Exam 2 Flashcards
A quel extremite les ADN pol ajoutent les nucleotides ?
3”
Quel est le sens de la synthese de l’ADN?
5’ vers 3’
Quel est le mode de replication de l’ADN? comment a-t-on surnomme celui de E.coli?
Semi-conservatif
le mode Theta ø pour E.coli
Qu’estce que la structure theta nous apprend sur la replication de l’ADN?
1) que L’adn double brin se replique par separation progressive des deux brins
2)Que les brins completaires aux brins parentaux sont synthetise en meme temps de façon a produire deux duplex identiques
Qu’elle ADN catalise le superenroullement de l’ADN?
L’ADN Gyrase
Quel est le role de l’ADN gyrase?
elle elimine kes tensions de torsions en produisant des supertours negatifs de l’ADN (coupure par une endonuclease)
combien de nt nécessitent un fragment d’okazaki?
envrion 2000
Quel ADN lie les fragments d’okazaki?
l’ADN ligase par des liens covalents
Que neccessitent les ADN pol pour allonger un brin?
un groupement 3’-OH libre et une amorce de 1 a 60 nt complémentaires
Quel composante produit les amorces d’arn pour les fragments ?
La primase
Quel est l’autre nom de la primase et le debut de sa sequence ?
Aussi appelle DnaG et commence par pppAG
Quels sont les deux mecanismes generaux de la regulation de la traduction chez les bacteries ?
1) les proteines se fixe pres du site de liaison du ribosome (RBS) et regule negativement l’initiation
2) Un ARNm forme des appariement de base avec luimeme pour masquer un ou plusieurs RBS
Comment fonctionne la regulation avec les RBS?
comme un operon. La laison de proteines pres du site empeche l’arn 16S d’acceder au RBS
Comment fonctionne le mode de regulation par repliement de bases ?
L’expression du gene 1 détruit les appariemment de base et expose les autres genes
Que sont les proteines R
Des proteines ribosomiques
Comment agissent les proteines r?
Ils agissent comme represseur de leur propre synthese (operon) et pour chaque proteine, un protéine r se lie au site de l’ARNm ou debute la traduxtion ce qui empeche la liaison des ribosomes
Comment l’expression des protéines r est-elle couplée à la quantité d’ARNr?
- Les sites de liaisons sur l’ARNr et sur l’ARNm ont des séquences primaires et structures secondaire très similaire
- Le site de liaison sur l’ARNm inclût le codon d’initiation AUG, ce qui explique que la liaison d’un excès S8(INDICATEUR) sur l’ARNm inhibe l’initiation de la traduction
- Puisque S8 se lient plus fortement sur l’ARNr que sur l’ARNm, la traduction est reprimé seulement lorsque la cellule a comblé ses besoins en protéines pour l’assemblage des ribosomes.
Quels autres moyens sont utilisés chez les bactéries pour inhiber l’initiation de la traduction?
- Quelques aaRs régulent leur expression en se fixant sur leur propre ARNm
- L’ARNm peut former des structures favorisant ou inhibant la traduction en fonction des conditions environnementales
quel est le role des ribocommutateurs? et comment fonctionnent t-ils?
Reguler l’initiation de la traduction
En presence du ribo SAM, la conformation de l’ARNm change ce qui empeche le ribosome de se lier et d’initier la traduction. C’est une autorégulation
Pourquoi les ARNm bactériens ne sont pas tous traduits à la même vitesse?
1) la vitesse peut varier d’un facteur 100 en fonction de la sequence shine-Delgarno
2) la vitesse depend de la frequence des codons et donc de leur ARNt
Au niveau global, la traduction chez les eucaryotes se fait à quel étapes de l’initiation?
1) reconnaissance de l’ARNm
2) liaison de l’ARNt initateur a la sous-unites 40s
comment est controle le mécanisme d’inhibition chez les eucaryotes?
Par phosphorylation
La phosphorylation de la sous-unité alpha de eIF2 est un mécanisme d’inhibition largement répandu. Qu’empêche-t-elle?
eIF2-GTP est neccessaire pour acheminer lARNt initateur vers la SU 40s, sa phosphorylation inhibe l’activite du GTP donc pas ou peu d’aheminement donc pas de traduction
Quels enzymes permettent la phosphorylation ?
les kinases
Combien de kinases possendent les Cellules humaines?
4 kinases :
1. HRI (Heme-regulated inhibition)
2. PKR (Protein kinase R)
3. GCN2 (General control non-depressible 2)
4. PEK (Pancreatic eIF2 kinase)
comment et ou est activee HRI(HEME regulated inhibition)
Dans les reticulocytes lorsque l’HEME est en qtité insuffisante ou suite a un stress ocydatif. En absence d’hème, il n’y a pas suffisament de cofacteur pour faire de l’hémoglobine, vaut mieux arrêter la traduction
Comment est activé la kinase PKR?
