Cours 2 Flashcards
Réplication de l'ADN
L’ADN est répliquée de façon _________ à partir _____________________.
Semi-conservative
d’origine de réplication
L’origine de réplication permet la formation de quoi?
des bulles de réplication bidirectionnelles
Le surenroulement se fait où?
Devant la fourche de réplication
Vrai ou faux le surenroulement se fait durant la réplication et la transcription.
Vrai
Quelle sont les deux caractéristiques principales de la structure de l’ADN?
C’est une double hélice
ses brins sont antiparallèles
L’ADN est formée par l’appariement des ____________.
Bases azotées
Chaque brins d’ADN est formé par des liens ____________.
Phosphodiesters
L’adénine et la thymine forment des liens ________.
doubles
La guanine et la cytosine forment des liens ____________.
triple
Les liens phosphodiesters lient quels carbone ensemble?
Le carbone 3’ du nucléotide initial et la carbone 5’ du nucléotide suivant.
Comment appelle-t-on l’enzyme de polymérisation de l’ADN?
Pour vrai la réponse est dans la question: ADN polymérase
La polymérase se fait dans le sens suivant:
5’ vers 3’
L’ADN pol nécessite deux éléments pour fonctionner, quels sont-ils.
une amorce pour démarrer la synthèse
un brin matrice-modèle
À quoi sert un brin matrice-modèle?
À déterminer quel nucléoside triphosphate (nucléotide) sera ajouté à la chaine d’élongation.
L’ADN pol catalyse la réaction entre quels deux éléments? ça donne quoi cette réaction?
le 3’ OH de la chaine d’élongation et le premier groupement phosphate
La formation d’un lien phosphodiester
Il y a deux types de brins à la suite d’une fourche de réplication, comment les appelle-t-on?
Discontinu et continu
Pourquoi y’a des brins discontinus?
Parce que la polymérase se fait toujours de 5’ vers 3’ alors il y a nécessairement un coté de l’ADN qui n’est pas dans le bon sens.
Comment appelle-t-on les fragments d’amorces pour l’ADN polymérase dans les brins discontinus?
Les fragments d’Okazaki
Quelle est la structure d’un fragment d’okazaki?
C’est un court fragment d’ARN
Qu’est-ce qui synthétise les fragments d’Okazaki?
la primase
Pourquoi on retire les fragments d’Okazaki?
Pour connecter l’ADN par une ligase au reste de l’ADN déjà synthétisé.
Nommez deux protéines accessoires essentielles à la réplication de l’ADN.
ADN hélicase
Protéines SSB
Quelle est la fonction de l’ADN hélicase?
Elle déroule l’ADN en simple brins (ATPase)
Quelle est la fonction de la protéine SSB?
Elle se lie à l’ADN simple-brin et l’empêche de se replier en structure secondaire
Comment l’ADN pol empêche les erreurs de réplication?
L’activité exonucléase
C’est quoi l’activité exonucléase?
L’ADN pol va à reculons (3’ vers 5’) pour retirer les nucléotides mésappariés, ça fonctionne grâce à l’angle anormal que prend l’ADN quand c’est tout fucké
Quels sont les deux types de source de dommage de l’ADN?
Intrinsèque et extrinsèque
Nommez deux exemples de source intrinsèques de dommage à l’ADN.
Erreurs de réplication
Métabolisme
Nommez trois sources d’erreurs extrinsèques.
Rayons UV
Rayons ionisants (gamma, x)
Produits chimiques
Nommez les six types de lésions dans l’ADN.
Modification de bases
Perte de bases
Dimères de pyrimidines
Hydrolyse de bases
Modifications chimiques par radicaux d’O2
Hydrolyse du lien phosphodiester
C’est quoi le problème avec un dimère de pyrimidines?
Il y a un agencement de cytosine et de thymine, ce qui ne fonctionne pas parce
C≡G
A=T
Nommez les 5 systèmes de réparation (les abréviations seulement)
NER
BER
MMR
HR
NHEJ
C’est quoi NER et ça répare quoi?
Réparation par excision de nucléotides
Dimères de pyrimidines
Bases modifiées qui déforment l’hélice
C’est quoi BER et ça répare quoi?
