Eksamenslæsning Flashcards
Hvad er homologe gener?
To gener med ens sekvenser
Hvad er paraloge gener?
Homologe gener i samme art, afledt ved genduplikation
Hvad er ortologe gener?
Homologe gener i forskellige arter, afledt fra samme stamprotein
Hvad siger entropi (S) noget om?
“Randomness” eller “disorder” af komponenter i et kemisk system
Hvad siger enthalpi (H) noget om?
Antal og former for bindinger
Hvilken ladning har alfa-helix N-term?
0,5 (C-term har -0,5)
Nævn de upolære aa
G, A, P, V, L, I, M
Nævn de aromatiske aa
F, Y, W
Nævn de polære, uladede aa
S, T, C, N, Q
Nævn de positivt ladede aa
K, R, H
Nævn de negativt ladede aa
D, E
Hvad er den gennemsnitlige molekylvægt for en aa rest?
110 g/mol
Hvad er en prostetisk gruppe?
Den del af et protein, der ikke består af aminosyrer
Hvilken rest er ikke plan i peptidnbindingen?
Prolin
Ved hvilke nm absorberer F, Y og W?
F: 257 nm
Y: 274 nm
W: 280 nm
Hvor langt er et turn i en alfa-helix?
5,4 Å lang
Hvor mange aa rester består hvert turn i en alfa-helix af?
3,6 aminosyrerester
Er venstre- eller højrehånds alfa-helix mest fremkommende?
Højrehånds
Hvor lang er repeteringsperioden for parallelle beta-sheets?
6,5 Å
Hvor lang er repeteringsperioden for anti-parallelle beta-sheets?
7 Å
Hvor findes alfa-helix ofte?
Findes ofte på ydersiden af proteiner, og er derfor amfipatiske
Er antiparallelle eller parallelle beta-sheets mest stabile?
Antiparallelle
Hvad kendetegner et fibrøst protein?
Har polypeptidkæder i en lang række eller sheets. Består ofte i høj grad af samme type sekundær struktur. Har relativt simpel tertiær struktur. Giver støtte og form. Er uopløselige i vand
Hvad kendetegner et globulært protein?
Har polypeptidkæder, der er foldet i sfæriske eller globulære former. Har ofte flere forskellige sekundære strukturer
Hvad er et motiv/supersekundær struktur?
Et genkendeligt arrangement af 2 eller flere sekundære strukturer
Hvad er et domæne?
“Uafhængige” enheder indenfor en polypeptidkæde, der ofte kan eksistere alene og beholde sin tertiære struktur og funktion. Typisk kendetegnet ved et fold
Hvad er intrinsically disordered proteins?
Proteinet, eller dele af det, er ustruktureret og mangler hydrofobisk kerne. Har i stedet mange ladede rester og Pro rester
Hvor meget energi har en hydrogenbinding?
Op til 10 kJ/mol
Hvor meget energi har en van der Waals interaktion?
Op til 2 kJ/mol
Hvor meget energi har en ionisk interaktion?
Op til 250 kJ/mol, afhænger dog af den dielektriske konstant
Hvor stabilt er et foldet protein?
Marginalt stabile med en fordel på 20-60 kJ/mol i forhold til det udfoldede
Hvilke 4 hierakiske kategorier er SCOP bygget på?
Klasse, fold, superfamilie, familie
Nævn 3 databaser for protein strukturer
PDB, SCOP og CATH
Hvor tæt skal donor og acceptermolekyle være fra hinanden ved fluorescens?
20-70 Å
Hvad er en kromofor?
Den del af molekyler, der er ansvarlig for interaktionen med lys
Ved hvilken bølgelængde absorberer peptidbindinger?
Intens absorbans ved 190 nm og svag absorbans ved 210-220 nm
Hvor langt må atomer højst være fra hinanden for at man kan opnå signal i NOE-spektre?
5-6 Å fra hinanden
Ved hvilke nm fluoroscere F, Y og W?
F: 282 nm
Y: 303 nm
W: 348 nm
Ses rød eller blåskifte når W kommer i hydrofobe omgivelser?
Blåskifte
Ved hvilken bølgelængde har hhv foldede og udfoldede proteiner fluoroscens maksimum?
Foldede: 335 nm
Udfoldede: 356 nm
Hvor har alfa-helix minima i CD-spektre?
Ved 208 og 222 nm
Hvor har beta-sheets minima i CD-spektre?
Ved 216 nm
Hvor har random coil minima i CD-spektre?
Ved 200 nm
Hvad er forskellen på unkompetetiv og mixed hæmmer?
Binder begge til site forskelligt fra det aktive site. Unkompetetiv binder kun til ES komplekset mes mixed både kan binde til E eller ES komplekset
Hvordan nedsætter enzymer aktiveringsenergien?
Ved svage bindingsinteraktioner mellem substrat og enzym
Hvilke rester ses katalytisk triade mellem i serinproteaser?
