Biokemi og mikrobiologi

Question 1

Mitochodria

Ch1

Answer 1

Powerhouse of the cell - generates most of the chemical energy needed to power the cell’s biochemical reactions

Question 2

ATP

Answer 2

Adenosine triphosphate (ATP) is the source of energy for use and storage at the cellular level.

Question 3

Forklar fermentation

Ch14

Answer 3

• En proces der ikke skal bruge eksterne elektron acceptorer
• ATP er genereret ved substrat-level phosphorylation
• Flere metabolitter ved fermentations produkter

Metabolit er intermediat eller et slutprodukt i en organismes stofskifte

Question 4

Forklar respiration

Ch 14

Answer 4

Respiration er en grundlæggende biologisk proces, der foregår i levende organismer for at omdanne energi fra mad til en form, som cellerne kan bruge. Denne proces kan opdeles i to hovedtyper: ydre (eller ekstern) respiration og indre (eller cellulær) respiration.

Question 5

Næringsstoffer til dyrkning af mikroorganismer opdeles normalt i hvilke grupper?

Answer 5

Mikro- og makronæringsstoffer

Question 6

Hvad står forkortelsen NAD for i biokemi?

Answer 6

Nicotinamid adenine dinucleotide

Dette er et coenzym

Question 7

Hvad er et coenzym?

Answer 7

Et coenzym er et organisk molekyle, der fungerer som en hjælpefaktor for enzymer under biokemiske reaktioner. Coenzymer binder sig midlertidigt til enzymet og deltager i reaktionen ved at bære kemiske grupper mellem forskellige molekyler.

Question 8

Enzymers aktivitet kan analyseres vha. ?

Answer 8

Michaelis-Menten kinetik

Question 9

Citroncyrecluks (citric acid cycle) kaldes også for?

Answer 9

Kreb’s cycklus

Question 10

I redoxreaktioner indgår der altid stoffer som er…

Answer 10

Elektron-doner og -acceptor

Question 11

Hvilket af følgende molekyler inderholder mest energi?
* GDP
* ADP
* AMP
* ATP

Answer 11

Det er ATP

Question 12

Hvor mange hydrogenbindinger er der i en adenin-thymin (A-T) base-parring?

Answer 12

Der er 2

Question 13

Elektrontransportkæden (electron transport chain) er vigtig for?

Answer 13

Dannelsen af ATP

Question 14

I hvilken retning syntesiseres DNA når det kopieres?

Answer 14

fra 5’-enden til 3’ -enden

Question 15

Hvad har DNA polymerasen brug for i starten af DNA syntesen?

Answer 15

En RNA primer

Question 16

Hvad bruger man agar-plader til?

Answer 16

At dyrke mikroorganismer

Question 17

Hvad katalyserer DNA Gyrase (Type II topoisomerase) ?

Answer 17

Supercoiling af DNA

Question 18

I bakterier starter proteinsyntesen med?

Answer 18

N-formyl-methionine

Question 19

Bindingstederne for tRNA på ribosomet hedder?

Answer 19

A, P og E

A-site (aminosyre-site), P-site (peptidyl-site) og E-site (exit-site)

Question 20

Hvilket af følgende stoffer er ikke en aminosyre?
* Cystein
* Methionin
* Lysin
* Riboflavin

Answer 20

Riboflavin

Det er en vandopløselig vitamin B-gruppe, også kendt som vitamin B2

Question 21

Processen hvor DNA kopieres kaldes for?

Answer 21

Replikation

Question 22

Mikroorganismer som vokser anaerobt og ikke kan tåle ilt kaldes?

Anaerob = proces der foregår uden ilt og organisme der kan leve uden ilt

Answer 22

Obligate anaerobe

Question 23

Ved splicing af RNA (primært transkript) fjernes de såkaldte

Answer 23

Introns

Introns er ikke-kodende sekvenser i et gen, der ikke indeholder information til proteinsyntese

Question 24

Ved transkription genkender Sigma-faktoren

Answer 24

En promoter

Promotoren er en sekvens af DNA, der fungerer som bindingssted for RNA-polymeraseenzymet under transkriptionsinitiering

Question 25

Aminosyrene i et protein er sat sammen med

Answer 25

En peptidbinding

Question 26

Følgende enzym skal bruges for at lave komplementært DNA (cDNA) fra et RNA molekyle: * Revers transkriptase * Helikase * cDNAse * RNA polymerase

Answer 26

Det er Revers transkriptase ## Footnote Reverse transkriptase er et enzym, der kan syntetisere en DNA-streng baseret på en RNA-templatesekvens

Question 27

Restriktionsenzymer genkender og kan skære i?

Answer 27

DNA ## Footnote Restriktionsenzymer genkender specifikke DNA-sekvenser, kaldet restriktionssteder eller restriktionssites, og kan skære DNA'et ved disse steder.

Question 28

Hvilke af følgende reagenser er **Ikke** nødvendig for at lave Polymerase Chain Reaction (PCR)? * DNA Polymerase * Deoxyribonukleotider * Primere * DNA ligase

Answer 28

Det er DNA ligase ## Footnote DNA-ligase er et enzym, der normalt bruges til at binde sammen to DNA-ender i DNA-rekombinationsteknikker, men det spiller ingen rolle i PCR-processen

Question 29

Hvad er et "F plasmid" en forkortelse for?

Answer 29

Fertility plasmid ## Footnote Disse er ringformede DNA-molekyler, der findes i visse bakteriestammer, især Escherichia coli (E. coli). F-plasmidet indeholder gener, der koder for proteiner, der er involveret i dannelsen af seksuel konjugation, hvilket tillader overførsel af plasmidet fra en donorbakterie til en recipientbakterie under visse betingelser

Question 30

Hvilken mikroorganisme bruges oftes til molekylær kloning?

Answer 30

E. Coli ## Footnote Dens hurtige vækst, velkarakteriserede genom og evne til at optage fremmed DNA gør den til et ideelt værtsorganisme for kloning og manipulation af gener. Derudover er der et bredt udvalg af E. coli-stammer, der er blevet modificeret til at være velegnede til specifikke applikationer inden for molekylærbiologi

Question 31

Hvilken struktur er involveret i genetiske udveksling (konjugering) mellem celler?

Answer 31

Pilus ## Footnote Dette er en lille udspringende struktur på bakteriens overflade, der tillader overførsel af DNA fra en donorbakterie til en recipientbakterie. Under konjugation dannes en midlertidig fusionskanal mellem donor- og recipientbakterier ved hjælp af pili

Question 32

Den protonmotoriske kraft (Proton motive force) kan bruges til? * Transport af molekyler ind eller ud af celler * Cellebevægelse * Dannelse af ATP * Alle tre tidligere svar

Answer 32

Det er alle tre tidligere svar

Question 33

Hvilken af følgende faser i den virale livscycklus giver værtscellespecificitet? * Vedhæftning af virus til celleoverfladen * Optagelse af virus * Syntese af virus * Frigivelse af virus

Answer 33

Vedhæftning af virus til celleoverfladen ## Footnote Denne fase indebærer, at virussen binder sig specifikt til receptorer på værtscellen, hvilket muliggør infektionen. Receptorerne, som virussen binder sig til, er specifikke for visse celletyper eller værtsorganismer, og denne interaktion bestemmer, hvilke celler eller organismer virussen kan inficere

Question 34

Hvilke af følgende processer kan **Ikke** ske på et eukaryotisk mRNA molekyle? * Capping * Polyadenylering * Splicing * Binary fission

Answer 34

Binary fission ## Footnote Binary fission er en proces, der kun forekommer i prokaryote celler, ikke i eukaryote celler. Derfor er det den eneste proces på denne liste, der ikke kan ske på et eukaryotisk mRNA-molekyle. De andre processer - capping, polyadenylering og splicing - er alle vigtige post-transkriptionelle modifikationer, der forekommer på eukaryotiske mRNA-molekyler

Question 35

Hvad er Capping?

Answer 35

Capping er tilføjelsen af en 7-methylguanosin-kappe til 5'-enden af mRNA

Question 35

Hvad er Polyadenylering?

Answer 35

Polyadenylering er tilføjelsen af en poly-A-hale til 3'-enden af mRNA

Question 36

Hvad er Splicing?

Answer 36

Splicing er fjernelsen af introns og sammensætningen af exons for at danne det modne mRNA

Question 37

Hvilke stoffer bliver forbrugt under fotosyntese (oxygenisk)

Answer 37

CO2 og H20

Question 38

Hvilket af følgende stoffer kan binde opstrømsregionen af et mRNA, der fungerer som en riboswitch, og resulterer i translationel blokering af den nedstrøms proteinkodende sekvens? * Antisense RNA * Metabolit * Peptid * RNAi

Answer 38

Metabolit ## Footnote Riboswitches er sekvenser i mRNA-molekyler, der kan binde små molekyler (som metabolitter) og ændre mRNA's struktur eller stabilitet som respons på denne binding. Når en metabolit binder til riboswitchen, kan den blokere ribosomets adgang til den nedstrøms proteinkodende sekvens, hvilket resulterer i translationel blokering eller andre ændringer i genekspressionen.

Question 39

Hvilket udsagn om virus er rigtigt? * En virus er en bakterie * En virus har ribosomer * En virus indeholder DNA eller RNA * En virus er en eukaryot

Answer 39

En virus indeholder DNA eller RNA ## Footnote Virus er ikke bakterier, da de er intracellulære parasitter, der kan inficere både bakterier, eukaryoter og nogle gange også arkæer. Virus har ikke deres egne ribosomer, de udnytter værtscellens ribosomer til proteinsyntese under infektion. Virus er heller ikke eukaryoter; de er meget simplere organismer, der ikke har nogen strukturer eller organeller, som kendetegner eukaryote celler

Question 40

Hvilken taksonomisk gruppe af mikroorganismer er primært ansvarlig for Jordens iltning?

Answer 40

Cyanobakterier ## Footnote Disse organismer er fotosyntetiske bakterier, der kan udføre oxygenic fotosyntese, hvilket betyder, at de producerer ilt som et biprodukt af deres fotosyntetiske aktivitet

Question 41

Hvilket udsagn er forkert? En bakterie har... * Ribosomer * En cellevæg * En eller to cellemembraner * En kerne

Answer 41

En kerne ## Footnote Bakterier er prokaryote organismer, hvilket betyder, at de ikke har en kerne. I stedet har de en enkelt cirkulær DNA-streng, der flyder frit i cellen og er placeret i et område kaldet nucleoid

Question 42

Hvilken kontrolmekanisme er ansvarlig for, at *Escherichia Coli* bruger glukose som kulstofsubstrat og **Ikke** inducerer andre pathways? * Catabolite induction * Catabolite repression * Signal transduction * Stringent respons

Answer 42

Catabolite repression ## Footnote Catabolite repression er en proces, hvor tilstedeværelsen af et let fordøjeligt kulstofkilde, som glukose, hæmmer ekspressionen af gener involveret i metabolismen af andre kulstofkilder.

Question 43

I *E. Coli* findes generne for udnyttelse af maltose forskellige steder i kromosomet, men de aktiveres af det samme maltoseaktivatorprotein, hvilket er et eksempel på en/et...? * Operon * Regulon * Riboswitch * To-komponentsystem

Answer 43

Regulon ## Footnote En regulon består af flere operoner, der er koordineret af et fælles regulatorisk protein eller et sæt af regulatoriske proteiner. I dette tilfælde aktiveres generne for maltoseudnyttelse forskellige steder i kromosomet af det samme maltoseaktivatorprotein, hvilket betyder, at de er del af en regulon, hvor de koordineres af dette regulatoriske protein.

Question 44

Hvilken gruppe er IKKE et domæne i livets træ (Tree of life)? * Virus * Bakterier * Arkæer (Archaea) * Svampe

Answer 44

Virus

Question 45

Hvad bruger bakterier en flagel til?

Answer 45

Bevægelse

Question 46

Hvilken type mekanisme er **Ikke** kendt for at give antibiotikaresistens? * Ændring af målet for lægemidlet (drug target) * Fjernelse af cellen via efflux-pumpe * Forstyrrelse af membranstrukuren * Enzymatisk inaktivering

Answer 46

Forstyrrelse af membranstrukuren ## Footnote Antibiotikaresistensmekanismer omfatter normalt ændringer i målet for lægemidlet (f.eks. mutationer i gener, der koder for målproteiner), fjernelse af lægemidlet via efflux-pumper, og enzymatisk inaktivering af antibiotika. Forstyrrelse af membranstrukturen er ikke en almindelig mekanisme for antibiotikaresistens.

Question 47

Hvad er cellemembraner primært opbygget af?

Answer 47

Phosphorlipider ## Footnote Fosfolipider består af en hydrofobisk (vandafvisende) hale og en hydrofil (vandelskende) hovedgruppe. Disse molekyler arrangerer sig i en dobbelt lagstruktur kaldet lipidbilaget, hvor de hydrofobe haler vender indad mod hinanden, mens de hydrofile hovedgrupper vender udad mod vandige miljøer

Question 48

Hvilken type organismer er svampe?

Answer 48

Eukaryoter ## Footnote Svampe er en mangfoldig gruppe af organismer, der omfatter alt fra enkle encellede former som gær til komplekse flercellede organismer som skimmelsvampe og svampe. Svampe er heterotrofe organismer, hvilket betyder, at de ikke kan udføre fotosyntese og derfor skal erhverve deres næring fra andre organismer, dødt organisk materiale eller organiske forbindelser i miljøet.

Question 49

Lipopolysaccharider (endotoksiner) findes hvor i en bakterie? * Cellekernen i eukaryoter * Golgi apparatet i eukaryoter * Cellevæggen i gram positive bakterier * Den ydre cellemembran i gram negative bakterier

Answer 49

Den ydre cellemembran i gram negative bakterier ## Footnote Lipopolysaccharider (endotoksiner) findes i den ydre cellemembran i gramnegative bakterier. Disse molekyler udgør en vigtig del af cellevæggen hos gramnegative bakterier og bidrager til deres struktur og funktion. Lipopolysaccharider kan udløse en immunrespons hos værten og spille en rolle i patogenicitet.

Question 50

Hvilken af følgende mikroorganismer er kendetegnet ved at have to fotosystemer, som arbejder sammen i strømmen af elektroner? * Anoxygene fototrofe * Grønne svovlbakterier * Cyanobakterier * Røde svovlbakterier

Answer 50

Cyanobakterier ## Footnote Cyanobakterier gennemgår oxygenlig fotosyntese, hvor de bruger vand som elektronkilde, frigiver oxygen som biprodukt, og bruger lysenergi til at generere kemisk energi i form af ATP og NADPH gennem de to fotosystemer, fotosystem I og fotosystem II. Denne proces adskiller cyanobakterier fra andre fotosyntetiske mikroorganismer, der muligvis kun har et enkelt fotosystem.

Question 51

De **første** selvreplikernede systemer jorden indeholdt sandsynligvis hvilken type molekyle som central komponent? * Polysakkarid * RNA * DNA * Protein

Answer 51

RNA ## Footnote RNA kan tjene både som informationsmolekyle og som katalytisk molekyle, hvilket gør det til en potentiel kandidat til den første form for genetisk materiale.

Question 52

Hvilket par af stoffer var formodentligt elektrondoner og elektronacceptor i de første mikroorganismer på Jorden? * NADH / O2 * NADH / Fumarate * NO2- / O2 * H2 / S0

Answer 52

H2 / S0 ## Footnote Det formodede par af stoffer, der fungerede som elektrondonor og elektronacceptor i de første mikroorganismer på Jorden, er H2 (molekylært hydrogen) som elektrondonor og S0 (elementært svovl) som elektronacceptor. Disse stoffer repræsenterer en mulig tidlig form for anaerob metabolisk proces, hvor mikroorganismer brugte hydrogen som en energikilde og svovl som en terminal elektronacceptor. Dette er en type metabolisme, der stadig findes i dag i nogle bakterier, kendt som sulfatreduktion

Question 53

Hvilken organisme er typisk størst? * Gram negative bakterier * Gram positive bakterier * Archaea * Eukaryoter

Answer 53

Eukaryoter ## Footnote Eukaryoter er en bred gruppe af organismer, der omfatter planter, dyr, svampe og protister. Disse organismer har komplekse celler med en kerne og organeller, og de kan variere betydeligt i størrelse, fra mikroskopiske encellede organismer som gær til store flercellede organismer som træer og hvaler. Gramnegative og grampositive bakterier samt archaea er mikroorganismer, der normalt er meget mindre end eukaryoter.

