Exam 3

Question 1

Comment sont nommés les mécanismes utilisant deux substrat

Answer 1

• Bi-Bi séquentiel au hasard
• Bi-Bi séquantiel ordonné
• Ping-Pong

Question 2

Comment distinguer les différents mécanismes
- Bi-Bi séquentiel au hasard
- Bi-Bi séquantiel ordonné
- Ping-Pong

Answer 2

Deux graphiques possibles
1. Km selon (A):
- Séquentiel aléatoire et Ping pong sont logarithmiques;
- Séquentielle aléatoire a une plus grande Km apparente que Ping, pong, car mécanisme de merde
2. 1/v selon 1/(A), c’est-à-dire même traitement que Lineweaver-Burke:
- Si les droites de différentes (B) sont parallèles = Ping-Pong
- Si les droites de différentes (B) se croisent = un des modèle séquentiel

Question 3

Qu’est ce qu’un modèle séquentiel? Qu’est-ce qui différencie les mécanismes séquentiel au hasard et ordonnée?

Answer 3

Un mécanisme séquentiel est un mécanisme qui nécessite la formation du complexe ternaire (EAB) avant que la catalyse puisse s’effectuer.
L’ordre de liaison des deux substrats est ce qui différencie les deuc mécanismes. Dna sun mécanisme séquentiel au hasard, l’ordre de liaison de substrats n’a pas d’importance (il n’y a pas d’ordre. Dans un mécanisme séquentiel ordonné, il y a un ordre de liaison précis (E-A-B)

Question 4

Quelle est la différence entre les mécanismes séquentiels et le mécanisme Ping-Pong?

Answer 4

Aucun complexe ternaire n’est formé dans un mécanisme Ping-Pong. Un seul substrat est lié à l’enzyme à la fois. E + A = E’ ; E’ + B = E

Question 5

Qu’est ce que la biologie des systèmes?

Answer 5

La science des réseaux moléculaires formés à partir de données expérimentales et modélisées mathématiquement.

Question 6

Nommez les trois objectifs et concepts propres à la modélisation et la simulation de systèmes biologiques

Answer 6

P;O;B
1. Prédire le comportement d’un système
2. Optimiser le comprtement d’un système
3. Bâtir un mécanisme de contrôle d’un système.

Question 7

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes en modifiant la concentration de substrat?

Answer 7

Modifie la vitesse de réaction, surtout à des concentrations inférieures à la Km

Question 8

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes en modifiant la concentration d’enzyme?

Answer 8

La concentration d’enzyme affecte directement la vitesse de réaction de manière proportionnelle

Question 9

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par coopérativité?

Answer 9

Augmentation de l’activité de l’enzyme par la liason de ligands sans changement de conformation

Question 10

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par allostérie?

Answer 10

modification de la conformation d’une enzyme en liant une autre molécule dessus. Peut augmenter, comme diminuer l’activité de l’enzyme

Question 11

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par inhibition?

Answer 11

Que ce soit un inhibiteur faisant partie de la réaction ou non, il y a diminution de la vitesse de réaction.

Question 12

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes à l’aide de modifications covalentes?

Answer 12

Modification des propriétés de l’enzyme (ex: par phosphoryllation). Modifie la spécificité du substrat par exemple

Question 13

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par l’utilisation d’aa non-standard?

Answer 13

Facilitation des substitutions nucléophiles. Augmentation de l’activité des enzymes réalisant ce type de réaction

Question 14

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par interaction protéine-protéine?

Answer 14

Peuvent masquer/ rendre accessible le site actif

Question 15

Comment peut-on réguler l’activité des enzymes par coupure protéolytique?

Answer 15

IRRÉVERSIBLE
Changement de conformation, exposant toujours le site actif

Question 16

Pourquoi réguler l’étape limitante des voies métabolique? Quel en est la conséquence?

Answer 16

C,est l’étape la plus importantne. Mène à une accumulation de précurseur

Question 17

Qu’est-ce que la régulation des voies métabolique par rétro-régulation?

Answer 17

Le produit final d’une voie contrôle (inhibe) sa propre synthèse

Question 18

Qu’est-ce que la régulation des voies métabolique par l’alimentation de la voie métabolique?

Answer 18

Le produit d’une voie contrôle (stimule) sa propre synthèse

Question 19

Qu’est-ce que la régulation des voies métabolique par canalisation S/P?

