Chap 6; transcription eucaryote Flashcards
dans la transcription eucaryotes, les gènes sont __
monocistroniques
c’est quoi la régulation extensive de la transcription?
'’un tel gène, dans une telle cellule , à un tel moment’’
Combien ya-t-il d’ARN pol dans la transcription eucaryote?
3
y a-t-il bcp d’espace entre les gènes d’eucaryote?
oui
quels sont les transcrits de l’ARN pol 1?
ARNr 28s, 18s et 5,8s
quels sont les transcrits de l’ARN pol 3?
les ARNt, ARNr 5s et ARN 7s ( le SRP)
quels sont les transcrits de l’ARN pol 2?
des ARNm ( plus de 20k transcrits ARNm différents par cellule)
L’abondance relative de transcrits varie de qq copies à plus de 10k selon (2)
- la reconnaissance du promoteur
2. efficacité de transcription variable
en quoi l’ARN pol 2 ressemble à l’ARN pol des procaryotes?
elle est en forme de pince de crabe et possède un site catalytique
en quoi l’ARN pol2 est différente de l’ARN pol des procaryotes?
elle possède + de sous-unités en périphérie donc permet d’interagir avec différents facteurs de transcription.
combien l’ARN pol2 possède-t-elle de sous-unités? et comment s’appellent-elles? quelle est celle qui a une extension C-terminale (carboxyl-terminal) aka CTD?
- 12 (RPB1,2,3…12)
- protomères
- RPB1
de quoi est constitué le domaine CTD de RBP1?
de répétitions en tandem de l’hepapeptide ‘‘tyr-ser-pro-thr-ser-pro-ser’’
quelle sont les 2 fcts du domaine CTD de RPB1, une sous-unité de ARN pol 2?
- phosphorylation de ses aa: le CTD phosphorylé est responsable du passe de l’étape d’initiation à élongation
- est impliqué dans le recrutement de facteurs de maturation du pré-ARNm. (couplage transcription à la maturation)
quels sont les 4 séquences conservées du promoteur basal utilisé par l’ARN pol 2?
- BRE
- TATA
- Inr
- DPE
Outre ARN pol 2, qui reconnait les séquences conservés du promoteur basal? et ils jouent le mm role que qui?
des GTF (facteurs de transcription généraux). les GTF jouent le mm role que la sous-unité sigma de E.coli.
Où se passe la formation du complexe de pré-initiation?
à la boite TATA
Quel est l’élément le plus fréquent chez tous les promoteurs?
l’élément Inr
La boite TATA contient généralement un motif conservé positionné__? La boite TATA sont-ils des gènes activement transcrits? Une mutation à l’intérieur de la boite TATA entraine quoi? Une mutation entre la boite TATA et le site d’initiation entraine quoi?
-25/-35pb
oui!
Diminution drastique de la transcription.
Rien, ces séquences entre peuvent varier sans conséquence dans la transcription.
Qui permettent l’association de ARN pol 2 au promoteur?
Ils sont généralement des complexes protéiques ___
les GTF (facteurs de transcription généraux) multimériques donc composés de plusieurs sous-unités
quel est le GTF le plus grand et le 1er à interagir avec le promoteur? Il contient quoi et interagissent avec quoi? quelle est l’interaction la plus forte? Qui régulent l’association TBP-TATA et comment?
TFIID
Un TPB qui lie TATA et 13 TAF qui lient Inr et DPE
TBP-TATA est l’interaction la plus forte.
les TAF en cachant le site sur TBP.
quelle est la première étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription? Comment ca se passe?
TFIID lie le promoteur.
le domaine C-terminal de TFB, une composante de TFIID, se replie autour de l’ADN dans al région de la boite TATA. ce qui permet:
- contact direct avec sillon mineur
- repliement local de l’ADN
Quelle est l’association qui est la plateforme nécessaire pour recruter d’autres GTF lorsque TFIID lie le promoteur?
association TBP-TATA
quelle est le deuxième étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription? 2 domaines sont impliqués, explique:
TFIIA et TFIIB lie ADN et TBP.
- le domaine C-terminal de TFIIB fait contact avec TBP’ BRE et l’ADN situé près de TATA.
- le domaine N-terminal de TFIIB s’étend vers le site d’initiation et fait contact avec ARN pol 2 quand elle arrive
quelle est la troisième étape d’assemblage du complexe d’initiation de la transcription?
le complexe TFIIE et ARN pol 2 se lie au promoteur, ce qui stabilise l’agrégat ADN-TBP-TFIIB
quelle est la quatrième étape d’assemblage du complexe d’initiation de la transcription?