Question 54

Hvilken organisme mener man at mitokondrier oprindeligt har været? * En bakterie * En archaea * En svamp * En virus

Answer 54

En bakterie ## Footnote Man mener, at mitokondrier oprindeligt har været en bakterie. Denne teori, kendt som endosymbiontteorien, antyder, at mitokondrier stammer fra en endosymbiotisk forening mellem en tidligere fri levende aerob bakterie, sandsynligvis beslægtet med moderne alfa-proteobakterier, og en forfader til eukaryote celler. Ifølge denne teori blev den aerobe bakterie internaliseret af en primitiv eukaryot celle, hvor den etablerede en symbiotisk relation, der senere udviklede sig til det moderne mitokondrie, som er ansvarligt for energiproduktionen i eukaryote celler.

Question 55

Hvor mange cellemembraner har en gram **positiv** bakterie? * 0 * 1 * 2 * 3

Answer 55

1 ## Footnote En grampositiv bakterie har én cellemembran. Grampositive bakterier har en enkelt cellevæg bestående primært af et tykt lag af peptidoglycan og andre molekyler, men de mangler den ydre membran, som findes hos gramnegative bakterier.

Question 56

Hvor mange cellemembraner har en gram **negativ** bakterie? * 0 * 1 * 2 * 3

Answer 56

2 ## Footnote En gramnegativ bakterie har to cellemembraner. De består af en indre cellemembran og en ydre cellemembran, som er adskilt af et periplasmisk rum. Den ydre membran indeholder lipopolysaccharider (LPS), mens den indre membran er rig på fosfolipider. Så svaret er 2 cellemembraner.

Question 57

Hvilken af følgende udsagn er **ikke** en årsag til at rRNA-gener kan bruges til at udlede evolutionære forhold ved fylogenetisk analyse? * rRNA-gener findes i alle organismer * rRNA-gener har samme funktion i alle organismer * rRNA-gener har meget variable sekvenser og ændrer sig hurtigt * rRNA-gener har tilstrækkelig længde til at være signifikante

Answer 57

rRNA-gener har samme funktion i alle organismer ## Footnote Selvom rRNA-generne er konservative i mange organismer og har tilstrækkelig længde til at give signifikant information om evolutionære forhold, er det forkert at sige, at de har samme funktion i alle organismer. rRNA fungerer generelt som en strukturel og funktionel komponent af ribosomer, der er ansvarlige for proteinsyntesen. Mens deres grundlæggende funktion er ens, kan der dog være variationer i rRNA-genernes sekvenser og strukturer, afhængigt af organismens evolutionære historie og krav til miljøet.

Question 58

Funktionelle træk kan deles mellem divergerende mikroorganismer på grund af? * Tab af gener * Konvergent evolution * Horisontal genoverførsel * Alle de foregående svar

Answer 58

Alle de foregående svar ## Footnote **Tab af gener:** Divergerende mikroorganismer kan udvikle forskellige funktionelle træk som følge af tab af gener, hvor visse gener går tabt i en stamme, men bevares i en anden, hvilket fører til forskelle i funktionelle egenskaber. **Konvergent evolution:** Mikroorganismer, der er udsat for lignende miljømæssige pres, kan udvikle lignende funktionelle træk uafhængigt af hinanden. Dette kaldes konvergent evolution og fører til lignende funktionelle egenskaber i forskellige organismer, selvom de ikke er nært beslægtede. **Horisontal genoverførsel:** Horisontal genoverførsel, hvor gener overføres mellem forskellige organismer på tværs af arter eller taxa, kan også føre til deling af funktionelle træk mellem divergerende mikroorganismer. Denne proces tillader udveksling af genetisk materiale og kan resultere i erhvervelse af nye funktioner eller egenskaber.

Question 59

Hvilken type kulstof-kilde bruger autotrofe organismer? * Sukker * Aminosyrer * CO2 * Fedtsyrer

Answer 59

CO2

Question 60

Enzymer katalyserer reaktioner ved at sænke deres: * Ligevægt * Ledningsevne * Reaktionshastighed * Aktiveringsenergi

Answer 60

Aktiveringsenergi ## Footnote Aktiveringsenergi er den energi, der kræves for at starte en kemisk reaktion ved at overvinde energihindringerne for reaktionen. Enzymer virker ved at binde til substrater og danne et overgangskompleks, hvilket reducerer den mængde energi, der kræves for at nå den overgangstilstand, hvor reaktionen kan forekomme. Dette sænker den aktiveringsenergi, der kræves for reaktionen, hvilket resulterer i en øget reaktionshastighed.

Question 61

Hvilken co-factor bruges som reduktionsmiddel (elektron doner) i mange biologiske reduktion-oxidation reaktioner (redoc reaktioner) * ATP * Ribose * H2O2 * NADH

Answer 61

NADH ## Footnote NADH (nicotinamid-adenin-dinukleotid). NADH fungerer som en bærer af elektroner, der kan overføres til andre molekyler under reduktionsreaktioner. Det er en nøglekomponent i cellens energiproduktion, idet det genereres under glykolyse, citronsyrecyklus og oxidativ fosforylering, og det spiller en vigtig rolle i overførslen af elektroner fra substrater til den elektrontransportkæde i mitochondrierne.

Question 62

Hvad kaldes processen hvor DNA-sekvensen i et gen oversættes til et RNA molekyle? * Transkription * Replikation * Rekombination * Translation

Answer 62

Transkription ## Footnote Transkription er den første af to hovedprocesser i proteinsyntesen og involverer syntesen af mRNA (messenger RNA) ved at kopiere en DNA-sekvens. Translation er den proces, hvor mRNA-molekylet oversættes til en sekvens af aminosyrer under proteinsyntesen. Replikation er processen med at kopiere hele DNA-molekylet før celledeling, mens rekombination involverer udveksling af genetisk materiale mellem to DNA-molekyler.

Question 63

Hvilket enzym kan kopiere DNA? * Helicase * RNA polymerase * DNA gyrase * DNA polymerase

Answer 63

DNA polymerase ## Footnote DNA polymerase er ansvarlig for at syntetisere en ny DNA-streng ved at tilføje nukleotider til en voksende DNA-kæde under processen med DNA-replikation. Helicase er ansvarlig for at adskille de to strenge af DNA under replikation, RNA polymerase syntetiserer RNA ved transkription af DNA-templatesekvensen, og DNA gyrase er involveret i DNA-opløsning og supercoiling.

Question 64

Hvilken af følgende type molekyler (målt i ligevægt) er der mest af i en celle? * DNA * Protein * Polysakkarider * Lipider

Answer 64

Protein ## Footnote Protein udgør en betydelig del af cellens tørmasse og udfører en lang række funktioner, såsom struktur, katalyse af kemiske reaktioner, transport af molekyler, og regulering af cellulære processer. Mens DNA er vigtigt for at opretholde cellens genetiske information og styring af cellulære processer, udgør det normalt en mindre del af cellens tørmasse end proteiner. Polysakkarider (såsom glykogen og cellulose) og lipider (såsom fosfolipider, triglycerider) spiller også vigtige roller, men de er normalt i mindre mængder end proteiner i en celle.

Question 65

Hvad kaldes organismer som har den optimale vækst ved lave temperaturer (under ca. 10 C)? * Superphiles * Psychrophiles * Mesophile * Neutrophiles

Answer 65

Psychrophiles ## Footnote Disse mikroorganismer er tilpasset til at trives i kolde miljøer og kan have en optimal væksttemperatur så lav som -15 °C. De er almindelige i polare og subpolare regioner, samt i dybhavet og isfrie regioner af havene.

Question 66

Hvor mange forskellige klasser (classes) af enzymer findes der? * 2 * 12 * 6 * 320

Answer 66

6 ## Footnote Der findes 6 forskellige klasser af enzymer, også kendt som enzymklassifikation ifølge Enzyme Commission (EC). Enzyme Commission (EC) er en international organisation, der klassificerer enzymer ud fra de reaktioner, de katalyserer, og tildeler dem et EC-nummer baseret på deres aktiviteter. De seks hovedklasser er: 1. Oxidoreductaser 2. Transferaser 3. Hydrolaser 4. Lyaser 5. Isomeraser 6. Ligaser

Question 67

Hvad er et kodon (codon)? * En del af et ribosomalt RNA, som koder for fosforlipider * Et molekyle, som bliver oxideret i DNA syntesen * En sekvens af 3 nitrogenbaser, som koder for en aminosyre * Det område på et tRNA molekyle, som kan binde en aminosyre

Answer 67

En sekvens af 3 nitrogenbaser, som koder for en aminosyre ## Footnote Et kodon (codon) er en sekvens af tre nitrogenbaser i mRNA, som koder for en specifik aminosyre under proteinsyntesen. Hvert kodon korresponderer med en bestemt aminosyre eller en stop-kodon, der markerer afslutningen på proteinsyntesen. Kodoner er den genetiske kode, der oversætter DNA- eller mRNA-sekvenser til specifikke aminosyrer under translationen.

Question 68

Mikroorganismers vækst i en "batch" kultur opdeles i forskellige faser. Hvilken af følgende faser er **ikke** en fase i en "batch" kultur? * Eksponentielle fase * Stationære fase * Linære fase * Dødsfase

Answer 68

Linære fase ## Footnote I en typisk "batch" kultur opstår vækstkurven normalt i følgende faser: 1. Eksponentiel fase: En hurtig vækstfase, hvor mikroorganismerne vokser eksponentielt. 2. Stationær fase: En fase, hvor væksten stopper, og antallet af levedygtige mikroorganismer forbliver konstant, ofte på grund af udtømning af næringsstoffer eller ophobning af toksiske metabolitter. 3. Dødsfase: En fase, hvor antallet af levedygtige mikroorganismer begynder at falde, normalt på grund af ugunstige miljøforhold eller udtømning af ressourcer. "Lineær fase" er ikke en typisk fase i vækstkurven og nævnes normalt ikke i forbindelse med vækstkurven for en "batch" kultur.

Question 69

Hvilken af følgende baseparringer er korrekt? * A-C * A-T * G-T * T-C

Answer 69

A-T

Question 70

I reguleringen af et gens ekspression er en "co-repressor"? * Et lille molekyle der binder et repressor protein der så slukker for genets ekspression * Et protein der inhiberer gen ekspression * Et RNA mokekyle der blokerer for translation * Et stykke af DNA'et hvortil en repressor binder

Answer 70

Et lille molekyle der binder et repressor protein der så slukker for genets ekspression ## Footnote Når repressoren binder til operatoren, forhindrer den RNA-polymerase i at binde til promotoren og starte transkriptionen, hvilket resulterer i nedsat eller slukket genekspression.

Question 71

Hvad er en operon? * Et protein der aktiverer et gens ekspression * En samling gener under fælles gen regulering * En del af RNA'et vortil ribosomet binder * Et stykke DNA der binder RNA polymerase

Answer 71

En samling gener under fælles gen regulering ## Footnote En operon er en samling af gener, der findes på samme strækning af DNA og er under fælles genregulering. Disse gener består typisk af en strukturel gen, der koder for et protein, samt regulatoriske elementer, såsom en operatør og en promotor. Operatøren er et stykke DNA-sekvens, hvor en repressor eller en aktivator kan binde for at regulere transkriptionen af de tilknyttede gener. Promotoren er stedet, hvor RNA-polymerase binder for at starte transkriptionen af de tilknyttede gener

Question 72

Hvad er respons regulatorens rolle i signal transduction? * At blive phosphoryleret af sensor kinasen og derefter påvirke cellen fx. via genregulering * At registrere eksterne signaler og derefter phosphorylere senor kinasen * At methylere sensorkinasen så dens sensitivitet æændres * At dephosphorylere proteiner således at tranductionen nulstilles

Answer 72

At blive phosphoryleret af sensor kinasen og derefter påvirke cellen fx. via genregulering ## Footnote Responseregulatoren spiller typisk en rolle i signaltransduktion ved at blive phosphoryleret af sensor kinase og derefter påvirke cellen, fx via genregulering. Her er forklaringen på denne proces: 1. Sensor kinasen registrerer et eksternt signal, som f.eks. tilstedeværelsen af et bestemt stof eller ændringer i miljøforholdene. 2. Sensor kinasen bliver derefter aktiveret og phosphorylerer responseregulatoren. 3. Den phosphorylerede responseregulator fungerer derefter som en transkriptionsfaktor, der kan binde til DNA og regulere ekspressionen af gener, der er involveret i responsen på det eksterne signal.

Question 73

# F1 Hvad består en prokaryot celle af?

Answer 73

* Celle væg * Cytoplasmatisk membran * Nukleotid * Cytoplasma * Plasmid * Ribosomer ## Footnote Prokaryote celle kan være bakterier eller archaea

Question 74

# F1 Hvad består en eukaryot af?

Answer 74

- Cellevæg (dog ikke alle der har det) - Cytoplasmatisk membran - Nuklear membran - Nukleus = Cellekerne - Ribosomer - endoplasmatisk reticulum - cytoplasma - Golgi compleks - Organeller ## Footnote Organeller er enheder inde i cellen som kan noget specielt. Mennesker og svampe er eukaryoter - mest simpel eukayote er en gær-celle

Question 75

# F1 Nævn egenskaber som alle celler har

Answer 75

- **Struktur** = Alle celler har en cytoplasmisk membran, et cytoplasma, et genome lavet af DNA og ribosomer - **Metabolisme** = Har kodet DNA til at lave RNA og protein. Alle celler optager næringsstoffer, omdanner dem, holder på energien og smider rester ud. - **Vækst** = information fra DNA bliver konverteret til protein som laver arbejde. Proteiner bruges til at omdanne næringsstoffer fra omgivelserne til nye celler - **Evolution** = Mutationer i DNA kan give nye celler med nye egenskaber. Det er sådan det fylogenetiske træ udvikles ## Footnote Virus har ikke ribosomer = den er ikke ”levende” Det fylogenetiske træ er ligesom livets træ bare for celler. Der var en stamcelle som splittede til to osv

Question 76

# F1 Hvad siger er S/V ratio om en celle? ## Footnote S/V = Surface to Volume

Answer 76

* Små celler har større overflade areal i forhold til celle volumen og har derfor større S/V ratio end større celler. * Når celle størrelse forøges så mindskes S/V ratioen * S/V ratioen siger noget om vækstrate og form på cellen. Når celle-størrelsen mindskes vil S/V ratioen forøges og det betyder at små celler kan udveksle nærringstoffer of affald hurtigere end større celler - det gør at små celler er mere effektive. ## Footnote S/V = Surface to Volume

Question 77

# F1 Hvad findes der er af celle-morphologier? ## Footnote Her skal der forståes: Hvordan kan cellerne se ud

Answer 77

- Coccus (Kugler) - Rod (Stænger) - Spririllum (Buede stænger) - Spirochete ( bølgede stænger) - Budding and appendaged (liger balloner) - Filamentous (små strenge - ”filament”) ## Footnote Se evt slide 20 i forelæsning 1 for visuel hjælp

Question 78

# F1 Hvad betyder LUCA? ## Footnote I forhold til mikrobiel evolution

Answer 78

Last Universal Common Ancestor ## Footnote Den seneste organisme som alle nulevende organismer på jorden nedstammer fra. Hermed er den sidste fælles forfader den mest sene fælles forfader af alt nulevende liv på jorden

Question 79

# F1 Hvad betyder det når man taler ’hvid-’, ’rød-’, ’grøn-’ og ’blå bioteknologi’?

Answer 79

Hvid bioteknologi = Industrielle processor (fermentering og enzym reaktioner) Rød bioteknologi = Medicinsk proces Grøn bioteknologi = landbrugs proces (modificere afgrøder) Blå bioteknologi = Marine og undervandsprocesser

Question 80

# F2 Hvad er biomolekyler overordnet?

Answer 80

Små organiske molekyler (primære og sekundære metabolitter) og macromolekyler (fx proteiner, nukleinsyrer, polysakkarider, lipider) som produceres af organismer.

Question 81

# F2 Forklar metabolitter, både sekundære og primære

Answer 81

Metabolitter er intermediater/produkter i en metabolsk reaktion Primære metabolitter kræves for at organismen kan vokse fx aminosyrer Sekundære produceres og kræves under bestemte betingelser for overlevelse, fx hvis den udsættes for stress.

Question 82

# F2 Hvad er macromolekyler

Answer 82

Det er polymere, så det består af repeterbare enheder. Fx er et protein (polypeptid) sammensat af en række aminosyrer og DNA er sammensat af nukleotider

Question 83

# F2 Forklar kovalente bindinger, hydrogenbindinger, van der waals kræfter, ionbindinger og hydrofobisk interaktion

Answer 83

Kovalent: stærk binding hvor elektroner deles mellem atomer. Hydrogenbinding: svag binding som dannes mellem hydrogen og mere elektronegative atomer Van der Waals: svage kræfter som opstår når atomer er tæt sammen Ionbindinger: svage interaktioner i vandige opløsninger som er pH afhængige Hydrofobiske interaktioner: når ikke-polære molekyler interagerer tæt i polært miljø.

