DNA & RNA

Question 1

מה חשוב שיהיה במולקולה שנושאת מידע תורשתי?

Answer 1

בעלת יכולת קיבול, יכולת אריזה, מבנה ניתן לקיפול ויציבה

Question 2

תהליך שקורה לבסיסים ויוצר מוטציות באופן ספונטני ומה הוא עושה?

Answer 2

טאוטומריזציה, תהליך זה גורם לשינוי קשרי המימן שנוצרים בין הבסיסים כך שהם לא תואמים את קשרי ווטסון קריק

Question 3

ציטוזין שהפך פתאום לאורציל, איך זה קרה ומה זה אומר?

Answer 3

התקפה נוקלאופילית עי מים —> NH2 עוזבת —> מתקבל אורציל. זה אומר שרנא הייתה קודם

Question 4

דאוקסי ריבוז , איך הוא נוצר ולמה בדנא יש אותו ולא ריבוז?

Answer 4

נוצר עי הורדת חמצן מהריבוזום, מתרחש על פחמן בעמדה מספר 2.

נמצא בדנא מכיוון שהוא יציב יותר מריבוז.

Question 5

מה היא תופעת ה- sugar puckering?

Answer 5

בדנא הסוכר מקובע כטבעת של חמישה פחמנים שכן. היא גמישה יותר ומעניקה לסוכר חופש.

Question 6

סוכר + בסיס=?

Answer 6

נוקלאוזיד, פחמן מס 2 בסוכר וחנקן מס 9 מתחברים

Question 7

מה ההבדל בין נוקלאוזיד a ל - b?

Answer 7

a- הסוכר מתחת למישור הטבעת
b- הסוכר מעל למישור הטבעת
בדנא נראה b כי הוא מורכב יותר לפירוק

Question 8

מהו נוקלאוטיד ומה תכונותיו?

Answer 8

בסיס + סוכר + פוספט. הפוספט מוסיף מטען שלילי ולכן נוקלאוטיד הוא מולק חומצית. דנא מורכב משרשרת של נוקלאוטידים שמחוברים בקשרים פוספו דיאסטרים שנוצרים בין עמדה 3׳ בסוכר של נוק׳ 1 לבין עמדה 5׳ של הסוכר בנוקי השני.

Question 9

מאיפה לאיפה דנא נבנה?

Answer 9

מקצה 5׳ לקצה 3׳

Question 10

ספרי על פלמור דנא

Answer 10

הידרוקסיל בעמדה 3׳ תוקף ומשתחררת מולק של 2 פוספטים. סביב הקשר הפוספודיאסטרי שמקבל אנרגיה מפירוק הפוספטים יש חופש סיבוב מה שמאפשר לנוק׳ לשנות את המבנה כשצריך.
חשוב לזכור כי בדנא הגמישות כמעט נעלמת.

Question 11

למה לדנא מבנה של סליל כפול ולאיזה כיוון הסיבוב?

Answer 11

המצב היציב ביותר אנרגטית מתקבל כאשר שני גדילים משלימים מסתדרים בתורה של דאבל הליקס כך שהחפיפה בין הבסיסים מרחיקה מולקולת. ים שעשויה להתחרות על קשרי המימן שנוצרים בין הבסיסים. הסיבה למצב זה הוא כתוצאה מאינטראקציות מערום וזיווג בסיסים שגורמות לאילוצים סטריים.
הסיבוב של הדנא הוא ימני.

Question 12

מה ההבדל בין התעלה הגדולה לקטנה?

Answer 12

התעלה הקטנה מכילה פחות מידע והיא בעלת זווית של 120 מעלות. חלבונים ללא תלות ברצף יקשרו אליה.
התעלה הגדולה מכילה יותר מידע ולכן חלבונים שנקשרים לרצף ספציפי יקשרו אליה. כמו כן היא בעלת זווית של 240 מעלות.

Question 13

כיצד ניתן להפריד בין הגדילים?

Answer 13

בגדול כל מה שעושה דנטורציה.

טמפ גבוהה, שינוי pH (מתפרקים בבסיסי), ריכוז מלח נמוך שגורם לקב הפוספט לדחות אחת את השניה , הרכב הבסיסים.

