Définitions Flashcards
Génome
Ensemble des caractères héréditaires, de l’information génétique d’un individu. Animaux : information des chromosome et des mitochondries. Cell végétales : infos des chr, mitochondries et chloroplastes
Ce n’est pas uniquement l’ADN qui constitue les gènes
Ensemble des séquences nucléotidiques connues
Taille du génome humain et nombre de gènes
Génome de 3 milliards de pb (3 gigabases) et environ 25000 gènes
Génomique structurale
S’interesse à l’emplacement des gènes, permet de donner une carte la plus précise possible de l’emplacement des gènes.
Génomique fonctionnelle
S’interesse à la fonction des gènes, étude de l’interaction des gènes.
Génomique comparative
2 niveaux de comparaison : comparaison de génomes d’espèces différentes et étude de la variabilité intra-espèces en comparant le génome de plusieurs individus d’une même espèce.
Techniques
Sanger : séquençage de 1000pb par expérience (1997 : 1er eucaryote séquencé : C. cerevisiae
PCR : amplification de fragments d’ADN (max quelques milliers de pb) in vitro
Epigénome
Ensemble des modifications covalents au niveau des nucléotides ou des histones, susceptible d’entrainer une reprogrammation de la cellule sans altérer la séquence génomique.
Analyse grâce à des AC spécifiques d’une topologie de la molécule : étude de la topologie de la chromatine en fonction des modifications covalentes de la chromatine
Analyse de l’interactome
Identification des régions de l’ADN sur lesquelles se fixent les protéines
Analyse en 3D du génome
étude de l’interaction entre des régions très distantes
Analyse du transcriptome
étude du contenu en ARN d’une cellule à un moment donné, varie d’une cellule à l’autre
Clonage
réplication à l’identique
Vecteur de clonage
ADN circulaire avec une cassette de clonage. Capable de se répliquer de façon autonome donc présence d’une ORI. Gène de résistance à un antibiotique pour maintenir le gène dans la bactérie
Cassette de clonage
fragment d’ADN ave des sites uniques de coupure ar des enzymes de restriction
Transcriptome
Contenu en ARN d’une cellule à un moment donné, spécifique d’un type de cellule et varie en fonction des signaux extérieurs.
Transcription
recopiage de ce qui est écrit sur les gènes (ADN –> ARN)
Traduction
Changement de langage (ARN – protéines)
Protéome
contenu en protéines d’une cellule
Gène
région d’ADN qui va être transcrite par ARN polymérase, sous la dépendance d’un promoteur.
Promoteur
séquence d’ADN qui renferme un motif reconnu spécifiquement par la machinerie transcriptionnelle. promoteur dos à dos, se superposant, à transcription convergente…
Pseudogène
Dans le génome eucaryote, ressemble à un gène mais pas de traduction en protéines. Il faut donc toujours coupler l’étude du transcriptome à celle du protéome
Gènes bactériens
Organisés en opérons, promoteurs constitués de 2 motifs en position -10 et -35. Séquence de ces éléments varie mais les gènes de ménages ont une séquence proche ou régulée.
ARN polymérase I
synthétise les ARN ribosomiques
grande taille, codent pour un transcrit primaire qui renferme le 18S, 5,8S et 28S
tous la même architecture avec 2 motifs (sur le +1 et en amont)
ARN polymérase II
synthétise les ARNm sous forme de précurseurs et des petits ARN nucléolaires
gènes transcrits ont rarement une TATA box (si oui, en -20) ; corps promoteur autour du +1 ; promoteur de bas (1000 nucléotides en amont du +1 (=en 5’) ; enhancers, ce sont des activateurs
ARN polymérase III
transcrit les gènes qui codent pour des petits ARN non codant (ARN de transfert et petits ARN de nucléolaire)
petite taille, élément promoteurs à l’intérieur de la région transcrite
TTTT en 3’ : terminateur de la transcription
Immunoprécipitation de protéines
pour l’étude de la régulation des gènes, pour mettre en évidence une protéine, pour étudier la structure de la chromatine
