Chapitre 5 Flashcards

1
Q

De quoi est constitué un ribonucléotide?

A

P + Sucre (ribose) + base (A-U-C-G)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

V ou F: L’ARN n’est pas liée par des liaisons phosphodiesters, mais par des liaisons phosphoesters

A

F. Les ribonucléotides de l’ARN sont liés par des liens phosphodiesters comme dans l’ADN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

V ou F: L’ARN est bicaténaire

A

F. Normalement il est monocaténaire ou se replie sur elle même

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Nommez 3 différences entre l’ARN et l’ADN

A

1) L’ARN est simple brin et peut se replié sur lui-même par appariement de ses bases
2) Il y a un groupement OH sur le C2’ du sucre ce qui fait de lui un ribose au lieu d’un désoxyribose
3) Il y a de l’uracile à la place de la thymine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Choisissez la meilleure réponse:

a) L’ARN est capable de produire des structures secondaires, mais elles ont toutes la même forme
b) L’ARN n’est pas capable de former des structures secondaires
c) L’ARN est capable de former des structures secondaires seulement s’il y a des protéines spécifiques pour l’aider.
d) L’ARN est capable de former des structures secondaires très variées

A

d)

En effet, l’ARN peut prendre une forme de boucle, de noeud, de loops, d’épingle, etc.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Pourquoi l’ARN aurait une structure secondaire?

A

Pour augmenter sa stabilité (et de survivre plus longtemps dans la cellule sans être détruit)

Pour permettre des activités enzymatiques (ribozymes).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

V ou F: L’appariement de l’ARN est toujours standard?

A

F. C’est un appariement non standards souvent, ce qui augmente la diversité des structures secondaires.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

V ou F: L’ARN est plus stable que l’ADN? Pourquoi?

A

F: L’ARN est moins stable que l’ADN à cause de sont groupement OH en C2 du sucre.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Quelle incidence a le groupement OH du ribose de L’ARN?

A

1) Rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline
2) Rend possible la cyclisation du phosphate (pcq deux O cis en 2’ et 3’) ce qui provoque une coupure de la chaîne ribose phosphate.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Choisissez les bons énoncés:

a) L’uracile est moins coûteux à produire pour les organismes vivants que la thymine
b) L’uracile est plus coûteux à produire pour les organismes vivants que la thymine
c) La thymine a un CH3 de plus que l’uracile
d) La thymine a un CH3 de moins que l’uracile
e) La cystéine se convertie lentement en uracile ce qui peut créer des mutations
f) L’uracile se transforme lentement en cytosine
g) Le changement d’une base pour une autre est un immense problème pour l’ARN

A

a)
d)
f)

g) est faux. Comme l’ARN est vite dégradé ou détruit, ce n’est pas très grave que l’uracile se transforme lentement vers la cystéine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

V ou F

La séquence monocaténaire d’ADN détermine la séquence de l’ARN par appariement des bases selon des règles différentes que durant la réplication?

A

F:

La séquence monocaténaire d’ADN détermine la séquence de l’ARN par appariement des bases selon les mêmes règles que durant la réplication?

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Choisissez le bon énoncé et expliquer les erreurs dans l’autre:

a) les étapes de la création de l’ARN sont
1- l’ouverture du double brin d’ADN,
2-l’appariement antiparallèle entre le brin matrice ADN simple brin et l’ARN nouvellement synthétisée puis
3-la complémentarité des bases azotées en remplaçant le T par U

b) les étapes de la création de l’ARN sont
1- l’ouverture du double brin d’ADN,
2-l’appariement parallèle entre le brin matrice ADN simple brin et l’ARN nouvellement synthétisée et ce sur les 2 brins d’ADN séparés
3- puis la complémentarité des bases azotées en remplaçant le T par U

A

a)

puis qu’en b, il est faux que l’appariement est parallèle et que les deux brins d’ADN sont transformé en ARN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

V ou F:

a) Les ARN messagers sont les ARN les plus cool
b) Les ARN sont tous codants
c) Les ARN sont tous non codants
d) Il y a plusieurs types d’ARN
e) Seul les ARN messagers sont codants
f) Seul les ARN de transfert sont codants

A

a) À toi de voir
b) F
c) F
d) V
e) V
f) F

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Nommez 2 classes d’ARN

A

Choisir dans ceux là. Pas obligé de les savoir par coeur mais bonne idée de savoir qu’ils existent:

ARNr, ARNt, ARNm, ARNhn, ARNsn, ARNsno, miARN, siARN, IncARN, circARN, 7SL

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Quelle enzyme synthétise l’ARN?

A

L’ARN polymérase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Que fait l’ARN polymérase?

