Enzimologija

Question 1

Šta su izvedene aminokiseline? Navesti primere.

Answer 1

To su aminokiseline koje nisu kodirane od strane DNK, već nastaju posttranslacionom modifikacijom neke od postojećih aminokiselina. Pimeri:
*4-hidrokiprolin
*5-hidroksilizin
*E-N-metil-lizin
*Gama-karboksiglutamat

Question 2

Kakve su sledeće aminokiseline:
lizin
leucin
glutamat
glicin
prolin?

Answer 2

lizin - diaminomonokarboksilna kiselina (2 amino grupe)
leucin i glicin- monoamino-monokarboksilna kiselina (u vodenom rastvoru je u obliku dipolarnih molekula; električno neutralni molekuli)
glutamat - monoamino-dikarboksilna kiselina ( 2 karboksilne grupe)
prolin - imino kiselina (1 sekundarna amino grupa i 1 karboksilna grupa)

Question 3

Kakve su sve aminokiseline osim glicina?

Answer 3

Sve su optički aktivne (okreću ravan polarizovane svetlosti levo ili desno) i sve su L-stereoizomeri (L - konfiguracija)

Question 4

Po čemu se glicin razlikuje od ostalih aminokiselina?

Answer 4

Nije optički aktivan jer ne poseduje asimetričan C atom

Question 5

Koji redosled atoma čini skelet peptidne veze?

Answer 5

C-C-N-C

Question 6

Kako nastaje peptidna veza?

Answer 6

U reakciji a-karboksilne grupe jedne i a-amino grupe druge aminokiseline, pri čemu se izdvaja molekul vode.

Question 7

Koje su karakteristike peptidne veze?

Answer 7

Planarna (svi atomi koji učestvuju u njenom stvaranju su u istoj ravni) i rigidna (sprečava slobodnu rotaciju oko C-N veze; rotacija oko Ca-C i Ca-N je moguća (omogućava zauzimanje različitih konformacija))
Parcijalno dvostruka
Ima trans-konfiguraciju
Nenaelektrisana i polarna

Question 8

Kako nastaje cistin?

Answer 8

Povezivanjem 2 molekula cisteina disulfidnim mostom.

Question 9

Šta je primarna struktura proteina?

Answer 9

Predstavlja redosled aminokiselina u polipeptidnom lancu.

Question 10

Šta je sekundarna struktura proteina?

Answer 10

Stabilizuju je vodonične veze. Čine je a-heliks i b-ploča.

Question 11

Šta je a-heliks?

Answer 11

Spiralna struktura u kojoj se svaka C=O peptidne veze spaja vodoničnom vezom sa NH grupom peptidne veze koja je udaljena 4 aminokiseline unutar jednog lanca.

Question 12

Šta je B-ploča?

Answer 12

Sekundarna struktura u kojoj se vodonične veze stvaraju između C=O i NH grupe susednih polipeptidnih lanaca ili različitih delova jednog polipeptidnog lanca.

Question 13

Koje vrste B-ploča postoje?

Answer 13

Sa paralelno i antiparalelno poređanim polipeptidnim lancima ili delovima lanca.

Question 14

Šta je tercijerna struktura proteina?

Answer 14

Trodimenzionalna struktura koja termodinamski odgovara konformaciji sa najmanjom količinom slobodne energije.

Question 15

Kako izgleda tercijerna struktura proteina?

Answer 15

Kod globuralnih proteina, hidrofobne aminokiseline se potiskuju u unutrašnjost molekula, a polarne ak se smeštaju na spoljašnjoj strani i u kontaktu su sa molekulima vode.

Question 16

Koje veze učestvuju u stabilizaciji tercijerne strukture?

Answer 16

Hidrofobne veze, vodonične veze, jonske veze, disulfidni mostovi.

Question 17

Zašto je važna primarna struktura?

Answer 17

Od nje nastaju svi nivoi organizacije proteina.

Question 18

Kako glutamat remeti formiranje a-heliksa?

Answer 18

Ako se u određenom delu polipeptida nalazi mnogo glutamata, taj deo ne može na pH7 biti u obliku heliksa, jer se pri ovoj koncentraciji jona vodonika negativno naelektrisane karboksilne grupe glutamata međusobno odbijaju. To sprečava formiranje vodoničnih veza.

Question 19

Kako prisustvo velikog broja lizina i arginina sprečava formiranje a-heliksa?

Answer 19

Pozitivno naelektrisane grupe se međusobno odbijaju.

Question 20

Kako prolin sprečava formiranje a-heliksa?

Answer 20

Prolin je imino kiselina, te nema raspoloživi vodonikov atom za stvaranje vodonične veze.

Question 21

Koje aminokiseline sprečavaju formiranje a-heliksa?

Answer 21

Glutamat,prolin, lizin, arginin, aspartat, treonin, leucin, serin.

Question 22

Šta su subjedinice proteina?

Answer 22

Zasebni polipeptidni molekuli koji unutar kvarterne strukture stupaju u nekovalentne interakcije.

Question 23

Šta su domeni?

Answer 23

Kompaktni, relativno nezavisni delovi tercijarne strukture, karakterističnog oblika.

Question 24

Struktura domena?

Answer 24

Imaju hidrofobno unutrašnje jezgro i polarnu spoljašnju površinu. Uzajamno su povezani sa delovima plipeptidnog lanca koji imaju neuređenu strukturu (nedostaje im sekundarna struktura).