Cours 5 Flashcards
Comment sont identifiés les microorganismes? (protozoaires, vers parasites, mycètes)
En laboratoire par observation microscopique
- Avec coloration de gram
- Avec coloration acido-alocoolo-résistante
Quels sont quelques éléments qui permettent d’identifier les bactéries?
- Morphologie des bactéries
- Coloration Gram
- Présence d’endospore
- Présence d’une capsule
- Présence de flagelles
Quels sont d’autres techniques utilisés pour identifier des bactéries?
- Croissance sur milieux de culture(sélectifs,différentiels, etc)
- Aspect des colonies
- Réactions observés sur des milieux différentels
De quoi dépend le choix de méthode utilisé en laboratoire pour identifier un microorganisme?
- Site de prélèvement de l’échantillon
- La nature de l’infection
- Les symptômes cliniques observés
- Coloration de Gram
Quel est le nom du manuel de référence en microbiologie et à quoi sert-il?
Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
Sert à identifier plusieurs microorganismes selon plusieurs critères morphologiques et phénotypiques
Quelles sont les méthodes moléculaires utilisées pour identifier des microorganismes ?
-Détection et Séquençage de l’ADN
-Identification des acides gras membranaires
et autres
Quel élément cherche-t-on a identifier pour des bactéries avec des morphologies similaires?
La présence d’enzymes variés (ex utilisation de sucres ou pas)
De quelle façon peut-on distinguer des bactéries par leur profil de production d’acide gras?
1-On modifie les acides gras par méthylation
2- Extraits et analysés par chromatographie en phase gazeuse
3-Comparer les résultats obtenus avec une base de donnée connue pour identifier une espèce de bactérie
À quoi sert la méthode API 20E?
Identifier la sorte de bactérie selon leur utilisation du milieu. EX: on acidifie le milieu, si ca devient rouge = pH acide et bactérie pousse en milieu acide ..?
À quoi sert le système Sherlock Microbial Identification (MIS)
Identfier des espèces bactériennes par l’analyse de leur acides gras
Quel est le gène de référence utilisé pour distinguer des bactéries selon L’ADN?
ARN ribosomale 16S (ARNr 16S)
Comment peut-on identifier une bactérie selon l’ADN?
Technique de taxonomie basée sur ARNr 16s
1- Amplifier la région du gène ARNr 16S qui varie d’une espèce à une autre
2- Séquencer ce fragment d’ADN
3- Séquences obtenues comparés a une banque de séquences d’ARNr 16S connues de plusieurs espèces différentes
4- Si séquence inconnue partage + de 97% de nucléotides identiques avec une séquence existante dans la base de donnée = on assigne cette espèce à la bactérie inconnue.
Comment fonctionne le test sérologique? (Principe d’agglutination)
1) Reconnaissance d’antigènes par des anticorps sur la surface des bactéries
2) Phénomène d’agglutination se produit (forme un amas de bactéries qui possèdent un antigène en surface reconnu par un antibactérien)
Pourquoi est-il important de distinguer des souches bactériennes d’une même espèce?
Pour retracer l’origine d’une éclosion lors d’épidémies
Quelle est l’importance de la sérologie?
Elle sert a différencier les différentes espèces d’une même bactérie selon les variations à la surface de celle-ci pour établir des sérotypes (catégories des bactéries selon leur réaction en présence d’un sérum contenant des anticorps spécifiquement dirigés contre eux)
Vrai ou Faux: Est-il possible d’amplifier des gènes variables par PCR afin de comparer les séquences de et de discriminer les souches?
Vrai: On parle ici de génotypes
Comment fonctionne la méthode Multiple Locus Squence Typing? (MLST)
1) Amplification de 7 gènes bien conservés entre les bactéries d’une même espèce mais avec certaines variations nucléotidiques
2) Chaque variante au sein d’une même espèce représente une allèle
3) La séquence de 7 gènes d’une même bactérie(7 allèles) représente un code à 7 chiffres. Chaque chiffre représente une allèle.
4) Les produits sont amplifiés par PCR puis séquencés et comparé à des bases de données qui contient des allèles connus pour une espèce bactérienne donnée.
5) Si deux souches partagent le même code = elles sont très apparentées génétiquement
Comment fonctionne la technique Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP) ?
1) Digérer L’ADN génomique total avec des enzymes de restriction
2) Séparer les fragments par gel d’agarose
3) Les variations entre deux souches peuvent être des sites de restriction supplémentaires ou en moins d’une espèce a une autre
4) Aprèes séparation sur le gel on obtient l’empreinte génétique de la bactérie.
5) On peut comparer les empreintes et distinguer des souches de bactéries
Quelle méthode utilisait-on avant les méthodes moléculaires comme le PCR et le séquençage?
On utilisait des méthodes de susceptibilité à l’infection par des bactériophages à des bactériocines ou à des antibiotiques pour établir un profil pour chaque souche
Comment fonctionne la méthode Maldi-TOF (Matrix-Assited Laser Desorption Ionization-Time of Flight)
1) Échantillon à identifier= fixé sur une plaque métallique et recouvert d’une matrice
2) Échantillon est bombardé par faisceau laser = ionise les molécules = molécules deviennent chargés
3) Les ions sont accélérés à l’intérieur d’un tube grâce à des électrodes. On calcule temps requis pour les molécules d’atteindre le détecteur.
