Chap 12 : Enzymologie In Vivo - Systèmes Organisés Flashcards
Qu’est ce qui est favorisé par de hautes concentrations en protéines rapprochées ?
Interactions sporadiques ou quinaires
Quels types de complexes sont favorises par des interactions entre enzyme ?
Noncovalent multienzymatique
Ou
Multifonctionnel (eucaryote)
Par quoi est favorisé ces types de complexes enzymatiques ?
Minimisation de la dilution des metabolites intermediaires et de leurs pertes par leurs interactions non specifiques
FAS fongique fait quoi
communication allosterique complexe
Est ce que la structure quinaire correspond a une tres faible stabilité thermodynamique ?
Oui avec un Kd> 1uM pour qu’elle soit sujette a des modif par forces cellulaires
Que doit faire la cellule au niv des interactions proteines ?
Empecher les mauvaises et promouvoir les bonnes
Est ce que le surpeuplement du cytosol peut modifier les propriétés des macromolécules ?
Oui
Quel est l’avantage au fait que les macromolécules soient toutes mélangées dans la cellule
Les metabolites sont canalisés entre des enzymes séquentielles donc le produit d’une est le substrat de l’autre
Comment appelle t on ces assemblages d’enzymes dans la cellule ?
Metabolons
Un autre type d’assemblage d’enzymes ?
Assemblages d’enzymes consécutifs
Qu’est ce qui favorise la canalisation des substrats ?
Association consécutive d’enzyme : metabolon
Avantages d’un metabolon ?
Le metabolite s’equilibre pas avec le milieux aqueux global donc si le métabolite est toxique c’est benef
Favorise la regulation des flux au points de branchement du reseau metabolique car si métabolite canalise il peut pas etrebpris pas une enzyme concurrente
Quelle est l’idee recue mais fausse sur la canalisation des substrats ?
Que cela accélère la cinetique de la réaction
2 exceptions ou la canalisation de substrat peut augmenter la cinetique de réaction ?
Si kcat/km est grand
Si la concentration d’enzyme est tres faible
= limitation par la diffusion
Rappelle les deux avantages des canaux de substrat ?
Regulation flux metabolique
Sequestration des intermédiaires toxiques
Dans un complexe multi-enzymes stables, comment les intermédiaires enfermes communiquent ?
Diffusion diriges
Bras oscillant
Cofacteur
Les deux couples d’ enzymes dont on a pu faire la modélisation ?
Malate deshydrogenase - citrate synthase
Citrate synthase - aconitase
Ou sont disposes les charges positives dans un complexe de 2 enzymes a substrat negatif ?
Dans le sillon qui relie les sites actifs
Que permet la rentention electrostatique ?
Que l’intermédiaire colle à la surface de l’enzyme reduise l’echange avec le milieu
Y’a t il eu une coevolution de ces enzymes ?
Ouii pour avoir des caractéristiques complementaires
C’est quoi les clusters ou microdomaines enzymatiques ?
Point de nucleation facilitant la formation des interactions specifiques entre les enzymes séquentielles
Comme y’a bco d’enzymes y’aura surement des canalisations de substrats qui vont se former et une augmentation de la catalyse
Qu’est ce qui peut accélérer le flux métabolique ?
Interaction de proteine-proteine non specifique (metabolon enzymatique en grappe des clusters quoi)
Surtout pour les enzymes limitees par la reaction
Qu’assure la canalisation du subsrat dans la glycolyse ? 2
Assez de pyruvate fourni si demande augmente
Évite la compétition des metabolites
Est ce que les métabolons sont tjrs la ?
Non ce sont des assemblages biomoléculaires spatio-temporels
Ou se situe le metabolon glycolitique ?
Bcp d’endroit de la cellule depend des conditions et du type cellulaire (ex filament actine)
Est ce que l’ARN a un role dans le métabolon glycolityque ?
Oui mais on comprend pas bien
Il sert a l’échafaudage
C’est quoi les condensats biomoléculaires ?
Separation de phase pour faire le compartimentage des composants de la cellules si y’a pas de mb
Difference entre condensant et agregat ?
Condensat : dynamique et reversible
Agregat : pathologique et endommagé cible pour etre detruit
Avantage de separation de phase liquide - liquide ? 3
Controle spatial de confinement sans avoir à transporter les mol
Augmentation des concentrations effectives = coarcervation
Possibilité de remelange de l’organite cree par séparation de phase
C’est quoi les conditions moléculaires qui régissent la composition des condensats
La multivalence des molécules separant les phases provenant des domaines d’interaction replies ou IDR
C’est quoi des proteines intrinsequement desordonnees ?
Prot ou il y’a un manque de structure 3D stable (tres courant et utile dans le corps)
C’est quoi le nom de la separation de phase provoquée par les interactions entre les polyions complexants ?
Coacervation complexe
Des regions intrinsèque désordonné peuvent elles former des séparations liquide liquide ? Qu’est ce qui les favorisent ?
Ouiii
PEU DE SEL et PEU ARN
Est ce que les gouttelettes separees en phase se stabilisent au fil du temps ?
Oui par la formation de fibres de type amyloide
Les 4 conséquences fonctionnelles possibles de condensats moléculaires ?
1 - augmentation cinetique et specificite reaction
2 - diminuer la cinetique a cause la fibrilisation
3 - sequestration de mol bloque la cinetique
4 - pas compris
On cherche a savoir si le microenvironnement biochimique au sein d’un condensat peut reguler la fonction enzymatique ? On utilise quoi ?
Réaction enzymatique dans un condensat minimal avec
1- region IDR
2- ARN poly A
3- Enzyme qui clive ARN poly A
On cherche a savoir si le microenvironnement biochimique au sein d’un condensat peut reguler la fonction enzymatique ? On obtient quoi ?
Que en effet le condensat possede des fonctions importantes dans la régulation enzymatique
En effet y’a eu formationde queue Ct de l’enzyme qui était dynamique et meilleure catalytiquement parlant
Est ce que les interactions quinaires influencent le repliement des proteines a l’interieur des cellules ? Le principe derrière ?
Oui en modifiant la compétition entre effet stabilisateur et déstabilisateur
Plus la surface de la proteine est en interaction avec d’autres biomol plus c’est dur d’être stable
