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Biologie moléculaire (BIO 1101) > Chapitre 2 : La réplication de l'ADN > Flashcards

Chapitre 2 : La réplication de l'ADN Flashcards

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1
Q

De quel sens le nouveau brin est-il synthétisé? La lecture du vieux brin?

A

Le nouveau brin est synthétisé 5’ vers 3’,

la lecture du vieux brin se fait 3’ vers 5’.

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Q

Qu’est-ce qu’une origine de réplication?

A

. Les sites
spécifiques auxquels commence la réplication des deux
brins et la réplication (seq. riche en A:T).

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3
Q

Combien y a-t-il d’ori pour les procaryotes? Pour les eucaryotes?

A

Une seule

Plusieurs centaines

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4
Q

Qu’est-ce qu’un réplicateur?

A

Ensemble complet des séquences suffisantes pour permettre

l’initiation de la réplication.(Eucaryotes)

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5
Q

Qu’est-ce que le site 9-mère?

A

liaison de la protéine initiatrice (nommée DnaA chez e.coli).
o Seule protéine spécifique de séquence dans l’initiation de la réplication.
o Socle pour l’assemblage du complexe d’initiation.

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6
Q

Qu’est-ce que le site 13-mère?

A

Sites « 13-mère » : lieu de la séparation initiale des brins. Séquences riches en paires
de nucléotides A:T.

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7
Q

Quelles sont les 3 fonctions des protéines initiatrices?

A 
 Trouver et lier l’ORI
 Recrutement des autres protéines
nécessaires à la réplication
(formation d’un complexe d’initiation
avec les hélicases)
 Chez certains organismes
(procaryotes) ouvrir
la double hélice à l’ORI
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8
Q

Comment fonctionne l’initiateur chez les eucaryotes?

A

’initiateur est un complexe de six protéines, appelé le

complexe de reconnaissance de l’origine de réplication (ORC)

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9
Q

Quels sont les motifs structurels pour la reconnaissance de l’origine de réplication chez les eucaryotes?

A 
Des séquences riches en AT ou en
ilots CpG,
 Une structure d’ADN particulière,
 Des régions libres de nucléosomes,
 Des régions impliquées dans
l’initiation de la transcription.
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10
Q

Qu’est-ce que la topoisomérase?

A

enzyme
qui lie l’ADNds devant la
fourche de réplication et
réduit la tension

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11
Q

Qu’est-ce que l’hélicase?

A

enzyme en forme
d’anneau qui entraîne la
séparation des brins en brisant
les liaisons H. Utilise l’ATP.

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12
Q

Que font les protéines fixatrices d’ADN

monocaténaire (protéines SSB)?

A

Stabilisent les 2 brins séparés de l’ADN
matrice jusqu’à la synthèse des
nouveaux brins complémentaires. Empêche formation liens H

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13
Q

Que se passerait-il sans les protéines fixatrices d’ADN?

A 
la formation d’épingles
par appariement de nucléotides
complémentaires dans le même
brin d’ADN. La formation d’épingles
bloquerait la réplication.
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14
Q

Comment fonctionne hélicase?

A

 Hydrolyse ATP pour son déplacement.
 Entraîne la séparation des brins
 Haute processivité (longueur d’ADN dénaturé
avant de se détacher)

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15
Q

Qu’est-ce qui force la séparation des brins d’ADN lors de la réplication?

A

Chaque sous-unité possède une boucle agrippant la
charpente d’un nucléotide (sucre-P). Oblige l’ADN à
passer dans le pore central de l’enzyme

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16
Q

Quels sont les 2 classes de topoisomérase?

A

Topoisomérase I et topoisomérase II

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17
Q

Que fait la topoisomérase I

A

coupe et ressoude un

des brins d’ADN

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18
Q

Que fait la topoisomérase II?

A

coupe et ressoude

les deux brins d’ADN

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19
Q

Qu’est-ce qu’un oeil de réplication et que possède-t-elle à chaque extrémités?

A

À chaque origine de réplication, il y a formation d’un œil de réplication par les
hélicases qui ouvrent la double hélice d’ADN. Une fourche de réplication à chaque
extrémité d’un œil de réplication est le siège de l’élongation des nouveaux brins d’ADN.