Réparation par excision de base
Mésappariement avec U ou avec T-G
Bases modifiées
C’est quoi MMR et ça répare quoi?
Réparation des mauvais appariements
Mésappariement après réplication
C’est quoi HR et ça répare quoi?
Recombinaison homologue
Bris double-brins, fourches de réplication bloquées
C’est quoi NHEJ et ça répare quoi?
Jonction non-homologue
Bris double-brins
Mettez les étapes de l’excision des nucléotides dans le bonne ordre:
1. ADN polymérase resynthétise l’information manquante en utilisant le brin intact comme matrice,
2. hélicase déroule l’ADN autour du dommage.
3. hélicase enlève le brin endommagé,
4. ADN ligase recolle le brin.
5. Reconnaissance du dommage par blocage de l’ARN polymérase sur le brin matrice dans les gènes transcrits ou par détection de la torsion dans l’hélice induite par la lésion ayant lieu dans les autres endroits du génome.
6. Clivage du brin endommagé par des endonucléases,
5-2-6-3-1-4
Reconnaissance du dommage par blocage de l’ARN polymérase sur le brin matrice dans les gènes transcrits ou par détection de la torsion dans l’hélice induite par la lésion ayant lieu dans les autres endroits du génome.
hélicase déroule l’ADN autour du dommage.
Clivage du brin endommagé par des endonucléases,
hélicase enlève le brin endommagé,
ADN polymérase resynthétise l’information manquante en utilisant le brin intact comme matrice,
ADN ligase recolle le brin.
Nommez toutes les étapes (6) de l’excision des nucléotides.
- Reconnaissance du dommage par blocage de l’ARN polymérase sur le brin matrice dans les gènes transcrits ou par détection de la torsion dans l’hélice induite par la lésion ayant lieu dans les autres endroits du génome.
- hélicase déroule l’ADN autour du dommage.
- Clivage du brin endommagé par des endonucléases,
- hélicase enlève le brin endommagé,
- ADN polymérase resynthétise l’information manquante en utilisant le brin intact comme matrice,
- ADN ligase recolle le brin.
Nommez les 5 étapes de l’excision des bases.
- Reconnaissance de la base modifiée par une glycosylase spécifique,
- clivage de la base,
- endonucléase du site apurinique ou apyrimidique (AP) coupe le lien phosphodiester en 5’ du phosphate du site AP,
- l’activité phosphodiestérase de l’ADN polymérase enlève le désoxyribosephosphate restant et polymérise le nucléotide manquant à partir du brin matrice intact.
- Une ADN ligase complète la réparation.
Nommez les 5 étapes de la réparation des mésappariements.
- Reconnaissance de la lésion et du brin mère et fille par les hétérodimères MSH2-MSH6 (paires de bases) ou MSH2-MSH3 (boucles d’ADN)
- Recrutement de l’endonucléase MLH1-PMS2 qui fait des bris simple-brins dans l’ADN à proximité de la lésion.
- Exonucléase 1 vient digérer le brin mésapparié sur une courte distance,
- ADN polymérase resynthétise le brin-fille sans mutation.
- ADN ligase complète la réparation.
Quelle est l’étape qui revient (de manière complètement identique) dans les trois systèmes de réparation vus en classe?
L’ADN ligase complète la réparation (la dernière étape)
Quel système de réparation fait parfois des erreurs?
NHEJ (réparation par appariements des bouts)
C’est quoi le processus de HR et quelle est sa particularité?
La recombinaison homologue répare les bris doublebrins en recopiant l’information manquante à partir d’un brinhomologue (le plus souvent le chromatide-sœur après la réplication de l’ADN (S ou G2).
Cette façon de faire évite l’incorporation d’erreurs lors de la réparation.
Quelle étape des trois systèmes de réparations vus en classe est semblable pour les trois sans être complètement identique?
La première étape
la reconnaissance de la lésion (quelle qu’elle soit)
L’étape 4 des trois systèmes de réplication vus en classe est relativement la même dans tous les cas. Quelle est-elle?
ADN polymérase resynthétise le brin fille (avec d’autre chose pour l’excision des bases)