Par la présence d’un ARN double brin (provenant des virus) On doit arrêter la traduction en présence d’ARN double brin afin de ne pas traduire de génome virale
Comment est activé la kinase GCN2?
Par la liaison avec des ARNt non chargé (cellule en carence d’acides aminés)
Comment est activé la kinase PEK?
Lorsque le réticulum endoplasmique contient un excès de protéines non repliées à cause de différents stress.
Qu’est-ce que l’hème?
Une molécule ferreuse qui capte l’O2 dans l’hémoglobine
Comment la phosphorylation d’eIF2 prévient l’initiation de la traduction de l’ARNm de l’hémoglobuline?
Sans hème, la protéine HCR est active (kinase). Au même moment, eIF2 se lie à eIF2B qui regénère normalement le GTP. Cependant, puisque le GTP ne peut plus être regénéré, l’ARNm ne peut être traduit. L’initiation de la traduction ne peut donc débuter.
Quel cofacteur d’initiation est cible par le deuxieme mécanisme d’inhibition et comment ?
le eIf4E
les proteines 4e-BP non phosphorylees competitionnent avec le eIF4G pour lier le eIF4E ce qui empeche la reconnaissance de la coiffe en 5’
Quel proteine phosphoryle les 4E-BP
les proteines kinases mTor
Quel effet la phosphorylation de 4E-BP peut avoir sur la cellule?
lorsque phosphorylee elles n’ont aucun impact sur la cellule
Qu’est-ce qui active la protéine kinase mTor?
Les facteurs de croissance, les hormones et des facteurs stimulants
Que vise les inhibiteurs de mTor?
Les cellules à croissance rapide (généralement cancéreuse). Les inhibiteurs de mTor sont généralement des agents chimiothérapeutes efficaces.
Que permet la liaison à eIF4E?
La localisation précise de plusieurs protéines (Ex: établissement correct de l’axe antéro-postérieur de l’ovocyte de la drosophile)
Quel est le rôle du gène Oskar chez la drosophile?
Indique où va la tête, où va les fesses et donc les ovaires
Quelles protéines inhibe la traduction d’Oskar lors du transport de la région antérieur à la région postérieur?
Bruno et Cup
À quoi se lie la protéine Bruno?
La région 3’ non traduite de l’ARNm Oskar
À quoi se lie la protéine Cup?
Se lie à Bruno sur l’ARNm. Cup est une 4E-BP. inhibe specifiquement Oskar
comment est transportée l’arnm Oskar?
sous forme bouclee avec cup bruno et le domaine eIF4e compleque avec bruno
Chez les vertébrés, quelle protéine inhibe la traduction de plusieurs ARNm durant le développement de l’ovocyte?
La protéine Maskin (4E-BP)
La protéine CPEB se fixe sur l’ARNm en 3’ et recrute la protéine Maskin. Cette protéine est de type 4E-BP. Cela signifie qu’elle se lie à eIF4E a la place de eIF4G ce qui inhibe l’initiation de la traduction
Quelle est la protéine liant l’ARN régulé par le fer qui contrôle la traduction de l’ARNm de la ferritine?
IRP (Iron regulated protein)
Quelle est la protéine qui régule la quantité de fer libre dans le corps?
La ferritine (lie le fer).
Les niveaux de ferritine doivent s’adapter rapidement aux niveaux de fer libre dans le corps
Que lie l’IRP?
Le fer et l’ARNm de la ferritine
comment fonctionne IRP?
Si la quantité de fer libre est suffisante, l’IRP va se lier aux fer libre. Au contraire, si la quantité de fer est insuffisante, l’IRP va reconnaître une structure en tige-boucle (IRE) dans l’ARNm de la ferritine et va s’y lié. Cela va empêcher l’initiation de la traduction. Donc si pas de fer, pas de ferritine. (Diapo 23-24 )
Quel est le rôle de Gcn4?
Régule l’expression des enzymes impliquées dans la synthèse des acides aminées. Lorsque les concentrations en aa sont forte Gcn4 n’est pas traduit puisqu’il a suffisamment d’aa dans la cellule. Cependant, lors d’un manque d’aa, l’initiation de la traduction est difficile puisqu’il n’a pas beaucoup d’ARNti chargé. Plusieurs ORF ne sont donc pas lu ce qui augmente la chance de traduire le Gcn4. (Diapo 25-26)
Quel type d’ARN permet le sauvetage des ribosomes qui traduisent des ARNm brisés?
L’ARN SsrA (ARNt&m)
À quel cofacteur d’élongation peut se lier les ARN SsrA?
EF-TU GTP
Quel acide aminé peut être chargé sur les ARN SsrA?
Alanine