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Biochimie 1 > Biochimie 3 > Flashcards

Biochimie 3 Flashcards

1
Q

Fonctionnement rétro virus

A

Exemple le virus du hiv

Rétrovirus Entre dans cellule grâce à une interaction entre les protéines exposées à la surface des particules virales et un récepteur cellulaire

Le contenu du virus rentre dans la cellule

parmi les enzymes contenu dans le virus y a la Transcriptase inverse (capable utilise l’arn viral comme matrice pour la synthèse d’un ’ADN complémentaire : l’ADNc )

Cette synthèse s’accompagne de la dégradation de l’

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Q

Quand transcription

A

Facteurs élongation

Facteurs de transcription sont partis

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3
Q

Facteur TFIID

A

Contient protéine tbp capable s’associer adn (sur boîte tata)

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4
Q

Quels facteurs impliqués sans transcription ?

A

Adn

Facteurs transcription

Arn Pol

Atp

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5
Q

Qu’est ce que la transcription

A

C’est un mécanisme qui permet la synthèse d’arn en utilisant un brin d’ADN comme matrice

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6
Q

Pour que transcription est lieu faut que arn Pol soit quoi

A

Phosphorilé par TFIIH (sa région CTD)

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7
Q

Besoins pour la synthèse

A

Brin matrice

Nucleotides tri phosphate

Mg 2+

Pas d’amorce

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8
Q

Arn Pol procaryotes compose comment ?

A

Sous unîtes (alpha, alpha prime, beta, beta prime)

Facteur sigma

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9
Q

Terminaison dépendante de facteurs

A

Chez procaryotes

Le site de terminaison conduit au ralentissement de la progression de

transcription

le facteur p est une hélicase qui se déplace sur l’arn en cours de synthèse dans le sens 5’ a 3’

lorsque le facteur p rejoint le site où l’ARN pol est bloquée :

→dissociation de la double hélice

ADN (brin matrice)/ARN (en cours de synthèse)

→libération de la molécule d’ARN, de l’ARN pol et du facteur p

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10
Q

Différences par rapport adn

A

Plus court

Mono caténaire

Moins stable

Pas de réparation possible

Base azotée : À,C,G,U

Sucre = ribose

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11
Q

L’élongation

A

L’arn Pol catalyse l’addition d’un nucleotide à l’extrémité 3’ OH libre du brin d’arn

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12
Q

Maturation des arnT

A

Transcrit primaires

Clivage de l’Arn par 2 ARNases différentes (D et P)

  • Elongation : ajout d’une extrémité 5’-CCA-3’
  • Modification de certaines bases

> transcrit intermédiaire

Epissage

> arnT mature

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13
Q

Structure tertiaire arn

A

Structure tridimensionnelle compacte

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14
Q

Transcriptase inverse

A

1970 : Howard Temin et David Baltimore découvrent une polymérase dépendante de l’ARN capable de synthétiser de l’ADN : la transcriptase inverse

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15
Q

MiArn rôle

A

Régulateurs post transcriptionnels

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16
Q

Les différents arn

A

Arn messager

Arnt (de transfert)

Arn ribosomaux

SnArn

SnoArn

MiArn

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17
Q

Terminaison dépendante de la séquence

A

Chez les procaryotes

Une région contenant :

Deux segments d’arn complémentaires forment une boucle en épingle à cheveux

Un court segment poly-U sur l’arn

La structure en épingle à cheveux de l’arn en cours de synthèse gêne la progression de l’ARN pol et provoque la dissociation entre l’ARN pol et l’ADN.

→ Fin de la transcription

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18
Q

Les promoteurs de l’Arn Pol II

A

Séquence promoteur eucaryotes plus variables

Boîte tâta plus en amont (-30) que chez procaryotes (-10)

→ Des mutations dans la séquence de la boîte TATA réduisent la transcription du gène en aval.

→ La boîte TATA est reconnue par la protéine TBP.