Answer 19

Les intermédiaires d’une voie sont tranférés d’une enzyme à l’autre, jmai relâchés dans le milieu. Permet à une voie métabolique de fonctionner plus rapidement

Question 20

Explique la différence entre les enzymes ancestrales et les enzymes moderne au niveau de leur activité et de la variété de substrats reconnus.

Answer 20

Les enzymes ancestrales sont générales; elles ont une activité plus faible, mais reconnaissent une grande variété de substrats
Les enzymes moderned sont spécialisées; elles ont une activité très forte, mais reconnaissent un très petit nombre de substrats

Question 21

Quel est l’intérêt d’utiliser une enzyme ancestrale?

Answer 21

Elles ont une meilleure stabilité à des températures plus hautes et elles reconnaissent un grand nombre de substrat

Question 22

Quelles sont les deux approches d’ingénierie des enzymes?

Answer 22

Évolution dirigée: Introduction de mutation, puis sélection des bon clones
Design rationel: Nécessite la connaissance de la séquence et structure. Introduction de mutations ponctuelles. Introduction, délétion de structures secondaires

Question 23

Nommer les trois sortes de catalyseurs biologiques ainsi que leur principales caractéristiques.

Answer 23

Ribozymes: Catalyse la coupure de liens
DNAzymes: +: meilleur ratio $/bénéfice que Ribozymes; -: masque le site actif et requiert une (M) bcp plus haute que la concentration physiologique
Anticorps catalytiques: faible activité, se lie très fortement à l’état de transition

Question 24

Comment les anticorps catalytiques sont-ils obtenus? Nommer et décrire les deux moyens.

Answer 24

Approche chimique: un antigène (haptène (composé d’un analogue de l’état de transition et d’une grosse protéine)) est reconnu par la région Fab de l’anticorps. Des cellules excrètent des anticorps et sont ensuite isolées, puis immortalisé en les fusionnant à des ceulles cancéreuses. Les cellules fusionnées sont cultivéeset l’activité catalytique est ensuite détectée.
Approche Biologique: 1) en utilisant une enzyme 2) en utilisant un inhibiteur protéique

Question 25

Nommer les trois méthodes implicants le mélange des réactifs, leurs avantage et leur désavantage.

Answer 25

Mélangeur à flux continu: -: requiert une grande quantité de réactif +: la longueur de la méthode permet d’utiliser des méthodes de détection spectroscopiques longues, telles que IR et Raman
Mélangeur à flux arrêté: +: utilisation de peu de réactifs, détection par fluorescence/ dichroisme circulaire
Mélangeur à flux étanché: +: permet de récupérer des aliquotes des réactifs

Question 26

Nommer les deux méthodes m’implicants pas le mélange de réactifs, leurs avantage et leur désavantage.

Answer 26

Photolyse laser: Réaction débutée par exposition lumineuse intense (courte (10-9 à 10-15). Mesure cinétique de relaxation. +: permet de distinguer réaction bimoléculaires vs géminées
Saut de Température/pH, Pression: Réaction débutée par exposition à un arc eélectrique court, mais puissant. MEsure de la cinétique de relaxation

Question 27

À quoi sert l’enzymologie dans le processus de dévéloppement de médicament?

Answer 27

Sert à identifier une molécule active sur la cible.

Question 28

Qu’est ce qu’une cible?

Answer 28

Site de liaison d’une molécule, souvent le site d’interaction avec un médicament

Question 29

Quel est l’impact du type d’inhibition sur la modification de (S)

Answer 29

diminution de (S): favorise Inhibiteur compétitif
augmentation de (S): favorise inhibiteur incompétitif

Question 30

Quel est la nuance entre pharmacocinétique et pharmacodynamique

Answer 30

pharmacocinétique: étude du destin d’une substance active contenue dans un médicament après son administration dans un système
pharmacodynamique: description des effets induits par un principe actif (médicament) dans un organisme

Question 31

nommer les trois aspect réglementaire du développement des médicaments et les décrire

Answer 31

Prescription médicale: donner accès à des médicaments
Contrôle de la publicité: Empêche des fausses proclamations
Agences réglementaires ex: DFA: encadre le processus d’approbation de nouveaux médicaments et s’assure du suivi des médicament à la suite de leur mise en marché.