bngst

Question 1

Sanger (jaar)

Answer 1

1977

Question 2

Sanger (principe)

Answer 2

maakt een kopie van je DNA streng en observeer per stap welke nucleotide wordt ingebouwd.

Question 3

454 (jaar)

Answer 3

2005

Question 4

454 (gebaseerd op)

Answer 4

pyrosequencing

Question 5

Sanger (gebaseerd op)

Answer 5

chain termination sequencing door dideoxyNucleoside Triphosphate (ddNTP)

Question 6

Illumina (jaar)

Answer 6

2005

Question 7

Illumina (gebaseerd op)

Answer 7

sequencing by synthesis

Question 8

pacific biosciences (jaar

Answer 8

2011

Question 9

pacific biosciences (gebaseerd op)

Answer 9

single molecule sequencing

Question 10

oxford nanopore (jaar)

Answer 10

2014

Question 11

oxford nanopore (gebaseerd op)

Answer 11

single molecule sensing

Question 12

Waarom is de read length bij sequencing niet langer? en hoelang is deze?

Answer 12

Naar mate er meer gesequenced wordt, wordt de DNA polymerase minder betrouwbaar. De activiteit hiervan gaat achteruit. 400 - 900 bp

Question 13

Wat heb je bij Sanger sequencing wel nodig en bij NGS niet?

Answer 13

primers.

Question 14

Nadeel van Sanger

Answer 14

Hoge kosten per bp, hoog aantal moleculen van het target DNA nodig

Question 15

adapter

Answer 15

Een klein stukje sequentie die aan een andere sequentie plakt. Hiervoor is al een primer gemaakt.

Question 16

Principes van NGS

Answer 16

• Veel random moleculen
• Het template DNA wordt meestal in kleine fragmenten verdeeld
• Er wordt gebruik gemaakt van een universele primer
• Veel ,simultaan, onafhankelijke sequencing reacties. (massive parallel)

Question 17

Cloning amplification van Illumina

Answer 17

Bridge PCR

Question 18

Detectie van Illumina

Answer 18

fluorescent label NTPS

Question 19

HiSeq 2500

Answer 19

kan 4 billion reads per run, 2x125 nt per fragment

Question 20

NextSeq 500

Answer 20

400 million reads per run, 2x150 nt per fragment

Question 21

MiSeq

Answer 21

25 million reads per run, 2x300 nt per fragment

Question 22

Waarom wordt er in Illumina paired end gebruikt? (2xx nt)

Answer 22

Je wilt het genoom van een onbekend organisme bepalen, hiervoor moet je in staat zijn om de strengen aan elkaar te puzzelen. Asl je weet dat je DNA in stukken van bv 800 is geknipt en je meet de eerste 250 en de laatste 250, dan weet je de hoeveelheid nt die ertussen horen.

Question 23

Wat is een nadeel van Illumina?

Answer 23

Je bent afhankelijk van PCR, er kan dus een foutje in sluipen.

Question 24

Bij welke methode heb je geen PCR nodig?

Answer 24

Single molecule sequencing

Question 25

Wat verlies je van het DNA tijden PCR

Answer 25

Je verliest een stukje informatie (de methylgroepen)

Question 26

wat kun je bij third gen meer aflezen dan bij ngs?

Answer 26

Bij third gen kan je de modificaties + nt aflezen

Question 27

Wat betekend het als je een biase krijgt met sequencen?

Answer 27

dat er sommige stukken makkelijker geamplificeerd worden dan andere

Question 28

Waarom is het een voordeel en waarom is het een nadeel dat er bij third gen seq geen PCR gebruikt wordt?

Answer 28

Voordeel: Je hebt geen PCR nodig en zal dus geen replicatie fouten krijgen
Nadeel: Je mist een signalboost. Er is dus een betere scanner.detector nodig.