Question 84

# F2 Hvad er forskellen mellem polære og upolære egenskaber

Answer 84

Polære har ofte en permanent dipol, de er hydrofile og opløses i vand, hvorimod upolære er hydrofobe.

Question 85

# F2 Hvor stor andel af tørvægten i en celle består af macromolekyler, og hvilken del er der mest af?

Answer 85

95% er macromolekyler, hvor størstedelen er protein (55%). | Der er mindst DNA (3.1%) og næstmest RNA (20.5%)

Question 86

# F2 Hvad er nukleinsyre og hvad består de af

Answer 86

Det er RNA og DNA, der er langt mere RNA end DNA i cellen vægtmæssigt. Nukleinsyrer består af nukleotider

Question 87

# F2 Forklar lipider, tegn evt overordnet struktur

Answer 87

Polære, de har en hydrofil og en hydrofob ende. Fungerer som membrane backbones og som opbevaring af energi. ## Footnote Se slide 29-30 i powerpoint 2 for tegning af simple og complexe lipider

Question 88

# F2 Aminosyrer har chirale centre, så de har to stereoisomerer. Er det D eller L aminosyrer som organismer anvender?

Answer 88

Det er L ## Footnote Huskeregel: L=Life

Question 89

# F2 Hvor mange aminosyrer koder DNA for?

Answer 89

20 (22) ## Footnote De sidste to (fra 20 til 22) er specielle og opfører sig ikke som de andre, derfor har han dem i parentes.

Question 90

# F2 Hvad består et nukleotid af og hvad danner flere nukletoider til sammen? (tegn gerne)

Answer 90

En fosfat gruppe (på plads nr 3 eller 5 på pentosen), en pentose (ribose i RNA og deoxyribose i DNA) og en nitrogenbase på plads nr 1. Sammensat danner de nukleinsyrer (DNA eller RNA) ## Footnote se slide 20, Powerpoint 2

Question 91

# F2 Hvilke baser er pyrimidinbaser og hvilke er purine, og hvilke baser danner basepar.

Answer 91

Pyrimidine er cytosine, thymin og uracil Purine er adenine og guanine. Baseparene er cytosine og guanine, og thymine (uracil) og adenine.

Question 92

# F2 Nævn de to typer af basepar i DNA og hvor mange hydrogenbindinger de danner.

Answer 92

Cytosine og guanine danner tre hydrogenbindinger, thymine og adenine danner to hydrogenbindinger.

Question 93

# F2 Hvad er polysaccarider sammensat af og hvilke bindinger har de?

Answer 93

Carbohydrater bestående af mange monosaccharider sammensat af glykosid bindinger. De kan være mellem carbon 1 og 4 eller mellem carbon 1 og 6. ## Footnote Kaldes oligosaccarhid når der er flere monosaccahrider end 2.

Question 94

# F2 Har en sommerfuglelarve og den vokse sommerfugl samme DNA? Forklar.

Answer 94

Deres DNA vil være ens, men det er forskelligt hvilke gener som udtrykkes i henholdsvis larven og sommerfuglen. Hvis den fx har 15.000 gener, så er det ikke alle som viser sig. Deres proteinsammensætning er forskellige, derfor ser de forskellige ud. Andre gener aktiveres når det bliver en sommerfugl.

Question 95

# F3 Forklar den katabolistiske vej (katabolisme)

Answer 95

En exergonisk reaktion, hvori celler udvinder ATP, som energi, ved at transformere reaktanter til produkter. ## Footnote Side 112 i bogen

Question 96

# F5 Hvad er slim laget og kapslens funktion?

Answer 96

- Beskytte og vedhæftning til overflader - Forhindre dehydrering - Udvikle og vedligeholde biofilm ## Footnote Slim lag = slim der flyder ud fra cellen og omringer den. Kapsel = et ydre lag der har små “brønde”. Dvs. Laget er ujævnt.

Question 97

# F5 Hvad er fimbriae, pili og hami?

Answer 97

- Pili = tynde protein filamenter der stikker ud af celler (lidt ligesom flagella) - Fimbrae = korte pili - Hami = små “hooks” der kan hjælpe med vedhæftning til overflader

Question 98

# F5 Hvad er “gas vesicles”?

Answer 98

- Små “rum” i cellen, som indeholder luft eller en blanding af dinitrogen, carbondioxid og dihydrogen. - Er vigtige for akvatisk fotosyntetiske microorganismer, da de spiller en rolle vedrørende opdrift.

Question 99

# F5 Hvad er magnetosomers rolle?

Answer 99

Et navigations system, som tillader bakterier at navigere indenfor et magnetfelt.

Question 100

# F5 Hvad er en endospore?

Answer 100

En struktur der produceres af specifikke bakterier, sådan de kan overlever barske betingelser. ## Footnote Er typisk udløst ved mangel på næringsstoffer. Er nemme at fordele gennem vind, vand eller dyr.

Question 101

# F5 Hvad er en flagella?

Answer 101

Lange, tynde vedhæng, der hjælper bakterier og archaea med at svømme

Question 102

# F5 Hvilke to måder kan de flagelleret celler bevæge sig på?

Answer 102

- “Peritrichously” = bevæger sig i lige linje - “Polarly” = bevæger sig hurtigere og snurrer mere rundt. ## Footnote Se svt. Slide 19 F5

Question 103

# F5 Hvad er “archaella”?

Answer 103

Har samme funktion som flagella, men er mindre og mere simple end bakteriel flagella. Svømmer typisk langsommere.

Question 104

# F5 Hvilke måder kan mikrober svømme på?

Answer 104

“Twitching” og “gliding” - Twitching” = en udvigelse af pili, efterfulgt af en fastgørelse, og så en tilbagetrækning. - “Gliding” = kontinuer bevægelse, gælder kun for bakterier ## Footnote Se evt. Slide 23 F5

Question 105

# F5 Hvad betyder ordet “taxis”?

Answer 105

Det er en instrueret bevægelse, som respons til en kemisk eller fysisk stimulering. ## Footnote - Chemotaxis: respons til kemekalier - Phototaxis: repsons til lys - Hydrotacis: respons til vand - Osv.

Question 106

# F5 Hvad er en eukaryotisk celle?

Answer 106

- En mere complex og større celle, en prokaryotiske celler. - Indeholder en nucleus og andre organeller. ## Footnote Slide 32 F5

Question 107

# F5 Hvad er en nucleus?

Answer 107

Indeholder chomosomer samt nucleolus. ## Footnote Nucleolus=område for ribosomal RNA syntese.

Question 108

# F5 Hvad er mitose?

Answer 108

Processen hvorved eukaryotiske celler opdeler sig i flere dele. Består af 4 faser. ## Footnote Diploid celler har to kopier hvorimod haploid celler kun har en.

Question 109

# F5 Hvad er de fire faser af mitosen?

Answer 109

- Profase: her bliver kromosomerne synlige og kernelegement opløses. - Metafase: kromosomerne arngeres i midten af cellen - Anafase: de trækkes mod hver sin ende af cellen - Telefase: to nye celler dannes ## Footnote Slide 24 F5

Question 110

# F5 Hvad er miose?

Answer 110

En specialiserede form for opdeling, som opstår i 2 celledelinger. Er involverede i produktionen af kønsceller.

Question 111

# F5 Hvad er cellens mitrokondrier?

Answer 111

Cellens kraftværk--> den genererer ATP til oxidation af organiske stoffer.

Question 112

# F5 Mitrokondriernes struktur

Answer 112

Består af “cistae” og “matrix” ## Footnote “cristae” som er folded interne membraner, der indeholder transport proteiner som regulerer passagen af f.eks. ATP. Består også af “matrix” som indeholder enzymer til oxidation af organiske forbindelser. Slide 36 F5

Question 113

# F5 Hvad er kloroplaster?

Answer 113

Organeller fundet i fototrofe eukaryoter. Området hvor fotosyntese finder sted. ## Footnote Har en dobbelt mambran, “stroma” som indeholder RuBisCO, samt “thylakoider” som indeholder klorofyl og ATP syntetiske komponenter.

Question 114

# F6 Hvordan er ATP syntesen anderledes for fermentering i forhold til respiration?

Answer 114

Fermentering bruger fosforylering på substrat-niveau, altså ved at benytte et energirigt intermediat, hvor respiration bruger oxidativ fosforylering, altså “proton motive force”

Question 115

# F6 Hvor meget ATP bliver brugt i glycolyse? ## Footnote Tæl ikke hvor meget man får ud af det med. Kun hvor meget der “tilsættes”.

Answer 115

2 ATP ## Footnote Der bliver brugt 1 ATP, hvor det går fra glukose til glukose 6-P, ved hjælp af enzymet hexokinase. Der bliver brugt 1 ATP, hvor det går fra fruktose 6-P til fruktose 1,6-P, ved hjælp af enzymet fosfofruktokinase (phosphofructokinase).

Question 116

# F6 Hvad bruges til at splitte intermediatet med 6 carbonatomer i glykolysen til to molekyler med 3 carbonatomer i hver?

Answer 116

Et enzym. ## Footnote Det specifikke enzym er aldolase.

Question 117

# F6 Hvad hedder processen der sker når NAD+ og CoA bruges med pyruvat til at få Acetyl-CoA, NADH og CO2 i krebs cyklussen?

Answer 117

Decarboxylering. ## Footnote Se evt krebs/citronsyre/TCA cyklussen.

Question 118

# F6 Acetyl-CoA dannes gennem glukose i krebs cyklussen. Hvad bruges Acetyl-CoA til?

Answer 118

Det er absolut nødvendigt for biosyntesen af fedtsyrer. ## Footnote Det er derfor sukker kan omdannes til fedt.

Question 119

# F6 Hvad har disse oxidation-reduktionsenzymer tilfælles? - NADH dehydrogenase - Flavoproteiner - Jern-svovl proteiner - Cytokromer

Answer 119

De er alle involverede i elektron transport.

Question 120

# F6 Hvad hedder det når elektron transport forårsager at indersiden af cellemembranen bliver elektrisk negativ og basisk, mens ydersiden af cellemembranen bliver elektrisk positivt og surt?

Answer 120

The proton motive force. ## Footnote Når der sker elektron transport bliver flere protoner løssluppet udenfor membranen.

Question 121

# F6 Hvad får man mest ATP ud af, respiration eller fermentering?

Answer 121

Respiration.

Question 122

# F6 Hvor meget ATP får man i alt fra aerob respiration?

Answer 122

38 ATP i alt ## Footnote Glykolyse(8 ATP): - 2 ATP fra substrat-niveau fosforylering. - 2 NADH = 6 ATP fra oxidativ fosforylering Krebs cyklussen(15 ATP * 2): (Der fås 2 pyruvat fra glykolysen, der skal derfor ganges med 2, da den sker to gange) - 1 GTP = 1 ATP fra substrat-niveau fosforylering - 4 NADH = 12 ATP fra oxidativ fosforylering - 1 FADH2 = 2 ATP fra oxidativ fosforylering

Question 123

# F6 Ud over at producere mere energi, hvorfor er aerob respiration bedre for cellen end fermentering?

Answer 123

Fermentering danner fermenteringsprodukter, som ethanol, der i høje koncentrationer slår cellen ihjel. Dette dannes ikke ved aerob respiration.

Question 124

# F6 Nævn så mange fermenteringsprodukter som du kan.

Answer 124

Alle følgende svar er korrekte: - Ethanol - Lactic acid / mælkesyre - Propionisk syre - Blandende syrer - Smørsyre / butansyre - Butanol ## Footnote Der er kun taget fra slides, så det KAN være mangelfuldt.

Question 125

# F6 I forhold til respiration og fermentering, hvad står CAC for?

Answer 125

Citric acid cycle. ## Footnote Dette er krebscyklussen, citronsyrecyklussen og TCA-cyklussen.

Question 126

# F7 Hvad består en celle mest af i makromolekyle composit?

Answer 126

Protein (55%)

Question 127

# F7 Hvad er koncentrationen af micronutrients? ## Footnote Også kendt som ”sporstoffer”

Answer 127

C < 0,1 mM

Question 128

# F7 Hvilket macronutrient består cellen mest af (dry matter)?

Answer 128

Carbon (50%)

Question 129

# F7 Hvilke to almene klasser af culture media findes?

Answer 129

Defined media Complex media ## Footnote Defined media: præcis kemisk sammensætning er kendt. Complex media: composed of digests of chemically undefined substances (e.g., yeast and mat extracts).

Question 130

# F7 Hvad er enriched media?

Answer 130

Består af complex media plus yderligere nutrients (serum, blod).

Question 131

# F7 Hvad er selective media?

Answer 131

Består af forbindelser, der selektivt hindrer væksts af nogle mikrober men ikke af andre.

Question 132

# F7 Hvad er differential media?

Answer 132

Har en indicator, ofte farve, der dekterer partikulære kemiske reactioners forekomst under væksts.

Question 133

# F7 Hvilke begrænsninger er der ved tællening af mikroper?

Answer 133

- Der kan ikke ses forskel på døde og levende celler. - Små celler kan overses. - Cell suspension af lav densitet (<106 cells/mL) er svære at tælle. - Bevægelige celler skal immobiliseres. Debris i prøven kan ses som celler ## Footnote Debris: Andet i prøven end det man vil se. Andre partikler kontra celler

Question 134

# F7 Hvordan bestemmes koloni-dannelse unit (CFU)?

Answer 134

Protokol: - Fordel celler fra en kultur ud på en agar plade med de rette nærringsstoffer. - Tæl antallet af kolonier og sammenlign med kontrollen.

Question 135

# F7 Hvordan formes en koloni?

Answer 135

En koloni er formet fra en deling af en single celle og består af 10^6 - 10^9 celler (kloner).

Question 136

# F8 Hvad er ”viable cell counts” (plate counts), og hvilke to metoder benytes som oftest?

Answer 136

Hvad er ”viable cell counts” (plate counts), og hvilke to metoder benytes som oftest? Viable cell counts: målning af liv, reproduktion af population. - Spread-plate metode - Pout plate metode ## Footnote Se F8, slide 13 for illustration af de to metoder.

Question 137

# F8 Hvilken metode kan benyttes til at fortynde prøven, så cellerne fordeler sig, og derved kan tælles?

Answer 137

Serial dilution ## Footnote Se F8, slide 14

Question 138

# F7 Hvorfor kan der ses flere organismer ved direkte mirkoskopi af naturlige prøver, som dem der udvindes på plader? (The great plate anomaly)

Answer 138

- Mikroskopisk metoder tæller døde celler, hvorimod ”viable” metoder gør ikke. - Forskellige organismer har enorme forskellige krav for vækst. ## Footnote Her er fx optical density en måde.

Question 139

# F7 Hvordan defineres vækst?

Answer 139

Stigning i antallet af celler.

Question 140

# F8 Hvad er binary fission?

Answer 140

Celle deling, efterfulgt af en forstørrelse af cellen til det dobbelte af dens minimum størrelse. ## Footnote Se figur 4.8, F8 slide 19

Question 141

# F7 Hvad er generation time (g)?

Answer 141

Den tid det kræver for mikrobiale celler at duble i antal.

Question 142

# F7 Hvad sker der under deling af en celle?

Answer 142

Hver datter celle modtager et kromosom og tilstrækkelige kopier af alle andre celler bestanddele for at eksistere som en uafhængig celle.

Question 143

# F7 Ved single replication fork, hvilken af følgende metoder tager da længst tid om at ske? - Doubling time - Chromosome replication

Answer 143

Doubling time

Question 144

# F7 Hvad er en batch kultur?

Answer 144

Hvad er en batch kultur? Et lukket system med en mikrobiel struktur af en fast volumen.

Question 145

# F7 En typisk vækst kurve for en population af celle vækst i et lukket system er karakteriseret ved fire faser, hvilke?

Answer 145

Lag fase, exponential fase, stationary fase, døds fase. ## Footnote Se figur 4.10, F7, slide 22.

Question 146

# F7 Er det muligt at kontrollere vækst parameterne i en batch kultur?

Answer 146

Nej, det er umuligt, da miljøet i kulturen konstant ændrer sig grundet cellernes vækst.

Question 147

# F7 Hvad er eksponentiel vækst og hvad sker der her?

Answer 147

Vækst af en microbiel population, hvor antallet af celler (og masse) dobles inden for et specifikt tids interval. Under eksponentiel vækst, væksten i antallet af celler er i begyndelsen langsom, men stiger ved en hurtigere rate.

