cours 4 Flashcards
Classification des microorganismes selon leurs besoins nutritifs
Source de carbone
Source d’énergie
Source d’électrons
Hétérotrophes
Molécules organiques préformées (Ex. glucide, lipide …)
Autotrophes
CO2 seul ou principale source
Chimiotrophes
Oxydation des composés organiques (Ex. glucose)
et inorganiques (Ex. H2S, NH4+, Fe2+,…)
Lithotrophes
Molécules inorganiques réduites (H2S, NH4+, Fe2+,…)
Organotrophes
Molécules organiques réduites (Ex. glucose)
Source de carbone
Autotrophe
Hétérotrophe
Source d’énergie
Phototrophe
Chimiotrophe
Source d’électrons (H/e-)
Lithotrophes
Organotrophes
Minimale vs optimale vs maximal
Température minimale: Température la plus basse à laquelle un microorganisme peut croître
Température optimale: Température idéale permettant aux microorganismes un taux de croissance maximal
Température maximale: Température la plus élevée à laquelle un microorganisme peut croître
Nom des microorganismes selon T optimale
Noms microorganismes selon pH
1) Acidophiles : pH 0-5.5
2) Neutrophiles : pH 5.5-8.0
3) Alcalophiles : pH 8.5-11,5
Bactéries vs mycètes
ph back = 6-7
ph Myc = 5-6
hypotonique
l’eau entre dans la cellule mais la paroi oppose une certaine résistance mécanique à la pression osmotique
hypertonique
l’eau quitte la cellule au profit du milieu ambiant (déshydratation)
- Plasmolyse (la membrane se rétracte de la paroi) - Faible disponibilité en eau libre
Types de microorganismes pression osmotique
Osmotolérants = peut deal avec une pression osmotique élevé
Osmophiles = Veut une pression osmotique élevé pour croitre
Halophile = Nécessite NaCl au dessus de 0.2 M
Macroéléments role
éléments nécessaires en grandes quantité pour la synthèse de macromolécules (CHONPS) et Ca, Mg, K
Carbone, Hydrogène, Oxygène, Azote, Phosphore, Soufre Calcium, Magnésium, potassium
- C : Carbone: nécessité d’une source de carbone - H2O (eau): indispensable
Oligoéléments
besoin en petite quantité (trace): Fer, cuivre, molybdène, zinc …
Facteurs de croissance
facteurs organiques: vitamines, acides aminés, et bases azotés
Pas de chimiotrophe capable de dégrader la molécule = ?
non biodégradable
Azote = ?%
14% de la matière sèche,
soufre et phosphore = ?%
4%.
Source d’azote:
- La majorité vont utiliser une forme organique ou d’ammonium (NH4+).
- La fixation de l’azote : utilisation direct de l’azote atmosphérique (N2),
Prototrophe
microorganisme de type sauvage du point de vue nutritionnel. Autonome, pouvant croître sur un milieu défini (synthétique)
Auxotrophe:
Perte de capacité à synthétiser certains métabolites essentiels
(comparé au type sauvage)
- Incapable de croître sur un milieu synthétique (il faut l’enrichir)
Eau liée
liée aux macromolécules, ions ou toute surface hydrophile
Eau libre
Seule l’eau libre du milieu est disponible pour les microorganismes
-uffisamment éloignée d’une surface chargée et libre de ses mouvements, propriétés physico-chimiques normales
Activité de l’eau libre
indice de la disponibilité de l’eau pour les microorganismes
Aw (Activity water)
Pression partielle de vapeur d’eau d’une solution
Pression partielle de vapeur de l’eau pure
Oxygène Eucaryote
Presque tjrs essentiel
Oxygène procaryotes
Essentiel, toléré ou toxique
Types de demande d’oxygène
Aérobie stricte
Anaérobie facultative
Anaérobie stricte
Anaérobie aérotolérant
Microaérophile
microaérophile
pression d’o2 faible (2-10%)
anaérobie aâérotolérant
oxygène les tue pas, mais se développe sans
SOD pour
Dismutation
Catalse fait quoi
transforme 2 peroxyde en 2 h2o + o2
Comment faire anaerobie
1) Bouillon au thioglycolate
2) Jarre anaérobie (Systèmes ‘GasPak’)
3) Chambre anaérobique
phases de croissance
Latence
exponentielle
stationnaire
mortalité
Latence
Pas de division cellulaire
Temps dépend de : -age bactérie + milieu
Exponentielle
-Logarithmique
-Developpement vitesse max
-Population uniforme
-Court moment
-+ de nutriments, mieux c’est
Stationnaire
causes : limitation de nutriments
-conditions défavorables à la reproduction
Mortalité
Causes : Préparé par génétique
dégâts irréparables
formation de cellules viables non cultivables (VNC) (dormance)
La culture continue (ouvert)
- Apport de nutriments
- Elimination des déchets
- La phase de croissance exponentielle est maintenue sur une longue période
- Concentration constante de la biomasse
- Il y a 2 types: Chémostat et turbidostat
– Chémostat : Apport constant de nutriments à la même vitesse que le milieu est éliminé
– Turbidostat: vitesse de dilution déterminée par la densité
Mesure de la croissance des microorganismes
1) Méthodes directes:
A) Décompte total des microorganismes
B) Décompte des unités viables (UFC, filtre)
2) Méthodes indirectes:
A) Mesure de l’activité
B) Mesure de la masse cellulaire C) Turbidité
A) Décompte total des microorganismes
- Compteur Coulter et Cytomètre de flux (protistes, levures et cellules
mammifères) - Chambre de comptage observée au microscope
- Hémocytomètre: Les levures et cellules mammifères
- Cellule de Petroff-Hausser: Les bactéries
Avantages: - facile à utiliser, rapide et peu coûteux - informations sur la taille/morphologie des microorganismes
Désavantages: - densité microbienne élevée (petit volume) - décompte des cellules mortes et vivantes
Hémocytomètre:
Dimensions:
0.1cm x 0.1cm x 0.01cm = 1/10000 cm3
Cellules/ml: 10000 x cellules comptées x facteur de dilution
Cellule de Petroff-Hausser:
Dimensions : 10 fois plus petit que l’hémocytomètre
Cellules/ml: 100000 x cellules comptées x facteur de dilution
Décompte unité viable
Nombre de colonies * dilution = ufc
Méthode des filtres de cellulose
L’échantillon est passé sur un filtre de cellulose dont la porosité retient les microorganismes
Mesure de l’activité
- En mesurant la consommation de substrats (C, N2, O2 ou un facteur spécifique de croissance), la concentration des constituants cellulaires (ATP, FAD ou FMN, ADN, protéines) ou l’excrétion de certains produits (CO2 ou NH3), il est possible d’évaluer la concentration microbienne d’un échantillon
Mesure de la masse cellulaire
- Poids sec
- Récolte des microorganismes (filtration sur membrane)
- Lavage + dessiccation (100 à 110oC)
- Pesée (toutes les bactéries, mortes ou vivantes sont pesées)
- Valeurs exprimées en g/L
- Turbidité par la densité optique (D.O.): Turbidimétrie
Turbidimétrie
Évaluation de la concentration cellulaire à l’aide de sa densité optique [D.O.] (absorption lumineuse) à une certaine longueur d’onde (Ex 600 nm)
-Dans une certaine limite (106/ml < [ ] < 108/ml), la D.O. d’une suspension microbienne est directement proportionnelle à sa concentration cellulaire
