Cours 2 : interactions des microbes Flashcards
Qu’est-ce qu’une interaction intra-spécifique?
Une interaction entre les membres d’une même espèce/population
Qu’est-ce qu’une interaction inter-spécifique?
Une interaction entre les membres de différentes espèces
Qu’est-ce qu’une corrélation négative?
Quand on a un taxon mais qu’on a pas l’autre
Quels sont les 4 points de faire des réseaux d’interactions à partir de matrices d’abondances?
- Facilement réalisable
- Donne une idée des taxons/gènes qui sont présents au même instant
- Ne dépend pas de la culture
- Ne garantit pas l’interaction
Par quelle méthode peut-on observer les interactions physiques entre les microbes ?
Par microscopie électronique
Quels sont les 3 points de la microscopie électronique?
- Permet de déterminer l’interaction physique entre cellules et d’analyser les structures microbiennes
- Dépend souvent de la culture
- N’informe pas sur la nature de l’interaction
Quels sont les 3 points de l’analyse par Nanosims?
- Permet de déterminer s’il y a des échanges entre cellules
- Dépend souvent de la culture
- Dispendieux
Pourquoi faire un taux de croissance?
Permet de déterminer quel est l’effet d’un micro-organisme sur l’autre
Quels sont les 3 points d’un taux de croissance?
- Trouver le bon milieu de culture
- Permet l’étude du type d’interaction et de quantifier cette interaction
- Ne peut s’appliquer qu’aux micro-organismes cultivables
Quelles sont les 3 interactions positives?
- Mutualisme
- Protocoopération
- Commensalisme
Quelles sont les 4 interactions négatives?
- Prédation
- Parasitisme
- Amensalisme
- Compétition
Qu’est-ce que le mutualisme?
Une relation avec un bénéfice réciproque
Qu’est-ce que le syntrophisme?
C’est un type spécifique de mutualisme où deux organismes dépendent chacun de nutriments produits par l’autre
Qu’est-ce que la protocooperation?
Les organismes améliorent leur croissance par cette coopération mais n’en sont pas dépendants
Qu’est-ce que le commensalisme?
Relation dans laquelle 1 organisme est bénéficiaire tandis que l’autre n’est ni favorisé ni défavorisé
– Pas une relation inter-dépendante
Quels sont les 3 points d’une prédation?
- Un organisme prédateur englouti et digère un autre organisme, la proie
- Un prédateur peut produire une enzyme pour éliminer sa proie
- Certains prédateurs doivent se fixer à leur proie pour la tuer
Quels sont les 2 effets de la prédation dans la communauté bactérienne?
- Importants déterminants de la structure, diversité et dynamique de la communauté bactérienne
- Important régulateur
Quels sont les 2 points du parasitisme?
- Un organisme est bénéficiaire et l’autre est endommagé/abimé
- Un parasite peut être attaché ou dans l’hôte
Qu’est-ce que l’amensalisme?
Relation dans laquelle un organisme produit une molécule qui a un effet négatif sur l’autre organisme
Qu’est-ce que la compétition?
Quand différents micro-organismes au sein d’une population ou communauté ciblent la même ressource
Les facteurs abiotiques (environnementaux) influencent les ___ et les ___ des microbes
- interactions
2. comportements
Donner des exemple de facteurs abiotiques
- Lumière
- pH
- Disponibilité en eau
- Disponibilité en nutriments
- Température
Qu’est-ce que la tragédie des biens communs?
Les ressources communes sont utilisées pour le bien individuel à court terme, mais mauvais pour le groupe social à long terme
Qu’est-ce qu’un sidérophore?
Un peptide capable de fixer/internaliser le fer
Un altruiste ___ le fitness d’un ___ à un coût à ___
- améliore
- bénéficiaire
- soi-même
Le quorum sensig est un ____ qui se base sur la ___ de petites molécules ou “___” qui sont produites en phase de ____
- mode de signalisation
- auto-inducteurs
- croissance bactérienne
Lorsqu’un ____ est atteint, ces auto-inducteurs ___ avec un régulateur transcriptionnel, permettant ___, en réponse à une forte ___ de cet auto-inducteurs, d’un groupe de ___
- seuil de concentration
- l’expression spécifique
- concentration
- gènes
Quel est l’auto-inducteur dans vibrio fischeri impliqué dans la bioluminescence?
AHL
Quelle est une des fonctions possibles de AHL?
La réparation de l’ADN via un processus de photo-réactivation
Comment les virus contribuent-ils à la disponibilité des composants organiques dissous?
En lysant leur hôte
Quelles sont les deux façons dont les phages ont une influence sur la structure et la diversité des communautés aquatiques microbiennes?
- Prédation régulant certaines populations de bactéries et de phytoplankton
- Transfert de ènes horizontal
Quel mécanisme de transfert de l’information implique qu’une bactérie “compétente” peut intégrer de l’ADN exogène?
La transformation
Quel mécanisme de transfert de l’information implique le transfert de plasmide via un pili entre 2 bactéries?
La conjugaison
Quel mécanisme de transfert consiste en un transfert de matériel génétique d’une bactérie à l’autre par l’intermédiaire d’un vecteur viral?
La transduction
La transduction peut se faire aussi bien dans la phase ___ que dans la phase ___
- lytique
2. lysogénique
Dans quelle phase le phage est virulent?
La phase lytique
Dans quel mécanisme de défense entre CRISPR et le phage-récepteur les phages sont le plus abondants?
Le phage-récepteur
Quel mécanisme de défense entre CRISPR et le phage-récepteur a le milieu le plus pauvre en nutriments?
CRISPR