Asp102, His56 og Ser195
Hæver pKa-værdien for His56
Hvor kløver chymotrypsin peptidbindinger?
Ved aromatiske rester
Hvad er transition state analoger?
Stabile molekyler, der ligner transition state og har højere affinitet for enzymet end substratet
Hvad er allosteriske enzymer?
Enzymer, der reversibelt, nonkovalent binder komponenter, hvilket giver konformationelle ændringer
Hvorfor denne forkert foldede proteiner ofte aggregater?
De har ofte hydrofobe overflader eksponeret, hvilket gør dem “sticky”
Hvad gør PDI?
Protein disulfide isomerase, katalyserer ændringen af disulfidbroer
Hvad gør PPI?
Peptide prolyl cis-trans isomerase, katalyserer omdannelsen af cis og trans isomerer hos Pro resternes peptidbindinger
Hvad/hvilke midler kan denaturer et protein?
Urea, guanidin, SDS, pH og temperatur
Hvad er et molten globule?
Intermediat med mange af de samme egenskaber som native proteiner og mange af de samme sekundære strukturer samt hydrofobisk kerne, mangler dog langtrækkende og tertiære interaktioner
Hvad kan bruges til at måle dannelsen af den hydrofobe kerne?
Den fluorescerende probe ANS
Hvad er en agonist?
En strukturel analog, der binder til en receptor og efterligner den naturlige ligand
Hvad er en antagonist?
En anolog, der binder til receptoren uden at give den normale effekt og blokerer dermed for effekten af agonisten/liganden
Forklar “core” og “rim” regionen på protein-protein grænseflader
“Core” regionen inderholder rester der har mindst et fuldt begravet atomen. “Rim” regionen indeholder rester der kun har tilgængelige atomer
Hvad er forskellen mellem “våde” og “tørre” grænseflader?
Ved “tørre” danner vand en ring rundt om grænsefladen og er næsten helt ekskluderet fra midten (ofte specifikke grænseflader) mens “våde” grænseflader har vandmolekyler over det hele (ofte nonspecifikke (krystal) grænseflader)
Hvad er en epitope?
Antigendeterminant, den del af antigenet som antistoffet genkender
Har myoglobin hyperbolsk eller sigmoid bindingskurve?
Hyperbolsk, har kun 1 subunit
Hvorfor er signal transduktioner meget følsomme?
Høj affinitet af receptoren for signal molekylerne, (ofte) kooperativitet i ligand-receptor interaktioner samt amplifikation af signalerne af enzymkaskader
Beskriv forskellen i KNF og MWC modellen
KNF: Subunits kan være i forskellige former (f.eks. 1 i T og 1 i R). Kun R state kan binde O2
MWC: Alle subunits er enten R eller T state. Begge states kan binde oxygen
Hvor er signalsekvens for proteiner, der skal til mitokondrier, chloroplast eller ER?
Ved N-terminalen på de nye syntetiserede polypeptider
Hvad karakteriserer et signalsekvens?
13-36 aa rester. Først relativt positivt ladede rester, dernæst 10-15 hydrofobe rester og til sidst en kort sekvens, der er ret polær samt korte rester (Ala el Gly) nær kløvningsstedet
Hvor tyk er et lipid bilag
30 Å
Hvad er et hydrofobisk anker (lipidforankring)?
Et eller flere kovalent bundede lipider til membranproteiner. Holder proteinet ved membranens overflade
Hvorledes kan periferale membranproteiner frigives?
Ved relativ mild behandling som ændring i pH eller ionstyrke, fjernelse af Ca2+ med fx EDTA eller tilsætning af urinstof eller carbonat
Hvorledes kan integrale membranproteiner fjernes?
Kan ekstraheres med detergenter, der danner micellignende strukturer om proteinerne og dermed ødelægger de hydrofobe interaktioner. GPI-forankrede proteiner kan frigøres vha. phospholipase C
Hvad er forskellen på carrier og kanal?
Carrier: Stor stereospecificitet, udviser mætning
Kanal: Højere hastigheder end carrier, mindre stereospecifikke, udviser ikke mætning
Hvornår er en rmsd værdi god?
Backbone
Hvornår er ramachandran plot godt?
0 i disallowed, >90% i tilladte
Hvor mange violations må der være i NMR?
0 overtrådte med mere end 5 Å for NOE’er, 0 overtrådte med mere end 5° for vinkler
Hvad er en god R-faktor?
Under 20 %
Hvad er en god B værdi?
Under 30 Å
Hvilke rester er Zn ofte koordineret af?
His og Cys
Hvilke rester er Ca2+ ofte koordineret af?
Sure rester
Hvor spalter trypsin?
Ved carboxylsyreenden af Lys og Arg (dog ikke hvis de er efterfulgt af Pro)
Hvad er den øvre grænse for kcat/km (som mange enzymer har opnået?
Mellem 10^8 til 10^9 M^-1s^-1