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20
Q

Que fait la primase?

A

ARN polymérase consacrée à la
fabrication de courtes amorces ARN (5 à 10
nucléotides) en face d’une matrice d’ADN
monocaténaire.

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21
Q

Pourquoi faut-il une primase pour faire la synthèse de l’ADN?

A

Toutefois, toutes les ADN polymérases ont
besoin d’une amorce présentant un 3’-OH libre.
Elles ne peuvent pas commencer la synthèse
d’un brin de novo.

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22
Q

Que font les poseurs d’anneaux coulissants?

A

Il reconnaissant l’amaorce ARN et installe un anneau coulissant et une ADN polymérase

23
Q

Comment fonctionne le poseur d’anneaux coulissant

A 
Se lie à l'ATP et peut ouvrir l'anneau coulissant en le liant. Le poseur d’anneau et
l’ADN polymérase
compétitionnent pour
le site de liaison.
Une fois lié à la
polymérase, l’anneau
ne peut pas être lié de
nouveau par le poseur
d’anneau.
24
Q

Que fait l’anneau coulissant?

A

Lie à l’ADN au niveau de l’amorce, s’associe
ensuite avec la polymérase et glisse avec elle.
 Permet de maintenir l’ADN polymérase sur le
brin matrice

25
Q

Quel est l’avantage de l’anneau coulissant?

A

’empêche de s’éloigner.
Augmente la processivité
de la polymérase !

26
Q

Que fait l’adn polymérase?

A

Ajoute des
dNTP à l’extrémité 3’-OH d’un brin
déjà formé selon la
complémentarité des bases azotées.

27
Q

Quelles sont les ADN polymérase des procaryotes?

A 
ADN polymérase I
(ADN Pol I)-->
Substitution des
amorces ARN,
réparation de
l’ADN. Fonction
exonucléase 5’

L’ADN polymérase III
(ADN Pol III)
Réplication du
chromosome

28
Q

Quelles sont les ADN polymérases des eucaryotes?

A
  1. ADN Pol δ –>Synthèse du brin discontinu de
    l’ADN ; réparation par excision
    de nucléotides (NER) et réparation
    par excision de base (BER) (Chap.4)
  2. l’ADN Pol ε –>Synthèse du brin continu de l’ADN,
    NER et BER (Chap.4)
  3. l’ADN Pol α –>Synthèse des amorces pendant la
    réplication de l’ADN
29
Q

À quoi est dû la distinction des rNTP et des dNTP de l’ADN polymérase?

A

Cette discrimination est due à
l’exclusion stérique des rNTPs du
site actif de l’ADN polymérase

30
Q

Que fournit l’énergie nécessaire à l’ajout des nucléotides?

A

la rupture du lien avec le premier P pour
former le lien phosphodiester avec la
chaîne naissante
 la rupture du lien du pyrophosphate libéré
par la pyrophosphatase (Pi + Pi
)

31
Q

Quels sont les 3 domaines de l’ADN polymérase?

A
  1. la paume: site catalytique et vérification de
    l’appariement via le sillon mineur
  2. les doigts: plient l’ADN matrice pour exposer un
    nucléotide à la fois et referment la main en cas
    du bon appariement dans le site catalytique
  3. le pouce: aide à maintenir le tout ensemble en
    s’attachant à la charpente sucre-phosphate.
    Joue un rôle dans la processivité de l’enzyme.
32
Q

Le site catalytique de la paume est formé de quoi?

A

SITE CATALYTIQUE formé d’ions métalliques qui permettent
de favoriser l’interaction entre l’amorce et le nouveau nt
(A) et stabiliser le pyrophosphate produit (B)

33
Q

Qu’est-ce que le réplisome?

A

Les ADN polymérases travaillant sur chacun des brins à polymériser sont
maintenues ensemble via le complexe de réplicatio

34
Q

Quelles sont les caractéristiques du brin continu?

A

Brin qui peut être synthétisé en continu par l’ADN polymérase qui avance en même
temps et dans la même direction que la fourche de réplication. Une amorce.

35
Q

Quelles sont les caractéristiques du brin discontinu?

