DNA, cromosomi e genomi Flashcards
Descrivi la struttura del DNA
Se non la sai a memoria questa….
Da cosa è costituito un cromosoma?
E’ una lunghissima catena di DNA a cui sono associate proteine per il compattamento e RNA utili entrambi per la replicazione, riparazione ed espressione genica
Descrivi un nucleosoma
4 proteine istoniche (H2A, H2B, H3, H4) che si associano prima in dimeri poi in tetrameri e infine formano un ottamero. Il DNA vi si avvolge per circa 1,7 giri instaurando legami di tipo diverso; 142 ad H, idrofobici, salini. Il legame si instaura maggiormente tra l’ossatura negativa del DNA e l’ossatura degli amminoacidi (principalmente arginina e lisina che sono i più positivi). Del DNA è sono solitamente i solchi minori che si legano all’istone, quelli con tanti nucleotidi T e A perchè sono più facili da comprimere (questo possibilmente spiega perchè i nucleosomi si trovano in una parte particolare del DNA ). Ricordati le code istoniche N-terminali
Come funziona il complesso di rimodellamento della cromatina dipendente da ATP?
Si pensa che una ATPasi si leghi al nucleosoma e attraverso l’idrolisi di ATP sia in grado di allentare un pochino il DNA e permettergli di scorrere, per esporre la parte che era legata al nucleosoma
A cosa servono gli chaperoni degli istoni?
Sono delle proteine che associate a complessi di rimodellamento possono sostituire in parte o del tutto il nucleo istonico
Com’è formata la cromatina?
Impacchettamento dei nucleosomi in un modello zig-zag che li impila. Questo è aiutato da un ulteriore istone che è l’H1, detto istone linker, che lega sia il DNA che il nucleo istonico e cambia il percorso del DNA quando questo esce dal nucleosoma
Qual è la differenza tra eterocromatina e eucromatina?
L’eucromatina è una forma meno compatta della cromatina e l’eterocromatina è invece la forma più compatta. Quest’ultima è concentrata in regioni particolari come nei centromeri e nei telomeri e contiene pochi geni, perchè se si trovano in condiszioni talmente condensate solitamente sono spenti.
Cos’è l’effetto di posizione?
Avviene riflette una diffusione dello stato eterocromatico di una parte di DNA eucromatico che è stata traslocata in una sezione eterocromatica. In ogni cellula, ogni volta che si è stabilita una condizione eterocromatica, questa tende a rimanere tale.
Quali conseguenze hanno le modificazioni istoniche?
Le modificazioni (che solitamente avvengono sull’ N-terminale e possono essere mono- di- tri-metilazioni di lisine, fosforilazioni di serine o acetilazioni di lisine, ognuna della quali ha un enzima specifico) possono avere effetti diversi: come l’allentamento del DNA, ma soprattutto sono in grado di reclutare determinate proteine che permettono di regolare come e quando i geni devono essere espressi.
Cos’è il codice istonico?
E’ determinato dalle modificazioni istoniche che , in sequenze specifiche può fungere da codice: per la segnalazione di mutazioni o danni, per la segnalazione di un tratto appena replicato o per il legame di specifiche proteine.
In che modo l’eterocromatina può diffondere?
Solitamente gli enzimi che modificano la cromatina, lavorano direttamente insieme ad una proteina che legge, Quest’ultima, riconosciuta la marcatura, si lega con forza al nucleosoma, posizionandosi così vicino ad un cromosoma adiacente. Tramite molti cicli di lettura, il DNA si sarà compattato in eterocromatina.
A cosa servono le sequenze barriera?
Impediscono ai complessi di scrittura-lettura di diffondere per tutto il filamento di DNA e quindi evitano il silenziamento di tutti i geni. Queste sequenze possono essere acetilazioni in amminoacidi specifici o mediante l’uso di proteine che creano un vero e proprio ostacolo fisico.
Come sono ripiegati i cromosomi?
I cromosomi sono ripiegati in grandi anse che si dipartono da un asse cromosomico lineare. Spesso ogni ansa contiene la stessa sequenza di DNA. Tuttavia la maggior parte del DNA riman condensato sull’asse cromosomico
Cosa sono i puff cromosomici?
Quando c’è espressione, le anse di un crmosoma diventano più estese che occupano un volume maggiore (contando che solo per l’inizio della trascrizione entrano in gioco più di 100 proteine) a formare appunto degli sbuffi cromosomici.
Cosa sono LINE e SINE?
Sono retrotrasposoni:
LINE: sequenze extrageniche altamente ripetute che codificano per trascrittasi inversa
SINE: residui virali talmente corti da non contenere nemmeno trascrittasi inversa
