Biologische herkenningselementen

Question 1

Opbouw proteïne structuur

Answer 1

• primaire structuur
  
  • = biopolymeren die bestaan uit een ketting van aminozuren residu’s
  • met peptide bindingen = via aminogroep & carboxylgroep
• Secondaire structuur
  
  • regio’s met herhalende conformaties vormen dmv H-bindingen
  • = b-sheets & alpha helic
• tertiare structuur
  
  • globular unit
• quaternaire structuur
  
  • associatie van 2 of meer chains into multi subunit protein

Question 2

Wat is allosterische controle?

Answer 2

vervorming van hele subunits in een complex wordt regelmatig gebruikt om de activiteit van een enzyme te regelen. (door een specifiek molecule)

Question 3

Waar liggen de verschillend functies van proteïnen?

Answer 3

Immuun systeem

opslag en transport van moleculen (bv. myoglobine)

mechanische support ( keratine, collageen)

hormones

translatie in gen expressie (ribosomen)

Question 4

Wat zijn cofactoren? Geef de verschillende types?

Answer 4

Niet-proteïne structuren die samen met een inactief enzym een catalytisch actief complex vormen

• Metaalionen & co-enzymen

Question 5

Geef de functie en voorbeelden van Metalionen als cofactoren

Answer 5

• functie
  
  • catalytisch centrum vormen
  • vormen bridge voor de link tussen enzyme en substraat
  • stabilizerende factor
• voorbeelden
  
  • Fe²⁺, Fe³⁺
  • K⁺, Mg²⁺, Zn²⁺…

Question 6

Wat zijn coenzymes?

Answer 6

= complex organische molecules, usually vitamines of vitaminen derivaten

FAD/FADH₂

NAD(P)⁺/NAD(P)H

Coenzyme A

Question 7

leg uit: FAD/FADH₂

Answer 7

• = redox active factor oxidoreductase
• Flavoproteïnes
• Re-oxidation agent voor enzyme
• O₂= e^- acceptor

Question 8

Leg uit NAD(P)⁺/NAD(P)H

Answer 8

• Nicoteineamide-adenine denucleotide
  oplosbare cofactor
• koppelt waterstofstransport reactie met een enzym reactie
• bv. cholesterol dehydrogenase

Question 9

Wat zijn mediators?

Answer 9

• Electron transfer agents
  
  • vervangen O₂ als e^- acceptor
  • werken op een potentiaal die de effecten van andere electrochemische actieve species reduceert
• transition-metal cations
  
  • hexacyanoferrate
  • ferrovene complexen

Question 10

Wat zijn de eigenschappen van een goede mediator?

Answer 10

• snel reageren
• revisibel
• lage over-potentiaal voor regeneratie
• pH onafhankelijk
• stabiel
• niet reageren met zuurstof
• niet-toxisch

Question 11

Wat zijn de voor- en nadelen van enzymes als bio-herkenningscomponent?

Answer 11

• Voordelen
  
  • binden op substraat
  • heel selectief
  • catalytische activiteit
  • snelle actie
  • veel gebruikt
• nadlen
  
  • duur (extractie, isolatie, zuivering)
  • verlies aan activiteit als ze geimmobiliseerd w.
  • verlies aan activiteit op korte periode

Question 12

NAD+ + H+ + 2e-

Answer 12

NADH

Question 13

NADH <=>

Answer 13

<=> NAD⁺ + H⁺ + 2e^- <=>

Question 14

Wat is het verschil tussen aangeboren en verworven immuniteit?

Answer 14

• aangeboren
  
  • beschermt individu op korte termijn
  • bv huid, hoesten, koorst
• verworven
  
  • gespialiseerder
  • ° uit contact met indringer

Question 15

What are the requirements for immunogenicity?

Answer 15

foreigness

high molecular weight

chemical complexity

degradability

Question 16

Major classes of antigenic compounds?

Answer 16

Proteins

polusaccharides (bloodgroep)

glycoproteine

nucleoproteine

glycolipides

Question 18

Wat is een antibody?

Answer 18

• anti-antigen
• glycoproteine genaamd immunoglobulins (Ig)
• geproduceerd door witte bloed cellen (lymphocieten)
• 5 verschillende klassen (IgG, IgM, IgA, IgE, IgD)

Question 19

hoe worden Ab geproduceerd?

Answer 19

• polyclonaal antiserum
  
  • mix van Ab’s voor de versch^e epitopen van Ag
• monoclonale Ab

Question 20

Wat is “proteolytic cleavage”?

Answer 20

Het knippen van Ab in kleinere stukjes F(ab)2 en FC

Question 21

Hoe kunnen Ag of Ab gelabbeld worden?

Answer 21

• Radio-isotopen
• Enzymes
• Fluorescente probes
• Chemiluminiscente probes
• Metal tags
• DNA barcodes

Question 22

Wat zijn de voor- en nadelen van Ab als biologisch herkennings component?

Answer 22

• Voordelen
  
  • Ultra-gevoelig
  • heel selectief
  • sterke binding
  • continu culteren van clones
  • long lifetime of producing cells
• nadelen
  
  • start bij dier
  • limeted therapeutic use ( mouse/rat)
  • expensive
  • complex production
  • limited shelf life

Question 23

Leg uit: Nucleine zuren of gen probes.

Answer 23

• Bestaan uit 15-1000 nucleotides
• Herkenning ~ de formatie van stabiele H-bindingen
• applicaties
  
  • DNA chips
  • Examin genetics
  • detection of diseases

Question 24

Wat zijn aptameren?

Answer 24

oligonucleotide sequenties met de capaciteit om bijna alle klassen van target molecules te herkennen en dit met grote affiniteit en specificiteit.

Question 25

leg uit: SELEX procedure.

Answer 25

= aptamer identification process

• random sequence library = incubated met targeet
• small fraction of seq interacts with target
• separate these. (nitrocellulose filter, solid support, CE)
• PCR op sequentie
• herhaling procedure.

Question 26

hoe aptameren gaan detecteren?

Answer 26

• Electrochemische detectie
  
  • Aptameren zijn polyanionisch
• aptameer gebasseerde sandwich assay
  
  • gebruik van secondair gelabelb NA sequentie
• molecular beacons
• ligand beacons

Question 27

Wat zijn de voor- en nadelen van werken met aptameren?

Answer 27

Nadelen

• ongekend principe van interactie
• lower affinity

Voordelen

• onafh. van dieren
• ook voor toxines
• chemische productie, hoge accuraatheid en reproductie
• attacheren van reporters
• lange tijd stabiel
• reversiebele denaturatie