Contrôle de l'expression génique chez les eucaryotes

Question 1

Que permet la révélation du corpuscule de Barr?

Answer 1

Déterminer le sexe de l’individu s’il est présent

Question 2

Quelles observations suggèrent que la transcription requiert un état condensé de la chromatine?

Answer 2

Chromosomes polythènes et en goupillons

Question 3

Expliquer le processus de digestion à la DNAse I et ce qu’il permet de conclure.

Answer 3

Les régions plus accessibles aux protéines (décondensées) sont sensibles à la DNAse I, ce qui confirme que la transcription a lieu dans ces régions.

Question 4

Pourquoi les protéines HMG ont-elles une forte interaction avec l’ADN?

Answer 4

Elles sont très basiques

Question 5

Décrire les 3 familles de protéines HMG et leur affinité respective.

Answer 5

HMGA: liaison à des régions riches en AT par le biais d’un crochet AT
HMGB: liaison non-spécifique (batard)
HMGN: homodimères interagissant avec les nucléosomes

Question 6

Décrire les sites d’hypersensibilité à la DNAse.

Answer 6

Tous les gènes actifs en ont un ou plusieurs en amont du promoteur, ils correspondent à des régions où il n’y a pas de nucléosomes ou des régions déstabilisées

Question 7

Que permet la technique FAIRE?

Answer 7

Enrichir les séquences d’ADN qui correspondent aux sites d’hypersensibilité et donc les sites de début de transcription/promoteurs

Question 8

Où sont situés les sites super-hypersensibles à la DNAse I?

Answer 8

En amont et en aval de la région de transcription.

Question 9

Quelle serait l’utilité des régions de contrôle d’un locus (LCR)?

Answer 9

Elles seraient reconnues par des protéines qui induisent une restructuration de la chromatine permettant l’expression de la région.

Question 10

Quel est l’effet des nucléosomes sur l’accès à l’ADN?

Answer 10

Effet de répression du au surenroulement serré

Question 11

Qu’est-ce qui est responsable du remodelage de la chromatine pour passer d’un état à un autre?

Answer 11

Quatre familles de gros complexes de remodelage

Elles ont toutes de l’affinité pour le nucléosome et peuvent reconnaitre les histones modifiées

Question 12

Décrire la RNAPII

Answer 12

2 grosses sous-unités (220 et 140 kD)

8 à 10 petites sous-unités

Question 13

Quels éléments sont nécessaires à la formation du complexe de préinitiation (PIC)?

Answer 13

RNAPII

Facteurs de transcription de base (TFIIX)

Question 14

Est-ce que le complexe de préinitiation est suffisant pour transcrire des gènes?

Answer 14

Oui, toutefois le niveau de transcription est très faible. Il faut d’autres facteurs spécifiques.

Question 15

Quels sont les éléments de base d’un promoteur?

Answer 15

Site initiateur Inr
Boite TATA
Site BRE (conjoint à boite TATA)
Sites DPE et MTE si pas de boite TATA

Question 16

Quels sont les deux modes de transcription?

Answer 16

Focalisé (un ou quelques sites rapprochés)

Dispersé (plusieurs sites faibles d’initiation)

Question 17

Nommer une sous-unité importante de TFIID et décrire son interaction.

Answer 17

TATA Binding Protein (TBP)

Lie spécifiquement la boite TATA et interagit avec le sillon mineur.

Question 18

Expliquer l’assemblage du PIC sur un promoteur à boite TATA.

Answer 18

TFIID fixe la boite TATA via TBP
TFIIB se fixe en amont de TATA
RNAPII arrive escortée par TFIIF
TFIIE et TFIIH arrivent pour compléter

Question 19

Pourquoi TFIIH est-il important?

Answer 19

Activités kinase et hélicase, interagit avec la polymérase

Impliqué dans la réparation de l’ADN

Question 20

Quel est le rôle des éléments activateurs?

Answer 20

Augmenter ou réduire le niveau de transcription basal du PIC.

Question 21

Qu’est-ce qui permet d’identifier les régions du promoteur contenant des éléments régulateurs?

Answer 21

Introduire des mutations dans le promoteur à différents endroits et observer le niveau de transcription

Question 22

Est-ce que la présence d’un élément activateur est suffisante pour prédire l’activation dans une cellule donnée?

Answer 22

Non. Cela dépend aussi de quel facteur est responsable de l’activation et de sa disponibilité.

Question 23

Donner des exemples d’éléments activateurs communs.

Answer 23

Boite CAAT
Boite GC
Élément octamère

Question 24

Donner des exemples d’éléments activateurs spécifiques

Answer 24

Response elements (heat shock, glucocorticoid)

Question 25

Comment un élément spécifique constitutif pourrait être activé? Quel en serait l’avantage?

Answer 25

Phosphorylation

Réponse rapide

Question 26

Quelle est la fonction du complexe médiateur?

Answer 26

Intégrer l’information provenant des différents activateurs

Question 27

Quelles sont les fonctions des deux régions d’un facteur de transcription?

Answer 27

Fixation: apporter la région d’activation à proximité du complexe de transcription
Activation: agit sur le complexe de transcription

Question 28

Donner des exemples de domaines de fixation

Answer 28

Motif doigt de zinc
Motif zipper de leucines
Motif HTH ou HLH

Question 29

Quelle est l’importance des modifications sur les histones?

Answer 29

Elles affectent les interactions avec l’ADN.

Question 30

À quel changement structural de la chromatine est associée l’acétylation des histones?

Answer 30

Relâchement de la chromatine, activation de la transcription
Acétylation par HAT
Déacétylation par HDAC

Question 31

Comment la méthylation des histones peut-elle mener à une activation de la transcription?

Answer 31

Les histones méthylées recrutent des protéines agissant comme facteurs de remodelage de la chromatine.

Question 32

À quelle région sont associés les ilots CpG et comment la méthylation influence la transcription?

Answer 32

Promoteurs de gènes, leur méthylation affecte l’expression des gènes associés