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MMD1229 cours magistraux > Cours bases moléculaires > Flashcards

Cours bases moléculaires Flashcards

1
Q

Quel est le pourcentage qu’occupe l’exome dans l’ADN?

A

1,2%

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Q

Les régions codantes de l’ADN code pour environ combien de gènes?

A

20 000 gènes

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3
Q

Un gène contient l’information pour quoi?

A
  • Protéine

- Molécule ARN fonctionnelle (miARN, ARNr, ARNt)

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4
Q

Quelles sont les différences entre le polymorphisme et la mutation?

A

Polymorphisme : variations retrouvées dans >1% de la population et ne cause généralement pas de maladie

Mutation : moins fréquent que polymorphisme et cause de maladie

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5
Q

Différencier mutation germinale et mutation somatique

A

Mutation germinale : présente dans toutes les cellules, souvent héritées mais peuvent survenir de novo

Mutation somatique : présente seulement dans quelques cellules différenciées, pas de transmission héréditaire

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6
Q

Quels sont les différents types de mutations ponctuelles?

A
  • Silencieuse : même acide aminé codé
  • Nonsense: arrête la transcription
  • Missense : conservatrice (autre acide aminé mais similaire) et non-conservatrice (acide aminé totalement différent au niveau de la structure)
  • Frame shift mutation
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7
Q

Quelles sont les différentes mutations à grande échelle? Donner des exemples pour chaque mutation et le cancer associé.

A
  • Délétion : Rb- rétinoblastome
  • CNV (copy number variant)
  • Amplification : HER2- cancer du sein
  • Réarrangement (fusion/translocation) : t(11;22) EWS/FLI1 - Sarcome d’Ewing
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8
Q

Quelles sont les différentes mutations à petite échelle? Donner des exemples pour chaque mutation et le cancer associé.

A
  • Mutation ponctuelle (SNV) : KRAS - Cancer colorectal

- Insertion/Délétion (Indel) ; EGFR de l’exon 19 - Cancer du poumon

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9
Q

Quels sont les autres types de lésions génétiques?

A
  • Aneuploidie
  • MicroARN : régulation expression proto-oncogènes et gènes suppresseurs
  • Modifications épigénétiques : méthylation d’ADN = inhiber gènes suppresseurs tumeurs et réparation ADN
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10
Q

Qu’est-ce qu’un biomarqueur?

A

Caractéristique qui est mesurée et évaluée de manière objective comme indicateur de processus biologiques normaux, de processus pathogènes ou de réponses pharmacologiques à une intervention thérapeutique

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11
Q

Quels sont les 4 types de biomarqueurs? Donner un exemple pour chaque biomarqueur

A
  • Biomarqueur de prédisposition (BRCA1, BRCA2)
  • Biomarqueur diagnostic (BCR-ABL : LMC)
  • Biomarqueur pronostic : information sur le pronostic et risque de récidive (ER, PR : bon pronostic pour cancer du sein)
  • Biomarqueur prédictif : prédiction sur réponse au traitement (HER2 : cancer du sein)
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12
Q

Quelles sont les 3 causes de mutation génétique?

A
  • Agents environnementaux (carcinogènes)
  • Héréditaire
  • Spontanée : à chaque fois que les ¢ se divise = risque de mutation
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13
Q

Quelle est la différence entre les mutations conducteurs et passagers?

A

Driver mutations : mutations dans gènes de cancer → contribuent au développement ou progression cancer

Passenger mutations : mutations dans gènes autres généralement silencieuses/neutres, mais retrouvées en grande quantité dans cancers avec exposition carcinogène

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14
Q

Vrai ou faux. Il faut seulement une mutation pour la carcinogénèse.

A

Faux. Il faut une accumulation de mutations pour la carcinogénèse.

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15
Q

Quelles sont les 4 classes de gènes de cancer?

A
  • Proto-oncogènes
  • Gènes suppresseurs de tumeurs
  • Gènes de l’apoptose
  • Gènes de réparation de l’ADN
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16
Q

Vrai ou faux. L’hybridation in situ permet de détecter une mutation de petite taille.

