Cours LE BLAY Flashcards
Lacrèce
Organismes vivants= maladies
Redi
1668
Asticots proviennent des mouches
Antoni van Leeuwenhoeck
Premières observations en 1676
Génération spontanée
Apparition d’un ev de la matiere non vivante
Microorganismes
Organisme vivant invisible a l’oeil nu
Procaryotes
Organisme unicellulaire dépourvu de noyau
Bactéries Archees
Eucaryotes
Organisme unicellulaire ou pluricellulaire ayant un noyau et des organites intracellulaires
Virus
Incapacité à se multiplier seul par division
Parasite intracellulaire obligatoire
Quels sont les deux types de virus ?
Les décrire
Extra cellulaire : objets particulaires :virion
Intracellulaire : réplication indépendante des chromosomes mais non indépendamment de la cellule hôte
Virion
Particule contenant de l’acide nucléique entouré de protéines appelées capside
Quel est le mode de réplication d’un virus
Internet
Quelles sont les deux types de génomes du virus possibles?
ADN
ARN
Comment classifier un virus?
Nature de l’hôte Caractéristiques de l’acide nucléique Symétrie de la capside Présence d’enveloppes Absence de virion/ nucléocapside Propriétés immunologiques Effet sur l’organisme Site intracellulaire de réplication
Quelles sont les différentes caractéristiques d’un virus?
Les 4
- Enveloppes
- Capside
- Enzymes
- Taille
Quelles sont les différentes formes de capside et leurs particularités ?
- Icosaédrique
- Hélicoïdales
- Enveloppes
- Complexes
Définir le type de capside isocaédrique et complexes
Isocaédrique: faces triangulaires, structure sphérique
Complexes: mélange de différents types de capside
Définir le type de capside héliocoïdale et à enveloppes
- Héliocoïdale: cylindre protéiques
- À enveloppe: couche membranaire extérieur entourant la nucleocapsule
Quelles ont les 6 caractéristiques d’un organisme«vivant»
Métabolisme Reproduction Différenciation Communication Mouvement Évolution
Définition de cellule ?
Entité isolée des autres par un membrane avec de nombreuses structures internes et composé chimiques qui communique et échange avec l’environnement.
Quelles sont les deux grandes familles des procaryotes?
Archéens et bactéries
Qu’est-ce que la coloration gram en quelques mots?
Déterminer le type de paroi bactérienne du procaryotes Grace a l’épaisseur de la couche peptidoglycan
A quoi servent les flagelles
Permet le déplacement des bactéries
Quelles sont les 4 types de flagelles?
Mono triche: un flagelle sur un côté
Lophotriche: plusieurs flagelles sur un coté
Amphitriche: un de chaque coté
Péritriche: entourant la cellule
Quelles sont les 4 constituants cellulaires de la cellule?
Leurs proportions dans le poids sec ?
Lipides 9%
Glucides 5%
Acides nucléiques 24%
Protéines 55%
Quelles sont les deux types de lipides selon leurs famille respectives ?
Archéens=> Phytanyl
bactéries => acide gras
Particularités des acides gras ?
Les deux types ?
Amphipathiques
- simple: lié par du glycérol
- complexe : simple avec un élément
Ou retrouve-on les phospholipides?
Dans la membrane du procaryotes
Quelles sont les différents types de glucides?
Monosaccharides/oses
Polysaccharaides/ polyosides
Autres=> glycoprotéines,glycolipides
Que sont les monosaccharides/ oses ?
Les deux plus populaires ?
-Ils sont des glucides
-Ils existe deux types de monosaccharides très utilisés
>Pentose(5C)
>Hexose (6C)
Qu’est ce que le pentose?
En terme de constituants cellulaires
C’est un monosaccharide
C’est un des principaux composants des acides nucléiques<=> sucre
Qu’est ce que l’hexose ?
Famille des constituants cellulaires ?
Localisation ?
C’est un monosaccharides
C’est un des 1er polymère des parois cellulaires ou de réserve
Que sont les polysaccharides /polyosides ?
Des liaisons particulières ?
Ce sont des glucides et notamment une répétition des plusieurs monosaccharides liées par des liaisons covalentes
Deux types de liaisons:
> alpha
> bêta
Que contient le chromosome bactérien ?
Sa localisation ?
La quasi totalité de l’information génétique
Il se situe dans le nucleoïde
Définition de nucleoïde?
