Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Bioorganinė chemija > DNR > Flashcards

DNR Flashcards

1
Q

Kas yra genas?

A

u should know that

DNR dalis, koduojanti biologiškai aktyvaus produkto sintezę.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Fosfodiesterinis ryšys:

A

Ryšys, kuriuo sujungta nukleotidų seka, skaitoma 5’ - 3’ kryptimi.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

DNR pirminė struktūra:

A

deoksiribonukleotidai, sujungti 3’ - 5’ fosfodiesteriniais ryšiais, seka.
Tai nuoseklus monomerų išsidėstymas polinukleotidinėje grandinėje.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNR pirminės sekos nustatymo būdai

A

Klasikiniai - cheminis (Maxam-Gilbert) ir fermentinis (Sanger);

Naujos kartos sekoskaita: fermentinių/ biofizikinių aukšto našumo metodų kombinacijos;

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

DNR pagal Watson ir Crick modelį:

A
  1. Dvi polinukleotidinės grandinės. Antilygiagrečios.
  2. Bazės nukreiptos į spiralės vidų. Bazių plokštumos lygiagrečios viena su kita ir statmenos į spiralės ašį.
  3. A-T; G-C.
  4. Spiralės žingsnis - 3,4 nm.ž, nuotolis tarp bazių plokštumų 0,34 nm. Spiralės žingsnyje telpa 10 bazių porų.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Kiek vandenilinių ryšių sudaro timinas su adeninu?

A

2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Kiek vandenilinių ryšių sudaro citozinas su guaninu?

A

3

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Spiralės stabilumą palaikantys veiksniai:

A
  1. Vandeniliniai ryšiai tarp bazių;
  2. Hidrofobinė sąveika
  3. Stekingo sąveika - jėgos papildomai stabilizuojančios grandinę
  4. Baziniai baltymai
  5. Dvikrūviai katijonai
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

G-quadruplex svarba:

A

būdinga g turtingoms sekoms, stabilizuoja vienvalenčiai metalo jonai, gali susidaryti iš 1 ar daugiau skirtingų grandinių, svarbus telomerose, genų promotoriuose.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

A formos DNR sukimas yra:

A

Dešininis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Kiek laipsnių pasuktos A formos DNR bazių porų plokštumos, dvigubosios grandinės ašies atžvilgiu?

A

20

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Kur gali būti aptinkama A formos DNR?

A

Gram-teigiamų bakterijų sporose.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Kokio sukimo yra Z formos DNR?

A

Kairiojo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Kokius griovius turi Z formos DNR?

A

Gilų mažąjį griovį, o didžiojo nėra.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Kiek laipsnių apverstos Z formos DNR poros?

A

180

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Ko neturi žiedinė (ciklinė) DNR molekulė?

A

laisvų 5’ ir 3’ galų.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Ko reikia, kad susidarytų superspiralizuota DNR?

A

fermentai topoizomerazės, ATP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Kaip vadinama E. coli topoizomerazė, katalizuojanti superaspiralizaciją?

A

DNR giraze

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Kas yra nukleosoma?

A

DNR ir histonų kompleksas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Kaip vadinamas reiškinys, kuomet natyvios DNR sugertis yra mažesnė, negu denatūruotos DNR?

A

Hiperchrominiu efektu

21
Q

Kas vadinama DNR lydimosi temperatūra Tm?

A

Temperatūra, kuriai esant pusė DNR molekulės yra viengrandė, o kita pusė dvigrandė.

22
Q

Kodėl DNR yra timinas?

A

Jei DNR būtų uracilas, jis DNR dvigubėjimo metu hibridizuotųsi su adeninu.
Deamininti citozinai taip pat hibridizuotųsi su adeninu.
Genetinis kodas redukuotųsi iki 2 nukleotidų

23
Q

Kodėl DNR yra timinas iš bazių perspektyvos?

A
  1. Darytų įtaką G-C bazių porų kiekiui
  2. Ilgainiui visos G-C bazių poros būtų prarastos
24
Q

Kas gali blokuoti bazių porų susidarymą?

A

Alkilinimas

25
Q

Kas įvyksta purinų žiede, jiems reaguojant su nesočiasiais aldehidais?

A

Susidaro tretinis aminas prie pirmo N atomo purino žiede, tada prie jo susidaro OH grupė, o pakaitas R lieka apačioje. (Gali būti ir atvirkščiai)

26
Q

Kokie yra DNR pažeidžiantys junginiai? (ALKILINANTYS)

A

Dimetilnitrozaminas, dimetilsulfatas, azoto garstyčios, 5-adenozilmetioninas

27
Q

Kokie yra DNR pažeidžiantys junginiai? (AZOTO R. PREKURSORIAI)

A

NaNO2, NaNO3, nitrozaminas

28
Q

Busulfano ypatybės:

A
  1. Naudojamas gydyti leukemijai
  2. Labai toksiškas
  3. Pagrindinis veikimo mechanizmas - alkilinimas ir crosslinking
29
Q

Kas yra ftakvuilozidas?

