Chapitre 1

Question 1

La structure tertiaire de l’adn est créée par

Answer 1

angle de liaison entre les nucléotides (structure tertiaire)
force d’empilement (stabilité globale de la dbl hélice) *Van der walls

Question 2

Types de liaison

Answer 2

Liaison covalente : Partage d’une ou pls paire d’e- de valence sur deux atomes

polaire- crée une charge partielle sur les deux atomes, un est plus electroneg que l’autre
non-polaire- pas de charge partielle, les e- se répartissent également sur les deux atomes

Liaison ionique: un atome donne complètement ses e- à l’autre (pas de partage) un a charge - et l’autre a charge +, très grosse différence d’électronegativité

Liaison hydrogène: 20 fois plus faible que la liaison covalente, les charges partielles créées par deux liaisons covalentes polaires distinctes s’attirent (ex: mol d’eau, prot/ligand/ ADN entre les bases)

Question 3

Sur l’échelle de l’énergie libre place les liaisons différentes

Answer 3

du moins d’É au plus d’É

vanderwalls (-o,1 kj/mol)
hydrogène (-1 à -5 kj/mol)
ionique (-3kj/mol)
covalent polaire et non polaire (-80kj/mol)

Question 4

Defini la liaison phosphodiester et ou on la retrouve

Answer 4

entre deux nucléotides sur le meme brin, plus précisemment entre le carbone 5’ et carbone 3’ des deux pentoses

double liaison covalente avec P et O plus deux groupements alcoxyle (O-R’)

Question 5

Structure secondaire de l’aDn créée par
Charpente sucre phosphate est créée par

Answer 5

liaisons hydrogène entre les bases
liaisons phosphodiester entre les nucléotides

Question 6

3 règles

Answer 6

2 règles de Chargaff
%a=%t %c=%g
purine/pyrimidine environ = à 1 pour chaque brin

Règle de %(c+G)
dans une meme espece, toujours environ constant

Question 7

POurquoi l’adn est acide

Answer 7

il reste une charge - sur le 0 non apparié du groupement phosphate

Question 8

Comment on appelle les liaisons entre les 3 phosphate de l’adénosine triphosphate

Answer 8

liaisons phospho anhydrides

Question 9

Les monomère d’ADN servent a quoi dautre que faire l’ADN

Answer 9

source d’énergie chimique facilement hydrolysable (adénosine triphosphate = ATP donc on peut changer en AMP)

avec d’autres groupement peut former des co enzymes (Co enzyme A)

Second messager ou mol de signalisation (AMP cyclique)

Question 10

Les sillons majeurs et mineurs sonf formés suite à

Answer 10

l’angle créé entre les deux liaisons glycosidique d’un couple de nucléotide

majeur (240 deg) 2,2 nm
mineur (120 deg) 1,2 nm

Question 11

qu’Est ce qui permet de distinguer l’agencement des nucléotides dans les sillons majeurs et mineurs

Answer 11

profil des atomes exposés (donneur ou accepteur de H+)
forme atomique exposée (facilité de liaison avec les prot)

sillon mineur:
a:T = AHA
C:G= ADA

Sillon majeur
at=ADAM
ta=MADA
CG=HDAA
GC=AADH

*a= accepteur donc demi charge -
d=donneur donc demi charge +
h=non polaire
m= methyl (non polaire)

Question 12

Caractéristiques des diff formes d’ADN

Answer 12

physiologique à l’état aqueux = forme B (celle quon connait)

forme a:
condensée
plus loin de l’axe centrale
hélice a droite
-hélice ARN-ARN
-hétéroduplexes ADN-ARN
-certains complexes protéiques

Forme z:
plus allongée
plus proche de l’axe que a
hélice a gauche
charpente sucre + P forme zigzag
unités de base en doublets (purine-pyrimidine)
-si concentration elevée en ions + ou dans des régions surenroulées négativement (en lab seulement )

Question 13

La spécificité de l’amorce(hybride) est régie par la température d’hybridation, explique

Answer 13

si t d’hybri est proche de t de dénat, ca veut dire que malgré toute lenergie fournie pour casser les liens hydrogènes, la sonde s’hybride quand meme car elle a beaucoup d’affinité pour l’ADN et est donc tres spécifique

si elle est loin, c’est parce que peu spécifique

Question 14

une des techinique d’hybridation in situ

Answer 14

FISH= sonde complémentaire au gène d’intéret créé en lab ensuite associé à un fluorochrome

on peut visualier par immunocytochimie (permet la visualisation directe de certaines séquences d’ADN)

communément utilisé pour cartogrphier des sequeunces unique ou a faible nombre de copies