4) Le temps vont representer un profil de pics qui correspond à différents ions selon leur ratio de masse/charge.
5) Les pics obtenus peuvent être comparés à des souches de reference = identifier l’échantillon inconnu.
Quel est l’avantage de la technique Maldi-TOF?
Identification
1) Précise
2) Éfficace
3) Économique
Les médecins peuvent prescrire l’antibiotique adéquat (plus spécifique comme diagnostic)
Comment fonctionne Maldi-TOF?
1) Échantillon fixé sur une plaque métallique et recouvert d’une matrice
2) Bombarde par un faisceau laser = ionisation des molécules = donne une charge
3) Ions accélérés dans un tube avec des électrodes
4) On mesure le temps requis pour que les ions percutent le détecteur
5) Établir un profil de pic selon masse/charge et comparer a des souches de référence
Nommez 3 caractéristiques de Alpha-Proteobacteria
- Peuvent pousser dans les conditions pauvres en nutriments
- Fixent l’azote en symbiose avec les plantes
- Parasites intracellulaires
Nommez 2 caractéristiques des Beta-Proteobacteria
- Retrouvés dans les eaux et les sols
- Pathogène humain= bactérie de la coqueluche
Nommez 4 caractéristiques des Gamma-Proteobacteria
- Sous groupe le plus important dans la bactériologie humaine
- Bactéries photosynthétiques
- Produisent pas d’O2
- Utilisent des composés organiques ou le H2S comem accepteur final d’électrons
Nommez 2 caractéristiques des Delta-Proteobacteria
- S’attaquent à d’autres bactéries
- Pas de pathogènes humain
Nommez 2 caractéristiques des Epsilon-Proteobacteria
- Forme incurvée et motile
- Pathogène pour l’humain(peuvent causer cancer)
Quelles sont deux raisons pourquoi les infections et les problèmes de santé causés par les microorganismes EUCARYOTES sont importants dans le monde?
1- Les changements climatiques
2-Agents pathogènes confinés dans des régions tropicales, équatoriales se déplacent vers les zones plus septentrionales
Donnez 3 types de mycètes?
- Champignons
- Levures
- Moisissures
Comment se fait l’identification des mycètes pluricellulaires?
Par leurs caractéristiques physiques:
- Colonies
- Spores
Comment s’appelle le corps d’un mycète?
Thalle
De quoi est composé un mycète?
- Masse cytoplasmique
- Filaments ramifiés (HYPHES)
De quoi est composé la paroi des des hyphes?
- Chitine
- Polyosides
- Cellulose (rigidité + résistance aux conditions extrêmes)
Comment nomme-t-on l’ensemble des hyphes?
Le mycélium
Quels sont les deux types de hyphes?
- Segmentés (un seul noyau)
- Sans cloison transversale (plusieurs noyaux)
Nommez 2 caractéristiques des hyphes?
1- Se multiplient en s’allongeant aux extrémités
2-Très longs (se déplacent même en absence de locomoteur)
Donnez la différence entre l’hyohe VÉGÉTATIF et l’hphe AÉRIEN?
- Végé= cherche les élements nutritifs
- Aérien= rôle de reproduction
Donnez 4 caractéristiques des levures?
- Unicellulaire
- Ovale ou sphérique
- Sans filaments
- Retrouvés sous forme de poudre blanche à la surface des fruits en décomposition
Expliquez la division de la plupart des levures : le bourgeonnement
Une cellule fille se forme a partir d’une petite excroissance ou un bourgeon
Qu’est-ce qu’un pseudohyphe?
C’est le résultat d’un mauvais bourgeonnement = la cellule fille ne s’est pas détaché.
Peu causer des infections
Quelles sont les 2 formes sous lesquelles le mycète pathogène peu vivre? (mycètes DIMORPHIQUES)
- Levures
- Mycélium
Vrai ou Faux? Les mycètes poussent à des pH plus acides que les bactéries?
Vrai
Quel est le type de milieu de croissance des moisissures et des levures?
Moisissures= aérobies strict Levure= anaérobies facultatives
Vrai ou Faux? Les mycètes résistent mieux à lapression osmotique?
Vrai= elles sont plus résistantes a des concentrations élevées en sel ou en sucre
Quel type de métabolisme sont les mycètes?
Chimiohétérotrophes. (besoin de carbone pour leur croissance)
Où sont produites les spores?
Sur les hyphes aériens, en très grand nombre
Comment sont produites les spores asexuées?
Par un seul mycète
Par mitose et division cellulaire
Sans fusion de noyau
+ Fréquent
Comment sont produites les spores sexuées?
Par la fusion entre noyaux de 2 souches génétiquement distinctes, mais COMPATIBLES d’une même espèce.
Quelles sont les deux classes de spores ASEXUÉES?
- Enfermées dans un sac
- Pas enfermées dans un sac
