ΠΑΛΙΑ ΘΕΜΑΤΑ ΑΠΟ DISC

Question 1

Να τοποθετήσετε σε χρονολογική σειρά από αυτό που μελετήθηκε ΤΕΛΕΥΤΑΙΟ (πιο προσφατα) προς αυτό που μελετήθηκε ΠΡΩΤΟ τους παρακάτω οργανισμούς-μοντέλα:

-Caenorhabditis elegans
-Arabidopsis thaliana
-Zebrafish
-Homo sapiens
-Drosophila melanogaster
-E.coli
-Mus musculus
-Saccharomyces cerevisiae

Answer 1

1. homo sapiens
2. mus musculus
3. zebrafish
4. arabidopsis thaliana
5. drosophila melanogaster
6. caenorhabditis elegans
7. Saccharomyces cerevisiae
8. E-coli

Question 2

Τα δίκτυα πρωτεινικών αλληλεπιδράσεων δεν έχουν ποτε κατευθυνόμενες ακμές

Σωστό ή Λάθος;

Answer 2

ΛΑΘΟΣ

Question 3

Τα δίκτυα τα οποία περιέχουν μη κατευθυνόμενες αλληλεπιδράσεις μπορούν να αναπαρασταθούν με συμμετρικούς πίνακες γειτνίασης.

Σωστό ή Λάθος;

Answer 3

σωστο?

Question 4

Τα κύρια τοπολογικά χαρακτηριστικά των δικτύων αλληλεπίδρασης πρωτεινών όπως τα κατανοούμε σήμερα είναι (σημειώστε όλα όσο ισχύουν):

-Υπάρχουν περιοχές εντός του δικτύου οι οποίες συνδέονται περισσότερο (πιο στενά) από το υπόλοιπο δίκτυο.

-Όλοι οι κόμβοι έχουν περίπου παρόμοιο αριθμό αλληλεπιδράσεων,

-Αυτά τα δίκτυα έχουν μικρή διάμετρο.

-Η δομή του δικτύου εξαρτάται από την τυχαία κατανομή των αλληλεπιδράσεων των κόμβων.

-Οι ακμές αντπροσωπεύουν φυσικές σχέσεις μεταξύ πρωτεινών.

Answer 4

Οι ακμές αντπροσωπεύουν φυσικές σχέσεις μεταξύ πρωτεινών.

Αυτά τα δίκτυα έχουν μικρή διάμετρο.?

Υπάρχουν περιοχές εντός του δικτύου οι οποίες συνδέονται περισσότερο (πιο στενά) από το υπόλοιπο δίκτυο.

Question 5

Επιλέξτε τα εργαλεία που μπορουν να χρησιμοποιηθουν για τοπολογικη ανάλυση δικτύου (σημειωστε ολα οσα ισχυουν)

-BiNGO
-g:Profiler
-Gephi
-iGraph
-Cytoscape
-networksis

Answer 5

iGraph
Gephi
Cytoscape

Question 6

Σε ενα δικτυο πρωτεινικων αλληλεπιδρασεων μια εσωτερικη ισχυρα διασυνδεδεμενη ομαδα κομβων:

-μπορει να αντιπροσωπευει ενα συμπλεγμα πρωτεινων με μια καθορισμενη βιολογικη λειτουργια

-αλλαζει τις λειτουργικες ιδιοτητες του δικτυου οταν αφαιρεθει απο το δίκτυο αυτο

-εχει μονο κομβους με χαμηλο αριθμο αλληλεπιδρασεων

-ειναι επισης γνωστη ως HUB

-μπορει να βρεθει μονο σε κατευθυνομενα δικτυα

Answer 6

ειναι επισης γνωστη ως HUB

Question 7

Ο βαθμος των κομβων σε ενα δικτυο μπορει να θρωρηθει ως τοπικο μετρο κεντρικοτητας

Σωστό ή Λάθος;

Answer 7

ΣΩΣΤΟ

Question 8

Η αναλυση εμπλουτισμου περιοριζεται συχνα στη χρησιμοτητα της λογω της πολυπλοκοτητας και της λεπτομερειας του σχολιασμου οταν αυτη σχετιζεται με μεγαλα συνολα γονιδιων/πρωτεινων

Σωστό ή Λάθος;

Answer 8

ΣΩΣΤΟ

Question 9

Η αναλυση εμπλουτισμου μπορει να χρησιμοποιηθει μονο στο πλαισιο της αναλυσης δικτυου. Χρησιμοποιει σχολιασμους γονιδιων/πρωτεινων που παρεχονται απο βασεις γνωσεων οπως Gene Ontology (GO) ή το Reactome για να συμπερανει ποιοι σχολιασμοι υπερεκπροσωπουνται στο δικτυο.