A

Faux. De grande taille comme amplification, délétion, translocation

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17
Q

Quelles sont les différents types de sondes FISH?

A
  • Gene-specific probe (ex : HER2)
  • Centromeric probe*
  • Telomeric probe*
  • Chromosome-painting

*repetitive-sequence probes

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18
Q

Que regarde-t-on lors de la lecteur d’un FISH?

A
  • Présence/absence signal cible (quantité)

- Distribution spatiale (localisation)

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19
Q

Quels sont les différents types de sondes pour les réarrangements chromosomiques?

A
  • Sondes de séparation

- Sondes de fusion

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20
Q

Quel est le rôle du gène HER2 dans le cancer du sein?

A

Proto-oncogène

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21
Q

Donner un exemple pour chaque fonction des oncogènes.

Facteurs de croissance
Récepteurs pour facteur de croissance
Transducteurs de signaux 
Facteurs de transcription nucléaire
Régulateurs cycle cellulaire
A 
PDGF
HER2/neu, EGFR
RAS, RAF, ABL
MYC
Cycline et CDK
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22
Q

Quels sont les mécanisme d’activation des oncogènes? Donner un exemple lié à un cancer pour chaque mécanisme.

A

Mutation ponctuelle : KRAS : côlon
Amplification génique : HER2 : sein
Translocation : MYC : lymphome de Burkitt
Surexpression (boucle autocrine) : PDGF : glioblastome

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23
Q

Est0ce que la mutation/activation seule d’oncogènes est suffisant pour cause une prolifération cellulaire incontrôlée?

A

Non, car beaucoup de mécanismes de détection (sénéscence/apoptose) pour contrer la prolifération

24
Q

Quel pourcentage occupe les cancers héréditaires au sein de tous les cancers?

A

Environ 5-10% des cancers

SOUS INFLUENCE DE FACTEURS ENVIRONNEMENTAUX

25
Q

Quelles sont les 2 fonctions prédominantes dans les gènes de cancer familiaux?

A
  • Suppresseur de tumeur

- Réparation d’ADN

26
Q

Quels sont les 2 types de gènes suppresseurs de tumeurs?

A
  • Gouverneur : RB

- Gardien : TP53

27
Q

Qu’est-ce que l’hypothèse de Knudson

A

Two-hit hypothesis : deux événements génétiques requis pour inactiver le gène RB

Distingue les formes sporadique (+rare) et familiale du rétinoblastome

28
Q

Quels sont les fonctions principales du gène RB?

A
  • Frein à la croissance cellulaire

- Contrôle transition G1-S cycle cellulaire

29
Q

Comment fonctionne le RB?

A

Dans sa forme activée (hypophosphorylé) : retient E2F pour inhiber la transcription

Dans sa forme inactivée (hyperphosphorylé) : relâche E2F pour activer la transcription

30
Q

Quel est le gène le plus fréquemment muté dans les cancers humains?

A

TP53 (70% des cancers)

31
Q

Quelles sont les fonctions du TP53?

A
  • Arrêt phase G1 (quiescence) et activation réparation ADN

- Sénescence, apoptose

32
Q

Comment le TP53 est activé?

A

Activation par stresseurs internes (ex: hypoxie)

33
Q

Nommer des gènes suppresseurs (sauf TP53 et RB).

A 
TGF-béta
Inhibition contact (E-cadhérine, APC, béta-caténine, WNT)
34
Q

Quels sont les gènes à haut risque pour le cancer du sein héréditaire?

A
  • BRCA 1 et 2
  • TP53 (Li-Fraumeni)
  • PTEN (Cowden) : bloque PI3K cascade après activation RAS
35
Q

Quelle est la fonction des BRCA 1 et 2? Quels autres cancers sont associés à la mutation de ces gènes?

