Chapitres 6 à 10

Question 1

Quels sont les inconvénients de l’énumération des phages par décompte des plages de lyse

Answer 1

Dilutions = source d’erreur

Variations des résultats en fct de la souche hôte et des conditions de culture

Question 2

Comment s’exprime les résultats de la qPCR pour l’énumération de phages VS la méthode de plages de lyse

Answer 2

qPCR : Copies de génome par uL

Plages : UFP/mL

Question 3

Quelles infos sont nécéssaires pour la qPCR des phages

Answer 3

Quel phage on recherche ainsi que la séquence de son génome (pour générer les amorces)

Question 4

Pour quelle raison la qPCR peut donner des résultats 2 à 3x plus grands que les plages de lyse

Answer 4

Proportion de particules non infectieuses en suspension, et présence d’ADN phagique libre

Question 5

Qu’est ce que le spectre lytique

Answer 5

Efficacité d’un phage sur plus d’une souche (étroit si seulement sur sa souche hôte, étendu si sur plusieurs)

Question 6

Vrai ou faux:

Il est fréquent de retrouver des cultures pures de bactéries dans leur habitat naturel.

Answer 6

Faux, il est très rare de retrouver naturellement une culture pure.

Question 7

Quelles sont les 4 grandes étapes de l’obtention d’une culture pure

Answer 7

l’échantillonnage, l’enrichissement, l’isolement et la caractérisation de l’isolat obtenu

Question 8

Vrai ou faux :
Que l’on cherche à obtenir une culture pure d’un m-o en particulier, ou que l’on désire connaitre la diversité présente d’un environnement, les procédures d’échantillonnages seront sensiblement les mêmes.

Answer 8

Faux.
Pour culture pure, on prélèvere un échantillon ayant le max de probabilités de contenir le m-o.
Pour diversité, on prélèvera un échantillon le plus représentatif possible de l’environnement étudié

Question 9

Vrai ou faux:
C’est l’échantillonnage qui conduit à la plus grande proportion d’erreurs dans les mesures de paramètres microbiologiques, plutot que l’analyse des échantillons.

Answer 9

Vrai. La stratégie d’échantillonnage est essentielle aux bons résultats

Question 10

Vrai ou faux:
On peut garantir la représentativité statistique et l’estimation non biaisée d’une population en prélevant les échantillons selon un ordre pré-établi

Answer 10

Faux. C’est l’échantillonnement aléatoire qui permet d’obtenir une meilleure représentativité stat.

Question 11

Nommez 5 considérations importantes lors de l’établissement d’un plan d’échantillonnage.

Answer 11

1: Design expérimental ou approche (ex nombre de réplicas ou comparaisons faites, volume nécéssaire etc)
2: Accès au site (Public ou privé, réglementations, sécurité etc)
3: Calendrier (répétition des échantillonnages ? mensuel, saisonnier etc. intempéries etc)
4: Statistiques (Besoins statistiques appropriés)
5: logistique (tenue des dossiers, préparation, traçabilité)

Question 12

Complétez la phrase suivante :
Les méthodes d’échantillonnage de l’eau consistent en la récolte d’un échantillon d’un volume __, à une ___ connue et dans un contenant ___ en verre ou en ___.

Answer 12

volume connu
profondeur connue,
contenant stérile
verre ou plastique

Question 13

Pour quelle raison doit on analyser les échantillons d’eau le plus rapidement possible

Answer 13

afin de préserver l’intégrité des conditions physico chimiques et de la population microbienne

Question 14

Que doit on ajouter au contenant d’échantillonnage si on suspecte la présence d’un désinfectant à base de chlore ?

Answer 14

thiosulfate (18mg/L suggéré)

Question 15

Dans quelles circonstances ajoutera-t-on du sel de sodium d’EDTA aux contenants d’échantillonnages et à quelle concentration seront ils ajoutés ?

Answer 15

Lorsque l’échantillon contient de hautes concentrations de cuivre et de zinc, 372mg/L

Question 16

Vrai ou faux
Lors du transport et de l’entreposage des échantillons d’eau, ceux-ci devraient être conservés à une température inférieure ou égale à 20 degrés

Answer 16

Faux

inférieure à 10 degrés

Question 17

Le carottier permet il d’obtenir un échantillon de sol homogène ou hétérogène?

Answer 17

homogène

Question 18

les échantillons d’eau doivent être analysés dans un délai de _heures tandis que les échantillons de sol doivent être analysés en ____ heures

Answer 18

eau: 24
Sol: 48 à 72

Question 19

Vrai ou faux
De manière générale, les échantillons de sols ne devraient pas être dilués afin d’être énumérés puisque les m-o y sont fréquemment minoritaires.

Answer 19

Faux. Il faut les diluer

Question 20

Quel est le débit d’air des barboteurs ?

Answer 20

12,5L/ min

Question 21

Quel traitement peut on faire subir à une culture si on cherche à isoler legionnella

Answer 21

traitement acide 5 min

Question 22

Quels sont les agents cryoprotecteurs qu’on utilise pour congeler à basse température

Answer 22

Glycérol ou diméthyl sulfoxide

Question 23

la galerie API couvre plus de ___ especes, le système VITEK en couvre ___ et le BIOLOG en couvre ___

Answer 23

550, 330 et 2500

Question 24

l’identification génétique permet de différencier selon les espèces, quelle est la différence qu’apporte l’identification des AGM ?

Answer 24

elle permet de différencier selon les souches

Question 25

les informations concernant la nature des peptidoglycanes sont fréquemment utilisées surtout en ce qui concerne les

a) enterobacteriaceae
b) pseudomonas
c) sulfo-réductrices
d) actinomycètes
e) toutes ces réponses

Answer 25

d) actinomycètes

Question 26

Que doit on mettre dans le tube avant la PCR

Answer 26

l'ADN à amplifier
Amorces
4 désoxyribonucléotides 
TAQ polymérase
Tampon

Question 27

Quelles sont les raisons d’étudier un environnement complexe ?

Answer 27

Pour détecter un m-o
Pour quantifier un m-o ou les m-o totaux
pour en connaitre la biodiversité
pour connaitre le potentiel génétique de l’environnement (métagénomique)
pour connaitre les gènes exprimés dans l’environnement (métatranscriptomique)
Pour démontrer la présence de nouvelles fonctionnalités (métagénomique fonctionnelle)

Question 28

Quelles sont les étapes de l’analyse métagénomique fonctionnelle ? A quoi cette approche ne fait elle pas appel ?

Answer 28

a) obtention de l’adn génomique de l’enviro.
b) digestion de cet adn
c) insertion dans un plasmide
d) transformation dans une c hote (souvent e coli)
e) obtention de clones représentant l’ensemble de l’adn génomique bactérien de l’enviro (librairie)

NE FAIT PAS APPEL au séquencage

Question 29

Quelle est la limitation principale de la métagénomique fonctionnelle

Answer 29

possibilité que les gènes ne soient pas exprimés par la bac hôte. On peut pallier à cette limite en utilisant des hôtes différentes (streptomyces spp. thermus thermophilus, sulfolobus solfataricus, etc)