Chapitre 1 Flashcards
La structure tertiaire de l’adn est créée par
angle de liaison entre les nucléotides (structure tertiaire)
force d’empilement (stabilité globale de la dbl hélice) *Van der walls
Types de liaison
Liaison covalente : Partage d’une ou pls paire d’e- de valence sur deux atomes
polaire- crée une charge partielle sur les deux atomes, un est plus electroneg que l’autre
non-polaire- pas de charge partielle, les e- se répartissent également sur les deux atomes
Liaison ionique: un atome donne complètement ses e- à l’autre (pas de partage) un a charge - et l’autre a charge +, très grosse différence d’électronegativité
Liaison hydrogène: 20 fois plus faible que la liaison covalente, les charges partielles créées par deux liaisons covalentes polaires distinctes s’attirent (ex: mol d’eau, prot/ligand/ ADN entre les bases)
Sur l’échelle de l’énergie libre place les liaisons différentes
du moins d’É au plus d’É
vanderwalls (-o,1 kj/mol)
hydrogène (-1 à -5 kj/mol)
ionique (-3kj/mol)
covalent polaire et non polaire (-80kj/mol)
Defini la liaison phosphodiester et ou on la retrouve
entre deux nucléotides sur le meme brin, plus précisemment entre le carbone 5’ et carbone 3’ des deux pentoses
double liaison covalente avec P et O plus deux groupements alcoxyle (O-R’)
Structure secondaire de l’aDn créée par
Charpente sucre phosphate est créée par
liaisons hydrogène entre les bases
liaisons phosphodiester entre les nucléotides
3 règles
2 règles de Chargaff
%a=%t %c=%g
purine/pyrimidine environ = à 1 pour chaque brin
Règle de %(c+G)
dans une meme espece, toujours environ constant
POurquoi l’adn est acide
il reste une charge - sur le 0 non apparié du groupement phosphate
Comment on appelle les liaisons entre les 3 phosphate de l’adénosine triphosphate
liaisons phospho anhydrides
Les monomère d’ADN servent a quoi dautre que faire l’ADN
source d’énergie chimique facilement hydrolysable (adénosine triphosphate = ATP donc on peut changer en AMP)
avec d’autres groupement peut former des co enzymes (Co enzyme A)
Second messager ou mol de signalisation (AMP cyclique)
Les sillons majeurs et mineurs sonf formés suite à
l’angle créé entre les deux liaisons glycosidique d’un couple de nucléotide
majeur (240 deg) 2,2 nm
mineur (120 deg) 1,2 nm
qu’Est ce qui permet de distinguer l’agencement des nucléotides dans les sillons majeurs et mineurs
profil des atomes exposés (donneur ou accepteur de H+)
forme atomique exposée (facilité de liaison avec les prot)
sillon mineur:
a:T = AHA
C:G= ADA
Sillon majeur
at=ADAM
ta=MADA
CG=HDAA
GC=AADH
*a= accepteur donc demi charge -
d=donneur donc demi charge +
h=non polaire
m= methyl (non polaire)
Caractéristiques des diff formes d’ADN
physiologique à l’état aqueux = forme B (celle quon connait)
forme a:
condensée
plus loin de l’axe centrale
hélice a droite
-hélice ARN-ARN
-hétéroduplexes ADN-ARN
-certains complexes protéiques
Forme z:
plus allongée
plus proche de l’axe que a
hélice a gauche
charpente sucre + P forme zigzag
unités de base en doublets (purine-pyrimidine)
-si concentration elevée en ions + ou dans des régions surenroulées négativement (en lab seulement )
La spécificité de l’amorce(hybride) est régie par la température d’hybridation, explique
si t d’hybri est proche de t de dénat, ca veut dire que malgré toute lenergie fournie pour casser les liens hydrogènes, la sonde s’hybride quand meme car elle a beaucoup d’affinité pour l’ADN et est donc tres spécifique
si elle est loin, c’est parce que peu spécifique
une des techinique d’hybridation in situ
FISH= sonde complémentaire au gène d’intéret créé en lab ensuite associé à un fluorochrome
on peut visualier par immunocytochimie (permet la visualisation directe de certaines séquences d’ADN)