Certains gènes sont équipés d’une séquence initiatrice « Inr ». Cette séquence est variable.

  • Il existe de multiples séquences régulatrices additionnelles (« enhacer » ou « silencer ») qui

peuvent être distantes, de plusieurs milliers de paires de base, du site d’initiation

Elles modulent la transcription des gènes positivement ou négativement.

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19
Q

Calcitonin

A

Hormone thyroidienne dont la fonction est la régulation du taux de calcium

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20
Q

Arn polarise ?

A

Oui (extrémité 5’ et extrémité 3’)

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21
Q

Rôle snArn

A

Processus maturation des arnm eucaryotes

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22
Q

Combien arn polymerase ?

A

1 chez procaryotes

3 chez eucaryotes (1: arnr ; 2: arnm; 3: arnr + arnt + snarn + SnoArn)

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23
Q

Formation complexe ouvert

A

TFIIH a une activité hélicase

Se sépare l’ADN (15/20 nucleotides)

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24
Q

Est ce que chaque séquence promotrices est reconnu par un facteur distinct ?

A

Oui

Promoteur standard : sigma 70

Promoteur de choc thermique : sigma 32

Promoteur de stress azote : sigma 54

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25
Q

Initiation de la synthèse chez les eucaryotes :

A

TFIIH phosphorilise la région CTD de Pol II

Se perd l’interaction avec TBP et le complexe d’initiation

Pol II abandonne le promoteur

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26
Q

Chez les procaryotes combien de régions promotrices chez le promoteur ?

A

Généralement 3 :

Région -10 : boite TATA

Région -35

Région pb 50 : élément UP

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27
Q

Complexe ouvert c’est quoi ?

A

Bulle de transcription (17 nucleotides)

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28
Q

brin d’arn synthétise appelé comment ?

A

Brin d’arn neosynthetisé

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29
Q

Transcrit primaires d’arn clives ? Chez eucaryotes

A
  • Séquences de terminaison floues

→ La transcription d’un gène aboutit à la production de transcrits primaires présentant des longueurs différentes.

  • Transcrits primaires peuvent être clivés à la même longueur pendant la transcription :

• Signal de clivage : 5’-AAUAAA-3’

• Enzyme de clivage : l’endonucléase

30
Q

Brin codant porte même séquence que arn en cours de synthèse ou non ?

A

Oui

31
Q

L’épissage chez eucaryotes

A

Maturation

✓ Les gènes eucaryotes sont discontinus :

• Régions codantes = exons

• Régions non codantes = introns

✓ L’épissage réalisé par l’épissosome :

• Elimination PRECISE des introns

(site d’épissage et site de branchement)

• Raboutage des exons

32
Q

Chez procaryotes transcription et traduction effectués ou ? Au même endroit ? En même temps ?

A

Dans cytoplasme. En même temps, même endroit

33
Q

Qu’est ce que les séquences consensus ?

A

Régions de séquences idéales qui ont été déterminées en comparant les séquences des régions promotrices de différents gènes

34
Q

Rôle arnmessager

A

Patrons synthèse protéique (2% des arn)

35
Q

Qu’est ce que permet l’association arn Pol et promoteur ?

A

Démarrage de la transcription sur un site précis de l’adn

36
Q

Rôle arnT

A

Adaptateurs lors traduction (permet adapter arnm en protéine)

37
Q

L’épissage alternatif

A

Permet la synthèse de protéines structurellement et donc fonctionnellement différentes à partir de la transcription d’une même région d’ADN.

On a un transcrit primaire, plusieurs signal de clivage donc plusieurs anm mature possible

38
Q

Structures secondaires arn

A

Épingle à cheveux (séquences complémentaires d’un même brin d’arn s’associent en une structure en tige et boucle) : stabilisé arn

39
Q

L’arn comme moule : retrovirus et cancer

A

?