Région à l’intérieur des cellule
Qu’est ce qu’une nucléotide?
Groupement phosphate+sucre+base
Qu’est ce que une nucléoside?
Sucre + base
Par quelles liaisons sont reliés les nucléotides?
Par des liaisons phosphodiester
Qu’est ce que le pentose ?
En terme d’acide nucléique
Il correspond au sucre
Selon le type d’acide nucléique celui ci diffère
ADN=> déoxyribose
ARN=> ribose
Particularités des bases azotées/ nucléobases ?
Noms?
Liaisons?
Deux types de bases:
- pyruviques (1 cycle)=> cytosine, thymine, uracile
- puriques(2 cycles) => thymine, guanine
Reliées par des liaisons hydrogènes
Par combien de liaisons H sont réliées chaqu’une des complémentarités ?
A-T lié par 2 H
C-G lié par 3H
Caractéristiques de l’ADN?
Liaisons?
Pentose?
Structure?
- Structure en double hélice avec une direction anti-parallèle
- Le pentose est un désoxyribose(H)
- Complémentarités des bases azotées
Caractéristiques de l’ARN?
Sous-section?
Pentose?
Structure?
- Structure en brin simple
- Une base azotée différente de l’ADN :Uracile <=> Thymine
- Le pentose dans l’ARN est un ribose(OH)
- Il en existe trois types différents
Quelles sont les 3 types d’ARN différents?
- ARNt(transfert)
- ARNm(messager)
- ARNr(ribosomique)
Quelles sont les caractéristiques de l’ARNm?
- L’unique codant des ARN
- Traduit au niveau des ribosomes, c’est la copie de la séquence codante d’un gène
Quelles sont les caractéristiques de l’ARNt?
-fournissent les AA et les outils nécessaires à l’expression des ARNm en protéines
Quelles sont les caractéristiques de l’ARNr?
Utilisation au nombre de deux?
- Se situe à l’intérieur des ribosomes
- Permet la formation des liaisons peptidiques
- Catalyseur direct de la synthèse des protéines
Qu’est ce que les ribosomes ?
Leurs compo?
Leurs tailles ?
-Permettent la synthése des protéines
-Déchiffre l’ARNm
-Est composée de chaînes d’AA et de protéines
-Existe une différence de taille entre eucaryotes et procaryotes
-Il existe deux tailles:
=> 50S et 30S
Qu’est-ce que les protéines ?
c’est un polymères d’AA unis par des liaisons peptidiques
Quelles sont les différentes fonctions des protéines ?
- Structurales:maintien paroi
- Enzymes: catalyse des réactions
- Transport
- Communication: entre bactéries sécrétant des protéines
- Défense : combattre les ennemies
- Réserve en cas de «famine»
Comment se passe la formation de la structure des protéines ?
4 points
Primaire=>séquence de 20 AA
Secondaire=> contrainte de structures a cause des liaisons H
Tertiaire=>Présence de crevasses qui permettent l’interaction avec les autres protéines
Quatriéme=> Interaction avec d’autres
Quel rôle jouent les enzymes dans le processus moléculaires ?
Leurs appellations ?
Leurs types ?
-Sont des catalyseurs
-Ont les retrouve sous l’appellation «ose»
-Ils y en a deux types:
Oxydation et réduction
Par quelle enzyme est répliquée l’ADN ?
L’ADN polymérase
De quel type de conservation fait preuve l’ADN en matière de réplication?
Semi-conservatoire
Quels sont les trois types de réplication?
- Mutation silencieuse
- Mutation non sens
- Mutation faux sens
Qu’est ce qu’une la mutation silencieuse ?
Le codon code pour le même AA
Protéine normale
Qu’est-ce qu’une mutation non-sens?
Plus ou moins longue à cause d’un codon stop
Protéine incompléte
Qu’est-ce qu’une mutation faux sens?
Changement de codon
Protéine mutée
Quelles ont les étapes de la transcription ?
Transcription : ADN to ARN
- écartement de des brins par l’enzyme
- formation de l’ARn a partir du brin transcrit
- lecture du brin 3’ à 5’
Comment lit-on l’ADN ?
De 3’ à 5’
Qu’est ce que la traduction ?
Quelles sont les outils utilisés?
- ARNm à protéines
- Utilisation des ribosomes, ARNt, ARNr, «ARNm»
Comment ce passe la traduction?
