Egzamin Flashcards
Pseudogeny
zmienione elementy rodzin genowych, nie produkujące biologicznie aktywnego białka. Są one zmutowanymi wersjami genów wyjściowych.
Przetworzone pseudogeny
kopie mRNA przepisane na DNA, nie mają promotora i intronów.
Powtórzenia tandemowe
wielokrotne powtórzenia sekwencji nukleotydów występujące bezpośrednio po sobie.
Transpozony
„skaczące geny”, sekwencje DNA przemieszczające się pomiędzy różnymi pozycjami wewnątrz genomu danej komórki.
Typ I – retrotranspozony, przenoszą się przez transkrypcję do RNA i odwrotną transkrypcję z powrotem do DNA.
Typ II - przenoszą się przez działanie transpozazy.
VNTR
polimorfizm liczby powtórzeń tandemowych (variable number of tandem repeats).
Długość powtórzeń mikrosatelitarnego DNA jest cechą osobniczą. Stosując PCR można analizować VNTR i tym samym identyfikować daną osobę.
Ze względu na dużą ilość mitochondriów w komórce mówimy o
heteropalzmii lub homoplazmii
Miejsca inicjacji replikacji
Replikacja rozpoczyna się w specyficznych miejscach inicjacji nazywanych ori (ang. origin).
W genomie Prokaryota występuje jedno takie miejsce u Eukaryota jest ich wiele.
Miejsca inicjacji replikacji są bogate w pary A-T. Są one związane dwoma wiązaniami wodorowymi, co ułatwia ich rozdzielnie (w porównaniu do par C-G).
Miejsca inicjacji rozpoznawane są przez białka inicjujące replikację.
Gyraza (topoizomeraza)
przecina chwilowo jedną (I DNA topoizomeraza) lub dwie (II DNA topoizomeraza) nici DNA umożliwiając swobodną rotację („problem zwinięcia”)
Helikaza
rozrywa wiąz. H i rozwijaja podwójną helisę DNA.
Prymaza
dokonuje syntezy primerów, co pozwala na syntezę fragmentów Okazaki.
Polimerazy DNA
dokonują syntezy nowych nici DNA, sprawdzają poprawność procesu, dokonują korekty, uzupełniają luki po starterach.
Ligaza
łączy fragmenty Okazaki na nici opóźnionej
Białka wiążące pojedynczą nić (SSB - ang. Single Strand Binding proteins)
wiążą się z rozplecionymi nićmi DNA, stabilizuję je i zapobiegają tworzeniu struktury spinki do włosów.
Egzonukleaza
enzym posiadający zdolność do hydrolizy wiązania fosfodiestrowego na końcu 3’ lub 5’ łańcucha DNA.
Endonukleaza
enzym posiadający zdolność do hydrolizy wiązania fosfodiestrowego wewnątrz łańcucha DNA.
Topoizomeraza I
u E. coli relaksuje ujemne superskręty kolistej cząsteczki DNA.
T. I łączy się z DNA za pośrednictwem tyrozyny i przecina jedną nić
Topoizomeraza II
relaksuje ujemne i dodatnie superskręty DNA.
T. II łączy się z dwoma nićmi i przecina obie. CH Przekształca superskręty dodatnie na ujemne.
T. II pozwala również na rozdzielenie nici
potomnych po replikacji.
W procesie terminacji uczestniczy tez białko Tus
Jest ono inhibitorem helikazy DNA.
Białko Rho
heksamer oddziałujący z sekwencją rut w transkrypcie RNA.
Aby intron był poprawnie wycięty…
musi zawierać sekwencję GU na końcu 5’ i sekwencję AG na końcu 3’. Wewnątrz intronu musi też istnieć tzw. miejsce rozgałęzienia, w którym znajduje się nukleotyd adeninowy (A) odległy o 18-40 nukleotydów od miejsca cięcia 3
Białka produkowane w ilościach zależnych od warunków środowiska
fakultatywne, dostosowawcze
Białka produkowane w sposób ciągły
konstytutywne
Operony indukowane
zawierają geny białek szlaków katabolitycznych, ich ekspresja jest indukowana przez obecność substratu.
Operony hamowane
zawierają geny enzymów szlaków biosyntezy, ich ekspresja jest hamowana przez wzrost stężenia produktu. Produkt może też kontrolować ekspresję operonów przez atenuację.
lacZ koduje
b-galaktozydazę
lacY koduje
permeazę b-galaktozydazową
lacA koduje
transacetylazę b-galaktozydazową
Pol I
zlokalizowana w jąderku, synteza rybosomów.
Pol II
zlokalizowana w nukleoplazmie, synteza hnRNA (prekursora mRNA).