Σωστό ή Λάθος;

Answer 9

λαθος

Question 10

Γιατι πρεπει να μελετησουμε τις αλληλεπιδρασεις μεταξυ πρωτεινων-πρωτεινων; (σημειωστε ολα οσα ισχυουν)

-επδ αν βρεθουν δυο πρωτεινες να αλληλεπιδρουν με μια πειραματικη δοκιμασια πρεπει να σχετιζονται με καποιο τροπο στο κυτταρο

-να βοηθησει στον χαρακτηρισμο των πρωτεινικων συμπλοκων

-επδ μπορει να συμβαλει στο συμπερασμα του ρολου των πρωτεινων με αγνωστη λειτουργια χρησιμοποιωντας το περιβαλλον αλληλεπιδρασης

-για να δημιουργηθουν δικτυα αναφορας τα οποια βοηθουν στη μελετη και κατανοηση βιολογικων μονοπατιων

Answer 10

επδ μπορει να συμβαλει στο συμπερασμα του ρολου των πρωτεινων με αγνωστη λειτουργια χρησιμοποιωντας το περιβαλλον αλληλεπιδρασης

για να δημιουργηθουν δικτυα αναφορας τα οποια βοηθουν στη μελετη και κατανοηση βιολογικων μονοπατιων

να βοηθησει στον χαρακτηρισμο των πρωτεινικων συμπλοκων

Question 11

η λειτουργικη γονιδιωματικη ειναι:

-η μελετη του τροπου με τον οποιο η εκφραση της πρωτεινης σχετιζεται με τον φαινοτυπο

-η μελετη του τροπου με τον οποιο ο γονοτυπος σχετιζεται με τον φαινοτυπο

-η μελετη του τροπου με τον οποιο η γονιδιακη εκφραση σχετιζεται με τον φαινοτυπο

-η μελετη του τροπου συνεργασίας του γονιδιωματος των γονιδιων που μεταγραφονται, των πρωτεινων και των μεταβολιτων για την παραγωγη ενος συγκεκριμενου φαινοτυπου

Answer 11

η μελετη του τροπου συνεργασίας του γονιδιωματος των γονιδιων που μεταγραφονται, των πρωτεινων και των μεταβολιτων για την παραγωγη ενος συγκεκριμενου φαινοτυπου

Question 12

στο πλαισιο των δεδομενων εκφρασης γονιδιων εαν θελετε να μαθετε εαν τα γονιδια που εκφραζονται διαφορικα σχετιζονται με μια συγκεκριμενη βιολογικη διαδικασια θα επιλεξετε την ακολουθη προσεγγιση:

-τοποθετηση των γονιδιων σε μια λιστα καταταξης συμφωνα με τη διαφορικη εκφραση τους

-χρηση μιας μεθοδου ομαδοποιησης

-εκτελεση αναλυσης εμπλουτισμου ενος συνόλου γονιδίων

-απεικονιση των αποτελεσματων σε χαρτη θερμοτητας (heatmap)

Answer 12

εκτελεση αναλυσης εμπλουτισμου ενος συνόλου γονιδίων

Question 13

Ο στοχος της λειτουργικης γονιδιωματικης ειναι η διερευνηση της λειτουργιας των γονιδιων και των γονιδιακων προιοντων ολοκληρου του οργανισμου

σωστο η λαθος?

Answer 13

σωστο

Question 14

τα πειραματα λειτουργικης γονιδιωματικης δημιουργουν:

-μεγαλες ποσοτητες δεδομενων
-ολες τις πληροφοριες δεδομενων για ενα γονιδιο

Answer 14

μεγαλες ποσοτητες δεδομενων

Question 15

Φανταστειτε οτι σχεδιαζετε ενα πειαμα για τη μετρηση της γονιδιακης εκφρασης στο αιμα των ασθενων που έχουν υποβληθει σε θεραπαεια με ενα νεο φαρμακο. Θελετε να μετρησετε την εκφραση ολων των γονιδιων στο γονιδιωμα και επιπλεον θελετε να χρησιμοποιησετε τα δεδομενα για την αναγνωριση νεων μεταγραφων (πχ miRNAs) στο μέλλον. ποια μεθοδο θα επιλεγατε?

