką gali atskleisti lyginami žmogaus ir gyvūno genomai?

A

reikšmingiausius evoliucinius kitimus

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

kas yra LUCA?

A

visuotinis gyvybės protėvis, seniausias baltymų sintezės receptų rinkinys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

kiek vaikas turi naujų elementų genome, kurių neturi mama ar tėvas?

A

100

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

kas neleido archėjoms ir bakterijoms vystytis į sudėtingesnius organizmus?

A

energetinis barjeras

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

ką daro splaisosomos?

A

iškerpa intronus iš RNR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

3 pagrindiniai sekų lyginimo principai

A
  1. elementai keičia vieni kitus
  2. įsiterpia papildomi
  3. dingsta elementai
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

ką saugo general feature format (GFF)?

A

visą genomo info

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

ką saugo gene transfer format (GTF)?

A

genų struktūros info

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

ką saugo variant call format (VCF)?

A

skirtumus nuo referentinio genomo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

kas yra mikrogardelė?

A

tūkstančiai mikroskopinių DNR taškų ant kieto paviršiaus (stiklo, plastiko ar silikoninės plokštelės).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

kam naudojama mikrogardelė?

A

genų raiškos profiliavimui

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

kas yra daugiamačiai duomenys?

A

objektai, kuriuos charakterizuoja faktiniai parametrai (požymiai, savybės, rodikliai, ypatybės, žymenys)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

kas nusako vieną konkretų analizuojamos aibės objektą?

A

tam tikras parametrų reikšmių rinkinys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

kaip dar įvardijami objektai? (2)

A

vektoriais;

taškais

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

kaip dar įvardijami parametrai? (2)

A

komponentėmis;

požymiais

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

daugiamatės analizės metodai (2)

A
  1. pagr. komponenčių analizė

2. nepriklausomų komponenčių analizė

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

pagr. komponenčių analizės metodo uždavinys

A

sumažinti pertekliško pradinio duomenų rinkinio, turinčio tarpusavy priklausomų kintamųjų, dimensiją, neprarandant ifo apie pradinių duomenų dispersiją

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

kam skirtas Needleman-Wunsch globalaus sekų sulyginimo algoritmas?

A

rasti optimalius dviejų sekų sulyginimus, naudojant optimalius sekų fragmentų sulyginimus.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

kas yra dinaminio programavimo algoritmai?

A

tie, kurie siekia optimalaus rezultato tai darydami ne su visais duomenimis, bet jų atkarpomis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

iš ko sudarytas grafas?

A

iš lankais sujungtų viršūnių

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

kas yra orientuotas grafas?

A

grafas, kurio briaunos turi kryptį

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

kas yra trivialusis grafas?

A

grafas, turintis tik vieną viršūnę ir nei vienos briaunos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

kas yra tuščias grafas?

A

grafas be briaunų

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

kas yra nulinis grafas?

A

grafas be viršūnių ir be briaunų

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

kas medis yra grafų teorijoje?

A

jungus neorientuotas grafas be ciklų

39
Q

kas yra miškas?

A

grafas, sudarytas iš vieno ar kelių medžių

40
Q

kas yra šakninis medis?

A

medis, kurio viena viršūnė yra išskirta iš kitų ir vadinama šaknimi

41
Q

ką vaizduoja lapai?

A

išlikusias rūšis ar sekas, vadinamas taksonominiais vienetais

42
Q

ką vaizduoja briaunų ilgiai?

A

evoliucijos laiką

43
Q

kas yra medis be šaknų?

A

grafas, jungiantis taksonominius vienetus vaizduojančius mazgus, rodantis jų ryšius, tačiau nenurodantis evoliucijos krypties

44
Q

dėl ko gali atsirasti genų divergencija? (2)

A
  1. evoliucinio išsidėstymo

2. dubliavimo

45
Q

kas yra filogenetinė rekonstrukcija?

A

optimalių filogenetinių medžių paieška tam tikrai aibei taksonominių vienetų

46
Q

3 pagr. filogenetinės rekonstrukcijos elementai

A
  1. homolog. sekų šeimos parinkimas
  2. sekų sumažinto sulyginimo paieška
  3. medžio sudarymas
47
Q

medžio sudarymo metodai (3)

A
  1. taupumo metodas
  2. atstumų
  3. tikimybiniai maksimalaus panašumo metodai
48
Q

koks yra kainos vienetas?

A

vienas elemento pasikeitimas

49
Q

kokia yra topologijos kaina?

A

visų šakų kaina

50
Q

kokia vienos šakos kaina?

A

suma visų pasikeitimų toje šakoje

51
Q

molekulinio laiko taisyklė

A

taksonominių vienetų evoliucijos greičiai yra pastovūs

52
Q

kas yra ultramerinis matmuo?

A

bet kuris atstumo matmuo tarp aibės narių, tenkinantis reikalavimą “jei jis yra 1 iš 3, iš kurių 2 lygūs ir didesni už trečią”

53
Q

žvaigždinio sulyginimo principai (2)

A
  1. lyginama pradedant nuo žvaigždės

2. jei tarpas, visur tarpas

54
Q

kaip veikia FASTA algoritmas? (3)

A
  1. apibrėžiama intereso sritis matricoje
  2. atliekama optimalaus sulyginimo paieška atitinkamu algoritmu
  3. matricos elementai, likę už intereso ribų, prilyginami begalybei
55
Q

BLAST algoritmo esmė

A

ieško kuo ilgesnės sutampančios sekos (pradeda nuo trumpų sutampančių segmentų)

56
Q

porinio sekų sulyginimo tikslai (2)

A
  1. sekos identifikavimas

2. genetiškai artimi organizmai

57
Q

daugybinio sekų sulyginimo (MSA) bruožai (2)