A

Elle catalyse la synthèse d’une chaîne de nucléotides complémentaires aux nucléotides du brin matrice

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Que nécessite la synthèse de l’ARN?

A

l’apport en rNTPs et le gr OH dispo sur le 3’ de la chaîne naissante

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

V ou F: Contrairement à l’ADN, la synthèse de l’ARN se fait de 3’ vers 5’?

A

Faux

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Quels sont les rôles des 2 brins d’ADN lors de la synthèse de L’ARN?

A

1) Brin matrice: ce brin est lu par l’ARN pol et sert de matrice
2) Brin codant: ce brin a la même séquence que l’ARN produit. (excepté les T qui sont des U)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Quelles sont les différences entre la réplication et la transcription?

A

Réplication: recopie TOUT le génome et une seule fois par cycle cellulaire

Transcription: recopie une région précise du génome, déterminée par les séquences d’ADN spécifiques signalant le début et la fin

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

V ou F: Lors de la transcription, le nombre de copie est extrêmement variable alors que lors de la réplication, il n’y a qu’une seule copie?

A

V

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Décrivez le site actif de l’ARN polymérase du point de vue enzymatique

A

1- Constitué de régions des 2 plus grandes sous-unités
2- Se situe à la base de la pince, dans une région appelée le “centre catalytique”
3- Fonctionne suivant le mécanisme catalytique d’addition de nucléotides faisant intervenir 2 ions métalliques

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Choisissez les énoncés vrai:

a) Il y a plus de similitude sur la périphérie de l’enzyme qu’au niveau du site catalytique
b) La périphérie de l’enzyme reflète les interactions avec les protéines régulatrice propres à chaque espèce
c) Il y a plus de similitude au niveau du site catalytique qu’en périphérie de l’enzyme
d) Le site catalytique a beaucoup évolué au travers des génération

A

a) F: c’est l’inverse (voir C)
b) V
c) V
d) F: le site catalytique est resté très similaire pcq il faut le garder stable pour assurer la survie des générations suivantes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Combien d’ARN polymérase ont les bactéries?

A

1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Combien de sous-unités a l’ARN polymérase bactérien?

A

5

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

V ou F:

a) Les eucaryotes ont 5 ARN polymérases
b) Les ARN polymérases des eucaryotes sont composées de 5 sous-unités
c) Les ARN polymérases des eucaryotes sont composées de 10 sous-unités
d) Les eucaryotes ont 3 ARN polymérases
e) Les ARN polymérases des eucaryotes sont plus complexes que les ARN polymérases des procaryotes
f) Les ARN polymérases des procaryotes sont spécialisées dans la transcription de certains gènes alors que les ARN polymérases des eucaryotes font toute la transcription sans distinction

A

a) F
b) F
c) V
d) V
e) V
f) F. C’est l’inverse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Donnez la spécialité des ARN polymérase eucaryotes et leur emplacement dans la cellule

a) ARN pol I
b) ARN pol II
c) ARN pol III

A

a) ARN pol I: Dans le nucléole. Transcrit les gènes ribosomaux. Très efficace, mais très spécifique.
b) ARN pol II: Dans le nucléoplasme. C’est elle qui traduit tous les ARNm (tous les gènes codants des protéines)
c) ARN pol III: Dans le nucléoplasme. S’occupe de tous les autre petits ARN importants

28
Q

Donnez les bonne réponses:

a) L’ARN polymérase a besoin d’amorce
b) Il y a une plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du 1er nucléotide lorsqu’elle ajoute le 2e sur le 3’OH (ce qui implique des liaisons très spécifiques)
c) La forme de l’enzyme est adaptée pour pouvoir stabiliser efficacement une pyrimidine lors de l’initiation de la transcription
d) Chez les ARN polymérases des procaryotes, le facteur sigma aide à la reconnaissance de la région à transcrire

A

b, d

a) F. elle n’a pas besoin d’amorce
c) F. C’est une purine, généralement une adénine

29
Q

Quelles sont les étapes de la transcription?

A

1) Le début: Initiation
2) Le milieu: Élongation
3) La fin: Terminaison

30
Q

Donnez les points importants de l’initiation

A
  • reconnaissance du promoteur
  • Ouverture du complexe: déroulement de l’ADN et création d’une bulle de transcription
  • Début de la synthèse de l’ARN
31
Q

Donnez les points importants de l’élongation

A

Complex ternaire stable ARN pol, ARN et brin ADN

32
Q

Donnez les points importants de la terminaison

A

Dissociation de l’ADN

33
Q

Comment la position d’un nucléotide donné est-elle définie par rapport au 1er nucléotide transcrit?