-RNA-seq
-Real-time PCR
-Microarrays analysis
-ChiP-seq

Answer 15

RNA-seq

Question 16

Οι βαθμοι των κομβων ενος δικτυου πρωτεινικων αλληλεπιδρασεων ακολουθουν

εκθετικη κατανομη
κατανομη νομου-δυναμης
κανονικη κατανομη
τυχαια κατανομη

Answer 16

κατανομη νομου-δυναμης

Question 17

μη επιβλεπομενος αλγοριθμος ο οποιος χρησιμοπειται ευρεως στη βιολογια ειναι ο

K-means

self-optimizing maps (self-rganizing maps)

MLC

MCODE

clique percolation method

Answer 17

K-means

Question 18

το πιο σημαντικο ευρημα του ερευνητικου προγραμματος ENCODE ειναι

το 50% του γονιδιωματος μας κωδικοποιει πρωτεινες

το 50% του γονιδιωματος μας μεταγραφεται σε αλληλουχιες που δεν κωδικοποιουν πρωτεινες και διαδραματιζουν σημαντικο ρολο στη ρυθμιση της γονιδιακης εκφρασης

το 1% του γονιδιωματος μας μεταγραφεται σε αλληλουχιες που δεν κωδικοποιουν πρωτεινες και διαδραματιζουν σημαντικο ρολο στη ρυθμιση της γονιδιακης εκφρασης

το 10% του γονιδιωματος μας κωδικοποιει πρωτεινες

Answer 18

το 50% του γονιδιωματος μας μεταγραφεται σε αλληλουχιες που δεν κωδικοποιουν πρωτεινες και διαδραματιζουν σημαντικο ρολο στη ρυθμιση της γονιδιακης εκφρασης

Question 19

η οντολογια γονιδιων (GENE ONTOLOGY) ειναι:

ενα λεξικο κανονικων όρων που αφορουν τα προιοντα γονιδιων, τους ορισμους τους και τις λογικες σχεσεις μεταξυ τους

ενα λεξικο κανονικων όρων που αφορουν τα προιοντα γονιδιων, και οι ορισμοι τους

ενα λεξικο κανονικων όρων που αφορουν τα προιοντα γονιδιων, και τις λογικες σχεσεις μεταξυ τους

ενα λεξικο κανονικων όρων που αφορουν τα προιοντα γονιδιων,

Answer 19

ενα λεξικο κανονικων όρων που αφορουν τα προιοντα γονιδιων, τους ορισμους τους και τις λογικες σχεσεις μεταξυ τους

Question 20

η βιολογια συστηματων στοχευει

στην κατανοηση της λειτουργιας μεμονωμενων μοριων και μονοπατιων

στην διεξαγωγη πειραματων σε μενονομενω γονιδια και πρωτεινες

στην ολιστικη κατανοηση κυτταρικων διεργασιων

στη δημιουργια νεων πειραματικων μεθοδων

Answer 20

στην ολιστικη κατανοηση κυτταρικων διεργασιων

Question 21

στοχος της αναλυσης εμπλουτισμου ειναι

με δεδομενο ενα συνολο γονιδιων ενδιαφεροντος να βρουμε ποια GO terms εμφανιζονται συχνοτερα (με στατιστικη σημαντικοτητα) απο το αναμενομενο (συγκρινομενα με το πληρες γοινιδωμα η οποιοδηποτε συνολο γονιδιων θεσουμε ως υποβαθμρο)

με δεδομενο ενα συνολο γονιδιων ενδιαφεροντος να βρουμε ποια GO terms το περιγραφουν

να βρουμε ενα συνολο γονιδιων που μας ενδιαφερουν

να καταταξουμε ολα τα γονιδια σε οντολογιες

Answer 21

με δεδομενο ενα συνολο γονιδιων ενδιαφεροντος να βρουμε ποια GO terms εμφανιζονται συχνοτερα (με στατιστικη σημαντικοτητα) απο το αναμενομενο (συγκρινομενα με το πληρες γοινιδωμα η οποιοδηποτε συνολο γονιδιων θεσουμε ως υποβαθμρο)

Question 22

να αναφερετε 2 εργαλεια που θα επιλεγατε για να κανετε αναλυση εμπλουτισμου (enrichment analysis), τι ειδους πληροφοριες μπορουμε να αντλησουμε με την αναλυση εμπλουτισμου?

Answer 22

david
bingo
παρέχει πληροφορίες για τις λειτουργικές συνδέσεις μεταξύ γονιδίων ή πρωτεϊνών

Question 23

o Πιο γρηγορος απληστος αλγοριθμος newman-girvan ειναι μια συντηρητικη μεθοδος για τον καθορισμο των σημαντικοτερων κομβων σε ενα δικτυο οσον αφορα τη ροη πληροφοριων

σωστο η λαθος

Answer 23

λαθος(βρισκει κοινοτητες)

Question 24

ο βαθμος ενος κομβου μπορει να οριστει ως

Answer 24

ο αριθμος κομβων που συνδεονται με αυτον

Question 25

τι μετρα η μεταβατικοτα?