Pol III
zlokalizowana w nukloplazmie, synteza tRNA i innych małych RNA
Białka regulatorowe (czynniki transkrypcyjne) wiążą się z DNA w obrębie…
rowka dużego.
Epigenetyka
zmiany w ekspresji genów, które są przekazywane do komórek potomnych bez zmian w sekwencji DNA.
Metylacja zachowawcza
dodawanie grup metylowych do nici DNA nowo powstałych w procesie replikacji
Metylacja DNA de novo
grupy metylowe dodawane są w nowych pozycjach na obu niciach DNA.
kinaza białkowa CDK
odpowiedzialna za zanik błony jądrowej i kondensację chromosomów.
Białko p53
Kontroluje uszkodzenia DNA po przejściu przez fazę G1.
U człowieka geny kodujące łańcuchy lekkie znajdują się na chromosomach
2 i 22
geny białek łańcuchów ciężkich znajdują się na
chromosomie 14
Sekwencje rozpoznające
umożliwiają odpowiednie cięcie i sklejanie fragmentów genów kodujących łańcuchy lekkie i ciężkie immunoglobin przez rekombinazy
MHC klasy I
znajdują się na wszystkich komórkach jądrzastych
MHC klasy II
występują na komórkach prezentujących antygeny limfocytom T
MHC klasy III
związane są z procesem prezentacji antygenu.
Wynikiem mutacji genowych u człowieka są choroby monogenowe:
mukowiscydoza, fenyloketonuria, alkaptonuria, albinizm, retinoblastoma, achondroplazja, hemoglobinopatie
Depurynacja
usunięcie grupy purynowej z adeniny lub guaniny może zajść na skutek zmian temperatury. Przy replikacji depurynacja prowadzi do delecji.
Dimery cyklobutylowe
działanie promieniowania UV może powodować powstawanie kowalencyjnych wiązań pomiędzy sąsiadującymi cząsteczkami np. tyminy. Zmniejszenie odległości pomiędzy nukleotydami prowadzić może do delecji przy replikacji.
Translokacja robertsonowska (fuzja centryczna)
łączenie się całych (lub prawie całych) ramion długich chromosomów akrocentrycznych lub telocentrycznych i utrata ramion krótkich. W fuzjach najczęściej uczestniczą chromosomy 14 i 21.
Defekty jednogenowe
powodują wstrzymanie produkcji danego białka lub produkcję białka uszkodzonego. Za symptomy choroby odpowiedzialny jest właśnie brak białka
Mukowiscydoza (gen i locus)
Locus genu CFTR: 7q31.3
Zespół wydłużonego QT
Choroba wywoływana jest przez mutacje w genach kodujących białka kanałów jonowych związanych z przebiegiem potencjału czynnościowego komórek mięśnia serca.
Choroba Huntingtona
Huntingtyna, 4p16.3
Krzywica hipofosfatemiczna
gen PHEX (Xp21.1-22.1), chromosom X
Dystrofia mięśniowa Duchenne’a (DMD)
recesywne związana z chromosomem X albo wynikająca z mutacji genu DMD (Xp21.2) de novo
Jakie heterozygoty są relatywnie odporne na malarię?
HbS/HbA
Fenyloketonuria
mutacja genu PAH, położonego na 12 chromosomie (locus 12q22-q24.1)
Mukopolisacharydozy
grupa 7 chorób związanych z deficytem enzymów katabolizującychkaskadowądegradację glikozoaminoglikanów (GAG, mukopolisacharydów) w lizosomach.
heteroploidia
różna ilość chromosomów w komórkach tego samego guza
Jak nazywają się kopie komórkowe onkogenów?
protoonkogeny
Jak oznaczane są onkogeny wirusowe?
v-onc
Jak oznaczane są onkogeny aktywowane przez udział wirusów?
c-onc
W jakich procesach biorę przede wszystkim udział białka produkowane przez onkogeny?
W szlakach przekazywania sygnałów dotyczących wzrostu i proliferacji komórek.
Zaburzenie szlaków przekazywania sygnałów może dotyczyć również regulacji procesu apoptozy.
Gen supresorowy (antyonkogen)
gen hamujący procesy proliferacji komórkowej (bramkowy) lub utrzymujący stabilność genetyczną komórki (opiekuńczy).
Co koduje gen p53 (locus 17p13)?
białko działające jako czynnik transkrypcyjny kontrolujący przejście z fazy G1 do fazy S
Gen reguluje również odpowiedz komórki na uszkodzenia DNA (naprawa, zatrzymanie cyklu, apoptoza)
Do czego służy test x2?
Test x2 służy do sprawdzania hipotez, czyli testowania zgodności otrzymanych wyników (Oi) z ich wartościami oczekiwanymi (Ei).
Wyliczona wartość pozwala na określenie poziomu istotności hipotezy.
