Chapter 1

Question 1

LMMA steht für?

Answer 1

Linear Models gor Microarray and RNA-Seq Data

Question 2

LMMA basiert auf?

Answer 2

Design/ Contrasf Matrix

- konsistente Definition experimenteller Faktoren & Vergleiche in Multi-faktoriellen Experimenten

Question 3

LMMA warum?

Answer 3

Modelliert systematische Variation & schätzt zufällige Variation

Question 4

Students T-Test für Microarrays

Answer 4

Ist bin-negative binomial für RNAseq

Question 5

T-Test:

Nenner hängt ab von?

Answer 5

• Sample Variabilität

- Anzahl der Replikate

Question 6

LIMMA berechnend die Varianz für welche Gene im Array?

Answer 6

• Alle
• > hohe/ niedrige Varianzen moderiert
• > moderater t-Statistik

Question 7

Was ist die Gene Ontology?

Nenne drei Ziele

Answer 7

Bioinformatik-Initiative zur Standardisierung der Darstellung von Genen und Genproduktattributen in verschiedenen Spezies und Datenbanken

Ziele: -Entwicklung/ Bereitstellung kontrollierten Vokabulars (Gene & Attribute)

• Gene und Genprodukte kommentieren & standardisieren
• Zugang Datenbank & Analysetools des Go-Projekts

Question 8

Gen Ontologie Definition

Answer 8

• formale Bezeichnung und Definition von Typen, Eigenschaften & Wechselbeziehungen der Entitäten die real oder grundlegend für bestimmte Diskursdomänen existieren
• > Fakten und Wissen verknüpfen

Question 9

Ontologie & Fakten und Wissen
Fakten sind…

Wissen ist…

Answer 9

-bekannt/unbekannt/ wenig bekannt
-unabhängig von Wissenden
Unabänderlich

Wissen:

• verknüpft mit dem Wissenden
• kann verschwinden

Question 10

Gene Ontologie Terminologie

Answer 10

• kontrollierter Wortschatz: Satz von Standardbedingungen zur Indexierung und Abrufen von Informationen
• Austausch von Wissen durch eindeutige Funktionszuordnung zu biologischen Entitäten

Question 11

Struktur Gen Ontologie

Answer 11

Ontologien als Graph darstellbar
Graph: verbnd. Durch Knoten und Kanten
Knoten=Ontologiebegriffe
Kanten= Verknüpfung der Begriffe

Question 12

GO ist gerichteter azyklischer Graph was bedeutet das?

Answer 12

• > jeder Begriff ist mit einem oder mehr Begriffen verknüpft
• > ist ein (is-a) oder „Teil von (Part-of)

Question 13

Unbekannt vs. Unannotiert

Answer 13

Unbekannt: kuratiert, keine Literatur bekannt
Biological process, molecular Funktion und cellular conponent unknown

Keine annotation: Gen wurde noch nicht begutachtet

Question 14

Enrichment Analyse: Exakter Test von Fisher

wann sind Gene der Kategorie t in den signifikanten Genen der Studie überrepräsentiert?

Answer 14

Wenn es n signifikante Gene überhaupt und davon mt Gene in der Ktegorie t gibt

Wenn nt davon mit Signifikanten Genen der Studie überlappen

Question 15

Worüber trifft der Ensemble Variant Effect Predictor (VEP) eine Aussage?

Answer 15

• Vorhersage über funktionale Effekte von grnomischen Varianten
• > SNV, Insertions, Deletions, CNV, Strukturalisten Variants
• Information über Gene, regulatorische Elemente, bekannte Varianten, Splicing
• Entwickelt von Ensembl: Standalone Tool, Weh Interface, APIs (Perl, Restful)

Question 16

Vorhersagealghorithmus

Answer 16

Integration von Sequenzalignment und Proteineigenschafteb

-> Vorhersage über schwere ( Deleteriousness) einer Mutation

Question 17

Was ist SIFT?

Answer 17

=Sorting Intolerant drin Tolerant

• Aligmentbasiert mittels Sequenzhomologie
• Score werden mittels positionsspezifischer Scoring Matrices berechnet

Question 18

Scoring bei SIFT

Answer 18

Mittels:

• Position für einzelne AA konserviert
• Ist die Position für AA mit einer bestimmten chemischen Eigenschaft konserviert
• Wie unterschiedlich ist die mutierte AA von den weiteren AA?

Question 19

Polyphen2 ist Naiver Bayes Classifer, basierenden auf 11 prädikativen Varianten.

Nenne multiple Sequenzfeatures

Answer 19

• Position-Specific Indipendent Count (PSIC) Score für WT AA
• Sequenz ID zur nächsten Homologie ohne Variante
• Volumen

Question 20

Polyphen2

Nenne strukturelle Features

Answer 20

• Zugänglichkeit im WT
• Änderung der Hydrophobie
• Kristallographie Beta-Faktor: Änderung der räumlichen Ausdehnung

Question 21

Polyphen 2

Nenne Output

Answer 21

• Vorhersage als probably/ Possibly Damaging oder Benign

- Scores von 0-1 mit 0,5 als Thresold

Question 22

Wozu Mutation Assessor

Answer 22

Vorhersage von funktionellem Einfluss von AA
-> Änderungen Fokus Krebs

Errechnet: Erhaltung über Protein Familie
Und spezifität innerhalb Subfamilie

Question 23

Was ist Predict SNP?

Answer 23

Meta-Prediction Tool

Nutzt Consensus mehrerer Vorhersagen

Question 24

Was ist das gnomAD Projekt

Answer 24

• Datenbanken zu Populationsgenetik

- Statistische Vorhersagen über Varianten werden möglich

Question 25

Gene Expression Omnibus (GEO)

Answer 25

• Öffentliche Datenbank, um Genexpressionsdaten zu archivieren
• kuratiert um Genexpression zu suchen, analysieren und herunterzuladen.
• unterhalten von NCBI (National Center for Biotechnology Information)
• Ablegen von Hochdurchsatzdaten in öffentlichen Datenbanken mittlerweile Voraussetzung bei Anträgen/Veröffentlichungen

Question 26

Netzwerkbiologie als Abstraktion der Zellbiologie

Answer 26

Netzwerke meist groß

Braucht Computer für Überblick

Question 27

Hierachie & Modularität

Wie bekommt man Hierachie in ein skalenfreies Netz?

Answer 27

Hubs überbrücken Hierachieebenrn

Stattdessen: Modularisierte Netz in Cluster
Hierachie:#Module an denen ein Node teilnimmt
-Niedrige Hierachie: wenige Aufgaben
-Hohe Hierachie: viele Aufgaben