Cours 01 - Introduction et méthodes classiques moléculaires

Question 1

Les microorganismes de l’environnement:

• Portion majeure du ___ de la planète
• 1 ___ d’espèces de M-O différentes
• Nb total de bactéries sur Terre (estimation) : ___
• Rôles dans les cycles ___
• Interaction avec les ___ et les ___
• Affectent directement le ___

Answer 1

• biota
• trillion
• 5E30
• biogéochimiques
• animaux, plantes
• climat

Question 2

QCQue le principe d’une seule santé ?

Answer 2

Principe d’unification de toute forme de santé, visant l’équilibre et l’optimisation. Toutes les santé sont étroitement liées et interdépendantes.

Question 3

3 domaines de la vie:

Answer 3

1) Bactérie
2) Archée
3) Eucaryote

Question 4

QCQue LUCA ?

Answer 4

Last universal common ancestor.

Question 5

QCQ la diversité microbienne représente ? Selon quoi ? Dépend de quoi ? Donc est défini par quoi ?

Answer 5

La diversité microbienne représente l’ensemble des espèces de M-O existantes.
Selon un lieu donné (ex: désert très différent que Antarctique)
Dépend des facteurs comme lumière, oxygène, pH, etc.
Les caractéristiques physico-chimiques.

Question 6

Donner la classification biologique hiérarchique, selon l’ordre “augmentation des similarités, diminution du nombre”.

Answer 6

1. Domain
2. Kingdom
3. Phylum
4. Class
5. Order
6. Family
7. Genus
8. Species

Question 7

QCQui permet de suivre la classification biologique hiérarchique ?

Answer 7

L’horloge de l’évolution

Question 8

Comment peut-on comparer l’arbre phylogénétique du vivant ?
À quoi cela sert-il ?

Answer 8

Grosse collection d’échantillons séquencés.
Permettent de visualiser la classification des organismes vivants et d’évaluer le lien évolutif entre eux.

Question 9

Quelles sont les 3 questions fondamentales de l’écologie microbienne ?
Quelles sont les 2 techniques pour y répondre ?

Answer 9

1) Diversité ? (Qui)
2) Abondance ? (Combien)
3) Fonctionnalité ? (Qui fait quoi?)

-> Méthodes classiques et méthodes moléculaires

Question 10

Quelles sont les 4 principales méthodes classiques (d’identification et de quantification des M-O) ?

Answer 10

1) Isolement direct
2) Microscopie
3) Dosage de substances spécifiques (pigments, lipides)
4) Analyses physiologiques

Question 11

Isolement direct :
- Méthode ___
- Isolement direct ou ___
- Dépend du ___ (sélectif ou pas)
- Pour les classes ou fonctions particulières : utiliser ___
- Permet de ___
- Par __ ou __ galerie ou par ___ + ou -
- Limitation :

Answer 11

• Classique
• après enrichissement
• type de milieu
• un milieu sélectif
• visualiser les M-O présents
• micro ou macro, Gram
• Cultivabilité des M-O

Question 12

Examen au microscope:
- Ne donne pas la ___, mais indique l’___ (donc ne dit pas __ est là, mais indique ___)
- Champ ___ ou ___, ou ___ , ou ___
- Utilisation de l’___ pour déterminer l’ ___
- Limites (2) :

Answer 12

• diversité, l’abondance
• Clair ou noir, contraste de phase, microscopie à fluorescence
• Hématimètre, l’abondance
• Divers types : pas toujours de morphologie distincte / Seulement les organismes très abondants sont observables

Question 13

Donner la morphologie des
1) Lactococcus, Streptococcus
2) Nocardia, Mycobacterium

Answer 13

1) Coccus en chaîne
2) Irrégulière

Question 14

Microscopie à fluorescence: décrire les deux types possibles :
Possibilité de numération grâce à ___

Answer 14

1) Non spécifique : colorants fluorescents agissent sur une classe des biomolécules
2) Spécifique : Les Acs contre une molécule spécifique sont couplés à une molécule fluorescente (Principe d’Immunofluorescence)

–> Cytométrie en flux

Question 15

Dosage de substances spécifiques :
- Méthode ___
- Basé sur __
- Faux positifs (possibles/impossibles), car :
- Bon indicateurs pour ___
- Bioessai ___-___ limite de détection adéquate et bonne réplication.

Answer 15

• Classique
• l’ATP (adénosine-5’-triphosphate)
• impossibles, car dès que bactérie meurt = pas d’ATP accumulé
• toutes les cellules vivables
• luciférase-luciférase

Question 16

Quantification des lipides:
- Méthode ___
- La quantité en phospholipides des cellules ___ est assez ___ en culture, quelque soient les conditions de ___, mais la ___ peut changer.
- Les lipides sont ___
- Les phospholipides sont ___ et purifiés pour produire des ___
- séparation et quantification par ___

Answer 16

• Classique
• procaryotes, stable, croissance, composition
• extraits
• méthylés, méthyles esters d’acides gras
• chromatographie gazeuse

Question 17

Quantification des pigments :
- Méthode ___
- On quantifie les ___ des échantillons qui en ___, car ceux ci sont ___
- Ex commun: quantification de la ___ pour une mesure pratique de la ___
- Analyse par ___ : quantification relative de biomasse des différents groupes de M-O producteurs de ___

Answer 17

• classique
• pigments, produisent, stables
• chlorophylle, biomasse d’algues
• HPLC, pigments

Question 18

Analyses physiologiques:
- Détermination d’un ___ spécifique à une communauté ou à un isolat
- Quoi analyser ?
1) Respiration
2) Respiration/fermentation
3) Photosynthèse
- Permet de déterminer profil ___ d’une communauté

Answer 18

• pouvoir métabollique
  1) consommation d’O2
  2) production de CO2
  3) Fixation de CO2
• métabolique

Question 19

Décrire la méthode CLPP:

Answer 19

Plaque 96 puits
différents substrats et sources d’énergie
colorant redox et M-O
Permet l’analyse quantitative

Question 20

Quels sont les 5 avantages des méthodes classiques ?

Answer 20

1) Peu $
2) +++ dispos
3) Quantification de M-O
4) Indique diversité et complexité de communauté
5) Études physio et phénot possibles