Question 148

# F9 Forklar Kontinuert Kultur, herunder chemostat ## Footnote I forhold til en bioreaktor i industrien

Answer 148

Kontinuerlig kultur er et åbent system hvor den mikrobielle kultur har et fast volumen. Chemostat er mest alm. Type, kulturens vokserate og populations densitet kan kontrolleres uafhængigt og samtidigt. ## Footnote Der tilsættes normalt base, da det bliver mere surt når cellerne producere deres produkter

Question 149

# F9 Hvad er biofilm og hvorfor opstår de?

Answer 149

Årsagen til at celler vokser i biofilm er hvis de er et sted med gode forhold, så kan de forblive der, ved at danne en biofilm. De producerer den ved at lave lange kæder af polysakkarider. Cellerne vokser i lag, så de danner et matrix. Der er dog en grænse for hvor tykt det kan være, normalt maks et par milimeter, da de inderste celler skal kunne få nok næring. Overfladen vil føles slimet på fx en sten hvis den er dækket af biofilm.

Question 150

# F9 Forklar typer af cell division i bakterier (binary fission, budding), tegn meget gerne.

Answer 150

Binær fission er mest normalt, her øges volumen hvorefter den deles i to datter celler, de er ens størrelse. Ved budding bliver produkterne ikke ens. Simpel budding er, hvor cellen laver en udposning og kopierer genomet over i udposningen, som derefter frastødes. Mor og datter dannes. Budding kan også være via en hyphae, hvor der dannes en lang kæde celler. ## Footnote Se slide 4, Powerpoint 9 for tegning

Question 151

# F9 Forklar overordnet temperaturens påvirkning på en celle. Tegn gerne den tilhørende kurve, med growthrate på y-akse og temperatur på x-akse.

Answer 151

Ved minimum temperatur bliver membranen gele-agtig, så transport over membranen er for langsom til at cellen kan vokse, derfor er vokseraten i minimum. Ved stigende temperaturer så øges reaktionshastighederne og ved maks vokserate når den højest mulige temperatur hvorefter stigende temperatur leder til protein denaturering - thermal lysis hvor membranen ødelægges og cellen dør. ## Footnote Se slide 6, powerpoint 9 for grafen

Question 152

# F9 Forklar den specielle egenskab i forhold til habitat ved henholdsvis phychrophiler, mesophiler, thermophiler og hyperthermophiler. ## Footnote Det er grupper af celler

Answer 152

Phychrophiler lever ved lave temperaturer, mesophiler lever ved middeltemeratur, thermophiler lever ved høje temperaturer og hyperthermophiler er ved meget høje temperaturer

Question 153

# F9 Forklar hvordan psychrophiler overlever i kolde miljøer

Answer 153

De er mere fleksible, da de har flere alpha-helixer end beta-sheets (ifm. DNA), de har polære og mindre hydrofobiske aminosyrer, generelt mindre interaktion i cellen. De har højt umættede og kortkædede fedtsyrer i cytoplasma membranen - øger stabilitet

Question 154

# F9 Forklar hvordan thermophiler overlever i varme miljøer

Answer 154

Øget antal ionbindinger mellem basiske og sure aminosyrer, og flere hydrofobiske interaktioner, som modvirker at det udfoldes i cyteplasmen. Danner bestemte opløste stoffer som hjælper med at stabilisere proteinerne Bakterier har cytoplasma membran som består af lipider med mættede fedtsyrer og archaea har et enkelt lipidlag frem for et dobbeltlag.

Question 155

# F9 Hvad hedder de grupper af celler som lever i neutral pH, sur pH og basisk pH ## Footnote Det er de engelske navne

Answer 155

Neutrofiler (lever mellem pH 6 og 8), acidofiler (lever bedst under pH 6), alkalifiler (vokser bedst ved høj pH over 9) ## Footnote pH indeni cellerne er tæt på netural. Nogle alkaliphiler anvender natirum motive force frem for proton motive force for at undgå neutralisering af protoner.

Question 156

# F9 Hvad er halohpiler (samt forskel mellem de eksteme halophiler og de halotolerante), osmophiler og xerophiler? ## Footnote Det er relateret til deres levemiljø

Answer 156

Halophiler lever bedst med reduceret vand potentiale, så der er højere salt niveau. Extreme halophiler skal have 15-30% NaCl for at vokse, halotolerante kan vokse selvom der er salt, men de vokser bedst uden salt. Osmophiler lever bedst når der er højt sukkerindhold, og xerophiler gror i meget tørre miljøer.

Question 157

# F9 Forklar forskel på aerober og anaerober samt hvad fakulative organismer, aerotolerante anaerober og microaerophiler er.

Answer 157

- Aerober kræver ilt for at overleve, anaerober kræver ikke ilt og det kan dræbe dem. - Fakultative organismer kan leve med og uden oxygen - aerotolerante anaerober kan tolerere oxygen og vokse der men bruger ikke ilten - microaerofiler kan kun bruge oxygen når det er i små mængder.

Question 158

# F9 I fbm. Kontrol af microbiel growth, beskriv sterilisation, inhibition, dekontaminering og disinfektion

Answer 158

- sterilisation: dræber/fjerner alle levende organismer, kan være via varme - inhibition: forhindrer celler i at vokse - dekontaminering: gør, at ens objekt er sikkert at bruge men der vil stadig være mikroorganismer - disinfection: går efter pathogener, så ikke alle mikroorganismer påvirkes

Question 159

# F9 Nævn typer af microbial kontrollering, evt 3. ## Footnote (der er oplistet 6 i alt)

Answer 159

sterilisation, inhibition, dekontaminering, stråling, filtrering og disinfektion

Question 160

# F9 Hvad er forskellen på følgende antimikrobielle agenter (til at kontollere bakterier) - Bacteriostatic - Bacteriocidal - Bacteriolytic

Answer 160

* Bacteriostatic forhindrer dem i at gro, men dræber dem ikke. * Bacteriocical dræber cellerne * Bacteriolytic dræber dem ved “cell lysis” - cellemembranen nedbrydes ## Footnote Se evt graf side 24, powerpoint 9

Question 161

Hvad star MIC for? ## Footnote I forhold til control af celler

Answer 161

Minimum inhibitory concentration (den mængde antimikrobiel agent der skal bruges til at stoppe en organisme fra at vokse). Mængden varierer med temp, pH osv.

Question 162

# F4 Hvordan virker lys mikroskopi?

Answer 162

En lyskilde oplyser mikroorganismen/prøven nedefra, og bliver optisk forstørret med linser/glas. ## Footnote For visualisering, se F4 slide 6

Question 163

# F4 Hvad er det mest simple og mest anvendte teknik, i forhold til mikroskopi?

Answer 163

Bright-field mikroskopi

Question 164

# F4 Hvorfor ønsker man at bruge ’Bright-field mikroskopi’?

Answer 164

For at visualisere celler, på baggrund af kontraster og farver. ## Footnote Forskellige farver opnås da lys absorberes forskelligt, ved forskellige bølgelængder. Kontraster opstår alt efter om lyset absorberes eller reflekteres.

Question 165

# F4 Hvad kan man gøre for at øge kontraster i forbindelse med mikroskopi? Og hvordan virker dette?

Answer 165

Ved at bruge basic stain (farvestof). Stains virker ved at binde sig til negativt ladet komponenter (celle vægge, nukleinsyre, acidic polysakkarider). Dette er en uspecifik stain, da den farver alt der er negativt ladet, og ikke et specifikt mål.

Question 166

# F4 Hvordan afviger differential stains sig fra basic stain?

Answer 166

Differential stains, er teknikker hvor der farves noget selektivt. ## Footnote Et eksempel på dette er gram farvning, hvor kun 1 celletype bliver farvet.

Question 167

# F4 Hvilke tre trin er der i forbindelse med at ’staine’ en prøve?

Answer 167

**1 Forbered prøven**. Dette gøres ved at sprede den ønskede kultur tyndt ud over en plade, og lade pladen lufttørre. **2 Varmebehandling og staining**. Pladen skal føres gennem en flamme, inden der påføres stain (farvestof) til pladen. Det overskydende farvestof skylles af, og pladen tørres. **3 Mikroskopi**

Question 168

# F4 Hvad er en ulempe ved stain teknikken?

Answer 168

Ved at bruge stain, dræber man ofte cellerne.

Question 169

# F4 Hvad er fordelene ved brug af den optiske teknik ’Phase contrast’ mikroskopi?

Answer 169

Forbedre kontrasten af prøven uden at skulle bruge stains. Giver mulighed for at kunne observere levende prøver.

Question 170

# F4 Den optiske teknik ’Dark field’ mikroskopi, er særlig god til at undersøge hvad?

Answer 170

Til at undersøge celleres bevægelser (motillity)

Question 171

# F4 Ved gramfarvning kan resultatet enten være gram positiv eller gram negativ. Hvad ’bestemmer’ om cellen er positiv eller negativ?

Answer 171

Opbygningen af celle væggen, afgør om cellen vil være gram positiv eller gram negativ. En gram negativ celle har en ydre membrane, mens en gram positivs celle yderste lag er peptidoglycan.

Question 172

# F4 Hvad bruges fluorescence mikroskopi til?

Answer 172

Til at visualisere prøver der fluorescerer, enten naturligt eller pga. stain med fluorescerende farvestof.

Question 173

# F4 Hvad er hovedformålet med differential interference contrast (DIC) mikroskopi og confocal scanning laser microscopy (CSLM)?

Answer 173

At kunne give et 3D perspektiv af celle strukturer.

Question 174

# F4 Hvordan differentiere elektron mikroskopi sig fra andre typer af mikroskopi?

Answer 174

Der benyttes elektroner, i stedet for synligt lys (fotoner) til at danne billeder af celler og strukturer.

Question 175

# F4 Hvad beskriver ’Tree of Life’? Og på hvilke informationer kan ’træet’ blive tegnet?

Answer 175

Den evolutionære historie af alle organismer, som kan blive skematiseret ud fra rRNA-analyser.

Question 176

# F4 Hvad er formålet af ’cell envelope’?

Answer 176

At afgrænse cellen, i form af en lag struktur (membran og cellevæg). Det er essentielt for at bevare funktionerne af cellen.

Question 177

# F4 Hvad er cytoplasmic membran, og hvilke celletyper har denne struktur?

Answer 177

Cytoplasma membranen er en tynd struktur, der omringer cellens cytoplasma. Alle levende celler har denne struktur.

Question 178

# F4 Hvilke funktioner har cytoplasma membranen?

Answer 178

* Er en barriere til omgivelserne * Aktiv transport over membranen * Stedet for proton motive force generes og frigives.

Question 179

# F4 Hvordan er cytoplasma membranen opbygget for bakterier og eukaryoter?

Answer 179

Membranen er typisk opbygget af et dobbeltlag phospholipid. Phospholipiderne vender så ’hovederne’ er ud mod omgivelserne. ## Footnote Phospholipid består af en ’hale’ og et ’hoved’. Halen er fedt syre, og derfor er det hydrofobisk. Hovedet er glycerol + phosphat og er derfor hydrofilt.

Question 180

# F4 Hvordan adskiller cytoplasma membranen for arkæer sig fra bakterier og eukaryoter?

Answer 180

Hos arkæer er der ether bindinger mellem lipiderne, mens det er ester bindinger hos pro- og eukaryoter.

Question 181

# F4 Hvilke former for transport er der over cytoplasma membraner?

Answer 181

* Simple transport * Aktiv transport (ABC) * Group translocation ## Footnote ABC står for ATP Binding Cassette

Question 182

# F4 Hvad er simple transport over cytoplasma membranen?

Answer 182

En transport ind og ud af cellen, som bliver drevet af energi fra Proton motive force

Question 183

# F4 Hvad er Aktiv transport (ABC) over cytoplasma membranen? ## Footnote ABC står for ATP Binding Cassette

Answer 183

For at stoffet bliver transporteret over membranen, skal det bindes til et protein, og energien for transporten kommer fra ATP.

Question 184

# F4 Hvad er Group translocation over cytoplasma

Answer 184

Før stoffet kan blive transporteret, skal der ske en kemisk modificering. Energien kommer fra et organisk molekyle, såsom phophenolpyruvate.

Question 185

# F4 Hvorfor er der behov for cellevægge?

Answer 185

For at cellen kan modstå osmotisk/trugor tryk, for at forhindre celle lysis. ## Footnote Lysis er når cellen sprænger, og derfor dør.

Question 186

# F4 Hvad er bakteriers cellevægge opbygget af? Og hvordan er det sammensat.

Answer 186

Cellevæggen er opbygget af peptidoglycan ’strands’ som ligger parallelt rundt, og er bundet sammen med kovalente peptid bindinger.

Question 187

# F4 I stedet for ’traditionelle’ cellevægge, har arkæer i stedet, hvad som deres yderste lag?

Answer 187

S-layer (protein shell)

Question 188

# F4 Hvad er gram negative bakteriers ydre cellemembran opbygget af?

Answer 188

Lipopolysakkarider (LPS) ## Footnote Lipopolysakkarider er polysakkarider der er kovalent bundet til lipider.

Question 189

# F4 Hvad er periplasmen?

Answer 189

Et flydende miljø, placeret mellem den cytoplasmiske membran og den ydre membran.

Question 190

# F4 Hvad er et S-layer? Og hvad er dets funktioner?

Answer 190

Et lag af proteiner eller glycoproteiner. Det styrker strukturen og beskytter mod lysis. Tillader små molekyler at passere, men ’fanger’ større molekyler. Som det yderste lag kan det muliggøre at fastsætte sig på noget. ## Footnote Lysis er når cellen sprænger.

Question 191

# F15 Kan bakterier og archaea overføre celler til hinanden?

Answer 191

Ja

Question 192

# F15 Hvad er en mutation?

Answer 192

En arvelig ændring af base sekvensen i genomet af en organisme/virus.

Question 193

# F15 Hvad betyder genotype?

Answer 193

Der er sket en ændring i genomet i forhold til mildtypen. Der er sket noget i forhold til bakteriens evne til at syntensere.

Question 194

# F15 Hvad er phenotypen?

Answer 194

Phenotypen observerer mutanter

Question 195

# F15 Hvordan kan Selekterbare egenskaber mutationer isoleres, og hvordan isoleres ikke-selekterbare egenskaber mutationer?

Answer 195

Selekterbare egenskaber kan isoleres ved selektion, og isoleres ikke-selekterbare egenskaber isoleres ved screening.

Question 196

# F15 Hvordan kan mutationer opdeles?

Answer 196

* Spontane mutationer * Persuade (induced) mutationer * Point mutationer, herunder transition og transversion. ## Footnote * Spontane mutationer: sker pga naturen. * Induced mutationer: sker pga kemikalier og radiation. * Point mutation, når et base par bliver til et andet. (se figur 9.5, F14, slide 8).

Question 197

# F15 Hvor mange base par vil man gerne benytte til insertion og deletion? 1, 2, 3?

Answer 197

3 ## Footnote Ved 1 eller 2 base-par vil læserammen ødelægges.

Question 198

# F15 Hvad sker der ved same-site revertants, og hvad sker der ved second-site revertants?

Answer 198

Same-site revertants: der sker en mutation, hvor den oprindelige mutation sad, og kommer derfor tilbage til udgangspunktet. Second-site revertants: Der dannes et supressor tRNA, der ophæver mutationen. ## Footnote (se figur 9.7, F14, slide 11)

Question 199

# F15 Hvor ofte sker der fejl i DNA replikation af mikroorganismer?

Answer 199

10^-6 - 10^-7 per kbp per generation.

Question 200

# F15 Har højere stillet organismer større mutations rate?

Answer 200

Nej, højere organismer har en lavere mutations rate.

Question 201

# F15 Er der et repair system i RNA, ligesom der er i DNA?

Answer 201

Nej, det er der ikke.

Question 202

# F15 Hvad sker der ved nucleotid base analogi? (mutagenesis)

Answer 202

De rigtige baser udskiftes med nogle som minder om de rigtige. Dette giver problemer, da de så ikke passer i baseparrene. T --> B, A --> Am ## Footnote Se F15, slide 14

Question 203

# F15 Hvad sker der ved UV stråling? (mutagenesis)

Answer 203

Krydsbinding mellem to tyraminer. Der formes pyrimidine dimers. ## Footnote Se F15, slide 14

Question 204

# F15 Hvad sker der ved kemisk modifikationer? (mutagenesis)

Answer 204

Der kan dannes af Hydrocylamine, som gør at C --> C*. Det skaber en kemisk ændring af basen i DNAet. ## Footnote Se F15, slide 14

Question 205

# F15 Hvad sker der ved indskudte agenter? (mutagenesis)

Answer 205

Ethidium bromid. Agenter sætter sig mellem to basepar ## Footnote Se F15, slide 14

Question 206

# F15 Hvad sker der ved ionizing stråling?

Answer 206

Skaber frie radikaler.