1- Fixation du ribosome sur un codon de l’ADNm
2-dans le ribosome se trouve des ARNt
3-L’ARNt « fourni» les éléments pour fabriquer l’AA correspondant au codon
4- Passage a l’autre codon
Définition de polypeptide?
Chaîne d’AA
Définition de polyribosomes ?
Association de ribosome et d’ARNm
Quel est le codon initiateur?
La méthionine
Quels sont les 3 codons stop ?
UAA
UGA
UAG
Définition de codon ?
Triplet de nucléotide de l’ARN codant un acide aminé
Définition génome?
Ensemble des chromosomes et gènes d’une espèce ou d’un individu
Taille des procaryotes ?
1 à 10 micromètre
Tailles des eucaryotes ?
10 à 100 micromètre
Définition de métabolisme ?
Processus chimiques intracellulaires
Qu’est ce que l’anabolisme?
Ensemble des réactions de biosynthése des cellules
Qu’est ce que le catabolisme ?
Ensemble des réactions produisant de l’énergie
A quoi va servir l’énergie produite lors du catabolisme
Énergie pour la biosynthèse
Énergie de mobilité
Définition de biosynthèse
Formation d’un substance organique dans un eV
Quelle sont les différentes sources de C ?
Qu’utilise chaque une de ces sources
Hétérotrophes :
Source de carbone organique (aliment ….)
Autotrophes
Source inorganique comme le CO2
Quels sont les deux grand types de source d’énergie pour les métabolismes ?
La lumiére
Et chimiotrophes
Définition de chimiotrophes
Utilisent un composé chimique comme le H2, NO2-,FE2+….
Que sont les phototrophes
Utilisent la lumière comme sources d’énergie
Quels sont les deux types de chimiotrophes ?
Leurs définitions
Chimio-organotrophes = utilise une molécule organique comme le glucose
Chimio-lithotrophes = utilise une molécule inorganique comme le H2
Quels sont les deux types de phototrophes ?
Leurs définitions
Photo-autotrophes= source de carbone inorganique comme source d’énergie
Photo-hétérotrophes = utilise du carbone organique comme source d’énergie
Réaction d’oxydation?
Red——> Ox + ne-
Réaction de réduction ?
Ox + ne- ———> Red
Définition d’oxydation
Son nom biologique
Réducteur perd des électron
=> donneur d’é-
Définition de réduction
Son nom biologique
Oxydant qui va gagné des électron
=> accepteur d’e-
Qu’est ce que le potentiel redox
Tendance d’une substance a etre oxydé ou réduite
Comment varie le potentiel redox
Libération d’énergie lors de transfert d’énergie
Plus la différence entre le potentiel du donneur et celui de l’accepteur est grand alors la quantité d’en-négrier disponible sera grande
Quelle est le nom de la «monnaie» énergétique ?
ATP
Quelles sont les trois types de phosphorylation ?
Au niveau du substrat
Oxydative
Et photophosphuorylation
Que signifie phosphorylation
Production d’ATP
En quoi consiste la phosphorylation du substrat
Phosphorylation directe de l’ATP avec un groupe phosphate
ADP + Pi + énergie => ATP
A quoi correspond la phosphorylation oxydative
C’est le respiration avec:
Glycolyse
Cycle de Krebs
Crêtes des membranes interne des mitochondries
En quoi consiste la photo phosphorylation ?
3 points
Utilisation de la lumière pour produire de l’ATP
Production d’une force motrice du proton entraînant le transfert d’un H+ a travers la membrane
A lieur lors de la PS
Quelles sont les deux types de photosynthèse ?
Oxygénique
Anoxygénique
Comment se passe la PS oxygénique ?
Et qui la fait ?
Qui est le donneur d’e-?
EV faisant la PS O=> algues cyanobactéries, plantes
Donneur d’e- est l’eau
Tous les deux réduisent le CO2 en sucre et l’NADH en NADHP
Comment se passe la PS anoxygénique ?
Qui l’a fait?
Donneur d’e-?
