Enzimologija Flashcards
Šta su izvedene aminokiseline? Navesti primere.
To su aminokiseline koje nisu kodirane od strane DNK, već nastaju posttranslacionom modifikacijom neke od postojećih aminokiselina. Pimeri:
*4-hidrokiprolin
*5-hidroksilizin
*E-N-metil-lizin
*Gama-karboksiglutamat
Kakve su sledeće aminokiseline:
lizin
leucin
glutamat
glicin
prolin?
lizin - diaminomonokarboksilna kiselina (2 amino grupe)
leucin i glicin- monoamino-monokarboksilna kiselina (u vodenom rastvoru je u obliku dipolarnih molekula; električno neutralni molekuli)
glutamat - monoamino-dikarboksilna kiselina ( 2 karboksilne grupe)
prolin - imino kiselina (1 sekundarna amino grupa i 1 karboksilna grupa)
Kakve su sve aminokiseline osim glicina?
Sve su optički aktivne (okreću ravan polarizovane svetlosti levo ili desno) i sve su L-stereoizomeri (L - konfiguracija)
Po čemu se glicin razlikuje od ostalih aminokiselina?
Nije optički aktivan jer ne poseduje asimetričan C atom
Koji redosled atoma čini skelet peptidne veze?
C-C-N-C
Kako nastaje peptidna veza?
U reakciji a-karboksilne grupe jedne i a-amino grupe druge aminokiseline, pri čemu se izdvaja molekul vode.
Koje su karakteristike peptidne veze?
Planarna (svi atomi koji učestvuju u njenom stvaranju su u istoj ravni) i rigidna (sprečava slobodnu rotaciju oko C-N veze; rotacija oko Ca-C i Ca-N je moguća (omogućava zauzimanje različitih konformacija))
Parcijalno dvostruka
Ima trans-konfiguraciju
Nenaelektrisana i polarna
Kako nastaje cistin?
Povezivanjem 2 molekula cisteina disulfidnim mostom.
Šta je primarna struktura proteina?
Predstavlja redosled aminokiselina u polipeptidnom lancu.
Šta je sekundarna struktura proteina?
Stabilizuju je vodonične veze. Čine je a-heliks i b-ploča.
Šta je a-heliks?
Spiralna struktura u kojoj se svaka C=O peptidne veze spaja vodoničnom vezom sa NH grupom peptidne veze koja je udaljena 4 aminokiseline unutar jednog lanca.
Šta je B-ploča?
Sekundarna struktura u kojoj se vodonične veze stvaraju između C=O i NH grupe susednih polipeptidnih lanaca ili različitih delova jednog polipeptidnog lanca.
Koje vrste B-ploča postoje?
Sa paralelno i antiparalelno poređanim polipeptidnim lancima ili delovima lanca.
Šta je tercijerna struktura proteina?
Trodimenzionalna struktura koja termodinamski odgovara konformaciji sa najmanjom količinom slobodne energije.
Kako izgleda tercijerna struktura proteina?
Kod globuralnih proteina, hidrofobne aminokiseline se potiskuju u unutrašnjost molekula, a polarne ak se smeštaju na spoljašnjoj strani i u kontaktu su sa molekulima vode.
Koje veze učestvuju u stabilizaciji tercijerne strukture?
Hidrofobne veze, vodonične veze, jonske veze, disulfidni mostovi.
Zašto je važna primarna struktura?
Od nje nastaju svi nivoi organizacije proteina.
Kako glutamat remeti formiranje a-heliksa?
Ako se u određenom delu polipeptida nalazi mnogo glutamata, taj deo ne može na pH7 biti u obliku heliksa, jer se pri ovoj koncentraciji jona vodonika negativno naelektrisane karboksilne grupe glutamata međusobno odbijaju. To sprečava formiranje vodoničnih veza.
Kako prisustvo velikog broja lizina i arginina sprečava formiranje a-heliksa?
Pozitivno naelektrisane grupe se međusobno odbijaju.
Kako prolin sprečava formiranje a-heliksa?
Prolin je imino kiselina, te nema raspoloživi vodonikov atom za stvaranje vodonične veze.
Koje aminokiseline sprečavaju formiranje a-heliksa?
Glutamat,prolin, lizin, arginin, aspartat, treonin, leucin, serin.
Šta su subjedinice proteina?
Zasebni polipeptidni molekuli koji unutar kvarterne strukture stupaju u nekovalentne interakcije.
Šta su domeni?
Kompaktni, relativno nezavisni delovi tercijarne strukture, karakterističnog oblika.
Struktura domena?
Imaju hidrofobno unutrašnje jezgro i polarnu spoljašnju površinu. Uzajamno su povezani sa delovima plipeptidnog lanca koji imaju neuređenu strukturu (nedostaje im sekundarna struktura).