Question 207

# F15 Hvad er direkte reversal proces?

Answer 207

Reparationssystem til at reparere skader af DNA.

Question 208

# F15 Hvordan repareres en single-streng skade af DNA?

Answer 208

Den anden streng benyttes som template. Den skadede del fjerenes, og dannes på ny vha. template.

Question 209

# F15 Hvordan repareres en double-strenget skade af DNA?

Answer 209

De to dele diffunderer væk fra hinanden. Organismen ser dette som noget skidt, og sætter dem derfor blot sammen med noget.

Question 210

# F16 Hvad er de tre muligheder der er for DNA når det kommer ind I en celle (overført fra en anden celle)?

Answer 210

1. Degradering af restriction enzymer 2. Replikere af sig selv 3. Recombine med værts kromosomet

Question 211

# F16 I forbindelse med genudveklsing mellem celler, beskriv transformation, evt inkl. Tegning af processen

Answer 211

Der sker en lysis af donorcellen, så DNA frigives. Dette DNA optages af en anden celle. Kræver ikke direkte celle kontakt. Da DNAet let går i stykker er det kun en del af DNA’et som overtages. En celle som kan modtage skal være kompetent, i bakterier relateres det til poli, som binder DNA og trækker det ind. ## Footnote Se slide 2, powerpoint 16

Question 212

# F16 I forbindelse med genudveklsing mellem celler, beskriv transduction inkl. Tegning af processen. Beskriv både generaliseret og specialiseret transduction

Answer 212

DNA transfer sker via en virus, så det kræver ikke direkte kontakt mellem celler. Det sker derfor efter lytic cycle, hvor virus har fået host genom ind i sig. Generaliseret transduction er et tilfældigt gen fra en genom pakket i en virion som overføres. Ved specialiseret transduction er det et bestemt gen som som overføres. ## Footnote Se slide 2, powerpoint 16 for tegning Se også slide 9 og 10 powerpoint 16

Question 213

# F16 I forbindelse med genudveklsing mellem celler, beskriv konjugation inkl. Tegning af processen.

Answer 213

Det er horisontal gen overførsel. Kan både være overførsel af plasmid og af chromosom. Der skal være en fysisk bro imellem dem F-plasmid anvendes til at mobilisere chromosomet til overførsel. Plasmidet kan integreres i modtager kromosomet. ## Footnote Se slide 2, powerpoint 16

Question 214

# F16 Beskriv homologous recombination, tegn gerne processen

Answer 214

Det er krævet, at to sekvenser af DNA fra to kilder er næsten ens 1. Endonuclease laver hul I DNA 2. Single strand protein binder sig til DNA 3. RecA protein sætter den nye åbning af DNA ind i modtager DNA strengen (vigtigt protein) 4. så sker der en cross-strand udveksling, så der dannes kryds mellem strengene. Efterfølgende sker der holliday junction som danner heteroduplex regioner hvor hver strand stammer fra forskellige kromosomer. Det skaber ny genotype

Question 215

# F16 Hvis en celle ikke er kompetent til transformation I forvejen, hvordan gør man den så kompetent? ## Footnote Kompetent celle: den kan overtage dele af DNA fra en anden celle

Answer 215

Kemisk, behandler med calcium og køler den Elektrocompetent, sender strøm gennem DNA så det er lettere at få ind I cellen.

Question 216

# F16 Forklar lytic cycle og lysogen fase I forhold til bakteriofagers livscyklus. Kan evt indeholde tegning ## Footnote Bakteriofag er virus som går efter bakterier

Answer 216

I lytic cycle binder bakteriofagen sig til cellen som DNA/RNA optages. Herefter laver den kopier af sit eget DNA/RNA hvilket til sidst dræber cellen. Den lysogene fase er inden cellen dræbes, her er de i hvile så den ikke kopierer sig selv i denne fase. ## Footnote Slide 8, powerpoint 16

Question 217

# F3 Forklar den anabolistiske vej (anabolisme)

Answer 217

En endergonisk reaktion, hvor et udgangsstof kræver energi, for at blive omdannet til cellematerialer. ## Footnote Side 113 i bogen

Question 218

# F3 Forklar aerobiske respiration af glukose - redox reaktion.

Answer 218

Celler omdanner glukose til energi (ATP), hvor der under overførsel af elektroner af glukose til ilt bliver skabt en redox reaktion. Dvs. at glukose er elektrondonor, og ilt er elektron-acceptor. Udover energi, så udvindes der også CO2. ## Footnote Side 112 i bogen

Question 219

# F3 Forklar om energiklasserne.

Answer 219

Energiklassernes deles i 2 forskellige klasser: Fotoautotrofi: Optager energi til metabolisme fra lys f.eks. planter. Kemotrof: Optager energi til metabolisme fra kemiske reaktioner f.eks. aerobisk respiration. Optagelsen af energi kan enten komme fra organiske (Kemoorganotrofer), som glukose, eller uorganiske molekyler (Kemolithotrofer), som H2. Begge energiklasser udvinder ATP. ## Footnote Side 113 i bogen

Question 220

# F3 Nævn eksempler på hhv. carbon-kilder og nitrogen-kilder.

Answer 220

Carbon: Heterotrof: Organiske molekyle, sukker fedtsyre, aminosyrer. Autotrof: CO2 Nitrogen: Ammonia NH3, Nitrat NO3-, nitrogen N2, aminosyrer.

Question 221

# F3 Hvad er en elektron donor?

Answer 221

Det stof, som oxideres i en redox reaktion, dvs. at stoffet afgiver sine elektroner.

Question 222

# F16 Beskriv F plasmid, dets replikationsmetode og hvad det anvendes til (ifm. Genoverførsel)

Answer 222

F plasmid anvendes til at overføre DNA ved conjugation. Det replikerer ved “rolling circle”. Det overføres fra en HFr celle til en F- celle. Når det skal integreres i modtagercellen sker der recombination ## Footnote Se slide 18, powerpoint 16 for figur

Question 223

# F3 Hvad er en elektron acceptor?

Answer 223

Det stof, som reduceres i en redox reaktion, dvs. at stoffet optager elektroner.

Question 224

# F3 Hvornår fremtræder redox reaktioner i par?

Answer 224

Halve reaktioner (også kaldt redox par): En metode, hvor oxidationen og reduktionen analyseres hver for sig. Bruges f.eks. til galvaniske celler eller korrosion. ## Footnote Se side 114 i bogen

Question 225

# F3 Hvordan dannes vand ud fra en redox reaktion:

Answer 225

Anode, elektron-donor: H2 -> 2 e- + 2 H^+ Katode, elektron-acceptor: ½ O2 + 2 e -> O^-2 2 H^+ + O^-2 --> H2O

Question 226

# F3 Forklar hvordan et redox tårn er opstillet.

Answer 226

Redoxparene, som er de stærkeste elektron-donorer (reducerede stoffer) placeres i toppen, hvorimod redoxparene, som er de stærkeste elektron-acceptorer (oxiderede stoffer) placeres i bunden. Jo længere afstand, der er mellem elektron-donoren og elektron-acceptoren, jo mere energi vil der udvindes. ## Footnote Side 114 i bogen

Question 227

# F3 Hvad dækker begræbet energibærere (energy carriers) over?

Answer 227

Celler, som kan overføre energi fra én del af systemet til en anden del. De deles i to typer: Prostetiske grupper: Bundet til enzymer Koenzymer: F.eks. NAD+, NADP+

Question 228

# F3 Giv et eksempel på et system med energibærer.

Answer 228

NAD+/NADH NAD+ fremtræder i sin oxiderede form, hvor NAD+ under overførsel af elektroner samt hydroner bliver omdannet til NADH, som fremtræder i sin reducerede form, og udvinder energi.

Question 229

# F3 Forklar NAD+/NADH-cyklen.

Answer 229

1. Enzymet reagerer med en elektron-donor og et oxideret koenzym (NAD+). 2. Efter enzym-substrat-komplekset er dannet reduceres NAD+ til NADH. 3. NADH kan binde sig til et nyt enzym, som så kører den modsatte vej og oxiderer NADH til NAD+. ## Footnote Se side 116 i bogen

Question 230

# F3 Hvad dækker begrebet bioenergi over?

Answer 230

Bioenergi tager hånd om Gibbs frie energi, som fortæller, om en reaktion er endergonisk eller exergonisk. Det bruges til at måle varme, da der i alle reaktioner mistes energi i form af varme. Når ændringen i Gibbs frie energi er positiv, så reaktionen endergonisk. Når ændringen i Gibbs frie energi er negativ, så er reaktionen exergonisk.

Question 231

# F3 Nævn forskellige former af energi.

Answer 231

Substrat-level-fosforylering: Bliver den energi-rige binding hydrolyseret for at syntetisere ATP. Oxidativ fosforylering: Overførelsen af elektroner fra elektron-donoren til elektron-acceptoren danner et proton motivt kraft for at syntetisere ATP. Fotofosforylering: Lys, der danner proton motivt kraft for at syntetisere ATP.

Question 232

# F3 Hvad dækker begrebet aktiveringsenergi over.

Answer 232

Den energi, som skal til, at molekyler kan danne en kemisk reaktion.

Question 233

# F3 Hvordan påvirker katalysatorer en kemisk reaktion?

Answer 233

Nedsænker aktiveringsenergien. Øger reaktionshastigheden.

Question 234

# F3 Nævn enzymers basale kararistika.

Answer 234

* Er proteiner * Virkelig specifikke. * Generelt større end deres substrat. * Indeholder et aktivt center.

Question 235

# F3 Hvad er et apoenzym?

Answer 235

Inaktive del af et enzym.

Question 236

# F3 Hvilke grupper dækker cofaktorer over?

Answer 236

Prostetiske grupper Koenzym Metal ioner

Question 237

# F3 Hvad er et holoenzym?

Answer 237

Katalytisk/aktive enzym.

Question 238

# F3 Hvordan binder de forskellige cofaktorer til enzymet?

Answer 238

Prostetiske grupper: Meget tæt og permanent. Koenzymer: Binder sig løst. Metal ioner: Både stærkt eller løst.

Question 239

# F3 Forklar den katalytiske cyklus af lysozyme

Answer 239

1. Substratet binder sig i det aktive center og danner enzym-substrat-kompleks. 2. Bindinger bliver overanstrenget, hvorefter de frigiver produkterne. 3. Enzymet kan derefter begynde fra ny.

Question 240

# F3 Hvor mange enzymklasser findes der?

Answer 240

6

Question 241

# F3 Hvad går Michaelis Mentens ligning ud på?

Answer 241

Bestemmer initialreaktionshastigheden fra substratet til produkt, som katalyseres af et enzym. Bruges til at bestemme enzymers effektivitet ud fra deres hastighed.

Question 242

# F3 Hvad er et lineweaver burk plot?

Answer 242

Det går ud på at opstile en ligning, som kan burges til at finde reaktionens maksimale hastighed og den maksimale koncentration af stoffet ud fra Michaelis Mentens ligning.

Question 243

# F12 Hvorfor er metabolisk regulering vigtigt, og hvad betyder det?

Answer 243

Metabolisk regulering forårsager hurtig tilvænning til skiftende miljøer og effektiv brug af ressourcer øger chancen for overlevelse.

Question 244

# F12 Hvad er hovedmetoderne for metabolisk regulering?

Answer 244

Regulering af mængden af protein (langsom): - Gene expression o Regulering af transskription o Regulering af mRNA translation til protein - Regulering af protein degradering Regulering af protein aktivitet (hurtig): - Post transcriptional regulation

Question 245

# F12 Hvad kan transkriptionsregulering gøre? ## Footnote (Hurtig regulering)

Answer 245

- Nye proteiner kan laves hurtigt, når der er behov for dem, da mRNA kan transkriberes hurtigt. - Hvis transkription stoppes, vil mRNA “cleares” hurtigt, hvilket stopper protein produktionen, da mRNA transkriptioner har et kort “half-life”. - Forebygger produktionen af unødvendige proteiner.

Question 246

# F12 Hvordan påvirker DNA bindende proteiner transskription?

Answer 246

De kan både aktivere eller blokere transskription.

Question 247

# F12 lac og trp repressorer er DNA-bindende proteiner, der indeholder helix-turn-helix. Hvilken bakterie findes de i?

Answer 247

E. coli

Question 248

# F12 Hvilke tre udfald er mulige efter DNA bindingsprocessen?

Answer 248

- DNA bindende protein kan katalysere en specifik reaktion på DNA molekylet. (Recruitment of RNA polymerase) - DNA bindingsprocessen kan blokere transskription - DNA bindingsprocessen kan aktivere transskription

Question 249

# F12 Hvad er transskriptionsfaktorer(TF)?

Answer 249

Proteiner der kontrollerer hastigheden af transskription ved at binde sig til specifikke DNA reguleringssekvenser(promoter) opstrøms af det proteinkodende sekvens (CDS, gen), ved at interagere/modulere transskriptions maskineriet.

Question 250

# F12 Hvad er aktivator og repressor proteiner?

Answer 250

Et aktivator protein tænder for transskription, ved at binde specifikke “motifs” af DNA i promotor sekvensen, og derved hjælper en med at rekrutere RNA polymerase og/eller sigma faktorer. Et repressor protein slukker for transskription ved at binde specifikke “motifs” af DNA i operator regionen. Det inhiberer transskriptionen af gener, ved at blokere fastgørelsen af RNA polymerase til promotoren.

Question 251

# F12 Hvad er det kollektive term for inducers og corepressors? ## Footnote Inducers inducerer transskription. Corepressors modvirker transskription.

Answer 251

Effectors. ## Footnote Effektors er små molekyler, der bestemmer bindingen af aktivatorer og repressorer.

Question 252

# F12 Hvilken type protein vil der benyttes, hvis en celle skal spare på energi?

Answer 252

Repressor protein. ## Footnote Det stopper transskriptionen, som derved stopper med at bruge energi.

Question 253

# F12 Hvad er enzym repression?

Answer 253

Det forebygger syntesen af et enzym, medmindre produktet det bestemte enzym laver mangler i en kultur. ## Footnote Eks. hvis et enzym producerer arginin, vil det kun producere arginin, hvis der ikke er arginin tilstede i en kultur.

Question 254

# F12 Hvad er det korrekte fagbegreb for et enzym, der nedbryder et andet stof?

Answer 254

Et katabolisk enzym. (Catabolic enzyme)

Question 255

# F12 Hvad er det modsatte af enzym repression? ## Footnote Altså hvor et signal inducerer produktionen af et enzym.

Answer 255

Enzym induktion. (Enzyme induction)

Question 256

# F12 Hvad er negativ kontrol, og hvad er de største ulemper ved det?

Answer 256

Negativ kontrol er alle transskriptions regulations mekanismer, der involverer repressorer. De største ulemper er at det ikke er 100 % effektivt, da det varierer i styrke, og derfor ikke altid stopper transskription helt.

Question 257

# F12 Hvad er positiv kontrol?

Answer 257

Gener kontrollerede af aktivator proteiner.

Question 258

# F12 Hvad kaldes flere operoner, der er kontrolleret af det samme regulerende protein? ## Footnote En operon er en sammensætning af gener, der arbejder sammen for at producere bl.a. mRNA.

Answer 258

Regulon

Question 259

# F12 Forklar simpelt hvad transduktion er.

Answer 259

Hvordan celler behandler signaler, der kommer ind til cellen.

Question 260

# F12 Chemotaxis er bevægelsen mod attractants eller væk fra repellents. Hvad er de tre hovedtrin i chemotaxis?

Answer 260

1. Svar på signal (Response to signal) 2. Kontroller falgellar rotation (Controlling flagellar rotation) 3. Tilpasning (Adaptation)

Question 261

# F12 Hvad er phototaxis?

Answer 261

Bevægelse mod lys.

Question 262

# F12 Hvad er aerotaxis?

Answer 262

Bevægelse mod oxygen.

Question 263

# F12 Hvad kaldes det der gør at prokaryoter kan regulere aktiviteter, der kræver en vis population? ## Footnote Hvordan ved de at der er en stor nok population til f.eks. en infektion?

Answer 263

Celle-til-celle signalering, herunder quorum sensing.

Question 264

# F7 Hvilken form for proces er fermentering, og hvornår sker det?

Answer 264

Fermentering er en ineffektiv proces, så sker kun, hvis den ingen andre muligheder for energi har.

Question 265

# F7 Hvilken slags elektron donor skal være til stede for muligheden af fermentering?

Answer 265

Organisk elektron donor.