Producteur=> bactéries violettes et vertes
Donneur d’e- => molécule inorganique
Tous les deux réduisent le CO2 en sucre et l’NADH en NADHP
Ou suppose t-on le début de la vie
Dans les océans
Comment était la vie au départ
Anoxygénique avec les bactéries puis oxygénique avec les EV
Évolution de l’Arn
4 étapes
Comment se comporte t-il avec de la chaleur
-Issu de l’adénine monophosphate de la soupe primitive
-Puis formation d’ATP puis d’un poly A puni d’insertion des bases azotées dans ce polyA
=> création d’un ARN primitif
Capacité à se multiplier seul
Incompatible avec les fortes températures
Évolution de l’ADN
2 étapes
-Formation à partir d’arn + long et de peptides + long également
-Apparition de la transcription inversé
=> adn a double brins
Quel était le premier métabolisme?
Un chimiolithotrophe simple
Mais également de la fermentation simple
Quelle est le métabolisme d’un chimio-lithotrophes ?
Qu’est ce qu’il oxyde? Réduit?
Métabolisme anoxique
Oxydation de l’H2
Réduction de S-
Comment se nomme les premières protéines membranaires?
Cytochrones
Définition de cytochrones?
Qu’est ce qu’ils constituent?
Protéines transmembranaires composées de porphyrie et d’un atome de fer
Constituants des chaines de transfert d’e-
Qu’on permis les cytochrones?
Le développement des deux respirations
A partir de quel produit de la fermentation le développement de la PS a pu voir le jour
La porphyrine
Photosynthése anoxygénique et évolution
Par qui?
De quoi ils sont composés ?
Grace aux bactéries
Elles sont composées de bactériochlorophylle type alpha
Qu’est ce que la bactériochlorophylle?
Un pigment photosynthétique qui permet de faire la PS
Photosynthése oxygénique et évolution
Par qui?
De quoi ils sont composés ?
Par les cyanobactéries
Composés de chlorophylle type alpha
Qu’est ce que là chlorophylle ?
Un pigment photosynthétique qui permet de faire la PS
Quel est la derniermétabolisme à se mettre en place
La respiration
Quels sont les autres métabolismes qui se sont créés grâce à la porphyrine?
La méthanogénèse => prod de méthane
Acéthogénèse=> prod d’acétone
Qu’est ce que la théorie de l’endosymbiose ?
Deux phagocyte de cellule procaryote
- la première aérobie (mitochondries)
- la seconde anaérobie (chlorophastes)
Définition de symbiose
Association a bénéfice mutuel dans le sens strict de type obligatoire
Les symbions ou symbiotes ne peuvent vivre séparément
Définition d’histones?
Pièces maîtresses de la composition de l’ADN et règle majeur dans la régulation des fonctions du génome
Qu’est ce que les prochloroplastes ?
Organismes possèdent deux types de chloroplastes (alpha et bêta )
Qu’est ce qu’un chronomètre moléculaire?
4 caractères
Molécule dont la séquence peut-être utilisée comme mesure comparatives de divergences évolutives
Universelle dans le groupe étudié
Un max de correspondance de base en face
Fonctionnement homologue
Change mtn a un taux compatible avec la distance phylogénétique mesurée
Quels sont les chronométrés moléculaires?
- Procaryotes = 16S (ARN)
- Eucaryotes= 18S (ARN)
- Rec A
- ATPase
Quels sont les caractéristique de l’ARN 16S ?
7 points
Ubiquitaires
Stable
Conservation fonctionnelle
Sequencage rapide
Régions variables et d’autres de conserves
Peu de transfert latéraux
Milliers de séquence dans les bases de données
Qui est Carl WOESE?
Il est a l’origine de la représentation en trois domaines et non pas deux (Archées en plus)
Quels sont les trois domaine du vivants ?
Eucaryotes
Bactéries
Archées
Définition de chitine ?
Composant des coquilles des crevettes et paroi des champignons
Qu’est-ce que la bactériostatiques ?
Paralyse des bactéries en inhibant leur multiplication
Qu’est ce que la fission binaire ?
Une cellule mère donne deux cellules filles identiques entre les deux autrement appelés scissiparite
Qu’est ce que les introns?
Partie non codante d’un gène
Qu’est ce que les exons?
Partie codante d’un gène
Possession d’une enveloppe nucléaire pour les trois domaines ?
B=non
A=non
E=oui
Types de division cellulaire pour les trois domaines ?
