Diccionario C1 Flashcards
Aminoácido
Monómero de las proteínas. Son ácidos carboxílicos en cuyo carbono alfa hay un grupo amino y un grupo R
Carbono quiral
Carbono alfa que tiene cuatro grupos o sustituyentes diferentes
Glicina
Único aminoácido que no tiene un grupo R, y a su carbono quiral tiene unidos dos hidrógenos
Enlace peptídico
Enlace covalente.
El grupo carboxilo de un aminoácido reacciona con el grupo amino de otro aminoácido y forman una amida; se pierde una
molécula de agua.
La distancia C-N es más corta que la distancia C-N de un enlace amida común.
Se generan estructuras resonantes entre el C=N generando un doble enlace transitorio evitando la rotación en ese punto.
Solo queda rotación en el enlace entre el carbono alfa y el grupo amino.
Estructura primaria
Secuencia de aminoácidos unida solo por enlaces peptídicos (Ej. Val-Arg-Val). La estructura primaria determina la configuración de una proteína.
Direfencia entre configuración y conformación
Configuración es la secuencia de aa y la conformación depende del entorno. La conformación se puede cambiar mediante la desnaturación mientras que para cambiar la configuración se deben romper los enlaces peptídicos.
Anemia falciforme
Enfermedad causada por una mutación que afecta la estructura primaria de la hemoglobina. Se sustituye ácido glutámico (disociado con carga negativa) por valina (apolar).
Estructura secundaria
Distribución espacial de la secuencia de aminoácidos dada por puentes de hidrógeno formados entre grupos amino y carboxilo de enlaces peptídicos diferentes. Dan estabilidad termodinámica.
a-Hélice
Tipo de estructura secundaria de una proteína determinada por puentes de hidrógeno (entre un aminoácido y el que le sigue)
b-Plegada
Tipo de estructura secundaria de una proteína determinada por puentes de hidrógeno (enlace entre los O y H cercanos)
Estructura terciaria
Plegamiento y disposición tridimensional de las proteínas. Puentes de hidrógeno, enlaces iónicos, puentes disulfuro e interacciones hidrofóbicas.
La pérdida de esta estructura puede afectar el funcionamiento.
Dentro de estas estructuras se instalan los grupos prostéticos (componentes de las proteínas que no son aminoácidos pero influyen en su funcionaliadad).
Priones
Proteína que es capaz de alterar de la estructura secundaria de las proteínas, induciendo un mal plegamiento.
Estructura cuaternaria
Interacción entre 2 o más subunidades proteicas. Puentes de hidrógeno, enlaces iónicos, e interacciones hidrofóbicas (no se incluyen puentes disulfuro). Ej: la hemoglobina tiene 2 subunidades alfa y 2 subunidades beta.
Desnaturación
Pérdida reversible o irreversible de la estructura tridimensional de una proteína, no afecta la estructura primaria. Puede ser causada por cambios de pH, temperatura, agentes reductores, entre otros. Puede haber cambio de conformación sin que se cambie la configuración.
Prolina
Aminoácido cuyo grupo alfa-amino está formando parte de la estructura cíclica, lo que hace que este grupo no tenga libre rotación (esto será relevante para las N-glicosilaciones)
Aminoácidos cargados (-)
Aspartato, glutamato
B-Mercaptonetanol
Agente reductor capaz de desnaturalizar una proteína
Proteínas chaperonas
Proteínas auxiliares que participan en el correcto plegamiento de una proteína. (Ej. Hsp70 y Hsp60)
Cisteína
Aminoácido con un grupo sulfhidrilo (enlaces disulfuro).
Aminoácidos cargados (+)
Lisina, arginina, histidina
Aminoácidos aromáticos
Fenilalanina, triptófano, tirosina
Aminoácidos fosforilables
Contienen un grupo OH y son suceptibles a la unión de un grupo fosfato. Tirosina, serina y treonina.
