Bioinfo

Question 1

UniPtoKB/ Swiss-Prot est une….

Answer 1

BANQUE de données PROTEIQUE non redondantes et de haute qualité.

Question 2

Qualité d’une base de données biologiques (5)

Answer 2

Données mises à jour et validées expérimentalement
Facilité d’utilisation
Vitesse d’interrogation
Non redondante
Accès LIBRE à l’information

Question 3

En quelle format sont publié les données sur BLAST

Answer 3

Format FASTA

Question 4

Les matrices de substitution permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux séquences…….

Answer 4

PROTEIQUE

Question 5

Les matrices de substitution sont utilisées pour calculer des………..

Answer 5

scores de similarité

Question 6

Qui a introduit la génomique et quand

Answer 6

1979, par McKusick

Question 7

4 évolution des technologies d’analyse génomique

Answer 7

1979: Séquençage Sanger
1990: Amelioration de Sanger
1999: Séquençage par électrophorèse capillaire
2005: NGS

Question 8

Qui propose pour la première fois la biologie moléculaire et quand?

Answer 8

Francis Crick en 1958

Question 9

cout et temps d’un NGS

Answer 9

48h, environ 1500$

Question 10

3 processus du NGS

Answer 10

1-Fragmentation en reads et amplification
2-Séquençage des reads
3-Alignement des séquences

Question 11

Dans le NGS, les reads sont enregistré sous quel fichier

Answer 11

dans le ficher FATSQ

Question 12

2 méthodes d’alignement des séquences dans le NGS, explique les

Answer 12

De novo (reads(contigs(scaffold)))
Avec référence: avec alignement et profondeur

Question 13

3 generation de séquençage:

Answer 13

1-Séquençage Sanger
2-SBS (Séquençage par synthèse)
3-SMS (Single molecule sequencing)

Question 14

Quel génération de séquençage utilise des short et des long reads

Answer 14

Single molecule sequencing (SMS): long reads
Séquençage par synthèse (SBS): short reads

Question 15

Quelle base de données est relationnelle et interrogeable par la SQL

Answer 15

Base de données (PAS BANQUES)

Question 16

Historique des bases de données

Answer 16

1965-Dayhoff: atlas des sequences proteique
1980-Gautier: 1ere banque

Question 17

3 opérateur Booléens

Answer 17

And Or Not

Question 18

explique Blast: quel sequences sont analysée/ alignement de quel type/ quel format

Answer 18

Un des outils les plus utilisés au monde qui sert à rechercher des régions similaires, entre les séquences nucléotidique ou protéiques. Avec un alignement local au format Fasta.

Question 19

banque de séquences protéiques la plus connue

Answer 19

UniProtB/SwissProt

Question 20

3 banques de séquence nucléique les plus connues

Answer 20

-EMBL ou ENA
-Genbank
-DDBT

Question 21

PAM250/PAM0/BLOSUM62 sont des séquences….

Answer 21

protéiques

Question 22

les séquences protéiques sont comparé par des scores de:

Answer 22

ressemblance ou similarité

Question 23

Format FASTA utilisé ou et pour quelle séquence

Answer 23

pour BLAST: séquence protéique ou nucléique

Question 24

FASTQ utilisé pour quel séquence

Answer 24

UNIQUEMENT nucléotidique

Question 25

2 technologies du SBS

Answer 25

illumina et DNBSEQ

Question 26

2 technologies du SMS

Answer 26

SMRT et Nanopore

Question 27

Génome entier et exome entier stockage

Answer 27

genome: 3Gb
exome: 50Mb

Question 28

transcriptome: séquençage de:

Answer 28

tout l’ARN

Question 29

bio informatique: ___discpiline

Answer 29

INTERdiscipline

Question 30

4 lignes d’un fichier FASTQ

Answer 30

ligne1: label
2: séquence du read
3: association ligne 2 et 4
4: Q score

Question 31

nombre d’espèces représentés chez UniProtKB/SwissProt et espèce la plus représentée

Answer 31

espèce humaine plus représente
14 000 espèces

Question 32

Blast: quel type d’alignement?

Answer 32

LOCAL