Question 266

# F7 Hvordan noteres latin navne?

Answer 266

I kursiv med stort start bogstav

Question 267

# F7 Hvad kendetegner aerobisk respiration?

Answer 267

Ingen komplex III Konsekvens: 8 H+ overføres over membranen per 2 e-.

Question 268

# F7 Hvad kendetegner anerobisk respiration?

Answer 268

Benytter nitrat reduktase i stedet for Cytochrome Bo3 Konsekvens: 6 H+ overføres over membranen per 2 e-.

Question 269

# F7 Hvad benytter atotrophe som kulstofkilde, og chemolitotrophe som energikilde?

Answer 269

Autotroph = den bruger CO2 som kulstofkilde. Chemolithotroph = uroganisk stof som energikilde

Question 270

# F7 Hvad gør Calvin Cyklussen?

Answer 270

Den måde som organismer fikserer CO2 og danner sukker

Question 271

# F7 Hvad dannes ved Calvin cyklussen?

Answer 271

Fruktose (6-phosphat) CO2 fiksering.

Question 272

# F7 Hvad former nogle mikroorganismer ved fikseringen af nitrogen (N2)?

Answer 272

Ammoniak (NH3) ## Footnote Dannes vha nitrogenase

Question 273

# F7 Hvad syntetiseres prokaryotiske polysakkarider fra?

Answer 273

Aktiveret glukose.

Question 274

# F7 Hvad er glukoneogenesis?

Answer 274

- Syntese af glukose fra phosphoenolpyruvat. - Phosphoenolpyruvat kan syntenseres fra oxaloacetate.

Question 275

# F7 Hvad er den primære funktion af pentose phosphat pathway.

Answer 275

Primær funktion: C6 eller anden kulstofkilde, så skal den kunne lave kulstof 5 --> pentose

Question 276

# F7 Hvad er erit medie og minimal medie?

Answer 276

Erit medie = frie aminosyrer, mm => kan tage hvad den skal bruge til at vokse Minimal medie = nitrogen kilde, amoniak, kulstofkilde, glukose. => starter fra bunden

Question 277

# F7 Hvor kommer carbon skeletter fra?

Answer 277

Carbon skeletter kommer fra intermediater af glykolysis eller citronsyre cyklusen.

Question 278

# F7 Hvordan er fedtsyre syntenseret?

Answer 278

De syntenseres to carbon atomer ad gangen. ## Footnote Fedtsyrer indeholder ofte et lige antal kulstoffer => da det bygges på i et to trin.

Question 279

# F7 Indeholder Bakterier, Eukarya, og/eller Archaea fedtsyrer?

Answer 279

Bakterier & Eukarya: Den sidste samling af lipider består af adderingen af fedtsyrer. Archaea: lipid indeholder phytanyl sidekæder i stedet for fedtsyrer.

Question 280

# F7 Hvad er forskellen på mettede og umættede fedtsyrer i forhold til carbonatomer og protoner?

Answer 280

Mættede fedtsyrer => proton på alle carbon. Umættede fedtsyrer => ikke mættet med protoner.

Question 281

# F11 Hvad er funktionen af messenger RNA (mRNA)?

Answer 281

Har den gentiske information.

Question 282

# F11 Hvad er funktionen af transfer RNA (tRNA)?

Answer 282

At transporter amino acids til ribosomet

Question 283

# F11 Hvad er funktionen af ribosomal RNA (rRNA)?

Answer 283

Den struktuelle og katalytiske del af ribosomet.

Question 284

# F11 I hvilken retning bliver en DNA-streng afkodet i?

Answer 284

Fra 5’ enden mod 3’ enden.

Question 285

# F11 Forklar kort transskriptionen i proteinsyntesen?

Answer 285

Transskriptionen er det trin hvor DNA oversættes til mRNA. RNA polymerase påsættes ved promoteren på den ikke kodende streng, og aflæser nukleotiderne inden for den kodende sekvens. Polymerasen sammensætter sammetidig en komplimentær RNA streng til DNA strengen, ud fra basepar. Man skal være opmærksom på at i RNA vil thymin (T) være udskiftet med uracil (U).

Question 286

# F11 Hvad er en promoter region, i forbindelse med transskription?

Answer 286

En bestemt sekvens, der indikerer at begyndelsen af en gen kode. Promotoren skal være til stede for at RNA-polymerase kan transskribere. ## Footnote Promoter regionen kaldes også for -35 regionen, da der vil være 35 nukleotider til at den reelle gen sekvens begynder.

Question 287

# F11 Hvad er en sigma faktor (skriptionsfaktor)? ## Footnote I forbindelse med transskription.

Answer 287

Sigma faktoren er det som genkender promoteren, og derfor forbinder sigma faktoren RNA-polymerase til promoteren.

Question 288

# F11 Hvordan kan sigma faktoren bruges til at regulere, mængden af et gen der bliver udtrykt?

Answer 288

Der skal være sigma faktor til stede, for at et gen kommer til udtryk. Ved at producere mere eller mindre sigma faktor, vil der derfor tilsvarende blive mere eller mindre af genet udtrykt. Der er også proteiner, hvis funktion er at deaktivere sigma faktorer.

Question 289

# F11 Hvad er en af forskellene i transskriptionsfasen mellem eukaryoter og prokaryoter?

Answer 289

Hos prokaryoter kan flere gener blive transskriberet på en gang (operon), mens hos eukaryoter kan kun 1 gen af gangen bliver transskriberet. ## Footnote Operon er en klynge af gener, under kontrol af en promoter.

Question 290

# F11 Hvordan stoppes en transskription?

Answer 290

1. Der dannes et ’stem - loop’ i RNA, fordi der har været to komplementære sekvenser, efterfulgt af en række uracil baser, dette indikere gen sekvensen er ovre. 2. Polymerasen kan genkende ud fra sekvensen, at koden er slut nu. Dette er en mere aktiv måde. ## Footnote Se F11 slide 12 for en visualisering af stem loopet.

Question 291

# F11 Transskriptionen kan for eukaryoter deles op i 4 trin. Hvad er disse?

Answer 291

1. Primær transskription 2. Alternativ ’splicing’ 3. Introns & extrons 4. ’Capping’ og polyadenylation

Question 292

# F11 Hvad er formålet med splicing af den primære transskription? ## Footnote Splicing sker med proteinkomplekset spliceosom.

Answer 292

I det primære transskript vil der være introns med, og disse bliver skåret fra under splicing, mens extrons bliver sammensat til et modent mRNA. ## Footnote Introns er sekvenser der ikke bliver udtrykt, mens extron er sekvenser der bliver udtrykt.

Question 293

# F11 Hvad er extrons?

Answer 293

Sekvenser af nukleotider der bliver udtrykt

Question 294

# F11 Hvad er introns?

Answer 294

Sekvenser af nukleotider der ikke bliver udtrykt. Disse vil blive nedbrudt, i deres RNA-form.

Question 295

# F11 Hvad bruges ’Capping’ og polyadenylation til i transskriptionen?

Answer 295

Det er stoffer som skal tilføjes til mRNA strengen, hvor 5’-Cap skal være tilstede for at translationen kan igangsættes. Poly-A tilføjes i 3’ enden for at stabilisere mRNA. ## Footnote Er en del af transskriptionen da det sker inde i cellekernen.

Question 296

# F11 Hvilken binding dannes mellem to aminosyre?

Answer 296

En peptidbinding

Question 297

# F11 Hvad hedder processen af hvor mRNA ’omdannes’ til protein?

Answer 297

Translation

Question 298

# F11 Hvad hedder processen af hvor DNA ’omdannes’ til mRNA?

Answer 298

Transskription

Question 299

# F11 Hvad er den primære struktur af proteiner?

Answer 299

Rækkefølgen af aminosyre, på polypeptidkæden.

Question 300

# F11 Hvad er den sekundære struktur af proteiner?

Answer 300

Enten alpha helix eller beta sheet. Hvordan polypeptidkæden folder sig, ud fra hvilke interne bindinger der kan dannes.

Question 301

# F11 Hvad er den tertiære struktur af proteiner?

Answer 301

Placering af alpha helix og beta sheet i forhold til hinanden. Der kan opstå syostion broer der er med til at opretholde struktur. Det er den rummelige struktur af polypeptidkæderne.

Question 302

# F11 Hvad er den kvaternære struktur af proteiner?

Answer 302

Strukturen der dannes når flere polypeptidkæder fungere som et protein.

Question 303

# F11 Hvor mange nukleotider, indgår i et codon?

Answer 303

3 nukleotider

Question 304

# F11 Hvad er henholdsvis 2D og 3D strukturen af tRNA?

Answer 304

2D strukturen er en kløver, mens 3D strukturen er L-formet.

Question 305

# F11 Hvordan bindes mRNA til tRNA?

Answer 305

tRNA har et anticodon, som kan binde sig til et codon i mRNA kæden.

Question 306

# F11 Hvor mange binding cites til tRNA er der i ribosomet?

Answer 306

3 - accepter site, peptide site og exit site

Question 307

# F11 Beskriv kort translations processen.

Answer 307

tRNA med start codon, hjælper med at binde mRNA til ribosomets binding site. tRNA med næste codon og dertilhørende aminosyre binder sig til ribosomets accepter, og der dannes en peptidbinding mellem aminosyrerne. Det orginale tRNA forlader ribosomet, og prossecen gentages indtil der er nået den ønskede polypeptidkæde. ## Footnote Visualisering i F11 slide 37

Question 308

# F11 Hvad er polyribosomer, og hvad er formålet med disse?

Answer 308

Flere ribosomer sidder sammen, således at translationen er optimeret.

Question 309

# F14 Hvad betyder semi-syntetisk?

Answer 309

Modificering af naturlige stoffer.

Question 310

# F14 Hvor ødelægges cellen af antibiotika.

Answer 310

Cellen ødelægges/nedbrydes indefra.

Question 311

# F14 Hvad er de fire hovedklasser af naturlige antibiotika resistente mekanismer?

Answer 311

- Modifikation af det antibiotiske mål. - enzym aktivitetsstandsning af den antibiotiske agent. - Fjernelse af antibiotisk fra cellen via efflux pumper. - Metabolisk bypas.

Question 312

# F14 Hvad kan random kromosom mutation føre til? ## Footnote I relation til antibiotika

Answer 312

Resistens

Question 313

# F14 Hvordan kan naturligt resistente gener transporteres?

Answer 313

De kan transporteres ved vandret gen overføring og omflyttende elementer fra resistente til ikke-resistente celler.

Question 314

# F14 Hvad er biofilm?

Answer 314

- Giver ekstra beskyttelse til bakterien: 1. EPS matrix falder i gennemstrømningen af antibiotika. 2. Opregulering af antibiotiske efflux systemer. - Biofilm-baserede infektioner er svære at behandle.

Question 315

# F14 Hvad sker der ved metabolisk bypas?

Answer 315

- Celler ændrer væsentlige cellulære processer målrettet af antibiotika til ikke-essentielle. - Aktivering af alternative funktioner.

Question 316

# F14 Hvad er antibiotika og hvornår kan celler fx anvende det?

Answer 316

Det er antimicrobielle stoffer som naturligt produceres af mikrober som dræber eller inhiberer den fra at vokse. De går efter grupper af bakterier. De kan også være semisyntetiske og syntetiske, så de er fremstillet i lab. Generelt anvendes det så de har bedre chance for at overleve, fx hvis der er begrænsning på en bestemt føde, så kan de dræbe de andre organismer, så der er mere til rådighed til dem selv.

Question 317

# F14 Hvad går antibiotika særligt efter når det skal angribe en celle?

Answer 317

Dets mål er essentielle molekylære processer, fx metabolske mekanismer. Eller processer med DNA eller cellemembran/cellevæg.

Question 318

# F14 Hvordan kan resistens overfor antibiotika opstå?

Answer 318

Det kan være en tilfældig mutation i kromosomet eller der kan overføres resistente gener via horisontal gen overførsel.

Question 319

# F14 Hvad er funktionen af efflux pumper ## Footnote I fbm. antibiotika

Answer 319

Det sænker den indre antibiotika koncentration, multi-drug resistent da den ikke er specifik til et bestemt molekyle. De opstartes når cellen fornemmer der er antibiotika.

Question 320

# F14 Hvad er funktionen af biofilm ifm. Antibiotika?

Answer 320

De kan danne en solid bariere, så de er ekstra beskyttede. Deres effluxpumper bliver mere effektive. ## Footnote Effluxpumper bruges til at pumpe antibiotika ud af cellerne.

Question 321

# F14 Hvad er persister-celler ## Footnote I forbindelse med antibiotika

Answer 321

De er tolerante overfor flere typer antibiotika. De er genetisk ens mens vokser ikke, og antibiotika kan ikke dræbe dem. når antibiotika behandling stopper, så begynder de at vokse igen. ## Footnote Det er en tilstand cellen kan komme i.

Question 322

# F14 Er antibiotika relevant for bioteknologi? Hvis ja, hvorfor?

Answer 322

Ja, da det er et problem ifm. Med sygdomme og helbredelse. Derfor ønsker man at udvikle nye strategier og begrænse spredning af resistens.

Question 323

# F14 Hvad er en virus?

Answer 323

Genetisk element som kan formere sig i en levende værts celle. Den er ikke en del af livets træ. Den får energi, metabolske intermediater og protein fra værtscellen. Stor diversitet i hvad de inficerer.

Question 324

# F14 Forklar de fundamentale dele af en virus, herunder virion, capsid og capsomerer

Answer 324

Virion er den ydre del af virussen, capsid er proteinskallen som omringer genomet. Capsomererne er de enkelte proteiner som danner capsid.

Question 325

# F14 Hvad er forskellen på en ”naked virus” og en ”enveloped virus”

Answer 325

En ”naked virus” har ingen ydre lag, en ”enveloped virus” har et ydre lag af et fosforlipidbilag (fra værtscelle) og proteiner. På det ydre lag har den proteiner som kan sætte sig fast og inficere. Hele virion kommer ind i dyrecellen når den inficerer.

Question 326

# F14 Forklar kort de to former for virus infektioner

Answer 326

Lytic infektion, virus replikeres og ødelægger cellen Lysogenic infektion, værtscellen ændres genetisk, da virus bliver en del af dens DNA.

Question 327

# F14 Kan genomet i virus være DNA og RNA, eller kun DNA? ## Footnote Altså ikke som en blanding af DNA og RNA, men enten den eller den anden.

Answer 327

Det kan være begge dele.

Question 328

# F14 Er virus DNA dobbelt eller enkelt strenget, eller er begge muligt?

Answer 328

Begge er muligt

Question 329

# F14 Hvad er de to måder en capsid på en virus kan dannes? ## Footnote capsid er proteinskallen som omringer genomet

Answer 329

Den kan lave den selv ved at anvende capsomerer som er kodet i deres egen sekvens (self-assembly) eller de kan være afhængige af værten, og anvende dens chaperone proteiner til at folde og samle capsomererne ## Footnote Capsomere er det, som capsid er opbygget af.

Question 330

# F14 Skal der være enzymer tilstede i virions for at en virus kan inficere? ## Footnote Virion er den ydredel af viraen

Answer 330

Ja fx lysozyme, som nedbryder peptidoglycan i bakteriecelle væggen.

Question 331

# F14 Forklar de 5 trin i virus replications cyklus, inkl. tegning

Answer 331

1. fastsættelse af virus på hosten 2. indtrædelse af virion i cellen 3. syntese af virus’ nukleinsyre ved celle metabolisme 4. capsides og genomet pakkes ind i nye virions 5. de færdige virions sendes ud fra cellen. ## Footnote For tegning se powerpoint 16, slide 29

Question 332

# F14 Hvad kræves for at en virus kan inficere en vært?

Answer 332

Kræver komplementære receptorer på overfladen af værten og på den inficerende virus. Receptorer kan f være proteiner, lidpider, carbohydrater. Så hvis der sker mutation på en receptor, så kan det skabes resistens for viraen.

Question 333

# F14 Hvad er en lysogen celle?

Answer 333

Den har en virus som en del af sit genom.

Question 334

# F14 Hvad er de 3 hovedforskellen mellem dyre-vira og andre vira?

Answer 334

Hele virion kommer ind i cellen, de har viroplasms som øger hastigheden for dannelsen af virions, de har specifikke host cell receptorer

Question 335

# F14 Tre major forskelle til plante-vira fra dyre vira

Answer 335

De har en bred vifte af værter, ofte ikke indpakkede, transmission er anderledes grundet plantecellevægge.