Grupos prostéticos
Componente no compuesto por aminoácidos, pero que forma parte de la función de la proteína. Ej. fierro en la hemoglobina, magnesio en la clorofila
Ubiquitinación
Adición de una o varias moléculas de ubiquitina, una proteína pequeña. Esta señal de ubiquitinación la detecta el proteosoma para degradar la proteína.
Microscopio óptico
Microscopio que usa luz y su límite de resolución son 200 nanómetros
MET
Microscopio electrónico de transmisión. Este tipo de microscopio no usa luz, sino que usa electrones. Tiene gran resolución, su límite es de 0,1 nanómetros. Nos permite ver la estructura interna de una célula.
MEB
Microscopio electrónico de barrido. Este tipo de microscopio nos permite ver estructuras en 3D. En vez de observar cortes, este solo mira la topografía , viendo las características de rugosidades.
H&E
Hematoxilina y eosina. Son colorantes que se ocupan para teñir muestras y poder observarlas en el microscopio. Hematoxilina: colorante básico; afinidad por los ácidos, por eso que se asocia al núcleo y lo tiñe azul/morado.
Eosina: colorante básico que tiene afinidad por el citoplasma tiñéndolo rojo/rosado.
GFP
Proteína Fluorescente Verde. Es un reportero utilizado en estudios de expresión génica en organismos vivos. Sirve para realizar estudios in vivo.
Electrondensidad
El MET emite un haz de electrones dirigido hacia el objeto que se desea aumentar. Una parte de los electrones rebotan o son absorbidos por el objeto y otros lo atraviesan formando una imagen aumentada de la muestra. En las zonas más densas, los electrones rebotan y por ende la placa de la imagen se ve más negra.
PCR
Reacción de polimerasa en cadena. Permite amplificar el DNA. Tres etapas: desnaturación (a altas temperaturas), hibridación y elongación.
Taq-polimerasa
DNA polimerasa extraída de una bacteria termófila. Esta enzima no se desnaturaliza a altas temperaturas.
RT-PCR
Reacción de polimerasa en cadena con transcriptasa reversa. Permite amplifcar DNA a partir de una muestra de RNA.
Transcriptasa reversa
Enzima que es capaz de leer el RNAm y ahora convertirlo en DNA, pero cDNA ya que no incluye los intrones.
OligodT
Secuencia nucleotídica de timinas que actúa como primer.
cDNA
DNA complementario. Molécula de DNA complementaria a la de RNA, no es idéntico al DNA porque no incluye intrones.
Endonucleasas
Enzimas que tienen la capacidad de reconocer y unirse a secuencias específicas de desoxinucleótidos en el “interior” (y no en sus extremos, de ahí “endo”) de una doble hebra del DNA e hidrolizar (cortar) ambas hebras de la doble hélice.
Electroforesis
Técnica para separar mezclas de proteínas o ácidos nucleicos.
Proteínas -> gel de poliacrilamida.
DNA -> gel de agarosa + campo eléctrico; donde las cargas negativas de los ácidos nucleicos (por los grupos fosfatos) hacen que este migre hacia el polo positivo (ánodo) separando así por tamaño las moléculas, ya que los fragmentos más pequeños recorrerán distancias mayores en el gel que las de tamaños mayores.
Control negativo
Permite controlar que algo no debe ocurrir. Si el control negativo tiene una banda la muestra está contaminada.
Control positivo
Permite controlar algo que sí debería ocurrir siempre, y permite garantizar que el experimento fue correctamente realizado.
B-actina
Se utiliza como control de carga en el Western Blot, para verificar que todas las bandas estén igualmente cargadas.
Housekeeping o Gen de expresión constitutiva
Genes que se expresan con la misma intensidad en todas las células, por lo que en base a ellos se puede realizar una comparación semicuantitativa de cuanto se expresa un gen.
PCR en tiempo real
PCR que utiliza fluoresencia para determinar cuantitativamente la cantidad de DNA
Inmunohistoquímica
Es difícil visualizar las proteínas en una célula. Esta técnica utiliza un anticuerpo
primario contra una proteína específica y se utiliza un anticuerpo secundario conjugado con
una enzima. El anticuerpo secundario reconocerá la parte invariable del anticuerpo, y la gracia es que la enzima cataliza una reacción de oxidación donde el producto es coloreado. Esa coloración permite ver la proteína.
