Épissage de l'ARN Flashcards
Qu’est qu’un exon?
Une séquence codante d’ADN.
Qu’est qu’un intron?
Une séquence non-codante d’ADN.
Qu’est ce qui indique qu’une espèce est plus évolué en ce qui concerne l’épissage?
Les gènes contiennent plus d’introns.
Comment sont reconnu les sites d’épissages (Début et fin de l’intron)
Les extrémités sont marqués par des séquences précise de nucléotide. Extrémité 5’ GU et extrémité 3’ AG
Qu’elle est la séquence de nucléotides à l’extrémité 5’ ?
GU
Qu’elle est la séquence de nucléotide à l’extrémité 3’ ?
AG
Qu’elle est l’autre région clé dans le processus d’épissage?
La séquence consensus près de l’extrémité 3’ qui contient le nucléotide A qui sert de point de branchement.
Qu’elle taille peut avoir un intron?
60 à 800 000 paires de bases, donc très variable
Qu’elle est la séquence consensus?
YNYURAY où Y = pyrimidine, R = purine et N = A, T, C ou G
Le point de branchement A précède toujours quoi?
Une région riche en pyrimidine.
Comment se nomme le mécanisme d’épissage de l’ARN?
Transestérification
Qu’elle est la première étape de la tranestérification?
Le groupement OH-2’ du point de branchement A attaque le groupement phosphate du G de l’extrémité 5’ de l’intron et brise le pont phosphodiester.
Qu’elle est la deuxième étape de la transestérification?
Le groupement OH-3’ de l’exon libéré attaque le groupement phosphate 5’ du second exon. Les exons sont ainsi réunies et l’intron est expulsé.
Quel est le mécanisme utilisé pour l’ARN pré-messager pour l’épissage?
Le spliceosome
Que requiert l’épissage des introns?
L’hydrolyse d’ATP
Que contient le spiceosome?
150 protéines et 5 ARN
Comment fonctionne le spliceosome?
- ARN U1 se lie au site 3’
- U2AF65 et 35 se lie au site 5’
- BBP se lie au point de branchement A et est suivie de U2AF65
- BBP est remplacé par U2 qui induit une courbure dans le point de branchement A. Extrusion de A qui le rend accessible.
- U2AF65 est enlevé et U4, U5 et U6 prenne place sur l’intron et induise une courbure dans l’ARN.
- U1 et U4 sont enlevée
- U6 se replace est induit la forme de laçot à l’intron (PREMIÈRE RÉACTION DE TRANESTÉRIFICATION)
- La deuxième transestérification à lieu et libère l’intron
De quoi est composé le site actif du spliceosome?
ARN
Sur quoi sont basées les réarrangement pour former les différents complexe?
Sur des pairages ARN:ARN ce qui minimise les erreurs possible dans l’épissage
Qu’est ce qui minimise les erreurs possible dans l’épissage?
Pairage ARN:ARN
Qu’est ce qu’snRNP?
ARN et protéine
À quoi sert l’ATP dans la machinerie du spliceosome?
Elle est nécessaire aux réarrangements des différents ARN
Qu’elle est le site actif du spliceosome?
Complexe C formé dès le départ de U4 et le réarrangement de U6
Quel sont les introns qui utilise l’auto épissage?
Groupe II et groupe I
Qu’est ce que la complexe A?
U1 - U2 et U2AF
Qu’est ce que le complexe B?
U1 - U2 - U4 - U5 - U6
Étape d’épissage des introns du groupe I
- Un groupe 3’-OH d’une guanine forme une liaison phosphodiester avec l’extrémité 5’ de l’intron. (Différence avec l’épissage normal, c’est l’utilisation d’G au lieu du A)
- Le groupe 3’-OH de l’exon 1 forme une liaison phosphodiester avec 5’ de l’exon 2
- Le groupe 3’-OH de l’intron se lie avec le nucléotide 15.
Qu’est ce qu’une séquence guide interne?
C’est une séquence dans les introns du groupe I qui sert à identifier le site 5’ de l’épissage.
Quelles sont les types d’erreurs dans l’épissage?
- Non-reconnaissance d’un site d’épissage, donc on élimine un exon sans le vouloir.
- La reconnaissance d’une séquence ne correspondant pas à un site d’épissage, donc une partie de l’exon n’est pas conserver.
Nommer et expliquer un mécanisme assurant la fidélité de l’épissage.
- Il existe des facteurs reconnaissant les sites 5’ et 3’ d’épissage et sont associés au domaine CTD de l’ARN pol II.
- Il existe des séquences dans les exons (ESE, amplificateur exonique) qui sont reconnues par des protéines riches en sérine et en arginine. Ces séquences recrutent spécifiquement les complexes du spiceosome U2AF et U1 ce qui assurent que les sites utilisés sont les bons.
Qu’est ce qui distingue le spliosome mineur et le spliceosome majeur
Les dinécuotides qui permettent la reconnaissance des sites de liaison sont différents. AU en 5’ et AC en 3’.