Question 336

# F14 Har vira haft betydning for evolution? Og hvorfor?

Answer 336

Ja, overføre gener mellem arter, sikrer diversitet, gøre nye metabolismer mulige, stor påvirkning på økonomi (sundhed, medicin, landbrug)

Question 337

# F18 Er det muligt at inducere lac promotor med IPTG?

Answer 337

Ja

Question 338

# F18 Står cDNA for komplimentær DNA?

Answer 338

Ja

Question 339

# F18 I site-directed mutagenesis, er det nemmest at forsvare sig mod linære eller cirkulære plasmider?

Answer 339

Linære plasmider

Question 340

# F18 I en protein fusion kan det endelige protein være fluoricerende. Til en sådan fusion, vil GFP få proteinet til at lyse i hvilken farve?

Answer 340

Grøn ## Footnote GFP står for Green Flourecent Protein.

Question 341

# F18 Nogle steder i verden bruges mikrobiologi til at få køer til at have en større mælkeproduktion, ved at “snyde” koen til at tro at den er gravid. Hvad hedder typen af proteiner der dannes til dette formål?

Answer 341

Recombiant eller heterologous proteins.

Question 342

# F18 Kan enzymer genkende chiralitet?

Answer 342

Ja

Question 343

# F18 Hvad er “gene mining”? ## Footnote Bruges bl.a. til et “genbibliotek”.

Answer 343

Indsamling af DNA prøver fra forskellige miljøer.

Question 344

# F18 Hvad kalder man de biologiske dele, der benyttes i syntetisk biologi?

Answer 344

Biobricks

Question 345

# F18 Hvad er forskellen på genome editing og metaboliske pathways?

Answer 345

Genome editing er arveligt. Metaboliske pathways påvirker udelukkende subjectet. ## Footnote Med subjectet menes “patienten” eller modtageren. Kan være menneske, bakterie og meget mere.

Question 346

# F21 Hvordan er metabolisk diversitet defineret?

Answer 346

Defineret i termer af cellulære processer støttende vækst.

Question 347

# F21 Hvordan er miljø-diversitet defineret?

Answer 347

Defineret i termer af mikrobielt samspil mellem organismer og deres miljø.

Question 348

# F21 Hvordan er fylogenetisk diversitet defineret?

Answer 348

Defineret i termer af evolutionære forhold mellem organismer.

Question 349

# F21 Der er mindst tre grunde til at metaboliske og økologiske træk er delt af divergente organismer, hvilke?

Answer 349

- Gen tab - Konvergent evolution - Vandret gen overførsel ## Footnote Gen tab: A trait is present in a common ancestor is lost during divergence over time. Konvergent evolution: A trait has evolved independently in two or more lineages is not encoded by homologous genes. Vandret gen overførsel: Genes that code for a trait are homologous and have been exchanged between distantly related lineages.

Question 350

# F21 Hvad er photosyntese?

Answer 350

Omdannelsen af lys energi til kemisk energi. ## Footnote Kan enten være med eller uden ilt. (anoxygenic/oxygenic)

Question 351

# F21 Hvad udfører photosyntesen?

Answer 351

Phototropher ## Footnote De fleste phototropher er også autotropher.

Question 352

# F21 Er Cyanobakterier gram negative eller gram positive?

Answer 352

Gram negative

Question 353

# F21 Hvad indeholder Cyanobakterier i deres cellevæg?

Answer 353

Peptidoglycan

Question 354

# F21 Hvad fikserer Cyanobakterier, og hvordan generer de energi?

Answer 354

Cyanobakterier fikserer CO2 via Calvin cyklussen (dag), og generer energi via fermentering eller respiration (nat). ## Footnote Mange Cyanobakterier fikserer N2 om natten.

Question 355

# F21 Hvor finder nitrogen fikseringen sted?

Answer 355

Nitrogen fikseringen sker i Bakterier, findes i få Archaea, og ikke i Eukaryoter.

Question 356

# F21 Hvad former Diazotrofer symbiotiske forhold med? ## Footnote En diazotrof er en mikroorganisme, der er i stand til at vokse uden eksterne kilder til fikseret nitrogen.

Answer 356

Diazotrofer former symbiotiske forhold med planter, dyr og svampe.

Question 357

# F21 Hvordan vokser denitrifikationer?

Answer 357

De vokser ved anerobisk respiration af uorganisk nitrogen (NO3-, NO2-) til gas produkterne NO, N2O og N2.

Question 358

# F21 Hvor mange supergrouper er der af Eukaryoter?

Answer 358

5

Question 359

# F23 Er E-coli prokaryot eller eukaryot?

Answer 359

Prokaryot

Question 360

# F23 Er S. cerevisiae prokaryot eller eukaryot? ## Footnote Det er en gær/svamp

Answer 360

Eukaryot

Question 361

# F23 Er bade cyanobakterier og microalger prokaryoter?

Answer 361

Nej, cyanobakterier er prokaryoter rog mikroalger er eukaryoter.

Question 362

# F23 Kan bakterier overføre DNA til svampe, alger og planter?

Answer 362

Ja, derfor er de meget anvendelige til “genetic engineering”.

Question 363

# F23 Hvad er endogene gener, og hvad er heterologe gener?

Answer 363

Endogene gener stammer fra den pågældende organisme, hvor heterologe gener stammer fra en anden organisme, hvorefter de er blevet indsat I organismen.

Question 364

# F23 Anvendes tilfældig mutagenese i metabolic engineering? ## Footnote Tilfældig mutagenese er når fx stråling eller kemi skaber mutation og ændrer noget I microorganismen

Answer 364

Ja, det har været brugt til at få microorganismer til at producere fx madvare, vitaminer og antibiotika

Question 365

# F23 Hvad er formålet med ”adaptive laboratory evolution (ALE)?

Answer 365

Det bruges til at dyrke mikroorganismer under bestemte forhold for at fremme mutationer som giver større chance for overlevelse

Question 366

# F20 Hvordan ’konservere’*/omdanner alle celler energi? ## Footnote *conserve energy

Answer 366

Ved at forbinde elektron flow til ATP syntese ## Footnote Elektron flow består af redox reaktioner

Question 367

# F20 Hvad er kataboliske reaktioner?

Answer 367

Nedbrydelse af molekyler, for at danne energi i metabolismen.

Question 368

# F20 Hvad er anabolske reaktioner?

Answer 368

Opbyggelsen af molekyler, fx i forbindelse med vækst.

Question 369

# F20 Hvad er navnet for organismer der omdanner energi i form af lys til kemisk energi?

Answer 369

Photothrops

Question 370

# F20 Hvad er navnet for organismer der danner energi enten fra fermentation eller respiration?

Answer 370

Chemothrops

Question 371

# F20 Hvad er fermentering, i tre træk?

Answer 371

* Har ingen ekstern elektron donor * ATP er primært dannet ud fra substrate-level phosphorylation * Der vil være et fermenteringsprodukt ## Footnote Fermenteringsproduktet vil være en reduceret metabolit. En metabolit er et stof der indgår i stofskiftet.

Question 372

# F20 Danner aerobisk eller anaerobisk respiration mest energi? Hvorfor?

Answer 372

Aerobisk respiration vil danne mest energi, da O2 / H2O er det mest elektropositive par.

Question 373

# F20 Nævn 2 kendetegn ved respirationen.

Answer 373

* Har en ekstern elektron doner * ATP dannes ud fra oxidativ fosfylering i elektron transport kæden, og er hermed forbundet til proton motive force.

Question 374

# F20 Hvad kan autotropher?

Answer 374

Autotropher optager CO2 som kulstof kilde, og hermed byggestenen til celle materialet. ## Footnote ’Reduce CO2 to organic compounds’

Question 375

# F20 Hvad beskriver Calvin cyklussen? ## Footnote Calvin cyklussen sker for autotropher.

Answer 375

En ’pathway’ for CO2 fixering, benyttet af alle oxygenic phototrofer.

Question 376

# F20 Beskriv kort Calvin cyklussen. ## Footnote Calvin cyklussen sker for autotropher.

Answer 376

Hovedpointer, * CO2 bliver fixeret * CO2 omdannes til fructose-6-phosphate, der efterfølgende bruges til biosyntese * Processen forbruger 12 NADPH og 18 ATP * Enzymet RuBisCO er vigtigt, da det er enzymet der reducere CO2 til glyceraldehyde-3-phosphate ## Footnote RiBisCO står for **Ri**bulose **bis**phosphate **c**arb**o**xylase Visualisering af cyklussen kan findes i F20 på slide 8

Question 377

# F20 Hvordan fixere nogle autotropher CO2, udover Calvin cyklussen? Og hvilke fordele/ulemper er der ved denne metode?

Answer 377

’Reverse Citric Acid Cycle’ kan benyttes af autotropher til at fixere CO2. Med denne metode dannes der mere effektiv energi, i form af glyceraldehyde 3-P. Metoden kræver 24 hydrogener, og 10 ATP. ## Footnote Se visualisering i F20 på slide 9.

Question 378

# F20 Hvad er henholdsvis photoautotrofer og photoheterotrofer?

Answer 378

Photoautotrofer: Autotrofer der kan lave fotosyntese Photoheterotrofer: Heterotrofer der kan lave fotosyntese. ## Footnote Heterotrofer er stoffer der benytter organisk carbon, som carbon kilde.

Question 379

# F20 Hvad er fotosyntesen?

Answer 379

Brugen af lys energi, til at drive biosyntese. Gennem lysreaktioner omdannes lys energi til kemisk energi.

Question 380

# F20 Hvad er klorofyller?

Answer 380

Lys sensitivt pigment, som absorbere lys og igangsætter energi konverteringen.

Question 381

# F20 Hvad er kloroplaster, og hvordan er det opbygget? ## Footnote Kloroplast kaldes også for grønkorn.

Answer 381

Fotosyntesen sker i organellet kloroplast, hos eukaryoter. Det har et folde/ark membrane system kaldet ’thylakoids’, som ligger placeret således at kloroplast har to regioner. Henholdsvis stoma og lumen, som gør proton motive force muligt. ## Footnote Visualisering kan findes i F20 slide 15

Question 382

# F20 Hvilket stof gør at phototrophe kan vokse ved lav lys intensitet, samt anoxygen forhold?

Answer 382

Klorofyl

Question 383

# F20 Beskriv kort den anoxygen fotosyntese.

Answer 383

Fotosyntese apparat er fastlejret i membranen. Reaktionen der igangsætter elektrontransport kæden sker i reaktionscenteret for phototrofen. Elektroner bliver i membranen transporteret af proteiner og cytochromer. ## Footnote Visualisering er i F20 slide 21.

Question 384

# F20 Hvad er chemolithotrophs?

Answer 384

Microorganismer der bruger uorganiske elektron donere. ## Footnote Eksempler på uorganisk stoffer er oxidation af svovl compounds, eller oxidationen af jern.

Question 385

# F20 Hvordan bidrager chemolithotropher til nitrogenkredsløbet?

Answer 385

Nitrifikation, som er oxidationen af ammoniak til nitrat, med mellemproduktet nitrit.

Question 386

# F20 Hvad påvirker om fermenteringen af mælkesyre vil være homofermentativ eller heterofermentativ? Og hvad er forskellen mellem de to fermenterings veje?

Answer 386

Hvis der er aldolase til stede, vil det være homofermentativ. Hvis aldolase mangler vil det være hetero. Den hetero fermenteringsvej har flere steps, hvorved der dannes biprodukter. Derfor dannes der både mælkesyre, ethanol og CO2. Den homofermentative vej danner kun 1 produkt i form af mælkesyre. ## Footnote Aldolase er et enzym, som bruges i glykolysen.

Question 387

# F20 Hvad er Entner-Doudoroff Pathway?

Answer 387

En variant af ’glycolitic’* pathway ## Footnote *Glycolitic referer til behandling/nedbrydelse af et glukose molekyle, til noget der kan anvendes biokemisk.

Question 388

# F20 Hvad er produkterne af ’mixed acid fermentations’?

Answer 388

En række syrer (eddike-, mælke- og ravsyre), samt nogle neutrale produkter som CO2, ethanol, H2.

Question 389

# F20 Hvad er sekundær fermentering?

Answer 389

En fermentering, hvor udgangsstoffet er et fermenteringsprodukt. ## Footnote En primær fermentering er, hvor organismer nedbryder og fermentere kulhydrater.

Question 390

# F10 (Sandt eller falsk) Kan information overføres fra et protein til et andet protein eller nukleinsyre?

Answer 390

| Nej

Question 391

# F10 Forklar det centrale dogme

Answer 391

Det centrale dogme er det sted i alle celler, hvori der overføres genetisk information. Det medfører også større processer som proteinsyntesen.

Question 392

# F10 Hvad er Messenger RNA’s (mRNA) funktion?

Answer 392

Enkeltstrenget molekyler, som overfører information fra DNA til ribosomer.

Question 393

# F10 Hvad er Tranfer RNA’s (tRNA) funktion?

Answer 393

Hjælper med at omdanne genetisk information i RNA’et til aminosyrer i proteiner.

Question 394

# F10 Hvad er Ribosomalt RNA’s (rRNA) funktion?

Answer 394

Hjælper med bevarelsen af ribosomer, og dermed at celler har nok ribosomer i cellen.

Question 395

# F10 Forklar proteinsyntesen/biologisk flow.

Answer 395

1. Replikation: Dobbeltstrenget DNA alpha-helix-struktur bliver duplikeret. Katalyseres af DNA polymerase. 2. Transkription: DNA-information bliver lagret til RNA. Katalyseres af RNA polymerase. 3. Translation: RNA-information bliver overført til aminosyrer, som danner en polypeptid. ## Footnote NB! Tænk alfabetisk rækkefølgende

Question 396

# F10 Hvad koder gener for?

Answer 396

Proteiner

Question 397

# F10 Hvorfor er DNA statisk, hvorimod mRNA og proteiner er dynamiske i det genetiske flow/proteinsyntesen.

Answer 397

DNA er statisk, da den ikke skal ændres. mRNA er dynamisk, da dens genetiske sekvens kan variere. Proteiner er dynamiske, da de udfører et aktivt arbejde.

Question 398

# F10 Hvad er backbonens funktion, og hvordan er den opbygget?

Answer 398

Den består af phosphat og pentonse. Den funktion er at beskytte baseparene, og derfor sker baseparene inde for backbonene.

Question 399

# F10 Hvorfor indeholder backbonene er minor og major grove?

Answer 399

Da deres afstand fra hinanden varierer.

Question 400

# F10 Forklar supercoiling

Answer 400

Bakteriers metode for at tilpasse deres DNA, som de gør ved at gøre det mere kompakt.

Question 401

# F10 Nævn plasmiders egenskaber.

Answer 401

Normalt dobbelstrenget Cirkulært DNA Indeholder kun ikke væsentlige gener

Question 402

# F10 Nævn de fire forskellige plasmidtyper

Answer 402

**Resistente plasmider** Bærer gener, der giver bakterier resistens over for antibiotika. **Plasmider der koder for virulente faktorer** Gør bakteriet mere patogent. **Plasmider der koder for bakteriociner** Bærer gener, der koder for bakteriociner, som er proteiner, der kan dræbe eller hæmme væksten af nært beslægtede bakteriestammer. **Modificerede plasmider**

Question 403

# F10 Hvad er en semikonservativ proces?

Answer 403

Semikonservativ replikation er den proces, hvorunder DNA kopieres, således hver ny DNA-dobbelthelix indeholder én original (gammel) streng og én nysyntetiseret (ny) streng.

Question 404

# F10 Hvad er en primers funktion?

Answer 404

En primers funktion er at give et startpunkt for DNA-syntese.

Question 405

# F10 Hvad er primase?

Answer 405

Primase er det enzym der sætter en RNA-primer på en DNA-streng.

Question 406

# F10 Hvad er DNA-helikases funktion?

Answer 406

Adskiller de to strenge i DNA-dobbelthelixen ved at bryde hydrogenbindingerne mellem nukleotiderne.

Question 407

# F10 Hvad er DNA replikation fork?

Answer 407

Et Y-formet sted, hvor DNA-double-helixen splittes i to, hvorefter de nye strenge kopieres.

Question 408

# F10 Hvad er Okazaki fragmenter?

Answer 408

Okazaki-fragmenter er korte DNA-fragmenter, der dannes på lagging strand under DNA-replikation.

Question 409

# F10 Hvad er forskellen på DNA polymerase I og III?

Answer 409

**DNA polymerase I** Udskærer RNA-primeren og udfylder hullerne **DNA polymerase III** DNA-polymerase III er hovedansvarlig for syntesen af nye DNA-strenge under replikation.

Question 410

# F10 Hvad forskellen på endo og exo?

Answer 410

"Endo" refererer til aktivitet inde i et molekyle, mens "exo" refererer til aktivitet uden for molekylet.