A

Gènes de réparation de l’ADN (recombinaison homologue)

BRCA1 : ovaires, prostate
BRCA2 : ovaires, pancréas, prostate, …

36
Q

Quels sont les 3 systèmes de réparation de l’ADN? Donner des exemples de maladies pour chaque système

A
  1. Mésappariement (mismatch repair ) : Lynch = MLH1/MSH2
  2. Excision (nucleotide excision repair) : Xeroderma pigmentosum
  3. Recombinaison (recombination repair) : BRCA
37
Q

Quelles sont les différentes sources possibles d’ADN qu’on peut prendre du corps humain?

A
  • Sang
  • Tissu frais
  • Tissu congelé
  • Frottis cytologiques
  • Tissu paraffiné : blocs cellulaires
38
Q

Quelles sont les différentes méthodes d’analyse de mutations?

A
  • Séquençage de Sanger
  • PCR
  • Séquençage de nouvelle génération (NGS)
39
Q

Quelle est la façon la plus efficace de générer de l’énergie (ATP)?

A

Phosphorylation oxydative : 36ATP/glucose

Glycolyse : 2 ATP/glucose

40
Q

Qu’est-ce que l’effet Warburg?

A

Les cellules tumorales opte pour la glycolyse aérobique pour générer des métabolites pour la synthèses de composantes cellulaires (ADN, ARN, protéines, lipides, etc.)

41
Q

L’effet Warburg est favorisé par quelle gène et opposé par quelle gène?

A

+ : proto-oncogènes

- : gènes suppresseurs de tumeurs

42
Q

Quelles sont les 2 variantes du lymphome de Burkitt? Quelles sont leurs similitudes et différences?

A
  • Endémique (Africaine)
  • Sporadique

Similitudes : histologie et altérations moléculaires

Différences : présentation clinique et virologique

43
Q

La forme endémique du lymphome de Burkitt est associée à quelle virus?

A

EBV (infection latente)

44
Q

Quelle est la méthode d’activation de l’oncogène MYC?

A

t(8:14) : juxtaposition MYC au promoteur IgH

45
Q

Quelles sont les méthodes de détection des translocations?

A
  • FISH
  • PCR
  • Séquençage nouvelle génération (NGS)
46
Q

Quelle est la mutation qui explique le lymphome folliculaire?

A

t(14;18) : juxtaposition promoteur IgH à BCL-2, surexpression de la protéine anti-apoptotique

47
Q

Quels sont les mécanismes d’action des agents carcinogènes infectieux?

A
  • Protéines virales oncogéniques
  • Inflammation chronique (plus de prolifération = plus de risque de mutation)
  • Intégration virale génome cellule
48
Q

Que fait la protéine E6 du VPH?

A
  • TERT : incresed telomerase expression

- Inhibitoin de p53

49
Q

Que fait la protéine E7 du VPH?

A
  • Inhibition de p21 → ↑CDK4/cycline D

- Inhibition RB-E2F

50
Q

Vrai ou faux. La survie médiane des carcinome colorectal métastatique est élevée grâce aux avancées dans le traitement.

A

Faux, la survie médiane demeure faible (18-21 mois)

51
Q

Vrai ou faux. Si les médicaments bloquent la voie de signalisation EGFR mais que RAS est muté, il n’y pas d’effet. Pourquoi?

A

Vrai, les mutations RAS ont une résistance au traitement anti-EGFR

52
Q

Quelle source possible d’ADN ne permet pas de détecter les mutations RAS?

A

Le sang

53
Q

Quelle est l’utilité de la pathologie moléculaire dans les thérapies ciblées?

A

L’évaluation du statut mutationnel permet de prévoir la réponse du patient au traitement!

54
Q

Quelles sont les avantages et les inconvénients du séquençage génome complet?

A
  • Avantages : non-biaisée, détecte toutes les mutations

- Inconvénients : coûts, sensibilité limitée

55
Q

Quelles sont les avantages et les inconvénients du séquençage exome complet?

A
  • Avantage : détecte tous les SNV et CNV

- Inconvénients : coûts, sensibilité limitée, pas de fusion

56
Q

Quelles sont les avantages et les inconvénients du séquençage ciblé (10-400 gènes)?

A

Avantage :coûts, rapide, sensibilité

Inconvénient : biais gènes ciblées

MMD1229 cours magistraux (7 decks)

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