Blok A Flashcards
Gibbs fri energi, definition
Mængden af energi til stede under en reaktion ved konstant tryk og temperatur
Gibbs fri energi, formel
ΔG = ΔH - TΔS eller ΔG = -RTln(K)
ΔG < 0
Reaktionen frigiver energi, exergon og spontan reaktion.
ΔG > 0
Reaktionen kræver energi. Endergon. Skal kobles til en exergon reaktion for at kunne ske.
ΔG = 0
Systemet er i ligevægt
Entropi, definition
Entropi (S) er uorden i et system. Desto større uorden desto større entropi,
ΔS<0
Hvis ΔS er mindre end 0 betyder det at ordnen øges i systemet mens reaktionen foregår. Det vil sige at vi går fra en uordnet til en ordnet tilstand, hvor produkterne er mere komplekse og ordnede end reaktanterne.
ΔS>0
Hvis ΔS er større end 0 betyder det at uordnene øges med reaktionen. Det vil sige at vi går fra en ordnet til uordnet tilstand, og reaktanterne da var mere komplekse end produkterne.
Metabolisme
Summen af kemiske processer i cellen, dvs. energiomsætningen i systemet.
Indebærer katabolisme og anabolisme
Katabolisme
Nedbryder molekyler, frigiver energi
Anabolisme
Opbygger molekyler, dvs. binder (optager) energi
Van der Waal
hydrofobe og londonkræfter. Mellem inducerede dipoler.
Uspecifik binding mellem atom og molekyler.
svage og kortrækkende, additive og derfor vigtige for interaktioner og proteinstabilitet.
Svovlbroer
Binding mellem cysteinrester som deler elektronpar
Hydrogenbinding
Interaktion mellem permamente dipoler. Dvs. dipol-dipol vekselvirkning.
Er en svag binding, brydes og dannes nemt - gør dem gode ved funktionelle molekyler.
Ionbinding/saltbro
Binding mellem ladninger. Langtrækkende. Opstår pga. ladningsforskelle.
Proteinfoldning medfører?
fald i entropi, idet det bliver mere ordnet.
Intermolekylære kræfter
Mellem molekylerne (proteiner)
Intramolekylære kræfter
i molekylerne, i et protein
Primær struktur
Aminosyresekvens
Sekundær struktur
Bestemte foldede og stabile områder af polypeptidkæden. F.eks. alphahelix, beta-sheet, turns og loops
Alphahelix specs
i + 4, dvs. hydrogenbinding ml. hver 4. aminosyre
omdrejning = 5,4 Å, indeholder 3,6 AA.
Coiled coil
Samling af alpha-helixer, viklet om hinanden.
Tertiær struktur
Tredimensionel foldning af et protein bestående af en polypeptidkæde, og skabes af de sekundære strukturer der forekommer heri. Skabes af de intermolekylære kræfter mellem aminosyrernes sidekæder.
Kvarternær struktur
Den overordnede struktur, multimere sammensætning af subunits. Arrangering af tertiære strukturer danner en funktionel enhed. Kan indeholder ikke-proteine komponenter, bl.a. jern.
Domæne
Selvstændigt foldet del af en proteinsekvens, har en funktion.
Subunit
En polypeptidkæde i et protein bestående af flere polypeptidkæder.
Allosterisk regulering
Noget binder tili proteinet og medfører en ændring i strukturen et andet sted på proteiner. Kan enten aktivere eller inaktivere enzymet.
PTM’er formål:
Regulere enzymatisk funktion, ved at påsætte biokemisk funktionelle grupper
N-glykosylering
I ER. På Asparagin
O-glykosylering
I golgi. Sjælden glykosylering på serin eller threonin. På O.
Phosphorylering
Hyppigste modifkation. Proteinkinase påsætter phosphat på OH-gruppe dvs. i serin, threonin, tyr.
Acetylering
Addition af acetyl, sker på Lys
Methylering
Methylgruppe sættes på Lys eller Arg
Cryo-EM, formål
Bestemme 3D struktur
NMR
bestemmer 3D struktur på dynamisk protein
Røntgenstruktur
Aflæser 3D proteinstruktur på krystalliseret protein.
Massespektrometri
bruges til at bestemme aminosyresammensætning, molekylmasse, molekylvægt og PTMer.
Antigen
Protein som udløser immunrespons
Antistof
kroppens forsvar mod antigener
Monoklonalt antistof
En B-lymfocyt inficeres med et antigen => dannelse af antistof. Monoklonalt fordi kun et genom.
Polyklonalt antistof
Lavet ud fra flere forskellige immunceller, så de er rettet mod forskellige epitoper på antigenet. Dette giver kraftigere men mindre specifik respons
Flippase
I golgis membran. Katalyserer diffusion af membranproteiner fra ydre til indre leaflet. Bruger ATP
Floppase
golgis membran. Katalyserer diffusion af membranproteiner fra indre til ydre leaflet. ATP.
Scramblase
Transportprotein som fordeler nysyntetiserede membranlipider tilfældigt i ERs membran. Bruger ikke ATP, aktiveres af stigning i [Ca2+]
Lateral diffusion
Diffusion af proteiner og lipider i samme leaflet. hurtigt og frit.
Lipidmolekyle undergår fleksion, hvad sker der?
Lipidmolekylets hale kontraherer.
Osmolaritet
Den totale koncentration af opløst stof (solutkoncentration).
Hyperton opløsning
Højere osmolaritet ind intracellulærvæsken => vandtransport fra cellen og ud, så den skrumper
Hypoton
Lavere osmolaritet i intracellulærvæsken => vandtransport ind i cellen => cellen svulmer
konduktans, G
En membrans permeabilitet for forskellige molekyler
Membranpotentialet (vm)
Ladningsforskelle over membranen, afhænger af konduktansen og ligevægtspotentialet for de forskellige ioner. Det samlede vægtede gennemsnit af de permeable ioners ligevægtspotentiale.
Ligevægtspotentialet, E
Er den potentielle elektriske forskel, hvor der ingen nettostrømning er af den enkelte ion over en membran. Udregnes med nernst
Nernst ligning
Veq = (61,5/z) - log (Co/Ci)