Question 411

# F10 Hvad er DNA ligase?

Answer 411

DNA-ligase er et enzym, der reparerer brudte fosfodiesterbindinger i DNA ved at binde DNA-nukleotider sammen.

Question 412

# F10 Hvad er DNA gyrase?

Answer 412

DNA-gyrase er et enzym, der supercoiler DNA'et under replikation og er et mål for visse antibiotika.

Question 413

# F10 Hvad er tau?

Answer 413

Tau-proteinet er som en "lim" i hjernen, der holder tingene sammen. Det hjælper med at opretholde strukturen i nerveceller og hjælper med at transportere stoffer rundt i cellerne.

Question 414

# F10 Hvad er replisomet?

Answer 414

Replisomet er en kompleks molekylær maskine, der udfører replikation af DNA.

Question 415

# F17 Hvad er PCR (polymerase chain reaction)?

Answer 415

Isolere kopier af specifikke rene gener.

Question 416

# F17 Hvordan foregår PCR?

Answer 416

Processen indebærer tre trin: **Denaturering**, hvor DNA opvarmes for at bryde hydrogenbindinger og adskille det i to enkelttråde; **Annealing**, hvor primere binder sig til de specifikke DNA-sekvenser, der skal kopieres; og **Forlængelse**, hvor DNA-polymerase bygger nye DNA-tråde ved at tilføje nukleotider baseret på de eksisterende tråde.

Question 417

# F17 Hvad er introns?

Answer 417

Introner er ikke-kodende DNA-sekvenser, der fjernes under splicing af mRNA.

Question 418

# F17 Hvad er transkriptase?

Answer 418

Transkriptase er et enzym, der katalyserer syntesen af RNA fra en DNA-skabelon under transkription.

Question 419

# F17 Hvordan foregår reverse transkription PCR?

Answer 419

Reverse transcription PCR (RT-PCR) bruger enzymer som reverse transkriptase til at omdanne RNA til komplementært DNA (cDNA). Derefter bruges PCR til at amplificere dette cDNA. Resultatet er en forstærkning af RNA-sekvenser, hvilket gør det muligt at analysere dem.

Question 420

# F17 Hvordan kan DNA-molekyler adskilles i agarose gel?

Answer 420

Under udførelse af elektroforese.

Question 421

# F17 Hvordan fungerer elektroforese?

Answer 421

Elektroforese adskiller DNA, RNA eller proteiner baseret på størrelse og ladning ved at anvende elektrisk strøm til at bevæge dem gennem en gel. De mindre molekyler bevæger sig hurtigere og opdages tidligere, mens større molekyler bevæger sig langsommere.

Question 422

# F17 Hvad er restriktionsenzymer?

Answer 422

Restriktionsenzymer er proteiner, der skærer DNA på specifikke sekvenser og muliggør genetisk manipulation og DNA-analyse.

Question 423

# F17 Hvad er sticky ends?

Answer 423

Sticky ends er ujævne ender af et DNA-fragment, der dannes efter skæring med restriktionsenzymer og har en overhængende sekvens, der kan danne hydrogenbindinger med en komplementær sekvens.

Question 424

# F17 Hvad er blunt ends?

Answer 424

Blunt ends er lige ender af et DNA-fragment, der dannes efter skæring med restriktionsenzymer og mangler overhængende sekvenser.

Question 425

# F17 Hvad er methylaser?

Answer 425

Et enzym, som sætter methylgrupper på genkendte basepar.

Question 426

# F17 Hvordan foregår molekylær kloning/gen kloning?

Answer 426

1. Klip DNA med restriktionsenzym. 2. Tilføj vektor klippet med samme restriktionsenzym. 3. Tilføj DNA-ligase for at danne rekombinante molekyler. 4. Indfør rekombinant vektor i en værtsorganisme.

Question 427

# F17 Hvad er en vektor?

Answer 427

En vektor er et DNA-molekyle, der bruges til at transportere fremmed DNA ind i en værtsorganisme.

Question 428

# F17 Hvad er Multiple cloning site (MCS)?

Answer 428

MCS er en specifik DNA-sekvens i en vektor, der indeholder flere restriktionsenzym-snitsteder, hvilket muliggør indsættelse af fremmed DNA.

Question 429

# F17 Hvad er complementary DNA (cDNA)?

Answer 429

cDNA er en DNA-kopi af en mRNA-sekvens, syntetiseret ved hjælp af enzymet reverse transkriptase.

Question 430

# F17 Hvad agarose gel og hvad bruges det til?

Answer 430

Agarosegel er en gel lavet af agarose, der bruges til elektroforese til at adskille DNA eller RNA efter størrelse.

Question 431

# F13 Regulering af Chemotaxis – E. Coli

Answer 431

1. Respons til signal, via sensoriske proteiner (MCPs) 2. Kontrol af flagellar rotation via. CheY protein 3. Adapterer ved at genstarter sig sel ## Footnote CheY = rotation mod uret CheY-P= rotation med uret

Question 432

# F13 Hvad er operoner?

Answer 432

Operoner er en sammensætning af gener, der arbejder sammen som en enkel enhed. Det er operoner der kan producere mRNA, gennem transkription.

Question 433

# F13 Hvad hedder processen, hvorved mRNA bliver til proteiner?

Answer 433

Translation

Question 434

# F13 Hvad er “regulons”?

Answer 434

Regulons er en sammensætning af både gener og operoner. ## Footnote De kontrolleres at et regulerende protein. Slide 4.

Question 435

# F13 Hvad gør globale kontrol systemer?

Answer 435

De regulerer udtryk for forskellige gener samtidige, som findes i flere “regulons”. ## Footnote Kan bestå af regulerende RNA, signal molekyler, aktivatorer. Slide 5.

Question 436

# F13 Hvad er “lac” operon?

Answer 436

Et sæt af gener, der er involveret i lactoses metabolisme i bakterier.

Question 437

# F13 Hvad er lac operons rolle?

Answer 437

Sikre effektiv lactose udnyttelse, nå gluykose er mangelfuld.

Question 438

# F13 Hvilket sukkerstof forbruges først?

Answer 438

Glukose

Question 439

# F13 Hvad er katabolit repression?

Answer 439

En aktiverings form, hvor transkriptionen er kontrolleret af et aktivaterings protein.

Question 440

# F13 Hvad er et eksempel på et aktiveringsprotein?

Answer 440

Cyclic AMP receptor protein (CRP) ## Footnote Den aktiveres ved bindning med cyklisk AMP (cAMP)

Question 441

# F13 Hvornår forøges cAMP?

Answer 441

Når glukose formindskes. Det aktiverer lac opersons. ## Footnote Slide 10 F13

Question 442

# F13 Hvornår er cAMP lav?

Answer 442

Når glukose er høj, hvilket betyder at CRP er inaktiv og der ingen transskription af lac operons forgår.

Question 443

# F13 Hvad spiller fosfor (Pho) en stor rolle?

Answer 443

DNA, RNA, membran syntese, energi generation, celle signalering.

Question 444

# F13 Hvilke komponenter består fosfor regulonet af?

Answer 444

- PhoR = membran bundet histidin kinase sensor protein - PhoP=cytoplasmisk transkriptions regulator. ## Footnote Slide. 13 F13

Question 445

# F13 Hvad er fosfor regulon?

Answer 445

Et globalt kontrol system som er baseret på 2 komponenter, og som kan sanse ekstracellulære niveauer af fosfat.

Question 446

# F13 Hvad betyder ncRNA?

Answer 446

Non-coding RNA

Question 447

# F13 Hvad er ncRNA?

Answer 447

RNA molekyler der ikke er oversat til proteiner.

Question 448

# F13 Hvad er sRNA?

Answer 448

Small-RNA som interagerer med mRNA eller proteiner for at regulære gene udtrykket. Betyder at bakterierne kan adapterer til ændringer i omgivelserne.

Question 449

# F13 Hvad er ”riboswitches”?

Answer 449

En sekundær struktur i et mRNA molekyle, som kan binde molekyler til at kontrollere transkription eller translation af mRNA. De kan lave ændringer på produktionen af proteiner, kodet af mRNA. ## Footnote Slide 20 F13

Question 450

# F13 Hvor på mRNA findes ”riboswitches”?

Answer 450

Ved 5’ enden af u-oversat mRNA. ## Footnote 5’-UTR

Question 451

# F13 Hvad er ”attenuation”?

Answer 451

Opstår ved terminering af mRNA syntese, som en slags transkriptionel kontrol. ## Footnote Slide 24 F13

Question 452

# F13 Hvordan forløber ”attentuation”?

Answer 452

Første del af mRNA som laves, kan deles i to forskellige sekundære strukture. Den ene tillader syntese af mRNA og den anden forårsager terminering. ## Footnote Slide 254

Question 453

# F13 Hvad er enzym regulering?

Answer 453

Sikrer at celler kan adapterer til forandrende miljøer og udnytte enzymet ordentligt.

Question 454

# F13 Hvad beskriver hæmning af feedback?

Answer 454

En midlertidig slukning af reaktions biosyntetisk vej. Opstår da slut produktet binder sig til det første enzym i ”pathway”, som hæmmer aktiviteten.

Question 455

# F13 Typer af ”post-translational” regulering?

Answer 455

Phosphorylation og methylation

Question 456

# F19 Hvad var den første selv replikerende system?

Answer 456

Det var RNA baserede.

Question 457

# F19 Egenskaber af RNA

Answer 457

RNA kan opbevare information, binde mindre molekyler, have katalystisk ektivitet (kan katalyserer sin egen syntese).

Question 458

# F19 Hvor gammelt er det første mikrobielle bevis?

Answer 458

3,86 milliarder år gammelt

Question 459

# F19 Hvor gammel er jorden?

Answer 459

4,5 milliarder rår gammelt

Question 460

# F19 Hvad står LUCA for?

Answer 460

Last universal common ancestor

Question 461

# F19 Hvornår eksisterede LUCA?

Answer 461

Mellem 3,8-3,7 milliarder år siden.

Question 462

# F19 Hvorfor var primitive celler anaerobe?

Answer 462

Jorden havde ingen oxygen

Question 463

# F19 Hvordan begyndte der at opstå oxygen på jorden?

Answer 463

Cyanobakterier begyndte at udvikle et fotosystem, som kunne bruge H2O i stedet for H2S og herved producerede oxygen. ## Footnote Oxygen forblev ikke i atmosfæren, da den blev optaget af reduceret materialer i havet (FeS)

Question 464

# F19 Hvornår startede ”the Great Oxidation Event”?

Answer 464

For 2,4 milliarder år siden.

Question 465

# F19 Hvordan blev mængden af UV formindsket?

Answer 465

Da der opstod mere dioxygen i atmosfæren efter GOE, kunne dioxygen reagerer emd UV og danne ozon.

Question 466

# F19 Hvilken rolle har ozon laget?

Answer 466

Beskytter jorden fra UV stråling.

Question 467

# F19 Hvad er det universelle livs træ baseret på?

Answer 467

Nucleotide sekvensers lighed i rRNA.

Question 468

# F19 Hvad beskriver det universelle livs træ?

Answer 468

3 domæner af liv: bakterier, archaea, og eukarya.

Question 469

# F19 Hvad står LECA for?

Answer 469

Last eukaryotic common ancestor

Question 470

# F19 Hvilke to hypoteser er der, til oprindelsen af eukaryotiske celler?

Answer 470

1. Serial endosymbiosis hypotese 2. Symbiogenesis hypotese ## Footnote 1=eukaryoter begyndte som en nukleus med en afstammning der senere forårsagede mitokondrier og kloroplaster. 2= eukaryoter com fra intracellulære imellem dioxygen optagende bakterier, som førte til mitoondrier. Slide. 21 F19

Question 471

# F19 Hvad er mutationer?

Answer 471

Tilfældige ændringer på DNA sekvenser over tid.

Question 472

# F19 På hvilke måder kan mutationer opstå?

Answer 472

Substitutioner, sletninger, indsættelser, eller duplikationer.

Question 473

# F19 Hvad er rekombinationer?

Answer 473

En process der ødelægger og genforeninger DNA segmenter, til at lave en ny kombi. Af genetisk materiale.

Question 474

# F19 På hvilke måder kan rekombinationer beskrives?

Answer 474

Homologous: ens sekvenser Nonhomologous: lille lighed. ## Footnote Slide 25 F19

Question 475

# F19 ”Deleterious” mutationers

Answer 475

Har en negativ påvirkning på fitness som resulterer i at blive fjernet gennem naturlig selektion.

Question 476

# F19 ”Beneficial” mutationer

Answer 476

Har en positiv påvirkning på fitness. Resulterer i at være favourable.

Question 477

# F19 Hvad betyder ”phenotype”?

Answer 477

Beskriver en microorganismens morfologiske, metaboliske, fysiologiske og kemiske egenskaber

Question 478

# F19 Hvad er phylogeny?

Answer 478

Den evolutionære historie af en gruppe organismer.

Question 479

# F19 Hvad er phylogenetiske træer?

Answer 479

Diagramer der beskriver den evolutionære historier. Indeholder noder og grene.

Question 480

# F19 Hvad vil det sige, at gene sekvenser er ortholog?

Answer 480

Sekvenser har samme funktion og stammer fra et enkelt gene i en ”common ancestor”.

Question 481

# F19 Hvad vil det sige at gene sekvenser er paralog?

Answer 481

Sekvenser har udviklet sig til at have forskellige funktioner, som resultat fra gene duplikation.

Question 482

# F19 Hvad er mikrobiel systematikker?

Answer 482

Måden hvorpå microorganismer klassificeres. Beskriver egenskaber. ## Footnote Slide 40 F19

Question 483

# F19 Hvad er en art?

Answer 483

Et set af organismer, som kan få et fertilt afkom ## Footnote F.eks. er heste og æsler ikke samme art, da de ikke kan få et fertilt afkom (muldyr).

Question 484

# F19 Er det rigtigt, at DNA sekvenser for protein kodende gener, akkumulerer mutationer hurtgierer end rRNA gener?

Answer 484

Ja

Question 485

# F19 Hvad er “multilocus sequence analyses” (MLSA)?

Answer 485

En metode hvor adskillelige husholdende gener fra en organisme er sekventeret. ## Footnote Sekventeret: fastlæggelse af komponenter i et molekyle. Slide 45 F19

Question 486

# F22 Nævn nogle produkter biobricks bliver brugt til at lave i den industrielle sektor.

Answer 486

- Enzymer - Plastik - Food additives - Tekstiler - Bioenergi

Question 487

# F22 Nævn nogle produkter biobricks bliver brugt til at lave i medicinsektoren.

Answer 487

- Antibiotika - Vacciner - Therapeutics

Question 488

# F22 Hvilket term bruges i biosynthetics, når der bruges biobricks? ## Footnote HINT: Engelsk term

Answer 488

Genetic engineering.

Question 489

# F22 Hvor mange baser er der behov for til en fast-fase syntese af syntetisk DNA? ## Footnote Baser som A, T, C og G.

Answer 489

30-40 baser.

Question 490

# F22 I coronatiden blev PCR tests brugt til at på- eller modvise infektion med virussen. Hvad står PCR for?

Answer 490

Polymerase Chain Reaction.

Question 491

# F22 Bruges “reverse transcriptase” til at lave cDNA eller mRNA?

Answer 491

cDNA. ## Footnote Man bruger mRNA til at lave cDNA ved “reverse transcriptase”

Question 492

# F22 Når man separere DNA molekylder i agarose gel, hvilken metode bruger man da?

Answer 492

Electrophoresis (elektroforese)

Question 493

# F22 Hvad kaldes oligonuckleotider med fluoriscerende prober?

Answer 493

FISH: Fluorescent In Stitu Hybridization.

Question 494

# F22 Hvad er endonukleaser? ## Footnote De fleste af dem er homodimers. Deres funktion er at kløve.

Answer 494

Restriktions enzymer

Question 495

# F22 Nævn nogle vigtige egenskaber plasmid klonings vektorer har.

Answer 495

- Små i størrelsen - Nemme at manipulere - Har hver deres egne oprindelige replikationssteder - Den store mængde kopier, sørger for højt udbytte af hvert plasmid. - Antibiotika resistante gener, gør valget af transformerede celler nemt. - Konjugations transfer er fjernet. ## Footnote Se evt. Chapter 12 ved udfordringer.

Question 496

# F22 Hvad er en vektor i gen kloning?

Answer 496

Den del af et plasmid, der ikke er det klonede DNA.

Question 497

# F22 Nævn en af de to mest brugte værter for molekylær kloning. ## Footnote Hvis du kan, må du gerne nævne begge.

Answer 497

- Escherichia coli (E. Coli) - Bacillus subtillis (høbakterie)