40
Q

Transcriptase inverse : processus

A

Une enzyme clé de la réplication des virus a arn

Requiert un apprêt : utilise un arnT de la cellule infectée

Se retrotranscrit l’arn en adn complémentaire : se forme un hybride cAdn:ARN

3 activités enzymatiques :

l’Adn poly dépendante de l’arn synthétise le premier brin

SaArn dégrade l’arn en un hybride : cADN

41
Q

brin transcrit vs brin non transcrit

A

Brin transcrit : brin matrice : brin a partir duquel adn synthétise

Brin non transcrit : brin codant : complémentaire au brin transcrit

42
Q

Pourquoi une même région d’ADN codant peut être à l’origine de différents arnm matures ?

A

épissage alternatif, promoteurs alternatifs, polyadénylation alternative

43
Q

Maturation des arnr

A

La synthèse est méditée par les arn Pol I

Un ribosome provient d’un précurseur 45S et contient les arnr 18S, 5,8S, 28S

Des methylations spécifiques marquent des points de clivage

Les nucléases catalysent la maturation

44
Q

Plusieurs alternatives du processus alternatif

A

Alternative exon

Alternative 5’ site

Alternative 3’ site

Intron rétention

Alternative mutuelle d’exon

Alternative promoteur et premier exon

Alternative site poly A et dernier exon

45
Q

CGRP

A

Neuromodulateur agit sur le système nerveux

46
Q

L’epissosome

A

L’épissosome est un complexe composé de snARN (small nuclear RNA) comportant des régions riches en U (régions U1 à U6).

  • Les snARN peuvent s’associer à des protéines : les snRNP (small nuclear RiboNucleoProteins).
  • Les snRNP associées à U1 et U2 reconnaissent le site d’épissage 5’ et le site de branchement par complémentarité de séquence.

snRNP U1 et snRNP U2 s’associent avec le site d’épissage 5’ et le site de branchement respectivement (ATP).

  • snRNP U1 s’associe avec le complexe snRNP U4, U5, U6 (ATP)

→ Rapprochement du site d’épissage et du site de branchement via l’interaction U2-U6.

  • L’ensemble = le spliceosome inactif
  • Formation de la structure en lasso (ATP) :

• départ de U1

• départ de U4 permet à U6 d’assurer son activité catalytique

• l’extrémité 2’-OH de A du site de branchement se lie avec le grpt phosphate de G du site d’épissage 5’ .

-Raboutage des 2 exons : liaison phosphodiester entre l’extrémité 3’-OH du dernier nucléotide de l’exon 1 et le 5’- phosphate du premier nucléotide de l’exon 2 (site d’épissage 3’)

47
Q

La queue poly A

A

Ajout de la queue poly-A :

• signal de polyadénylation = signal de clivage

→ajout de 100-200 résidus par poly(A) polymérase

(

  • Séquences de terminaison floues

→ La transcription d’un gène aboutit à la production de transcrits primaires présentant des longueurs différentes.

  • Transcrits primaires peuvent être clivés à la même longueur pendant la transcription :

• Signal de clivage : 5’-AAUAAA-3’

• Enzyme de clivage : l’endonucléase

)

48
Q

Coiffe 5’

A

L’ajout de la coiffe a lieu dès que l’extrémité 5’ de l’ARN quitte la bulle de transcription.

La coiffe consiste en :

•l’ajout d’un nucléotide inhabituel : une guanine

méthylée, par une liaison 5’ – 5’ triphosphate

•la méthylation (facultative) des 2 riboses voisins

-La coiffe protège l’ARNm d’une dégradation rapide par l’extrémité 5’ par les exonucléases

-La coiffe constitue un signal de reconnaissance pour les ribosomes (traduction)

49
Q

Maturation des arn eucaryotes

A

Ajout d’une coiffe 5’

ajout d’une queue poly A

élimination des introns

50
Q

Maturation des arn eucaryotes

A

Ajout d’une coiffe 5’

ajout d’une queue poly A

élimination des introns

51
Q

Terminaison chez eucaryotes

A

On ne connaît pas le mécanisme

Pol II se defosforilise et se recycle

52
Q

Élongation chez eucaryotes

A

Se libèrent TFIIE et TFIIH

TFIIF permanent unie à Pol II

Facteurs d’élongation requiert

53
Q

Transcription chez les eucaryotes

A

Formation du complexe ferme :