Ilość stopni swobody
to ilość kategorii występujących w danym problemie
Ponieważ dane dotyczą n=2 kategorii, więc ilość aa stopni swobody w badanym problemie wynosi
p.d.=n-1=1. Z tabeli rozkładu wynika, że poziom istotności p zawiera się w przedziale 0,01>p>0,005. Oznacza to, że stosunek 63:37
Aa nie pasuje do zakładanego 3:1.
F1 + pomniejszona o 1 (p.d.=n-1). Dla n alleli z jednego locus p.d.=(n2-n)/2
Poziom istotności oznacza…
prawdopodobieństwo popełnienia błędu (odrzucenia hipotezy zerowej wtedy, gdy jest ona prawdziwa.)
Co zakłada koncepcja samolubnego genu?
Koncepcja „samolubnego genu” zakłada, że ta część DNA lub genomu, która może usprawnić przenoszenie kopii do następnego pokolenia ma przewagę selekcyjną.
Elektroforeza w żelu agarozowym (nie denaturująca)
rozdział dużych fragmentów DNA.
Elektroforeza w żelu poliakrylamidowym (denaturująca)
rozdział małych fragmentów DNA.
Fluorescencyjne znakowanie DNA
bromek etydyny, DAPI, SYBR Green
Do czego służy metoda Southerna?
służy do analizy fragmentów DNA (np. po cięciu enzymami restrykcyjnymi
Do czego służy metoda Northern blot?
służy do analizy poziomu ekspresji genu poprzez określenie poziomu ilości mRNA
Znakowanie w qPCR
SYBR Green, Eva Green, Fluoryzujące primery, Oligonukleotyd TaqMan
Do czego używana jest metoda FISH?
metoda używana do wykrywania określonych sekwencji DNA na chromosomach
Do czego służą mikromacierze dwukolorowe (dwukanałowe)?
Służą do porównania ekspresji genów pochodzących np. z komórek normalnych i nowotworowych. Analiza względnego natężenia świecenia dwóch fluoroforów pozwala porównać poziomy ekspresji tych samych genów pochodzących z różnych próbek.
Testy diagnostyczne w biotechnologii czerwonej:
- sondy molekularne (jednoniciowe fragmenty DNA) znakowane biotyną do wykrywania zakażeń bakteriami lub pasożytami)
- testy diagnostyczne oparte na PCR – startery/sondy fluorescencyjnie znakowane fluoresceiną lub rodaminą.
Warunki dla terapii genowej:
- choroba jest efektem defektu tylko jednego genu
- choroba upośledza głównie jedną tkankę (narząd)
- istnieje bezpieczny system przekazania poprawnego genu do tkanki
- brak reakcji immunologicznej
Opcje dla terapii genowej:
- zastąpienie zmutowanego genu
- inaktywowanie genu
- wprowadzenie nowego genu
Choroby jednogenowe (potencjalne cele terapii genowej):
- hemofilia A i B
- mukowiscydoza
- SCID
- dystrofie mięśniowe
- anemia sierpowata
- hipercholesterolemia
- fenyloketonuria
Jakie jest zastosowanie GFP - zielonego białka fluoryzującego?
Poprzez fuzję GFP z innymi białkami można śledzić ich lokalizację w organizmie (lub w komórce).
Metalotioneina
białko produkowane np. przez wątrobę ssaków, bardzo łatwo wiążące się z metalami ciężkimi
Sukcynylocholina
Środek zwiotczający mięśnie, agonista acetylocholiny blokujący przewodzenie nerwowo-mięśniowe. Stosowana przy intubacji.
Farmakogenetyka
badanie wpływu pojedynczych genów na reakcję organizmu na podanie określonych leków
Ocena fenotypowa (fenotypowanie) polega na
badaniu metabolizmu substancji modelowych (z użyciem różnych metod analitycznych)
Cytochrom P450
Rodzina enzymów (ok. 150 genów u człowieka) działających jako monooksygenazy.
Występowanie: głównie wątroba, inne komórki oprócz mięśni poprzecznie prążkowanych i erytrocytów.
Lokalizacja P450 (50-55 kDa): błona retikulum endoplazmatycznego i wewnętrzna błona mitochondrialna. Ważną funkcją cytochromów P450 jest udział w procesach metabolizmu ksenobiotyków (w tym leków).
Penetracja
Częstość, z jaką dany gen (allel) dominujący, lub allele recesywne (u homozygoty) ujawniają się w fenotypie jego nosicieli. Zależy od genotypu, od płci, od wieku, od środowiska.
Geny plejotropowe
geny odpowiadające za ujawnienie się co najmniej dwóch różnych, pozornie niepowiązanych ze sobą, cech organizmu