A

Ceux qui sont avant celui-ci sont nommés -1, -1, -3, etc. Ceux qui sont après sont nommés +2, +3, +4, etc.
Il n’y a pas de nucléotide 0

34
Q

Donnez les 3 étapes de l’initiation

A

1) Formation du complexe fermé: Liaison initiale de l’ARN polymérase au promoteur.

2) Transition vers le complexe ouvert: Séparation des brins d’ADN (fusion)
formation d’une bulle de transcription d’environ 14 pb autour du site d’initiation

3) Début de la polymérisation de l’ARN

35
Q

Laquelle des étapes de l’initiation est-elle un moment de régulation?

A

La première: formation du complexe fermé

36
Q

Quel terme définit la séparation des brins d’ADN lors de la transition vers le complexe ouvert de l’initiation?

A

Fusion (de melting) = ouverture ADN

37
Q

Décrivez la polymérisation de l’ARN (3e étape de l’initiation)

A
  • ADN spl brin maintenu accessible: les 2 premiers nucléotides sont placés dans le site actif de la polymérase
  • Polymérisation inefficace des 10 premiers nucléotides
  • L’ARN pol est libérée du promoteur ce qui forme un complexe ternaire stable. L’élongation peut ainsi commencer.
38
Q

Qu’est ce qu’un promoteur?

A

Séquence d’ADN en amont du gène transcrit

39
Q

À quoi sert un promoteur?

A

Séquence qui sert à déterminer les parties du génome à transcrire (quand et où)

40
Q

Lequel est faux?

a) Un seul des 2 brins est transcrit
b) Le promoteur choisi toujours le même brin matrice
c) Les deux brins peuvent être des brins matrice
d) Le promoteur détermine l’orientation du gène

A

a) V
b) F
c) V
d) V

41
Q

Par quoi est déterminée la force d’un promoteur?

A

Par le nombre de transcrit généré à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné

42
Q

Quels sont les 3 facteurs influençant la force d’un promoteur?

A

1) La capacité du promoteur à lier l’ARN polymérase: plus de points de contact entre l’enzyme et la séquence d’ADN -> promoteur plus fort. Ces points doivent être reconnus et liés
2) Une isomérisation efficace: le passage du complexe fermé au complexe ouvert. La bulle de transcription apparait rapidement dans un promoteur fort
3) La facilité de l’ARN polymérase à se libérer du promoteur: le passage du complexe de transcription initial vers le complexe ternaire stable (début de la phase d’élongation passé les 10 premiers nucléotides)

43
Q

V ou F

a) un promoteur fort produit bcp d’ARN alors qu’un promoteur faible produit peu d’ARN
b) il est toujours mieux d’avoir un promoteur fort
c) Quand l’isomérisation se passe rapidement, c’est un promoteur plus fort
d) Si le promoteur se libère en 5 essais, il est plus fort que s’il se libère en 2 essais

A

a) V
b) F. Parfois on a besoin de peu d’ARN
c) V
d) F. c’est l’inverse

44
Q

Combien de sous-unités a l’ARN polymérase et quelles sont-elles?

A

5: alpha (x2), bêta, bêta’, w

45
Q

V ou F:

a) L’ARN polymérase peut initier la transcription n’importe où sur l’ADN?
b) Dès que l’ARN polymérase s’attache à l’ADN, l’initiation commence.
c) Il n’y a qu’une seule sorte de s.-u.sigma

A

a) V
b) F: C’est l’ajout de la sous-unité sigma qui oblige l’initiation aux sites des promoteurs seulement
c) F: Il y en a plusieurs selon les espèces et même dans une même espèce.

46
Q

Quel est le nom de l’ARN pol + la s.-u. sigma?

A

Holoenzyme

47
Q

Quel est le facteur sigma le plus répandu chez E.coli? Décrivez le:

A

sigma 70:

  • 2 sections conservées
  • 1 section centrale non spécifique.
  • Reconnaît promoteur formés de 2 séquences conservées de 6 nucléotides (régions -35 et -10) qui sont séparées par 17-19 nucléotides non conservés
  • Plusieurs types de facteurs sigma70 et on peut obtenir séquence consensus en les comparant
48
Q

a) V ou F: Plus un promoteur s’approche du consensus obtenu, plus il est fort puisqu’il se lie plus facilement
b) Est-ce l’élément -35 ou -10 qui sera ouvert?
c) V ou F: les séquences -35 et -10 sont très variables?

A

a) V
b) -10 pcq il y a plus de T et de A qu’en -35
c) F. Elles sont très bien conservées

49
Q

Que permet la séquence consensus?

A

Lorsqu’on a une squence mieux conservé, c’est plus facile pour sigma de s’attacher donc

1) Les liaisons vont être plus fortes, spécifiques et rapides avec sigma
2) Ça va amener une facilitée d’ouverture aussi
3) Meilleure libération

Donc les 3 étapes sont plus efficaces avec les séquences consensus

50
Q

Quels ajouts peuvent être fait sur le promoteur sigma70?