Question 14

מה זה southern blot?

Answer 14

שיטה שמאפשרת זיהוי רצפים ספציפיים של דנא

Question 15

מני שתי שיטות להפרדת מקטעי דנא

Answer 15

1. גל אלקטרופרזיס- מפרידה מאקרו מולק של דנא / רנא על בסיס המטען והגודל. דנא טעון שלילית ינוע מהקתודה לאנודה וזה יתבצע במדיום מפריד שמכיל אתידיום ברומיד. מולק זו היא הידורפובית ותגרום לצביעת הדנא.
2. חיתוך באמצעות DNase- אנזים מסוג דהאוקסי ריבונוקלאז שיודע לחתוך את הדנא בשלד הפוספו דיאסטרי באופן לא ספציפי.

Question 16

מהי דרגת החופש שיש לקשרים השונים הנמצאים בנוקלאוזידים?

Answer 16

הקשר ה-N גליקוזידי בין הסוכר לבסיס יכול להסתובב (קונפורמציות syn ו-anti).
לקשרים שבונים את טבעת הסוכר יש חופש מוגבל (sugar puckering) ולקשרים שבונים
את הבסיס אין חופש בכלל (טבעת אומטית, קשרים כפולים)

Question 17

מה זה פיתול על?

Answer 17

בזמן השעתוק שני גדילי הדנא נפרדים וזה גורם לפיתולי על חיוביים באזורים שלא נפרדו

Question 18

מה זה Lk?

Answer 18

מספר הפיתולים שגדיל אחד של דנא צריך להסתובב סביב השני כדי להפריד ביניהם. מספר שלם שערכו לא משתנה כל עוד לא נשברים קשרים קוולנטים

Question 19

מה זה Tw?

Answer 19

מספר הפעמים בו דו גדיל ימצא במצבו הטבעי. לא בהכרח מספר שלם וערכו עשוי להשתנות.

Question 20

מה זה wr?

Answer 20

המס הכולל של פיתולי על ב-cccDNA. עשוי להיות חיובי או שלילי באופן הבא:
סיבוב פנימי: wr>0 סיבוב שמאלי, wr<0 סיבוב ימני.
אם tw and wr מסובבים לאותו הכיוון יש פחות מתח במולקולה.
סיבוב סביב גורם חיצוני:
wr>0 סיבוב ימני, wr<0 סיבוב שמאלי.
אם tw and wr מסובבים לאותו הכיוון יש יותר מתח במולקולה.

Question 21

טופואיזומרזות?

Answer 21

טופו 1: חותך גדיל אחד, לא צריך ATP, פועל להרפיית פיתולי העל ומשנה את ה- Lk באחד.
טופו 2: חותך דו גדיל, צריך ATP, פועל להרפיית או יצירת פיתולי על ומשנה את ה-Lk בשתיים.

Question 22

במה רנא שונה?

Answer 22

מולקולה פחות יציבה, לרוב גדיל אחד אלא אם היא מתקפלת על עצמה, מכילה ריבוז ולא דיאוקסיריבוז, מכילה U ולא T.

Question 23

תארי את ההידרוליזה של רנא

Answer 23

1. יון הידרוקסיל תוקף את הקבוצה ההידרוסילית ב-‘2 ומשאיר חמצן עם זוג אלק’ חופשיים.
2. החמצן הטעון שלילית תוקף את הפוספט ‘3 ומנתק את הקשר שלו עם ה-‘5 בריבוז הבא בשרשרת.
3. החמצן החופשי משלים את המימן ממולקולת מים (ההופכת להידרוקסיל)
   לריאקציה יש שני תוצרים:
   א. ריבוז שאינו קשור לפוספט שנותר מחובר
   לגדיל RNA
   ב. מצב ביניים לא יציב cyclic ,’3,’2 nucleoside monophosphate גם הוא נותר מחובר לגדיל RNA.
   תוצר ב’ מתפרק גם הוא:
4. הידרוקסיל חופשי תוקף את הפוספט הציקלי.
5. הפוספט מתנתק מאחד הפחמנים ונקשר לפחמן ‘2 או לפחמן ‘3.