Chapitre 5: Transcription d'ADN

Question 1

comment la présence du groupement ribose affecte l’ARN?

Answer 1

• Le groupement hydroxyle sur le 2e carbone (2’-OH) a
  des incidences multiples sur la structure de l’ARN.
• la structure est moins stable (par rapport au désoxyribose)
• Sur le plan chimique : cette fonction alcool rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline.

Question 2

que permet la présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ du ribose?

Answer 2

la cyclisation du phosphate sur les positions 2’ et 3’. Cette cyclisation du nucléotide provoque une coupure de la chaîne ribose-phosphate.

Question 3

quel est un avantage que l’uracile a sur la thymine?

Answer 3

il est moins ‘couteux’ a produire (un CH3 de moins)

Question 4

pourquoi on n’utilise pas d’uracile dans l’ADN?

Answer 4

car une mutation très fréquente et la désamination de la cytosine en uracile, donc si on l’utilisait à la place de la thymine ou soit il serait confondu comme mutation ou les mutations de la cytosine ne seraient pas corrigés (uracile DNA glycosylase UDG est responsable de la réparation)

Question 5

vrai ou faux: l’ARN peut seulement apparaitre sous structure simple ou secondaire

Answer 5

faux: aussi tertiaire: Elle donne plus de stabilité à l’ARN et peut conférer des activités enzymatiques (ex. ribozymes).

Question 6

chez l’ARN, quels appariements sont possibles?

Answer 6

appariements standards, G-C et U-A, et G-U.

Question 7

donne le rôle de l’ARNr, l’ARNm et l’ARNt

Answer 7

ARNr: Composante ARN du ribosome.
ARNt : Adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés.
ARNm :ARN codant pour la traduction en protéines.

Question 8

la transcriptase se déplace dans quelle direction?

Answer 8

3’ → 5’

Question 9

vrai ou faux: La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces, malgré les disparités dans les
séquences codant cette protéine.

Answer 9

vrai

Question 10

vrai ou faux: On retrouve le plus de similitudes au niveau de son site externe que son site interne

Answer 10

faux: On retrouve le plus de similitudes au niveau de
son site interne (site catalytique) qui s’occupe de la
transcription. La périphérie de l’enzyme est très
variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce

Question 11

nommer toutes les entrées-sorties de l’ARN polymérase

Answer 11

• entrée de rNTP
• sortie d’ARN
• entrée de db d’ADN
• sortie du brin codant
• passage du brin matrice
  (emplacement du site actif)

Question 12

ou se trouve le site catalytique?

Answer 12

à la base de la pince

Question 13

dans la transcriptase, à quoi sert le Mg? le Zn?

Answer 13

pense à leur role dans l’ADN polymérase

Question 14

combien de transcriptases ont les bactéries? les eucaryoyES?

Answer 14

Les bactéries ont une seule transcriptase composée de 5 sous-unités.
Les eucaryotes ont 3 transcriptases et chacune est composée de plus de 10 morceaux.

Question 15

quelles sont les spécialisations des 3 types d’ARN pol?

Answer 15

ARN pol II transcrit les séquences codant les
protéines, ARN pol I et III s’occupent des gènes codant
différentes autres ARN.

Question 16

pourquoi l’ARN pol n’a pas besoin d’amorce?

Answer 16

Elle tient très bien le 1er nd (beaucoup de

stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er.

Question 17

vrai ou faux: La majorité de transcrits procaryotes débutent avec le même nd (guanine).

Answer 17

faux: adénine

Question 18

quel est la différence entre la réplication et la transcription? (au sens des termes

Answer 18

La réplication recopie tout le génome et une
seule fois par cycle cellulaire, alors que la
transcription recopie une région précise du
génome, déterminée par les séquences
d’ADN spécifiques signalant le début et la fin.

Question 19

nommez 4 différences entre la réplication (ADN pol) et la transcription (ARN pol).

Answer 19

• Ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides
• L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce (synthèse de novo) ni d’hélicases
• L’ARN nouvellement synthétisé se détache de la matrice au fur et à mesure. Cela permet: à l’ADN de redevenir db derrière la transcriptase et aux plusieurs transcriptases de se suivre une après l’autre (plusieurs ARN produits à partir de la même matrice en peu de temps).
• Moins précis: réplication 1 erreur/10 000 000 nd; transcription 1/10 000
  (les ARN sont temporaires, les erreurs sont moins importantes)

Question 20

lors de quel étape on a le complexe ternaire stable?

Answer 20

l’élongation

Question 21

décrit les trois étapes de l’initiation

Answer 21

1) L’ARN polymérase se lie au promoteur
(une séquence spécifique d’ADN en amont
du gène dans les nds «-#»), à cette étape il
y a formation du « complexe fermé ».

2) La double hélice d’ADN est ouverte sur env.
14 nt - bulle de transcription: il s’agit du
« complexe ouvert ».

3) Les ribonucléotides initiaux, moins que 10,
sont assemblés sur la matrice (processus
inefficace): «complexe de transcription
initiale». Par contre, l’enzyme s’y prend à
plusieurs reprises avant d’échapper au
promoteur (de petits transcrits sont
souvent relâchés à ce stade).

Question 22

vrai ou faux: Ce sont les séquences promotrices qui déterminent les parties du génome à transcrire.

Answer 22

vrai

Question 23

comment le promoteur détermine quel brin sera

matrice pour la transcription et dans quel sens la transcription se fera?

Answer 23

avec son orientation particulière

Question 24

qu’est-ce qui influence la ‘force du promoteur?

Answer 24

diapo 19

Question 25

que permet la séquence consensus chez les procaryotes?

Answer 25

diapo 22

Question 26

quels sont les ajouts possibles sur les Promoteurs σ70?

Answer 26

• un élément UP devant -35 donne un site de contact additionnel avec l’ARN pol
• un discriminateur situé après -10 aide à stabiliser l’enzyme sur le promoteur
• une extension -10 remplace parfois le -35

Question 27

quels sont les rôles des 4 régions de la sous unité σ

Answer 27

• La région 1: reconnait le discriminateur et participe dans l’isomérisation
• La région 2: reconnait le -10 et l’ouvre (complexe ouvert), par la suite, elle stabilise le brin codant de la même façon que les protéines SSB
• La région 3: reconnait l’extension -10
• La région 4: reconnait le -35 avec un motif helix-turn-helix (ce motif est souvent utilisé par les protéines liant l’ADN)

Question 28

nommez les 5 étapes chez les procaryotes. Décrire en détail l’étape 4 (diapo 29-31)

Answer 28

Étape 1: la liaison au promoteur
Étape 2: isomération
Étape 3: le complexe initial de transcription
Étape 4: la transition vers le complexe ternaire stable
Étape 5: la fin intrinsèque ou rho dépendante

Question 29

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Answer 29

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Question 30

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Answer 30

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