Exam Flashcards
1
Q
kuo nustatomi tiksliausi baltymų struktūros nustatymai? (2)
A
- rentgeno spindulių kristalografija
2. branduolių magnetiniu rezonansu
2
Q
ką atitinka normali molekulės būsena?
A
minimalią potencinę energiją
3
Q
ką aprašo 2 skirtingos potencinės energ. funkcijos dalys?
A
- cheminių jungčių komponentus
2. komponentus be jungčių
4
Q
iš ko sudaryti cheminių jungčių komponentai? (3)
A
- 3 pačios jungties dalys
- jungties kampas
- plokštumos pasisukimo kampas
5
Q
start kodonai (2)
A
ATG
AUG
6
Q
stop kodonai (6)
A
TAA TAG TGA UAA UAG UGA
7
Q
ką sukelia pasikeitimai vienoje sistemos dalyje?
A
visos sistemos pokyčius
8
Q
kas yra fraktalai?
A
objektai ar dydžiai, kuriems būdingas savipanašumas
9
Q
ar galima fraktalą diferencijuoti?
A
ne, jo išvestinė neegzistuoja
10
Q
ką gali RNR? (3)
A
- kaupti info
- katalizuoti chem. reakcijas
- kopijuoti save
11
Q
kas pakeitė RNR info kaupimo atžvilgiu?
A
DNR
12
Q
kas pakeitė RNR chem. reakcijų katalizavimo atžvilgiu?
A
baltymai
13
Q
ką gali atskleisti lyginami sesės ir brolio genomai?
A
naujas mutacijas
14
Q
ką gali atskleisti lyginami žmogaus ir gyvūno genomai?
A
reikšmingiausius evoliucinius kitimus
15
Q
kas yra LUCA?
A
visuotinis gyvybės protėvis, seniausias baltymų sintezės receptų rinkinys
16
Q
kiek vaikas turi naujų elementų genome, kurių neturi mama ar tėvas?
A
100
17
Q
kas neleido archėjoms ir bakterijoms vystytis į sudėtingesnius organizmus?
A
energetinis barjeras
18
Q
ką daro splaisosomos?
A
iškerpa intronus iš RNR
19
Q
3 pagrindiniai sekų lyginimo principai
A
- elementai keičia vieni kitus
- įsiterpia papildomi
- dingsta elementai
20
Q
ką saugo general feature format (GFF)?
A
visą genomo info
21
Q
ką saugo gene transfer format (GTF)?
A
genų struktūros info
22
Q
ką saugo variant call format (VCF)?
A
skirtumus nuo referentinio genomo
23
Q
kas yra mikrogardelė?
A
tūkstančiai mikroskopinių DNR taškų ant kieto paviršiaus (stiklo, plastiko ar silikoninės plokštelės).
24
Q
kam naudojama mikrogardelė?
A
genų raiškos profiliavimui
25
kas yra daugiamačiai duomenys?
objektai, kuriuos charakterizuoja faktiniai parametrai (požymiai, savybės, rodikliai, ypatybės, žymenys)
26
kas nusako vieną konkretų analizuojamos aibės objektą?
tam tikras parametrų reikšmių rinkinys
27
kaip dar įvardijami objektai? (2)
vektoriais;
| taškais
28
kaip dar įvardijami parametrai? (2)
komponentėmis;
| požymiais
29
daugiamatės analizės metodai (2)
1. pagr. komponenčių analizė
| 2. nepriklausomų komponenčių analizė
30
pagr. komponenčių analizės metodo uždavinys
sumažinti pertekliško pradinio duomenų rinkinio, turinčio tarpusavy priklausomų kintamųjų, dimensiją, neprarandant ifo apie pradinių duomenų dispersiją
31
kam skirtas Needleman-Wunsch globalaus sekų sulyginimo algoritmas?
rasti optimalius dviejų sekų sulyginimus, naudojant optimalius sekų fragmentų sulyginimus.
