Chapitre 5: Transcription d'ADN Flashcards
comment la présence du groupement ribose affecte l’ARN?
- Le groupement hydroxyle sur le 2e carbone (2’-OH) a
des incidences multiples sur la structure de l’ARN. - la structure est moins stable (par rapport au désoxyribose)
- Sur le plan chimique : cette fonction alcool rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline.
que permet la présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ du ribose?
la cyclisation du phosphate sur les positions 2’ et 3’. Cette cyclisation du nucléotide provoque une coupure de la chaîne ribose-phosphate.
quel est un avantage que l’uracile a sur la thymine?
il est moins ‘couteux’ a produire (un CH3 de moins)
pourquoi on n’utilise pas d’uracile dans l’ADN?
car une mutation très fréquente et la désamination de la cytosine en uracile, donc si on l’utilisait à la place de la thymine ou soit il serait confondu comme mutation ou les mutations de la cytosine ne seraient pas corrigés (uracile DNA glycosylase UDG est responsable de la réparation)
vrai ou faux: l’ARN peut seulement apparaitre sous structure simple ou secondaire
faux: aussi tertiaire: Elle donne plus de stabilité à l’ARN et peut conférer des activités enzymatiques (ex. ribozymes).
chez l’ARN, quels appariements sont possibles?
appariements standards, G-C et U-A, et G-U.
donne le rôle de l’ARNr, l’ARNm et l’ARNt
ARNr: Composante ARN du ribosome.
ARNt : Adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés.
ARNm :ARN codant pour la traduction en protéines.
la transcriptase se déplace dans quelle direction?
3’ → 5’
vrai ou faux: La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces, malgré les disparités dans les
séquences codant cette protéine.
vrai
vrai ou faux: On retrouve le plus de similitudes au niveau de son site externe que son site interne
faux: On retrouve le plus de similitudes au niveau de
son site interne (site catalytique) qui s’occupe de la
transcription. La périphérie de l’enzyme est très
variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce
nommer toutes les entrées-sorties de l’ARN polymérase
- entrée de rNTP
- sortie d’ARN
- entrée de db d’ADN
- sortie du brin codant
- passage du brin matrice
(emplacement du site actif)
ou se trouve le site catalytique?
à la base de la pince
dans la transcriptase, à quoi sert le Mg? le Zn?
pense à leur role dans l’ADN polymérase
combien de transcriptases ont les bactéries? les eucaryoyES?
Les bactéries ont une seule transcriptase composée de 5 sous-unités.
Les eucaryotes ont 3 transcriptases et chacune est composée de plus de 10 morceaux.
quelles sont les spécialisations des 3 types d’ARN pol?
ARN pol II transcrit les séquences codant les
protéines, ARN pol I et III s’occupent des gènes codant
différentes autres ARN.
pourquoi l’ARN pol n’a pas besoin d’amorce?
Elle tient très bien le 1er nd (beaucoup de
stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er.
vrai ou faux: La majorité de transcrits procaryotes débutent avec le même nd (guanine).
faux: adénine
quel est la différence entre la réplication et la transcription? (au sens des termes
La réplication recopie tout le génome et une
seule fois par cycle cellulaire, alors que la
transcription recopie une région précise du
génome, déterminée par les séquences
d’ADN spécifiques signalant le début et la fin.
nommez 4 différences entre la réplication (ADN pol) et la transcription (ARN pol).
- Ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides
- L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce (synthèse de novo) ni d’hélicases
- L’ARN nouvellement synthétisé se détache de la matrice au fur et à mesure. Cela permet: à l’ADN de redevenir db derrière la transcriptase et aux plusieurs transcriptases de se suivre une après l’autre (plusieurs ARN produits à partir de la même matrice en peu de temps).
- Moins précis: réplication 1 erreur/10 000 000 nd; transcription 1/10 000
(les ARN sont temporaires, les erreurs sont moins importantes)
lors de quel étape on a le complexe ternaire stable?
l’élongation
décrit les trois étapes de l’initiation
1) L’ARN polymérase se lie au promoteur
(une séquence spécifique d’ADN en amont
du gène dans les nds «-#»), à cette étape il
y a formation du « complexe fermé ».
2) La double hélice d’ADN est ouverte sur env.
14 nt - bulle de transcription: il s’agit du
« complexe ouvert ».
3) Les ribonucléotides initiaux, moins que 10,
sont assemblés sur la matrice (processus
inefficace): «complexe de transcription
initiale». Par contre, l’enzyme s’y prend à
plusieurs reprises avant d’échapper au
promoteur (de petits transcrits sont
souvent relâchés à ce stade).
vrai ou faux: Ce sont les séquences promotrices qui déterminent les parties du génome à transcrire.
vrai
comment le promoteur détermine quel brin sera
matrice pour la transcription et dans quel sens la transcription se fera?
avec son orientation particulière
qu’est-ce qui influence la ‘force du promoteur?
diapo 19
que permet la séquence consensus chez les procaryotes?
diapo 22
quels sont les ajouts possibles sur les Promoteurs σ70?
- un élément UP devant -35 donne un site de contact additionnel avec l’ARN pol
- un discriminateur situé après -10 aide à stabiliser l’enzyme sur le promoteur
- une extension -10 remplace parfois le -35
quels sont les rôles des 4 régions de la sous unité σ
- La région 1: reconnait le discriminateur et participe dans l’isomérisation
- La région 2: reconnait le -10 et l’ouvre (complexe ouvert), par la suite, elle stabilise le brin codant de la même façon que les protéines SSB
- La région 3: reconnait l’extension -10
- La région 4: reconnait le -35 avec un motif helix-turn-helix (ce motif est souvent utilisé par les protéines liant l’ADN)
nommez les 5 étapes chez les procaryotes. Décrire en détail l’étape 4 (diapo 29-31)
Étape 1: la liaison au promoteur
Étape 2: isomération
Étape 3: le complexe initial de transcription
Étape 4: la transition vers le complexe ternaire stable
Étape 5: la fin intrinsèque ou rho dépendante
jkl;
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