A
  • élément UP devant -35: site de contact additionnel avec l’ARN pol
  • Discriminateur après -10: stabilise l’enzyme sur le promoteur
  • extension -10: remplace parfois l’élénebt -35
51
Q

Expliquez l’étape 1 de l’initiation

A

la liaison au promoteur (complexe fermé)

1) L’élément UP est reconnu par la sous-unité alpha du coeur de l’enzyme
2) (…)

Diapo que je comprend pas trop

52
Q

Qu’est ce que le motif helix-turn-helix?

A

La région 4 de sigma70 lie la séquence -35 du promoteur sigma70 via le motif hélice-coude-hélice. Une hélice s’insère dans le sillon majeur et interagit avec les bases d’ADN (séquence spécifique). La deuxième hélice s’attache sur la charpente de l’ADN (phosphate-sucre)

53
Q

Expliquez l’étape 2 de la transcription

A

L’isomérisation (complexe ouvert):
L’ARN pol holoenzyme associée à l’ADN encourt spontanément un changement de conformation énergétiquement favorable - l’isomérisation en complexe ouvert. L’ADN est ouvert entre -11 et +3
Un fois accomplie, l’isomérisation est IRRÉVERSIBLE. Elle a toutefois autant de chances de se produire que la dissociation d’holoenzyme de l’ADN

En étapes:

1) Les pinces (BB’) se reserrent sur l’ADN double brin devant l’enzyme
2) La région 1 de sigma70 est expulsée du site actif qui peut alors accommoder le brin matrice (cette région est chargée - et mimique l’ADN)

54
Q

Expliquez la troisième étape de l’initiation

A

Complexe de transcription initiale:
L’ADN dbl brin passe entre les pinces BB’. Il est ouvert entre -11 et +3: le brin codant sort par le canal NT (non template strand) et le brin matrice traverse le canal T(template strand) dans lequel la transcription en ARN a lieu.
Ensuite, dbl brin de l’ADN est reconstitué en position -11 (dans l’enzyme)

Dans cette étape, de courts ARN sont produits et relâchés.

55
Q

Que faut il faire pour passer de l’initiation à l’élongation?

A

Échapper au promoteur

56
Q

Quelles sont les 5 s.-u. de l’ARN polymérase?

A

alpha x2
bêta
bêta’
omega (w)

57
Q

Que fait le coeur de l’ARN polymérase?

A

initier la transcription n’importe où sur l’ADN

58
Q

Qu’est ce qui oblige l’initiation aux sites des promoteurs?

A

La sous unité sigma

59
Q

Qu’est ce que l’holoenzyme?

A

L’ARN pol associée à la s.-u. sigma

60
Q

Quels sont les types de s.-u. sigma?

A

Selon l’espèce

Dans la même espèce

61
Q

Quel est le facteur sigma le plus répendu (chez E.coli)?

A

facteur sigma70

62
Q

Comment est fait le facteur sigma70 et comment fonctionne-t-il?

A
  • 2 sections conservée et une section centrale non-spécifique
  • Il reconnaît des promoteurs formés de 2 séquences conservées de 6 nucléotides (région -35 et -10) par 17-19 nucléotides non conservés
63
Q

V ou F:

a) Il existe plusieurs promoteurs sigma70
b) En comparant les promoteurs sigma70, on voit qu’ils ne reconnaissent qu’une séquence
c) Plus un promoteur s’approche du consensus, plus il est faible

A

a) V
b) F, en les comparant ensemble les promoteurs sigma70, il est possible de déterminer une séquence consensus qui représente une séquence optimale

64
Q

Que permet la séquence consensus

A

Lorsqu’on a une séquence bien conservée, c’est plus facile pour sigma de s’attacher:

1) Liaisons vont être plus fortes, spécifiques et rapides avec sigma
2) Ça va amener une facilitée d’ouverture aussi
3) Meilleure libération

Donc les 3 étapes sont plus efficaces avec les séquences consensus.

65
Q

Selon vous, est-ce l’élément -35 ou -10 qui sera ouvert?

A

-10 pcq plus de T et A qu’en -35 et en plus elle est mieux conservée

66
Q

Donnez les ajouts supplémentaires sur le promoteur gamma70

A
  • Un élément UP devant l’élément -35: site de contact additionnel avec l’ARN pol
  • Un discriminateur situé après -10: stabilise l’enzyme sur le promoteur
  • Une extension -10: remplacer parfois l’élément -35

Chaque région est liée par une partie spécifique de la s.-u. sigma70