A

Kancerogenas, aptinkamas paparčio lapuose, sukelia virškinimo trakto auglius.

30
Q

Kas yra alfatoxin b1?

A

Natūralus, labai stiprus kancerogenas, gaunamas iš aspergillus flavus.

31
Q

Kokias funkcines grupes būtina blokuoti oligodeoksiribonukleotidų cheminėje sintezėje?

A

-NH2 grupes heterociklinėse bazėse (A, C, G)
- deoksirobozės 5’ arba 3’ OH grupes
- fosfatus (monoesteriuose ir diesteriuose)

32
Q

Kokie turi būti reikalavimai oligodeoksirbonukleotidų sintezės funkcinių grupių blokuotėms?

A
  • selektyviai įvedamos
  • stabilios cheminės sintezės metu
  • selektyviai pašalinamos
33
Q

Kokie yra oligodeoksiribonukleotidų sintezės būdai?

A
  1. Fosfodiesterinis metodas
  2. H-fosfonato/fosfatotriesterinis metodas
  3. Fosfotriesterinis metodas
  4. Fosfitinis/ fosforamiditinis metodas
34
Q

Ko reikia fosfodiesterinio metodo sintezei?

A

Blokuoto nukleozido/nukleotido su laisva 3’-OH grupe;
Blokuoto nukleotido su laisva 5’ fosfatine grupe.

35
Q

Fosfodiesterinio metodo (khorana) sintezės blokuotės?

A

-Nukleozidinio komponento 5’ -OH grupei - p-dimetoksitrifenilmetanas

-Nukleotidinio komponento deoksiribozės 3’ -OH grupė acetilinama: -CO-CH3

-Heterociklinių bazių (A, C, G) amino gr. acilinamos: CO-CH(CH3)2

36
Q

Fosfodiesterinio (khorana) metodo sintezės aktyvatoriai?

A
  • DCC
    -TPS
    -MS
37
Q

Kokia kryptimi ilginama oligonukleotidinė grandinė?

A

5’->3’ kryptimi

38
Q

Kokie yra fosfodiesterinio metodo (khorana) trūkumai?

A
  • grandinės šakojimasis, pašalinės reakcijos su fosfato liekana
  • ilginant grandinę kiekvieno etapo metu gaunamos vis mažesnės išeigos

-brangu, daug laiko ir reagentų sunaudoja

39
Q

Kaip pašalinamos tritilinės blokuotės?

A

20% CH3COOH arba CF3COOH

40
Q

Kaip pašalinamos acetilinės blokuotės?

A

konc. NH3 (aq)

41
Q

Kokie junginiai ir kodėl naudojami fosfitiniame/fosfodiamiditiniame metode?

A

III valenčio fosforo junginiai, kurie yra labai aktyvūs, todėl tarpnukleotidinis ryšys susidaro greitai ir efektyviai.

42
Q

Kokia bazė naudojama nukleotidiniam komponentui pasigaminti?

A

N-etil-N,N-diizopropilaminas (Hunig bazė)

43
Q

Kietafazės sintezės privalumai:

A
  1. Lengva atskirti sintetinamą oligonukleotidą nuo reakcijos mišinio
  2. Galima naudoti perteklius reag ir kondensuojančio reag.
    3.Galima atlikti viską viename inde
  3. Galima automatizuoti
44
Q

Kas kietafazėje sintezėje prijungta prie pirmojo nukleozido?

A

5’ OH pozicijoje prijungta DMT; 3’ OH pozicijoje prijungta CPG (kietas nešiklis)

45
Q

Kam kietafazėje sintezėje reikalinga “capping” reakcija, kurios metu vyksta acilinimas?

A

Tam, kad nesureagavę nukleotidai nedalyvautų tolimesnėse sintezės reakcijose.
Taip pat pašalina pašalinę r. Guanozino depurinizaciją.

46
Q

Kokie reagentai gali būti naudojami H-fosfonato/fosfatotriesteriniame metode nukleozidų sujungimui?

A

Pivaloilchloridas, 2,4,6-triizopropilbenzensulfonilchloridas (TPS-Cl)

47
Q

Sintetinių oligonukleotidų panaudojimas?

A

Pradmenys DNR padauginimui PGR ar sekoskaitoje;
Mutacijų įvedimui genų inžinerijos būdu
Kaip analitiniai įrankiai
genų terapijai
genomų rekonstrukcijai

48
Q

Fotolitografinės DNR sintezės principas?

A

Didelio kiekio oligonukleotidų sintezė, šviesos kontroliuojama, vyskta per fotolitografinę kaukę.

Bioorganinė chemija (2 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions