Cours 2 Flashcards
Quelles est la taille des organismes appartenant au monde microbien?
100μm
Les microbes comprennent différents groupes phylogénétiques:
Attention les virus et les phages ne sont pas considérés comme des microbes
- Les eubactéries
- Les archaea
- Les protistes (unicellulaires eucaryotes)
Qui a détruit la théorie de la génération spontanée en 1861?
Pasteur
Qui propose les 3 domaines pour classifier les organismes vivants?
Woese en 1980
En fait, c’est lui qui a décrit pour la première fois les Archae
Qui développe une méthode d’isolation des bactéries?
Koch 1883
Beijerinick décrit les transformations microbiennes de quels 2 éléments?
L’azote et le soufre
1905
Décrit son travail comme étant de l’écologie microbienne
C’est Winogradsky qui développe le concept de chemoautotrophie
Qui invente la PCR
Mulis
1985
Qui découvre la structure d el’ADN en 1953?
Watson et Crick
Qui est le premier à séquences des génomes suite à ses études dans la mer des Sargasses?
Venter
2004
Qui est le premier à avoir proposé le terme “écologie “
Haeckel
1866
Qui est le premier à avoir décrit les bactéries?
Van Leeuwenhoek
animalcules dans la pluie et l’eau de mer
Quelle est la 1ere expédition scientifique importante se déroulant sur l’océan?
HMS Challenger
1872-1876: trajet de 127 000km
>4000 espèces découvertes
En 1950-1974 une approche multidisciplinaire est favorisée avec l’étude des marais salants composés principalement de Spartina alterniflora. Quelles sont les 3 hypothèses à retenir?
On commence à remarquer (Pomeroy & Johannes) que le taux de respiration des microorganismes est très important: 10x plus élevé que les organismes plus grands!
3 hypothèses:
1 Énergie des vagues augmente productivité dans l’écosystème
2 Microorganismes exportés de l’estuaire vers les côtes
3 Ce n’est pas Spartina qui fait toutes la productivité, mais une chaîne prédominante
En 1970-1980, il y a des nouvelles techniques qui permettent de quantifier et identifier les bactéries:
-Acridine orange: ARN, ADN,chitine et détritus
moins spécifique que DAPI =>biais de quantification
- DAPI(4’,6’-diamidino-2-phénylindole):spécifique pour l’ADN(Porter and Feig 1980)
-Maintenant, abondance déterminée par cytométrie en flux => permet de connaitre d’autres paramètres tels que la morphologie des cellules, les pigments et l’activité enzymatique
Expliquer un peu comment on faisait pour quantifier les bactéries auparavant
On les faisait croître sur des plaques= 1000 cellules/ml
Le gros problème de cette méthode=> que 90-99% des bactéries ne peuvent pas cultivées en laboratoire
Comment dénombrerons-nous les bactéries aujourd’hui?
Dénombrement directe ~1,000,000 cellules/ml
Principalement des bactéries (et archées!) hétérotrophes qui dégradent le carbone de différentes sources
Détecte les cellules vivantes
Quelles bactéries sont normalement cultivables et quelles ne le sont généralement pas?
Cultivable: gama-protéo bactéries
Non-cultivable: alpha protéobactérie
Planctomycetales
Verrumicrobia
Quelles sont les techniques qui permettent de quantifier l’activité microbienne?
Thymidine radioactive: juste lors de la division
Leucine radioactive=> incorporé dans les protéines
Utilise la capacité des bactéries à assimiler la matière organique dissoute
Est ce qu’il ne serait pas plus juste de quantifier l’activité métabolique bactérienne grâce à leur taux de respiration plutôt que juste se fier à la production de biomasse?
Peut être la quantification du taux de respiration serait mieux pour comprendre la fonction de l’écosystème, mais l’utilisation du BBP: bacterial biomass production est plus simple d’utilisation
Dans quelle région océanique les bactéries sont-elles les plus abondante et dans quelles région sont-elles le moins?
Plus: estuaire > 5 millions
moins: eaux profondes < 0,01 million
Compléter la phrase: La plupart des bactéries sont “………”
LIBRES
1990 à maintenant : la révolution moléculaire
on se demande 3 choses:
Intéressant puisque les nouvelles techniques moléculaires nous permettent d’accéder aux gènes qui sont la base des activités métaboliques.
• Comment
– ouvrir la boîte noire (sans trop perdre notre temps)?
–Identifier les groupes fonctionnels (qui dégrade quoi)?
– Faire le lien avec les processus écosystémiques?
Comment estimons-nous aujourd’hui la diversité bactérienne in situ?
16S de l’ADN ribosomique:
• Séquençageetdéveloppementd’uneclonothèque • Approchemétagénomique
• DiversitéparDGGE
Sondes oligonucléotides fluorescents:
– Hybridation fluorescente in situ (FISH)
Pyrosequencing
Groupes fonctionnels:
Cytophagaincorpore les ….
• α-protéo incorpore les …
molécules complexes (chitine, protéines)
acides aminés simples
