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Biochemie II SoSe21 > DNA/RNA > Flashcards

DNA/RNA Flashcards

1
Q

Welche Molekülart & Aufbau DNA/RNA?

A

Polynukleotide
Pentose (Desoxy oder Oxy)
Phosphat
Purin/Pyrimidinbase

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Q

Nucleosid: Was?

A

DNA/RNA-Molekül ohne Phosphatgruppe

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Q

Wie ist Pyrimidin/Purin & Phosphat mit Pentose verknüpft?

A

Pyrimidin: C-1 kovalent an C-1’ d. Pentose
Purin: C-9 kovalent an C-1’ d. Pentose
N-ß-glycosidische Bindung
Phosphat bindet kovalent an C-5’ d. Pentose

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4
Q

Wie formt sich glycosidische Bindung?

A

Unter Abspaltung v. H2O -> Kondensation

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5
Q

Welche Form haben Pentosen in DNA/RNA

A

Geschlossene ß-Furanose-Ringform

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6
Q

Purin-Basen

A

Adenin, Guanin

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7
Q

Pyrimidin-Basen

A

Cytosin, Thymin/Uracil

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8
Q

Welche RNA enthält Thymin?

A

tRNA im TpsyC-Loop (Ribothymidin)

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9
Q

Aufbau tRNA

A

Aminosäure-Arm: Bindestelle für Aminosäure (ACC)
Anticodon-Arm: spez. Bindestelle für mRNA
Dihydrouridin-Arm: UH2
TpsyC-Loop: T-Pseudouridin-C

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10
Q

Deamination: was? Umwandlungen welcher Basen & unter welchen Bedingungen?

A

Spontaner Verlust extrazyklischer Aminogruppen

C -> U (sauer)

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11
Q

Chargaff-Regeln

A
  1. Verhältnisse BP unterschiedlich in Organismen
  2. Verhältnisse BP eines Organismus in jedem Gewebe gleich
  3. Verhältnisse BP eines Organismus verändert sich nicht mit Altern/Umweltänderungen
  4. Anzahl A = Anzahl T & Anzahl G = Anzahl C -> Anzahl Pyrimidine = Anzahl Purine
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12
Q

Absorptionsmessungen bei Mischung aus Nukleotiden bei welcher Wellenlänge?

A

260nm

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13
Q

Hypochromismus/Hyperchromismus von dsDNA: Was? Nutzbar wofür?

A

dsDNA absorbiert weniger UV-Licht als ssDNA -> besonders bei Watson-Crick-Paarungen
Unterscheidung von ss/dsDNA mit Photometer
Hyperchromismus: umgekehrtes Phänomen

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14
Q

Wie kann DNA geschmolzen werden?

A

Erhitzen
Zugabe von Säure
Zugabe von Base

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15
Q

Definition Schmelztemperatur (Tm)

A

Temperatur bei der Hälfte der Helixstruktur aufgelöst ist

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16
Q

Wie viel tragen HBB zu DNA-Stabilität bei?

Wie viel tragen Stapelungen zu DNA-Stabilität bei?

A

2-8 kJ/mol

22,5-61 kJ/mol

17
Q

2 Arten durch die Stapelungen positiv auf DNA-Stabilität wirken?

A

Hydrophober Effekt -> Positionierung & HBB-Bildung

VdW-Kräfte -> Anziehung zw. 2 BP

18
Q

Wofon & wie ist Schmelzpunkt d. DNA abhängig?

A

Anzahl an GC-Paaren -> hoher Schmelzpunkt bei erhöhtem GC-Vorkommen (80-110°C)

19
Q

Wo kommt A-DNA natürlicher Weise vor?

A

dsRNA
DNA-RNA-Hybride
dehydrierte dsDNA

20
Q

Z-DNA: Unterschiede zu A-/B-DNA?

A

linksdrehend

Phosphatgruppen liegen im Zickzack

21
Q

Wo kommt Z-DNA natürlicher Weise vor? Erkennung wodurch?

A

DNA-Oligomere (z.B. CpG-Inseln)

Z-DNA-Bindeproteine (z.B. Pockenviren/Variola)

22
Q

Tautomere v. Uracil bei geringer werdendem pH-Wert

A

Uracil -> Lactam -> Lactim -> Doppellactim

23
Q

Tautomere v. Guanin/Cytosin?

A

jeweils Lactam/Lactim-Form (Keto/Enol-Form)

24
Q

Was passiert mit RNA unter alkalinen Bedingungen?

A

Auto-Hydrolyse d. Phosphodiesterbindung über Hydroxylgruppe am 2’C

25
Q

Konformation d. Pentose: Wie viele Zuckeratome sind co-planar? Bei welcher DNA-Konformation was?

A 
meistens 4
2'C oder 3'C >20 Angström außerhalb
A-DNA: 3'C-endo
B-DNA: 2'C-endo
Z-DNA: Purin 3'C-endo, Pyrimidin 2'C-endo
26
Q

Warum kann RNA nicht in B-Form existieren?

A

Sterische hinderung zw. 2’C-Hydroxylgruppe & 3 Atomen v. Base bzw. Phosphatgruppe

27
Q

Was löst Propeller-Twist in manchen Basen aus & wozu führt es?

A

Basensequenzfolge

Verringert HBB, erhöht Stapel-Kräfte

28
Q

Welche Konformationen können Purin-Basen einnehmen?

A

syn-Konformation: Ringsystem über Pentose

anti-Konformation: Ringsystem neben Pentose

29
Q

Welche Konformation können Pyrimidin-Basen einnehmen & warum?

A

anti-Konformation: Ringsystem neben Pentose

-> Sterische Hinderung Pentose & 2C-Gruppe

30
Q

B-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves? Wo verläuft Helixachse?

A

3,4 Angström
10,5 BP
Major & Minor Groove, ähnlich tief
Helichsachse durch Mitte d. BP

31
Q

A-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves? Wo verläuft Helixachse?

A

2,5 Angström
11 BP
Major & Minor Groove, Major Groove deutlich tiefer
Helixachse durch Major Groove

32
Q

AT Akzeptor- & Donorgruppen in Major & Minor Groove

A

Major: Akzeptor O & N, Donor H
Minor: Akzeptor O & N

33
Q

GC Akzeptor- & Donorgruppen in Major & Minor Groove

A

Major: Akzeptor O & N, Donor H
Minor: Akzeptor O & N, Donor H

34
Q

Z-DNA: Abstand Basenpaare? Anzahl Basenpaare pro ganze Umdrehung? Grooves?

A

3,8 Angström
12 BP
Major & Minor Groove, Major fast nicht da, Minor sehr tief

Biochemie II SoSe21 (1 decks)

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