TFIIE et TFIIH completent le complexe d’initiation.
quelle sont les 3 fcts enzymatiques de TFIIH? Ecq TFIIH est gros? dans quelle étape est impliquée TFIIH et avec quel autre GTF?
- hydrolyse ATP
- Hélicase
- phosphorylation de CTD
oui!
dans la 4e étape d’assemblage du complexe d’initiation de transcription et avec TFIIE, ils vont completer le complexe d’initiation.
quelle est l’étape après que TFIIE et TFIIH completent le complexe d’initation?
Passage du complexe fermé à ouvert!
Qui s’occupe de dérouler l’ADN et comment? Que se passent-ils avec les autres facteurs de transcription?
TFIIH avec son activité hélicase déroule ADN db avec l’énergie qu’il a pris en hydrolysant ATP. Puis, une autre sous-unité de TFIIH phosphoryle CTD de la polymérase.
TBP reste liée à TATA mais les autres facteurs se dissocient. Ainsi, ARN pol échappe au promoteur et commence synthèse ARN.
Besoin de quoi pour permettre accès à l’ADN pour ARN pol et facteurs de transcription?
complexe médiateur!
C’est quoi le complexe médiateur? Il s’associe avec quoi? il est constitué de combien de sous-unités et combien sont fortement conservées et laquelle est essentielle à la transcription par ARN pol 2?
- un énorme complexe protéique qui contient des modificateurs de nucléosome et des remodeleurs de la chromatine.
- S’associe avec ARN pol 2 et des facteurs de transcription généraux (GTF) et spécifiques.
- 20 sous-unités donc 7 fortement conservés. la sous-unité Srb4.
ca permet quoi la phosphorylation de CTD?
de recruter des facteurs d’élongation qui vont permettre 1. de stimuler ARN pol pour synthétiser ARN plus rapidement et 2. d’aider a la correction.
D’autres facteurs recrutés par CTD phosphorylé vont être utilisés dans la maturation de l’ARN.
que fait le complexe FACT durant l’élongation? Est-ce une relation dynamique entre les histones et ADN?
il retire un dimère H2A-H2B du nucléosome devant ARN pol pour lui laisser de la place pour faire sa transcription et une fois transcrit, derrière ARN pol, il remet le dimère H2A-H2B sur son nucléosome.
oui!
Comment le signal poly-A est impliquée dans l’arret de la polymérisation d’ARN par la par l’ARN pol?
Il y transcription de l’ARN jusqu’à ce que la séquence dictant le clivage et polyadénylation soit dépassée!
Le complexe responsable du clivage et polyadénylation est déjà sur CTD-P et lorsque poly-A signal est transcrit, ce complexe se transfère du CTD vers cette séquence signal. Ce complexe va alors couper ARNm et y ajouter 200 adénines sur son bout 3’
Est-ce que l’ARN pol arrete sa transcription dès qu’il transcrit la séquence poly-A signal?
Non, elle continue a transcrire jusqu’à 0.5-2kb dépassés le signal poly-A mais ce second ARN transcrit n’aura pas de coiffe ni de queue poly-a donc va être rapidement dégradé par des exonucléases.
Quel est le modèle utilisé pour la terminaison?
modèle de la torpille
Une fois l’ARN pré-messager clivé, qui dégrade le bout restant d’ARN attaché à la polymérase? Comment est recruté cette exonucléase avant? Comment la transcription arrete completement?
- Rat1 va se lier à ce bout d’ARN et va le dégrader.
- la prot RTT103 qui lie le CTD via les phosphorylation recrute Rat1.
- Lorsque Rat1 rattrape la polymérase
quels sont les 3 étapes de l’ajout de la coiffe?
- une phosphatase retire le dernier phosphate y du 1er nucléotide transcrit.
- une guanyltransférase ajoute un GMP en liaison inverse 5’-5’
- une méthylase ajoute un CH3 sur le 7e azote de la guanosine.
Quels sont les 3 processus qui arrivent en mm temps que la transcrit primaire est produit? (maturation)
- ajout de la coiffe en 5’
- clivage et polyadénylation en 3’
- élimination des introns et épissages des exons
quels sont les fcts de la coiffe?
- distinguer les ARNm des autres especes d’ARN dans le noyau et les proteger
- la coiffe 5’ s’unit a un complexe protéique, CBC, qui facilite la maturation et le transport à travers le pore nucléaire.
- role dans la reconnaissance et traduction de l’ARNm par les ribomes dans le cytoplasme