A

La synthèse du nouveau brin antiparallèle est plus complexe. La polymérase se
déplace sur le brin matrice 3’ → 5‘, s’éloigne de la fourche de réplication en
synthétisant un court fragment d’ADN (fragments d’Okazaki). Au fur et à mesure
que l’œil de réplication s’agrandit, la synthèse d’un nouveau fragment démarre.
Plusieurs amorces.

36
Q

Les fragments d’Okazaki sont-ils plus courts ou plus longs chez les eucaryotes ou les procaryotes?

A

Procaryotes.

37
Q

L’ADN Pol III holoenzyme.

A 
action coordonnée de
2 ou 3 polymérases
(selon les modèles) sur
le brin continu et
le brin discontinu)
38
Q

Comment la synthàse du brin discontinu s’effectue-t-elle6

A

Grâce à une boucle simple brin

39
Q

À quoi ressemble le réplisome chez les procaryote (E.coli)’

A

l’interaction entre deux/trois pol., le

poseur d’anneau et l’anneau coulissant, l’hélicase liée à ADN Pol II holoenzyme, intéraction entre hélicase et primase

40
Q

Qu’est-ce qui détermine la longueur des fragments d’Okazaki?

A 
Interaction faible entre l’hélicase et la
primase; la force de ces interactions
détermine la longueur des fragments
d’Okazaki (plus interaction est forte,
plus les fragments seront petits).
41
Q

Comment remplace-t-on l’amorce ARN par des désoxyriobonucléotide?

A

RNase H
Exonucléase 5’
ADN polymérase
ADN ligase

**Chez les procaryotes, l’ADN POL I possède une
fonction exonucléase 5’ (permet d’enlever rNt ou dNt
situé immédiatement en amont du site de synthèse).

42
Q

Que fait RNase H

A

La RNASE H dégrade les hybrides ARN/ADN.
Retire tous les nucléotides de l’amorce, excepté le
dernier (ne peut couper que le lien entre 2 rNt).

43
Q

Que fait exonucléase 5’

A

Une EXONUCLÉASE 5’ retire ce dernier nucléotide.

44
Q

Que fait ADN polymérase?

A

L’ADN polymérase comble la brèche

45
Q

Que fait l’ADN ligase?

A

L’ADN LIGASE attache ensemble deux fragments
d’ADN en reformant une liaison phosphodiester
entre deux nucléotides adjacents

46
Q

Comment les polymérase on un taux bas d’erreur?

A

L’activité exonucléase des ADN
polymérases permet d’éditer les
séquences d’ADN
ensuite réparation postreplicative

47
Q

Que se passe-t-il avec nucléosome?

A

Tasser et déplacer
Ensuite réassembler

  1. On maintient les H3 et H4 au réplisome
  2. recrutement pas anneaux coulissant
  3. assemblage complet avec de nouveaux H2A- H2B
  4. Transfert des marquers post-traductionnel sur histones
48
Q

Que se passe-t-il si on laisse une brèche dû au retrait de la dernière amorce du brin discontinu?

A

ceci résulte un raccourcissement progressif du chromosome à

chaque génération cellulaire.

49
Q

Est-ce que l’extrémité 3’ d’un chromosome linéaire peut être répliqué?

A

non

50
Q

Qu’est-ce que la télomérase?

A

La télomérase est une ribonucléoprotéine

(RNP), ayant une activité polymérase.

51
Q

Que fait la télomérase?

A 
Contient un long ARN
non-codant qui agit
comme matrice pour
allonger l’extrémité 3’ des
chromosomes.

crée séquences répétitives complémentaires à sa propre matrice à 3’ : télomères

52
Q

de quoi sont composés les télomères humains?

A

Les télomères humains sont composés
d’environ 10-15kb de la répétition
TTAGGG.

53
Q

Comment se sépare les chromosomes circulaire après la réplication?

A

Cette séparation est assurée par une ADN
topoisomérase de type II

–> Coupe et passe les molécules au travers de la coupure

54
Q

Quelles sont les fonctions des topoisomérases chez les eucaryotes?

A 
1. Les topoisomérases I et II sont
utilisées pour réduire la tension
formée par l’avancée des fourches
de réplication.
2. La convergence des fourches de
réplication forme des caténanes (twist dans adn)  qui
doivent être résolues.

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