Cour 2 Flashcards
Qu’est-ce qu’une cellule?
Un gros paquet de molécules et macromolécules associés les unes aux autres dans un réseau complexe et formant parfois des interactions
Que représente le delta G?
L’énergie libre. C’est à dire d’énergie capable de former un travail
À quelles lois de la thermodynamique obéit delta G?
-Énergie est toujours conservée( rien ne se perd, rien ne se crée)
-L’entropie( le désordre) d’un système isolé augmente ou reste constante; elle ne peut que croître au cours d’une transformation
C’est quoi l’entropie ?
Le degré de désordre d’un système. Il ne fait qu’agmenter au cour du temps. Il est souvent associé à la quantité d’énergie inutilisable d’un système. Pour resté ordonné, il faut sans cesse dépenser de l’énergie.
Comment les cellules font-elles pour créer de l’ordre dans cet univers qui tend toujours vers le désordre?
Pour maintenir l’ordre, elle doit effectuer un flux constant de réactions chimiques ce qui nécessite beaucoup d’énergie
Comment la cellule respecte-t-elle les 2 lois de la thermodynamique?
-l’énergie dégagée dans les réactions de catabolisme est conservée soit dans les molécules synthétysées ou dans la chaleur créée par la cellule
-L’énergie dissipée dans la cellule sous forme de chaleur augmente l’entropie totale du système malgré l’ordre établi à l’intérieur de la cellule
La formation d’une molécule à partir d’atomes libère ou nécessite de l’énergie?
Elle en libère. Et inversement.
Dans une réaction où molécule W+molécule X –> molécule Y+ molécule Z, qu’arrive-t-il avec l’énergie?
Puisque cette réaction implique le bris de certains liens mais la créations d’autres, un des deux côtés de la réaction entrainera une production d’énergie (généralement besoin de mois dénergie pour aller vers la droite). Bref, la différence entre l’énergie des deux côtés produira de l’énergie libre qui peut alors être utilisée pour accomplir un travail.
Par rapport aux différences d’énergie impliqués dans une réaction, il existe 3 cas possible. Lequels sont-ils?
-réaction d’équilibre :l’état dans lequel l’énergie libre de la réaction se rapproche de 0 ( les enthalpies sont très semblables)
-Réaction spontanée : l’énergie nécessitée pour briser les liaisons des réactifs est inférieur à celle produite par la liaison des liens. Il y a donc libération d’énergie et le delta G est nécessairement négatif
-Réaction non-spontanée: nécessite un apport d’énergie pour s’effectuer dans le sens des produits car le bris des liens nécessite plus d’énergie que la création des nouveaux et possède donc un delta G positif
Quelle mécanisme permet la réalisation d’une réaction non-spontanée?
Le couplage énergétique. C’est à dire en utilisant l’énergie libérée par les réactions spontanée
Comment une enzyme réussi-t-elle à augmenter la vitesse de réaction?
Elle diminue l’énergie d’activation ce qui fait que plus de molécules atteingent l’énergie d’activation
Dans une réaction réversible, pour laquelle la réaction vers la droite est spontanée qu’arrives t-il?
Après un certain temps les produits s’accumulent et devient beaucoup plus majoritaires par rapport aux réactifs. Le nombre de molécules ayant l’énergie d’activation est donc égale des deux côtés.
Dans la cellule, ΔGrxn dépend de quoi?
-L’énergie intrinsèque des molécules
-Des contrations des produits et des réactifs à un moment précis de la réaction
Quelles sont les paramètres qui jouent sur la complémentarité entre deux molécules?
La force de chaque liaisons et le nombre.
Dans l’ordre, lauqlle est la liason chimique la moins forte à la plus forte?
-hydrophobes
-ponts H
-ioniques
-covalente
Quelles propriétés confèrent les liaisons hydrogènes à un solvant particulier?
-propriétés de cohésion
-solvant pratiquement universel
Quel est le principe des interactions hydrophobes?
L’esclusion de l’eau. En effet, les chaînes non-polaires de la molécule restent à l’intérieur de la molécule afin de minimiser ses intéractions avec l’eau
Quels sont les groupements d’atomes qui participent le plus aux réactions chimiques des molécules organiques?
les groupements fonctionnels
Qules sont les avantage de posséder des liaisons covalentes polaires par rapport aux non-polaires?(3)
-solubilité dams l’eau
-capacité de faire des ponts H
-Plus de réactivité chimique
Ultimement, la forme d’une macromolécule est déterminée par quoi?
Par une séquence
Donne deux exemples de molécules utilisant les intéractions intermoléculaires pour assurer leur complimentarité.
-ADN
-interaction antigène et anticorps
Les chaînes d’ADN sont-elles dans le même sens ou dans le sens opposé?
Opposé (5’-3’ / 3’-5’)
Qu’est-ce qu’une macromolécule?
assemblage de monomère ou de sous-unités plus simples.
fini l’énoncé:
Sucres–
Acide gras–
acides aminés–
nucléotides–
–polysaccharides
–lipides
–protéines
–acides nucléiques
Qu’est-ce qui permet aux structures secondaires de se créer spontanément dans l’eau?
Les liaisons hydrogènes qui se créent facilement entre les acides aminés
Qu’est-ce qu’un domaine fonctionnel?
Une région d’une molécule ayant une activité enzymatique et/ou des sites de liaison pour d’autres molécules
Un domaine se replie-t-il toujours de la même façon peu-importe le contexte dans lequel il se trouve?
oui
q’est-ce qui détermine la fonction d’un domaine?
Sa forme
Nomme 3 domaines qui font partis de plusieurs protéines
-kinase
-SH2
SH1
Pourquoi dit-on de l’hémoglobine qu’il est hétérotétramère?
Car il possède 4 chaînes peptidiques différents mais seulement 2 sortes de ces chaînes.
Comment est appelé le type de domaine qui utilise l’ATP comme source d’énergie?
ATPase
Comment est appelé le domaine qui rompt la liaison entre 2 nucléotides?
endonucléase et dimérisation
Comment est appelé le domaine qui permet l’intéraction entre 2 protéines?
dimerisation
Explique la technique d’électrophorèse sur gel d’agarose.
Ça permet de séparer les fragments d’ADN en fonction de leur taille. En effet, puisque la molécule d’ADN est chargée négativement à notre pH, l’utilisation d’une charge négative va venir entrainé les fragments vers le cotépositif mais la migration dans le gel d’agarose influencera la vitesse de migration selon la taill des protéines.
Quelle est la différence entre l’électrophorèse sur gel d’agarose et de polyacrymalide?
Le gel de polyacrymalide permet de faire migrer les protéines selon leur taille lorsquelles sont dénaturées ce qui permet une migration plutot axée sur leur poid moléculaire et non avec la forme 3D.
Explique la technique de purification d’une protéine.
Extraire une protéine précise de cellules. La méthode la plus utilisée pour ce faire est celle de chromatographie sur colonne. Elle consiste à faire passer l’extrait de protéines d’une cellules sur plusieurs colones contenant une matrice solide poreuse. Celles-ci seront alors plus ou moins retardées selon leur intéraction avec la matrice poreuse.
La technique de purification d’une protéine par chromatographie sur colone peut utiliser plusieurs types de colones selon(4):
-Leur charge
-Leurs tailles
-degré d’hydrophobicité
-capacité à se fixer à d’autres molécules(chromatographie d’affinité)
Cette dernière est la plus spécifique mais normalement il faut combiner plusieurs types de chromatographie.