Inmunofluoresencia
Es difícil visualizar las proteínas en una célula. Esta técnica utiliza un anticuerpo primario contra una proteína específica y se utiliza un anticuerpo secundario conjugado con un fluróforo. El anticuerpo secundario reconocerá la parte invariable del anticuerpo, y al tener un fluoróforo, se verán fluoresentes las proteínas blanco.
Hibridación in situ
Utilidad: capacidad de poder demostrar mediante la utilización de una sonda (formada por una secuencia de ADN previamente conocida) marcada con un isótopo radiactivo, la presencia de determinada secuencia de ADN o ARN complementaria, en la muestra a estudia. Sirve para localizar subcelularmente el DNA, RNA, o detectar formas de splicing alternativo. Esta técnica se fundamenta en la complementariedad de bases.
Western blot
Técnica analítica usada en biología celular y molecular para identificar proteínas específicas en una mezcla compleja de proteínas.
In vivo
Organismo vivo. Cuando se usa este término en un experimento se refiere a que se realiza en el organizmo vivo.
In vitro
Este término se usa cuando se realiza un experimento en un ambiente controlado, ejemplo un tubo de ensayo. Generalmente, aquí es donde se inician los estudios científicos.
FISH
Hibridación fluorescente in situ. Técnica de laboratorio para detectar y localizar una secuencia específica de ADN en un cromosoma. Se exponen los cromosomas a una pequeña secuencia de ADN (una sonda) que tiene una molécula fluorescente pegada a ella. Esta secuencia de la sonda se une a secuencias complementarias, y el fluoróforo permite ver la hibridación. Esto se usa para ver los territorios cromosómicos.
Inmuno-oro
Sigue la misma lógica de la inmunohistoquímica, solo que los anticuerpos están conjugados con partículas de oro, por lo tanto en la microscopía electrónica las proteínas a las que se une el anticuerpo se ven electrondensas.
Northern blot
Método de biología molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ARN.
Soutern blot
Método de biología molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ADN concreta en una mezcla compleja de este ácido nucleico.
WT
Wild Type. Esto se verá mucho en gráficos o experimentos. Se utiliza como control, son organismos silvestres tal cual están en la naturaleza.
Knock Down
Se utiliza una secuencia complementaria al aARNm para que sea de doble hebra y por lo tanto degradado por la célula. Esto hace que bajen los niveles de proteína pero no por completo.
KO
Knock Out. Desactivación de genes por medio de alguna mutación.
Fragmentación celular
Consiste en a partir de células de tejido o de células en cultivo, se hace una homogenización y se rompen las membranas de manera que obtengamos los organelos de este homogenizado, para obtener los organelos por separado.
Ensayos pulso y caza
Tiene importancia en el estudio de rutas secretoras. Examina la secreción de una proteína mediante la exposición sucesiva de las células a un compuesto radioactivo.
Test ELISA
Enzime Linked Inmuno Sorbent Assay. Estrategia que se utiliza para cuantificar proteínas, pero de manera cuantitativa.
CRISPR
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats. Se utiliza en la edición génica.
Mosaico fluido
Modelo de la membrana que la movilidad de la membrana, la fluidez y dinamismo de sus
componentes, y la presencia de proteínas integrales y periféricas.
Fosfolípidos
Componente fundamental de la membrana. Está compuesto por colas de ácidos grasos apolares (saturados o insaturados), un glicerol, un fosfato y un aminoalcohol.
Colesterol
Molécula lipídica rígida que tiene importancia en la estructura de la membrana. La presencia de colesterol en la disminuye la fluidez de la membrana. La única excepción es cuando se le agrega colesterol a un membrana en estado casi de cristal, donde aumenta su fluidez.