Union de TBP à TATA

union de TFIIB à TBP et à l’ADN

TFIIF dirige l’Arn Pol II au promoteur

S’unient TFIIE et TFIIH

54
Q

L’arn Pol II des eucaryotes

A

Constitue 12 sous unités de RBP

RBP1 est la majeur, elle a la même fonction que beta car se lié au site d’initiation, elle a une région CTD importante pour la régulation est phosphorylable

RBP 2 similaire à beta, se lié au site d.initiation

RBP3 et 11 similaires à alpha se lient à région -35

Facteurs de transcription s’associent à arn Pol II :

Interviennent dans reco de l’ADN

Régulent activité de arn Pol II

Facilitent transcription

L’union au promoteur dépend de TBP, TFII …

55
Q

Terminaison 2 des procaryotes

A

Terminaison dépendante de facteurs

56
Q

Terminaison 1 des procaryotes

A

Terminaison dépendante de la séquence

57
Q

L’initiation de la transcription chez les procaryotes

A

1) reconnaissance du promoteur et association de l’arn Pol a l’ADN

2) formation du complexe ferme : arn Pol associé à un adn dont les deux brins complémentaires sont encore associés

3) formation du complexe ouvert : l’arn Pol dissocie les deux brins d’ADN dans la zone du promoteur jusqu’au site d’initiation de la transcription

4) initiation de la transcription : l’arn Pol commence la synthèse de l’arn : quand arn neosynthetise a une taille de 8/9 nucleotides, le facteur sigma se détache et la polymerase quitte le promoteur

5) début de la phase d’élongation de la transcription (arn Pol parcourt adn sens : 3’ a 5’ et synthétise arn dans sens : 5’ a 3’)

58
Q

Facteurs sigma activés en fonction quoi ?

A

Environnement du procaryote

59
Q

L’arn Pol a une affinité pour qui ?

A

Faible affinité pour n’importe quelle région d’ADN sauf pour les promoteurs

60
Q

Les phases de la transcription

A

Arn pol s’associe à un promoteur (guide arn pol)

Déclenchement transcription : ouverture double hélice : INITIATION

Synthèse de l’arn : ÉLONGATION

l’arn pol rencontre sites terminaisons qui dictent fin de la transcription et dissociation arn pol/adn : TERMINAISON

61
Q

Caractéristiques de la synthèse d’arn

A

Lu dans sens 5’ a 3’

Association nucleotides par liaisons phosphodiesters

Réactions possibles si base nucleotides triphosphate est complémentaire à la base du brin matrice

Vitesse : 20 a 90 nt/sec

Taux d’erreur : 10 puissance -5

Pas de relecture ni de correction

62
Q

Brin codant sert à quoi ?

A

A rien

63
Q

Le brin d’arn est synthétisé dans quel sens transcription ?

A

5’ a 3’

64
Q

Brin matrice lu quel sens dans transcription ?

A

3’ a 5 ‘

65
Q

Arn polymerase fait quoi ?

A

S’associer adn

Dissocier double hélice d’ADN

Synthétiser un brin d’arn complémentaire au brin matrice

Transcription

66
Q

Arn polymérase c’est quoi ?

A

Enzyme catalyse synthèse de l’arn

67
Q

Arn constitue de quoi ?

A

Nucleotides

(Base azotée + ribose + groupement phosphate)

68
Q

SnoArn rôle

A

Formation arnr

69
Q

Rôle arnr

A

Composants des ribosomes

70
Q

Chez eucaryotes transcription et traduction effectués ou ? Au même endroit ? En même temps ?

A

Dissociées dans temps et espace (transcription noyau, traduction cytoplasme)

Biochimie 1 (4 decks)

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