A
  1. lyginama 3 ir daugiau sekų

2. taikoma tada, kai jau žinoma, kad sekos tarpusavy giminingos

58
Q

MSA tikslai (2)

A
  1. nustatyti panašumus ir skirtumus tarp sekų (konservatyvumas)
  2. evoliucinių ryšių nustatymas (filogenetiniai medžiai)
59
Q

progresyvinio euristinio metodo bruožai (4)

A
  1. globalus porinis sulyginimas
  2. pradeda nuo panašiausių sekų porų
  3. laiko atžvilgiu efektyvus
  4. priklausomybė nuo pirminio porinio sekų sulyginimo klaidų (jei tarpas, tai visad tarpas)
60
Q

progresyvinio euristinio metodo pvz (2)

A

CLUSTAL, MUSCLE

61
Q

koks metodas rekomenduotinas baltymams taikant daugybinį sekų sulyginimą?

A

Clustal Omega

62
Q

koks metodas rekomenduotinas DNR sekoms taikant daugybinį sekų sulyginimą? (2)

A

MUSCLE arba MAFFT

63
Q

CLUSTAL algoritmo input ir output

A

input - daugybinis fasta

output - daugybinis sekų sugretinimas (.aln)

64
Q

iteratyvinio euristinio metodo bruožai (4)

A
  1. pirmiausia atlieka lokalų ir globalų sulyginimą
  2. geriausi sutapimai naudojami tolimesniems žingsniams
  3. tikslesnis už progresyvinį metodą
  4. lėtesnis už progresyvinį metodą
65
Q

iteratyvinio euristinio metodo pvz

A

T-COFFEE

66
Q

ką parodo sekų logos?

A

bazių pasiskirstymą kiekvienoje sekos pozicijoje, jų proporcija išreikšta raidės dydžiu

67
Q

kas yra konservatyvios sekos?

A

baltymo struktūros elementai, atsakingi už baltymo struktūros palaikymą

68
Q

kas yra teigiama atranka?

A

kai sekose pastoviai didėja pasikeitimų dažnis

69
Q

kas yra neigiama atranka?

A

kai sekų pasikeitimai reti

70
Q

kas yra neutrali atranka?

A

pasikeitimai yra atsitiktinai atsiradusios mutacijos, kruios neatitinka Darvino atrankos modelio, bet gali būti susijusios su struktūriniais pakitimais

71
Q

iš ko sudarytas filogenetinis medis? (4)

A
  1. mazgo
  2. lapų
  3. šaknies
  4. šakų
72
Q

filogenetinių medžių tipai (2)

A
  1. šakninis

2. nešaknis

73
Q

kas yra šakninis medis?

A

kryptinis medis su unikaliu mazgu, atitinkančiu bedrą visų lapų protėvį

74
Q

kas yra bešaknis medis?

A

iliustruojantis lapų panašumą, bet nedarantis prielaidų apie protėvius

75
Q

filogenetinių medžių vaizdavimui naudojamos diagramos (3)

A
  1. dendrograma
  2. kladograma
  3. filograma
76
Q

kas yra dendrograma?

A

bet kokio tipo filogenetinį medį vaizduojanti diagrama

77
Q

kas yra kladograma?

A

diagrama, kurioje vaizduojamas tik medžio šakojimasis be atstumo tarp organizmų

78
Q

kas yra filograma?

A

diagrama, kurioje vaizduojamas evoliucinių pasikeitimų skaičius, šakų ilgis nurodo atstumus tarp organizmų

79
Q

potransliacinės modifikacijos (4)

A
  1. kirpimai aminor. sekoje
  2. fragmentų pašalinimas
  3. chem. modifikacijos
  4. lipidų ar glikozidų įterpimas
80
Q

homologų skirtymas (2)

A
  1. ortologai

2. paralogai

81
Q

kas yra ortologai?

A

homol. sekos tarp skirtingų rūšių, turinčios tą pačią funkciją

82
Q

kas yra paralogai?

A

homologinės to paties org. sekos, turinčios skirtingą funkciją, atsirandančios dėl evoliucijos eigoje geno dublikacijos

83
Q

kokio tipo db yra Genbank?

A

pirminė

84
Q

kokio tipo db yra RefSeq?

A

antrinė

85
Q

kokios grandinės vadinamos visiškai sujungtomis?

A

Markovo grandinės, kurioms visų perėjimų tikimybės yra ne nuliai

86
Q

I rūšies klaida

A

mažos tikimybės, kur turėtų būr didelės

87
Q

II rūšies klaida

A

didelės tikimybės, kur turėtų būt mažos arba nebūt

88
Q

dinaminio programavimo algoritmai paslėptos Markovo grandinės modeliams (3)

A
  1. Viterbi
  2. pirmyn
  3. atgal
89
Q

programavimo kalbos pagal vykdymo tipą (3)

A
  1. kompiliuojamos
  2. interpretuojamos
  3. mišrios
90
Q

kompiliuojamų kalbų pvz (2)

A

C,

Pascal

91
Q

interpretuojamų kalbų pvz (5)

A 
BASIC,
PHP,
Perl,
Python,
Ruby
92
Q

mišrių kalbų pvz

A

Java

93
Q

programavimo kalbos pagal abstrakcijos lygį (4)

A
  1. mašininis kodas
  2. žemo lygio kalbos (Asembleris)
  3. sisteminės kalbos (C)
  4. objektinės kalbos (SmallTalk)
94
Q

programavimo kalbos pagal paradigmą (5)

A
  1. funkcinės kalbos (Lisp, ML)
  2. procedūrinės kalbos (C, Pascal)
  3. Objektinės kalbos (SmallTalk, Java, Ruby)
  4. Loginės kalbos (Prolog)
  5. Mišrios (Python)

bioinformatics (1 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions