Cours 2 Flashcards
Que sont les variants (hétéromorphismes) chromosomiques ?
Variations de taille ou de structure
Sans conséquence phénotypique
Marqueurs familiaux, transmis (autosomique dominant)
Comment les hétéromorphismes chromosomiques sont visibles sur le caryotype conventionnel et sur les autres techniques (CGH-array, NGS, FISH)?
Caryotype : variation des zones d’hétérochromatine constitutive, pauvres en gènes actifs (ADN répétitif) + sites fragiles (tous polymorphiques en dehors de l’X fragile en Xq 27.3)
Autres techniques : CNV (copy number variants)
Quels sont les chr acrocentriques ?
Chr 13, 14, 15, 21 et 22
Composition d’un chr acrocentrique
Centromère distal + petits bras courts avec hétérochromatine sans gène codant important +organisateurs nucléolaires (NOR : régions avec gènes responsables de la prod d’ARN ribosomal ARNr)
Qu’est ce qu’une translocation robertsonienne ?
Anomalie de structure chromosomique : fusion de deux chr acrocentriques au niv de leurs centromères ce qui donne un chr unique
-> équilibrée : pas de perte de matériel génétique, en général pas patho
-> déséquilibrée : perte ou gain de matériel génétique pv causer des patho
Les translocations robertsoniennes sont elles des hétéromorphismes ?
NON => considérées comme des anomalies chromosomiques car affectent les fonctions des gènes et le génome
Qu’est ce qu’un site fragile ?
Régions spécifiques des chr affaiblies sous certaines conditions
Les variants sont tous bénins sauf un
Quel variant de site fragile n’est pas bénin et donc n’est pas un hétéromorphisme ?
Chr X, site Xq 27.3 -> effet phénotypique (associé à une pathologie, le sd de l’X fragile)
Cause majeur de retard mental chez le garçon (phénotype variable chez la fille)
Les hétéromorphismes sont-ils présents dans les régions hétérochromatiques et/ou euchromatiques ?
La plupart sont associés à des régions hétérochromatiques (aucun effet sur les gènes donc pas de pathologies) mais il est possible qu’il y en ait dans des régions euchromatiques (moins courant car composé de gènes codants -> peut affecter l’expression des gènes et avoir des csq phénotypiques) => le pb est de pouvoir affirmer qu’il s’agit bien de polymorphismes (et donc non patho !)
Enjeux pré et post natal de l’analyse des variants ?
Prénatal +++ : pronostic
Postnatal : incriminer à tort un variant ou ne pas diagnostiquer une anomalie
Variation de l’hétérochromatine sur le caryotype :
- Aspect (zones sombres et condensées)
- Colorations spécifiques de l’hétérochromatine (Giemsa, coloration C, …)
- Caryotypes parentaux : montrer qu’un parent est porteur de la même variation -> confirme la nature bénigne
Qu’est qu’un CNV ?
Copy number variants : variabilité du nombre d’exemplaires de grands segments génomiques (1kb à plusieurs Mb) en comparaison avec un génome de référence
-> polymorphiques (variants) ou pathologiques
Quelle technique met en évidence les CNV ?
CGH-array (description récente)
Classification de 1 à 5 des variations chromosomiques :
1 = bénin ; 2 = probablement bénin ; 3 = VOUS / VSI (on ne sait pas) ; 4 = probablement pathologique ; 5 = pathologique
Nomenclature : Quels infos retrouve-t-on dans la formule chromosomique ?
- Nombre de chr
- Formule gonosomique
- Variants
- Anomalies
=> séparés par des virgules
Formule du caryotype normal ?
46,XX ou 46,XY
Exemple d’anomalie de nombre des autosomes ?
47,XX,+21 -> trisomie 21
Deux exemples d’anomalies de nombre des gonosomes ?
45,X -> syndrome de Turner
47,XXY -> syndrome de Klinefelter
Définition d’une mosaique + exemple de formule chromosomique
Au moins deux populations cellulaires chez un même individu
Exemple : Mos45,X/46,XX
Anomalies de structure : un point donné est défini dans la formule chr par …
- Le n° du chr
- Le bras concerné (p,q)
- Le numéro de la région
- Le numéro de la bande
- +/-le numéro de la sous bande
La numérotation des régions/bandes/sous bandes d’un chr se fait en partant du …
Centromère
Exemple de remaniement de structure : t(12;14)(q15;q24)
Que cela signifie-t-il?
t : translocation, échange de matériel génétique entre 2 chr
(12;14) : la translocation implique les chr 12 et 14
(q15;q24) : précise les points de cassure sur chaque chr
-> q15 : bras long du chr 12 à la position 15
-> q24 : bras long du chr 14 à la position 24
=> échange de matériel entre le bras long du chr 12 au niveau de la région q15 et le bras long du chr 14 au niveau de la région q24
Anomalies chromosomiques : quel retentissement ?
-> anomalies chr déséquilibrées : retentissement phénotypique direct
-> anomalies chr équilibrées : retentissement éventuel sur la procréation et la descendance
Comment appelle-t-on une anomalie de nombre ? Est-ce déséquilibré ou équilibré ? Un exemple ?
Aneuploïdie / déséquilibrée / trisomie 21