Contrôle de l'expression génique chez les eucaryotes Flashcards
Que permet la révélation du corpuscule de Barr?
Déterminer le sexe de l’individu s’il est présent
Quelles observations suggèrent que la transcription requiert un état condensé de la chromatine?
Chromosomes polythènes et en goupillons
Expliquer le processus de digestion à la DNAse I et ce qu’il permet de conclure.
Les régions plus accessibles aux protéines (décondensées) sont sensibles à la DNAse I, ce qui confirme que la transcription a lieu dans ces régions.
Pourquoi les protéines HMG ont-elles une forte interaction avec l’ADN?
Elles sont très basiques
Décrire les 3 familles de protéines HMG et leur affinité respective.
HMGA: liaison à des régions riches en AT par le biais d’un crochet AT
HMGB: liaison non-spécifique (batard)
HMGN: homodimères interagissant avec les nucléosomes
Décrire les sites d’hypersensibilité à la DNAse.
Tous les gènes actifs en ont un ou plusieurs en amont du promoteur, ils correspondent à des régions où il n’y a pas de nucléosomes ou des régions déstabilisées
Que permet la technique FAIRE?
Enrichir les séquences d’ADN qui correspondent aux sites d’hypersensibilité et donc les sites de début de transcription/promoteurs
Où sont situés les sites super-hypersensibles à la DNAse I?
En amont et en aval de la région de transcription.
Quelle serait l’utilité des régions de contrôle d’un locus (LCR)?
Elles seraient reconnues par des protéines qui induisent une restructuration de la chromatine permettant l’expression de la région.
Quel est l’effet des nucléosomes sur l’accès à l’ADN?
Effet de répression du au surenroulement serré
Qu’est-ce qui est responsable du remodelage de la chromatine pour passer d’un état à un autre?
Quatre familles de gros complexes de remodelage
Elles ont toutes de l’affinité pour le nucléosome et peuvent reconnaitre les histones modifiées
Décrire la RNAPII
2 grosses sous-unités (220 et 140 kD)
8 à 10 petites sous-unités
Quels éléments sont nécessaires à la formation du complexe de préinitiation (PIC)?
RNAPII
Facteurs de transcription de base (TFIIX)
Est-ce que le complexe de préinitiation est suffisant pour transcrire des gènes?
Oui, toutefois le niveau de transcription est très faible. Il faut d’autres facteurs spécifiques.
Quels sont les éléments de base d’un promoteur?
Site initiateur Inr
Boite TATA
Site BRE (conjoint à boite TATA)
Sites DPE et MTE si pas de boite TATA
Quels sont les deux modes de transcription?
Focalisé (un ou quelques sites rapprochés)
Dispersé (plusieurs sites faibles d’initiation)
Nommer une sous-unité importante de TFIID et décrire son interaction.
TATA Binding Protein (TBP)
Lie spécifiquement la boite TATA et interagit avec le sillon mineur.
Expliquer l’assemblage du PIC sur un promoteur à boite TATA.
TFIID fixe la boite TATA via TBP
TFIIB se fixe en amont de TATA
RNAPII arrive escortée par TFIIF
TFIIE et TFIIH arrivent pour compléter
Pourquoi TFIIH est-il important?
Activités kinase et hélicase, interagit avec la polymérase
Impliqué dans la réparation de l’ADN
Quel est le rôle des éléments activateurs?
Augmenter ou réduire le niveau de transcription basal du PIC.
Qu’est-ce qui permet d’identifier les régions du promoteur contenant des éléments régulateurs?
Introduire des mutations dans le promoteur à différents endroits et observer le niveau de transcription
Est-ce que la présence d’un élément activateur est suffisante pour prédire l’activation dans une cellule donnée?
Non. Cela dépend aussi de quel facteur est responsable de l’activation et de sa disponibilité.
Donner des exemples d’éléments activateurs communs.
Boite CAAT
Boite GC
Élément octamère
Donner des exemples d’éléments activateurs spécifiques
Response elements (heat shock, glucocorticoid)
Comment un élément spécifique constitutif pourrait être activé? Quel en serait l’avantage?
Phosphorylation
Réponse rapide
Quelle est la fonction du complexe médiateur?
Intégrer l’information provenant des différents activateurs
Quelles sont les fonctions des deux régions d’un facteur de transcription?
Fixation: apporter la région d’activation à proximité du complexe de transcription
Activation: agit sur le complexe de transcription
Donner des exemples de domaines de fixation
Motif doigt de zinc
Motif zipper de leucines
Motif HTH ou HLH
Quelle est l’importance des modifications sur les histones?
Elles affectent les interactions avec l’ADN.
À quel changement structural de la chromatine est associée l’acétylation des histones?
Relâchement de la chromatine, activation de la transcription
Acétylation par HAT
Déacétylation par HDAC
Comment la méthylation des histones peut-elle mener à une activation de la transcription?
Les histones méthylées recrutent des protéines agissant comme facteurs de remodelage de la chromatine.
À quelle région sont associés les ilots CpG et comment la méthylation influence la transcription?
Promoteurs de gènes, leur méthylation affecte l’expression des gènes associés