32
kas yra dinaminio programavimo algoritmai?
tie, kurie siekia optimalaus rezultato tai darydami ne su visais duomenimis, bet jų atkarpomis
33
iš ko sudarytas grafas?
iš lankais sujungtų viršūnių
34
kas yra orientuotas grafas?
grafas, kurio briaunos turi kryptį
35
kas yra trivialusis grafas?
grafas, turintis tik vieną viršūnę ir nei vienos briaunos
36
kas yra tuščias grafas?
grafas be briaunų
37
kas yra nulinis grafas?
grafas be viršūnių ir be briaunų
38
kas medis yra grafų teorijoje?
jungus neorientuotas grafas be ciklų
39
kas yra miškas?
grafas, sudarytas iš vieno ar kelių medžių
40
kas yra šakninis medis?
medis, kurio viena viršūnė yra išskirta iš kitų ir vadinama šaknimi
41
ką vaizduoja lapai?
išlikusias rūšis ar sekas, vadinamas taksonominiais vienetais
42
ką vaizduoja briaunų ilgiai?
evoliucijos laiką
43
kas yra medis be šaknų?
grafas, jungiantis taksonominius vienetus vaizduojančius mazgus, rodantis jų ryšius, tačiau nenurodantis evoliucijos krypties
44
dėl ko gali atsirasti genų divergencija? (2)
1. evoliucinio išsidėstymo
| 2. dubliavimo
45
kas yra filogenetinė rekonstrukcija?
optimalių filogenetinių medžių paieška tam tikrai aibei taksonominių vienetų
46
3 pagr. filogenetinės rekonstrukcijos elementai
1. homolog. sekų šeimos parinkimas
2. sekų sumažinto sulyginimo paieška
3. medžio sudarymas
47
medžio sudarymo metodai (3)
1. taupumo metodas
2. atstumų
3. tikimybiniai maksimalaus panašumo metodai
48
koks yra kainos vienetas?
vienas elemento pasikeitimas
49
kokia yra topologijos kaina?
visų šakų kaina
50
kokia vienos šakos kaina?
suma visų pasikeitimų toje šakoje
51
molekulinio laiko taisyklė
taksonominių vienetų evoliucijos greičiai yra pastovūs
52
kas yra ultramerinis matmuo?
bet kuris atstumo matmuo tarp aibės narių, tenkinantis reikalavimą "jei jis yra 1 iš 3, iš kurių 2 lygūs ir didesni už trečią"
53
žvaigždinio sulyginimo principai (2)
1. lyginama pradedant nuo žvaigždės
| 2. jei tarpas, visur tarpas
54
kaip veikia FASTA algoritmas? (3)
1. apibrėžiama intereso sritis matricoje
2. atliekama optimalaus sulyginimo paieška atitinkamu algoritmu
3. matricos elementai, likę už intereso ribų, prilyginami begalybei
55
BLAST algoritmo esmė
ieško kuo ilgesnės sutampančios sekos (pradeda nuo trumpų sutampančių segmentų)
56
porinio sekų sulyginimo tikslai (2)
1. sekos identifikavimas
| 2. genetiškai artimi organizmai
57
daugybinio sekų sulyginimo (MSA) bruožai (2)
1. lyginama 3 ir daugiau sekų
| 2. taikoma tada, kai jau žinoma, kad sekos tarpusavy giminingos
58
MSA tikslai (2)
1. nustatyti panašumus ir skirtumus tarp sekų (konservatyvumas)
2. evoliucinių ryšių nustatymas (filogenetiniai medžiai)
59
progresyvinio euristinio metodo bruožai (4)
1. globalus porinis sulyginimas
2. pradeda nuo panašiausių sekų porų
3. laiko atžvilgiu efektyvus
3. priklausomybė nuo pirminio porinio sekų sulyginimo klaidų (jei tarpas, tai visad tarpas)
60
progresyvinio euristinio metodo pvz (2)
CLUSTAL, MUSCLE
61
koks metodas rekomenduotinas baltymams taikant daugybinį sekų sulyginimą?
