blossum & pax

Question 1

What is a substitution mattix

Answer 1

A substitution matrix is a collection of score for aligning nucleotides or amino acids with one another.
These scores generally represent the relative ease with which one nucleotide or amino acid may mutate into or substitute for another and they are used to measure similarity in sequence alignments.

Question 2

Pam & Blosum

Answer 2

https: //www.youtube.com/watch?v=3h58QOy1QfA
https: //web.archive.org/web/20130309015755/http://birec.org/sandbox/omamasaudtutorial
https: //en.wikipedia.org/wiki/Point_accepted_mutation
https: //en.wikipedia.org/wiki/BLOSUM

Question 3

affine gap pentalies

Answer 3

https://homepage.usask.ca/~ctl271/857/affine_gap_penalties.shtml

Question 4

Substitution mattix wie PAM und Blosum kommen zum Einsatz bei ….

Answer 4

Protein-Sequenzen

Question 5

Warum benötigt man eine ganze Serie von Scoring-Matrizen? (BLOSUM50, BLOSUM60, etc.)

Answer 5

a. Um verschieden weit/nah verwandte Sequenzen
genauer zu alignieren

b. Um die Evolutionäre Distanz zwischen den
Sequenzen besser zu berücksichtigen

Question 6

Welche Aussage(n) zu PAM-Matrizen treffen zu?

Answer 6

PAM korreliert mit der im Evolutionsprozess vergangenen Zeit

Question 7

Was wird mithilfe von log-odd Scores berechnet?

Answer 7

Blosum-Substitutionmatrix

Question 8

PAM120
BLOSUM45
BLOSUM90
PAM11

Answer 8

a. PAM&Blosum kodieren nur für Proteine
b. Blosum 0-100% je höcher desto mehr Verwandtschaft
besteht
c. PAM je größer die Zahl, desto weiter entfernt
verwandt