Question 15

Interactions ADN-Histones

Answer 15

Nucléosomes sont en interaction dynamique

8 histones par nucléosome (h2a, h2b, h3, h4) deux fois chaque

pas d’assemblage de nucléosome sans ADN

interactions avec le sillon mineur de l’ADN parce que plus facile à courber parce que plus d’acces a la charpente et on veut laisser le sillon majeur aux prot

pas séquence spécifique mais aime bien les régions riches en At

la liaison des histones déforme la double hélice et la replie 1,65 fois autour du nucléosome (environ 160 pb)

c’est le haut taux d’arginine (NH2+) et de lysine (NH3+) dans les histones qui permet de se lier à la charpente avec les phosphate negatifs

Le tétramère H3-H4 arrive en premier au niveau de l’ADN pour y faire la courbure et l’enrouler

Les deux hétérodimères H2a-H2b viennent ensuite pour stabiliser le tout

14 pts de contact ADN histones (un pour chaque fois que le sillon mineur fait face au nucléosome)

environ 40 liaisons hydrogènes

Question 16

Queues des histones

Answer 16

queues N-terminales maintiennent l’ADN enroulé et sortent du nucléosome

émergent à des positions spécifiques
H2A et H4: en haut et en bas
H2B et H3: entre les deux brins d’ADN ou les deux sillons mineurs se font face

permettent les interactions entre les nucléosomes

les queues forment plusieurs liaisons H entre l’ADN et les histones

Question 17

Liaison de l’aDN à des prot non-histones

Answer 17

inhibition de positionnement : compétition entre non-histone et histone pour se placer sur l’aDN (permet de garder un espace ouvert)

assemblage préférentiel: une prot non-histone s’associe à un nucléosome adjacent pour promouvoir la formation d’un nouveau nucléosome à coté

Question 18

Comment on rend de l’euchromatine en heterochromatine

Answer 18

H1 interagit avec l’ADN intercalaire et une partie de l’ADN autour du nucléosome afin de resseré de 20 pb de plus (passer de euchromatine (10) à hétéro (30)) donne également un angle meilleur ou l’entrée et la sortie de l’ADN du nucléosome

Les queues N-terminales des histones des nucléosomes vont également avoir des interactions ensemble pour se rapprocher
-> modele solenoide : les queues des nucléosomes voisins ont des interactions
->modele zigzag: les queues des nucléosomes second voisin ont des interactions

Ici on est encore à 30 pb

On peut passer de 40-90 pb en formant des boucles avec ces deux modèles, on va utiliser un agrégat de prot appelé échaffaudage nucléaire
-topoisomérase 2 : maintien structure et s’assure que les boucles ne se melent pas ensemble
-prot SMC: participe au maintien

Question 19

qu’est ce qui permet le remodelage dynamique de la chromatine

Answer 19

1. complexe remodelant de la chromatine (atp-dépendant)
   permettent toute le glissement du nucléosome sur LADN
   SW1-SNF permet le transfert sur l’autre brin ou l’éjection des nuclosomes
   INO80 permet l’échange d’histone

2.Complexe de modification post-traductionnelle des queues des histones

3 modif possible sur la queue N terminale des histones

1.acétylation par acetyltransferase (COCH3) : neutralise la charge + donc moins bonne interaction avec l’aDN, on peut dérouler facilement

2.methylation par methyl transférase (CH3): provoque répression de la transcription car queue methylé recrute les prot responsables de la formation d’heterochromatine

3. Phosphorylation par une kinase (PO4) : neutralise la charge + donc moins bonne interaction avec l’aDN, on peut dérouler facilement

Question 20

variants d’histone donne un exemple

Answer 20

séquence protéique qui diffère de quelques residus des histones conventionnel mais modifie ++ de propriété

spécifique à espèce, type cellulaire ou phase cellulaire

positionné de manière spécifique à la SÉQUENCE et régulent la transcription

ex: histone H2A.Z intermédiaire pour les réponses thermosensibles, sans elle, je ne percois pas la temperature ambiante