Answer 25

μετρα το ποσο συνδεονται οι κομβοι με αλλους κομβους

Question 26

τα μεταβολικα μονοπατια και τα μονοπατια μεταδοσης σηματος

λειτουργουν απομονωμενα και ανεξαρτητα

αλληλεπιδρουν εκτεταμενα μεταξυ τους σχηματιζοντας δικτυα(networks)

ειναι παντα κατευθυνομενα

δε συμμετεχουν στη ιδια βιολογικη αποκριση

Answer 26

αλληλεπιδρουν εκτεταμενα μεταξυ τους σχηματιζοντας δικτυα(networks)

Question 27

δευτερογενης βαση δεοδμενων για τη λειτουργικη γονιδιωματικη αποτελει η

expression atlas EMBL-EBI

arrayexpress sto ΕΜBL-EBI

GEO στο NCBI

Reactome EMBL-EBI

Answer 27

expression atlas EMBL-EBI

Question 28

για να βρω τα μοριακα μονοπατια στα οποια εμπλεκεται ενα συνολο γονιδιων που με ενδιαφερει θα χρησιμοποιησω το εργαλειο

PantherDB
Cytoscape
StringDB
Bingo

Answer 28

Bingo

Question 29

στα διμερη βιολογικα δικτυα δεν ανηκουν τα

οικολογικα δικτυα
βιομοριακα δικτυα
επιδημιολογικα δικτυα
δικτυα ασθενειων

Answer 29

δικτυα ασθενειων

Question 30

προκειμενου να πραγματοποιησω αναλυση ενος διμερους γραφου θα χρησιμοποιησω το εργαλειο/λογισμικο

NeAT
NetworkX
Cytoscape
igraph (R package)

Answer 30

NetworkX

Question 31

βασικο μειονεκτημα της οντολογιας γονιδιων ειναι

οτι μπορει να ποσοτικοποιηθει η ισχυς των σχεσεων μεταξυ ορων(σημασιολογικη ομοιοτητα)

οτι με ενα και μονο συνολο ορων περιγραφεται η λειτουργια των γονιδιακων προιοντων απο ολους τους οργανισμους

οτι υπρχουν κωδικες αξιοπιστιας (evidence codes) χρησιμοποιουνται για να παρουσιασουν τα πειραματικα, υπολογιστικα η βιβλιογραφικα δεδομενα δεδομενα που υποστηριζουν καθε λειτουργια

οτι δεν καλυπτει ολο το ευρος πληροφοριων ενδιαφεροντος οπως τις διεργασιες που δεν ειναι φυσιολογικες λειτουργιες των γονιδιακων προιοντων (πχ ογκογενεση), τα χαρακτηριστικα των αλληλουχιων (πχ εσωνια/εξωνια), τη δομη των πρωτεινων και τις αλληλεπιδρασεις τους, την εξελιξη και την εκφραση γονιδιων

Answer 31

οτι δεν καλυπτει ολο το ευρος πληροφοριων ενδιαφεροντος οπως τις διεργασιες που δεν ειναι φυσιολογικες λειτουργιες των γονιδιακων προιοντων (πχ ογκογενεση), τα χαρακτηριστικα των αλληλουχιων (πχ εσωνια/εξωνια), τη δομη των πρωτεινων και τις αλληλεπιδρασεις τους, την εξελιξη και την εκφραση γονιδιων

Question 32

ενα δικτυο μεταγωγης σηματος

μπορει να ειναι κατευθυνομενο σε καποιες περιπτωσεις

απεικονιζει τις χημικες αντιδρασεις μεσο στο κυτταρο σε διαφορετικες χρονικες καταστασεις

αποτελει απεικονιση της κυτταρικης αποκρισης σε διαφορα ερεθισματα

δε μπορει να ειναι κατευθυνομενο

Answer 32

αποτελει απεικονιση της κυτταρικης αποκρισης σε διαφορα ερεθισματα

(ειναι παντα κατευθυνομενο!!)

Question 33

ενα δικτυο πρωτεινικων αλληλεπιδρασεων

μπορει να ειναι διμερες

μπορει να εχει βαρη στις ακμες του
ειναι τυχαιο δικτυο

ειναι δικτυο το οποιο σχετιζεται με παθολογικες καταστασεις

Answer 33

μπορει να εχει βαρη στις ακμες του

Question 34

ποια απο τις παρακατω δηλωσεις που αφορουν οντολογια γονιδιων (gene ontology) ειναι λαθος?

η οντολογια γονιδιων ειναι δενδροειδης

η οντολογια γονιδιων εχει δομη κατευθυνομενου ακυκλικου γραφου (directed acyclic graph-DAG)

η GO αποτελειται ουσιαστικα απο 3 διαφορετικες οντολογιες (κυτταρικο συστατικο(cullular component), μοριακη λειτουργια (molecular function), βιολογικη διεργασια(biological process))

Answer 34

η οντολογια γονιδιων ειναι δενδροειδης