communément utilisé pour cartogrphier des sequeunces unique ou a faible nombre de copies
Interactions ADN-Histones
Nucléosomes sont en interaction dynamique
8 histones par nucléosome (h2a, h2b, h3, h4) deux fois chaque
pas d’assemblage de nucléosome sans ADN
interactions avec le sillon mineur de l’ADN parce que plus facile à courber parce que plus d’acces a la charpente et on veut laisser le sillon majeur aux prot
pas séquence spécifique mais aime bien les régions riches en At
la liaison des histones déforme la double hélice et la replie 1,65 fois autour du nucléosome (environ 160 pb)
c’est le haut taux d’arginine (NH2+) et de lysine (NH3+) dans les histones qui permet de se lier à la charpente avec les phosphate negatifs
Le tétramère H3-H4 arrive en premier au niveau de l’ADN pour y faire la courbure et l’enrouler
Les deux hétérodimères H2a-H2b viennent ensuite pour stabiliser le tout
14 pts de contact ADN histones (un pour chaque fois que le sillon mineur fait face au nucléosome)
environ 40 liaisons hydrogènes
Queues des histones
queues N-terminales maintiennent l’ADN enroulé et sortent du nucléosome
émergent à des positions spécifiques
H2A et H4: en haut et en bas
H2B et H3: entre les deux brins d’ADN ou les deux sillons mineurs se font face
permettent les interactions entre les nucléosomes
les queues forment plusieurs liaisons H entre l’ADN et les histones
Liaison de l’aDN à des prot non-histones
inhibition de positionnement : compétition entre non-histone et histone pour se placer sur l’aDN (permet de garder un espace ouvert)
assemblage préférentiel: une prot non-histone s’associe à un nucléosome adjacent pour promouvoir la formation d’un nouveau nucléosome à coté
Comment on rend de l’euchromatine en heterochromatine
H1 interagit avec l’ADN intercalaire et une partie de l’ADN autour du nucléosome afin de resseré de 20 pb de plus (passer de euchromatine (10) à hétéro (30)) donne également un angle meilleur ou l’entrée et la sortie de l’ADN du nucléosome
Les queues N-terminales des histones des nucléosomes vont également avoir des interactions ensemble pour se rapprocher
-> modele solenoide : les queues des nucléosomes voisins ont des interactions
->modele zigzag: les queues des nucléosomes second voisin ont des interactions
Ici on est encore à 30 pb
On peut passer de 40-90 pb en formant des boucles avec ces deux modèles, on va utiliser un agrégat de prot appelé échaffaudage nucléaire
-topoisomérase 2 : maintien structure et s’assure que les boucles ne se melent pas ensemble
-prot SMC: participe au maintien
qu’est ce qui permet le remodelage dynamique de la chromatine
- complexe remodelant de la chromatine (atp-dépendant)
permettent toute le glissement du nucléosome sur LADN
SW1-SNF permet le transfert sur l’autre brin ou l’éjection des nuclosomes
INO80 permet l’échange d’histone
2.Complexe de modification post-traductionnelle des queues des histones
3 modif possible sur la queue N terminale des histones
1.acétylation par acetyltransferase (COCH3) : neutralise la charge + donc moins bonne interaction avec l’aDN, on peut dérouler facilement
2.methylation par methyl transférase (CH3): provoque répression de la transcription car queue methylé recrute les prot responsables de la formation d’heterochromatine
- Phosphorylation par une kinase (PO4) : neutralise la charge + donc moins bonne interaction avec l’aDN, on peut dérouler facilement
variants d’histone donne un exemple
séquence protéique qui diffère de quelques residus des histones conventionnel mais modifie ++ de propriété
spécifique à espèce, type cellulaire ou phase cellulaire
positionné de manière spécifique à la SÉQUENCE et régulent la transcription
ex: histone H2A.Z intermédiaire pour les réponses thermosensibles, sans elle, je ne percois pas la temperature ambiante