Esfingolípidos
Componentes de la membrana. Se componen de dos colas de ácidos grasos y esfingosina.
Fosfatidilserina
Fosfolípido polar, es negativo y puede interactuar con el colesterol. Por lo general predomina en la monocapa interna, si es que predomina en la monocapa externa es indicador de apoptosis.
Esfingosina
Fosfolípido polar, con carga positiva. Interactúa con el colesterol.
Micelas
Estructura esférica bastante estable energéticamente que adoptan los fosfolípidos cuando se encuentran solos y en agua, ya que ponen sus cabezas polares en la periferia y esconden sus colas apolares.
Liposomas
Vesícula esférica formada, principalmente, por fosfolípidos, los cuales adoptan una estructura de bicapa lipídica con agua en su interior.
Microdominios (RAFTS)
Estructuras que marcan dominios y están instalados no solo en algunos de los compartimientos internos subcelulares, sino que especialmente en la membrana para recibir mensajes o interactuar con el exterior. Los fosfolípidos de los dominios RAFT son saturados, de cadena más larga , tienen más colesterol y esfingolípidos.
Esfingomielina
Esfingolípido abundante en la monocapa externa (en condiciones normales).
Asimetría de la membrana
Concepto que alude a la distribución asimétrica de los componentes de membrana entre los dominios de la célula (basolateral, canicular, apical) y también entre la monocapa interna y externa.
Proteínas con tallo GPI
Proteínas que no atraviesan a la membrana, pero que permanecen ancladas a ella gracias a una “antorcha” de GPl (glicosilfosfatidilinositol). Son consideradas proteinas integrales y llamadas también antorchas.
Proteínas integrales de membrana
Proteína que requieren el uso de detergentes para poder extraerlas de la membrana.
Proteínas periféricas de membrana
Proteínas que no se extienden a lo ancho de la bicapa sino que están unidas a las superficies interna o externa de la misma y se separan aumentando la fuerza iónica.
Caveolas
Invaginaciones de 50-100nm ubicadas en la membrana plasmática enriquecidas en colesterol y esfingolípidos. Cada caveola se encuentra conformada por proteínas integrales de membrana denominadas caveolinas (favorecen la curvatura de membrana).
Insaturaciones de los fosfolípidos
Producen cambios en la disposición de los fosfolípidos, y disminuyen la rigidez de la membrana. Colas insaturadas se ven con pliegues (saturados son rectos), lo que hace que disminuya las interacciones entre colas.
Escramblasas
Enzimas mueven los lípidos de forma aleatoria entre las capas para equilibrar la composición de la membrana. No generan asimetría y son dependientes de calcio. No requieren de energía.
Flipasas
Enzimas ubicadas en la membrana y son responsables de ayudar en el movimiento de las moléculas de fosfolípidos entre las dos capas que componen la membrana célula, desde la monocapa externa a la interna. Generan asimetría, son dependientes de ATP y tienen especificidad por la fosfatidilserina.
Flopasas
Enzimas ubicadas en la membrana responsables de ayudar en el movimiento de las moléculas de fosfolípidos entre las dos capas que componen la membrana célula, desde la monocapa interna a la externa. Generan asimetría, son dependientes de ATP y tienen especificidad por la esfingomielina.
Anexina-V
Es una proteína que se asocia fuertemente con la región polar de la fosfatidilserina. Se utiliza como marcador de fosfatidilserina en la monocapa externa.
Factores de fluidez
Insaturaciones: a más insaturaciones, más fluidez.
Temperatura: mayor temperatura, menor grosor de membrana y mayor fluidez.
Largo de las cadenas de fosfolípidos: más largas, más interacciones y por lo tanto mayor rigidez.
Colesterol: más colesterol, más rígido.
Balsa: más balsas, más rigidez.
Universo
Sistema + entorno
Sistema/entorno
El sistema lo define el observador, al poner el límite, y todo lo que esté dentro del límite, incluído el límite, va a ser el sistema. Y todo lo que esté fuera del sistema, se va llamar el entorno.