Clustal Omega
62
koks metodas rekomenduotinas DNR sekoms taikant daugybinį sekų sulyginimą? (2)
MUSCLE arba MAFFT
63
CLUSTAL algoritmo input ir output
input - daugybinis fasta
| output - daugybinis sekų sugretinimas (.aln)
64
iteratyvinio euristinio metodo bruožai (4)
1. pirmiausia atlieka lokalų ir globalų sulyginimą
2. geriausi sutapimai naudojami tolimesniems žingsniams
3. tikslesnis už progresyvinį metodą
4. lėtesnis už progresyvinį metodą
65
iteratyvinio euristinio metodo pvz
T-COFFEE
66
ką parodo sekų logos?
bazių pasiskirstymą kiekvienoje sekos pozicijoje, jų proporcija išreikšta raidės dydžiu
67
kas yra konservatyvios sekos?
baltymo struktūros elementai, atsakingi už baltymo struktūros palaikymą
68
kas yra teigiama atranka?
kai sekose pastoviai didėja pasikeitimų dažnis
69
kas yra neigiama atranka?
kai sekų pasikeitimai reti
70
kas yra neutrali atranka?
pasikeitimai yra atsitiktinai atsiradusios mutacijos, kruios neatitinka Darvino atrankos modelio, bet gali būti susijusios su struktūriniais pakitimais
71
iš ko sudarytas filogenetinis medis? (4)
1. mazgo
2. lapų
3. šaknies
4. šakų
72
filogenetinių medžių tipai (2)
1. šakninis
| 2. nešaknis
73
kas yra šakninis medis?
kryptinis medis su unikaliu mazgu, atitinkančiu bedrą visų lapų protėvį
74
kas yra bešaknis medis?
iliustruojantis lapų panašumą, bet nedarantis prielaidų apie protėvius
75
filogenetinių medžių vaizdavimui naudojamos diagramos (3)
1. dendrograma
2. kladograma
3. filograma
76
kas yra dendrograma?
bet kokio tipo filogenetinį medį vaizduojanti diagrama
77
kas yra kladograma?
diagrama, kurioje vaizduojamas tik medžio šakojimasis be atstumo tarp organizmų
78
kas yra filograma?
diagrama, kurioje vaizduojamas evoliucinių pasikeitimų skaičius, šakų ilgis nurodo atstumus tarp organizmų
79
potransliacinės modifikacijos (4)
1. kirpimai aminor. sekoje
2. fragmentų pašalinimas
3. chem. modifikacijos
4. lipidų ar glikozidų įterpimas
80
homologų skirtymas (2)
1. ortologai
| 2. paralogai
81
kas yra ortologai?
homol. sekos tarp skirtingų rūšių, turinčios tą pačią funkciją
82
kas yra paralogai?
homologinės to paties org. sekos, turinčios skirtingą funkciją, atsirandančios dėl evoliucijos eigoje geno dublikacijos
83
kokio tipo db yra Genbank?
pirminė
84
kokio tipo db yra RefSeq?
antrinė
85
kokios grandinės vadinamos visiškai sujungtomis?
Markovo grandinės, kurioms visų perėjimų tikimybės yra ne nuliai
86
I rūšies klaida
mažos tikimybės, kur turėtų būr didelės
87
II rūšies klaida
didelės tikimybės, kur turėtų būt mažos arba nebūt
88
dinaminio programavimo algoritmai paslėptos Markovo grandinės modeliams (3)
1. Viterbi
2. pirmyn
3. atgal
89
programavimo kalbos pagal vykdymo tipą (3)
1. kompiliuojamos
2. interpretuojamos
3. mišrios
90
kompiliuojamų kalbų pvz (2)
C,
| Pascal
91
interpretuojamų kalbų pvz (5)
```
BASIC,
PHP,
Perl,
Python,
Ruby
```
92
mišrių kalbų pvz
Java
93
programavimo kalbos pagal abstrakcijos lygį (4)
1. mašininis kodas
2. žemo lygio kalbos (Asembleris)
3. sisteminės kalbos (C)
4. objektinės kalbos (SmallTalk)
94
programavimo kalbos pagal paradigmą (5)
1. funkcinės kalbos (Lisp, ML)
2. procedūrinės kalbos (C, Pascal)
3. Objektinės kalbos (SmallTalk, Java, Ruby)
4. Loginės kalbos (Prolog)
5. Mišrios (Python)