B= fission binaire A= fission binaire E = méiose mitose
Possession d’un chromosome circulaire pour les trois domaines
B=oui (non rare)
A= oui
E=non
Possession d’histones pour les trois domaines
B= absent
A=oui
E=oui
Présence d’introns pour les trois domaines
B=absent
A=parfois
E=oui
Présence d’arn polymérisé pour les trois domaines
B= une sorte
A= une aussi
E=oui
Quel type de ribosomes pour les trois domaines
B= 70S
A=70S
E=80S
Quel est l’AA initiateur de la synthèse de protéine pour les trois domaines du vivants
B=formylméthionine
A=Méthionine
E=méthionine
Sensibilité a la streptomycine et chloramphénicol pour les trois domaines?
B= oui
A=non
E=non
Quel type de lipide memebranaires pour elles trois domaines
B= acides gras et liaison Ester A= phytanyl et liaison ether E= acides gras et liaison ester
Quel type de paroi pour les trois domaines
B= peptidoglycane
A=compo diverse
E= cellulose chitine si présente
Croissance a T>1000° pour les trois domaines du vivant
B=non
A=quleques espèces
E=non
Quel est le but de la systématique ?
Classer les EV de manière rationnelle en groupe d’affinités et de leur attribuer un nom
Comment classe t’on la systématique,
Avec quelles disciplines?
Avec la taxonomie et la nomenclature
Qu’est ce que la taxonomie pour la systématique ?
Science qui décrit et étudie les organismes
Qu’est ce que la nomenclature pour la systématique ?
Ensemble des règles gouvernant l’attribution d’un nom a un taxons
Nom de genre et nom d’espèce
Rangs hiérarchiques de la systématique
15 points comprenant les sous
Domaine ou empire Phylum ou division Classe Sous classe Ordre Sous ordre Famille Sous famille Tribu Sous tribu Genre Sous genre Espéce Sous-espèce Rang inférieur a la sous espèce
Comment classifie-on le agents pathogénes ?
En fonction de groupe selon leurs dangers
De groupe 1 =>sans risque
A groupe 4=>maladies graves, propagation collectivité élevée, traitements inexistants
Comment mesure t-on le trouble ou turbidité ?
Avec un spectrophotomètre
Dans des conditions de systèmes fermés, quels sont 4 noms des phases de la courbe ?
1-Latence
2- Exponentielle
3- Stationnaire
4- Déclin
Définition de population
Ensemble d’individus d d’la même espece
Comment se multiplient les bactéries (le nom)?
Par scissiparité ou fission binaire
Définition de cycle cellulaire ?
Ensemble des étapes entre la cellule mère et les cellules filles, les phases de croissance et division
Définition de colonie bactérienne?
Ensemble des cellules filles issus d’une cellule mère
Qu’est ce que le temps de réaction ?
Quelle est la formule?
Le temps nécessaire au doublement de la population
G (temps de réaction)= t / n (nombre de génération)
Qu’est ce que le taux de croissance?
Nombre de génération par unité de temps
Nommez quelques facteurs pouvant faire varier la croissance bactérienne ?
Température Pression Nutriments Luminosité pH Concentration en oxygène Salinité Source de carbone organique ou inorganique
Définition de abiotique
Paramètres physiques
Quelles sont les principales formes de bactéries ?
MIN 2
Bacille Coque Spirille Filamenteuse Pédonculé
Donnez le protocole Gram
En 5 points
1- Fixation des cellules 2- Coloration au Crystal violet 3-Passage au lugol ou iode 4-Décoloration à l’éthanol (pour les + pas d’effets ) 5-Coloration à la saframine
Pourquoi les bactéries a gram - sont-elles plus dangereuses que les gram +?
Libération d’une toxine => LPS ou Lipopolysaccharides résistante aux antibiotiques
Donnez l’éthymologie de chimiolithotrophes
Chimio=> chimiques
Lithotrophes => inorganiques réduits
Qu’est ce que le plasmide chez les bactéries ?
Région extrachromosomique de l’ADN
Quels sont les constituants d’un peptides ?
Des AA
Qu’est ce que la cyanine?
Fluorochrome => marqueur de fluorescence
Qu’est ce que l’adénosine?
Résultat de la combinaison de l’adénine avec un ribose
Qu’est ce que l’albumine ?
C’est une protéine présente dans le blanc d’œuf, lait et plasma sanguin
Qu’est ce que la thyminine
C’est la combinaison d’une thymine avec un désoxyribose
Qu’est ce que la tyrosine ?
Un AA
Qu’est ce que la thréonine
Un AA
Qu’est ce que la guanosine ?
C’est une combinaison de guanine et de ribose
