Begreper Flashcards
Replikasjon
Kopiering av DNA
Transkripsjon
Generering av RNA basert på DNA-sekvensen
Origin of replication (ORI)
Stedet på kromosomet hvor replikasjon starter. Enzymet Helicase gjenkjenner ORI og ødelegger hydrogenbindingene mellom DNA-basene på denne lokasjonen. Delimngen av DNAet danner det vi kaller en replikasjonsgaffel, en deling som fortsetter bortover DNAet ettersom det blir replikert.
Genom
Alt det genetiske materialet som bæres på kromosomet.
Plasmid
Små, sirkulære ekstra-kromosomale DNA-molekyler som finnes i noen bakterielle celler. Plasmider inneholder ingen essensielle gener, men kan inneholde gener som er viktige for den bestemte bakteriecellen.
Bakteriofag
Små, viruslignende partikler som infiserer bakterieceller. Fagene kan enten drepe bakteriene med en gang ved å forårsake lysering i den lytiske fasen, eller de kan inkorporere DNAet sitt i det genetiske materialet til bakterien, og dermed gå inn i en lysogenisk fase.
Translasjon
Generering av et protein basert på sekvensen av mRNA som har blitt transkribert fra et gen
Repressor
En repressor er et regulatorisk protein som binder seg til spesifikke DNA-bindingsseter i promotorregioner og forhindrer transkripsjon ved RNA polymerase, eller i noen tilfeller betydelig reduserer transkripsjonen av 3´ gen(er). Noen repressorer binder seg til en region som overlapper -10 og/ eller -35 regionene på promotoren, og dette forhindrer RNA-polymerase fra å binde seg til promotoren. Andre repressorer binder seg på DNAet på plasser som overlapper bindingssetet til et aktivatorprotein. I slike situasjoner prøver både proteiner, repressor og aktivator og binde seg på samme plass.
Core Genome
Kjernegenomet er et sett av gener og annet genetisk materiale som finnes hos alle bakterier innad i en art.
Det er genene i kjernegenomet som karakteriserer og defineres den bakterielle arten. Det genetiske materialet i kjernegenomet vil kode for egenskapene som typisk uttrykkes av alle stammene innad i en art, og bestemmer når og hvordan disse egenskapene vanligvis skal uttrykkes. Kjernegenene virker å være fundamentale for bakteriearten.
Accessory genome
Ulike stammer innad i den samme arten kan også inneha andre gener og annet genetisk materiale som ikke deles på tvers av hele arten. Dette blir referert til som “accessory genome” fordi det inneholder andre gener og egenskaper som ikke er tilstede i alle representanter av arten. Disse genene kan inkludere virulensfaktorer, gener eller regulatoriske systemer som gjør det mulig for noen stammer innad i en art å overleve i andre miljøer enn det standard nisjen som arten tilhører.
Pan-genome
Alle mulige gener som kan finnes innad i en enkelt bakteriell art er pan-genomet. Det inkluderer alle kjernegenom-genene og alle tilleggsgene som har blitt identifisert.
Translokasjon
Translokasjon er forflytning av DNA-segmenter langs et DNA-molekyl eller mellom DNA-molekyler.
Transformasjon
En prosess hvor DNA fra omgivelsene kan bli tatt opp i bakterieceller.
Konjugasjon
En mekanisme som er kodet for, for overføring av DNA fra en bakteriecelle og til en annen. Bakterier som innehar konjugasjonspili kan direkte injisere DNA inn i andre bakterieceller. Prosessen krever direkte kontakt mellom de to cellene, og kan derfor forstyrres hvis denne kontakten ikke kan oppnår eller blir mistet.
Transduksjon
Overføringen av genetisk materiale fra en celle til en annen via en bakteriofag.