Quel pourcentage des gènes humains subissent un épissage alternatif?
90%
Quels sont la façon d’obtenir un épissage alternatif?
- Saut d’un exon
- Extension d’un exon par épissage interne d’un intron
- Absence d’épissage d’un intron
- Exclusion mutuelle de certains exons ( si l’exon 2 est présent, alors l’exon 3 ne l’ai pas)
Quel est l’épissage alternatif le plus fréquent?
La présence ou l’absence d’un exon complet.
Quels sont les mécanismes menant à l’exclusion mutuelle des exons?
- Encombrement stérique ( La présence d’une ARN + protéine (U1, U2, U3) peut empêcher d’autre ARN + protéine de se lier au site et de permettre un bon épissage)
- Sites d’épissage pour le spliceosome majeur et le mineur en même temps
- Dégradation des ARNm avec un codon stop interne
Décriver le mécanisme qui assure le choix des exons 6 pour le gène Dscam chez la
drosophile.
La sélection de le bonne version de l’exon 6 sefait à l’aide d’un site d’arrimage (situé à la suite de l’exon 5) et d’une séquence de sélection (située en aval de chacun des version de l’exon 6). Chaque site de sélection est différente, mais chacune peu s’apparier avec le site d’arrimage. Seule une séquence de sélection peut se lier à la fois, donc une seule version de l’exon 6 à la fois. De plus, une protéine Hrp36 agit comme répresseur général de l’épissage en couvrant les autres version de l’exon 6.
Quelle protéine assure que seule une version de l’exon 6 est épissé?
Protéine Hrp36.
Qu’est-ce qu’un amplificateur d’épissage?
C’est une molécule qui permet de réguler l’épissage alternatif.
Les activateurs font partie de quelle famille de protéine?
Protéine SR, roche en arginine et et sérine qui sont capable d’intéragir avec le domaine du spliceosome.
Comment nomme t’on un amplificateur d’épissage qui se lit à l’exon?
ESE
Comment nomme t’on un amplificateur d’épissage qui se lit à l’intron?
ISE
Si un exon présente un amplificateur d’épissage et qu’il y a pas d’activateur qui se lie à l’amplificateur, est-ce que l’épissage à lieu?
NON, s’il y a un amplificateur, il DOIT y avoir un activateur.
S’il y à la fois un activateur et un inhibeur, dans le gène Tat du virus HIV que se produit t’il?
Le répresseur se propage et «gagne» en empêchant l’épissage.
Comment nomme t’on les répresseurs d’épissage?
Lier à l’exon : ESS
Lier à l’intron : ISS
Comment se détermine le sexe de la drosophile?
Dépend de la variante d’épissage d’un gène.
Quelle est la différence majeur entre les mâles et les femelles?
Les activateurs sis-a et sis-b sont présent en double sur le gène Sxl.
Comment se déroule le processus d’épissage pour les femelles?
- Les activateurs sis-a et sis-b (présent 2X) se lient au gène Sxl ainsi que le répresseur Dpn (présent 1X).
- Comme il y a plus d’activateur que de répresseur, le gène Sxl est activé.
(Chez le mâle il y a autant d’activateur que de répresseur, donc le gène est réprimé)
Dequoi l’expression du gène Tra dépend t’elle?
De la présence des promoteur Pe et Pm.
Pe est contrôler par quoi?
Par les activateurs sis a et sis-b
Quel est le rôle de la protéine Sxl?
Elle régule l’épissage de l’ARN des femelles. Il s’agit d’un répresseur.
Dans le cas du gène tra que ce passe t’il chez les drosophiles?
Femelles: Comme le gène est régulé par la protéine Sxl, la protéine Tra peu être exprimé. Tra est un activateur d’épissage.
Mâles: La protéine n’est pas exprimé
Que se passe t’il dans le gène dsx chez les drophophiles?
Femelles: Le gène Tra et Tra-2 aide à l’épissage et permette d’obtenir une protéine qui réprime les gènes mâle.
Mâles: Comme il n’y a pas de gène Tra, la protéine Dsx est différent et répresse les gènes femelles.
En quoi le maintien des introns chez les eucaryotes supérieurs favorise-t-il l’évolution?
- Les exons représentent des domaine protéiques avec des fonctions uniques
- Plusieurs gènes ont évolué pas la duplication d’exon.
- Plusieurs exons similaires se retrouvent dans des gènes différents et codant pour des protéines ayant des fonctions variée. (Permet de créer des nouvelles protéine).
Qu’est que l’édition de l’ARN?
Modification de l’ARN après sont épissage.
Quels sont les deux mécanisme d’édition de l’ARN?
La modification par substitution et ajout ou délétion d’uracile.
Qu’est ce que la modification par substitution?
On échange un nucléotide par un autre en raison de désamination se qui change le codon et la protéine exprimée.
Qu’est se que l’ajout ou la délétion d’uracile?
On ajoute ou en enlève à l’ARN des Uraciles à l’aide ARN guide.
